genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66188167--66188206	9	4.3	9	87	12	55	87	0	10	2	0.63
66188295--66188344	14	3.4	14	80	8	55	72	6	22	0	1.07
66188305--66188342	10	3.7	10	92	3	58	71	2	26	0	1.00
66188467--66188523	9	6.6	9	82	15	59	84	1	14	0	0.71
66188466--66188499	10	3.5	10	92	8	61	85	0	14	0	0.60
66188477--66188524	24	2.0	24	92	8	80	83	2	14	0	0.74
66188466--66188523	8	6.6	9	88	8	68	84	1	13	0	0.70
66188467--66188514	8	5.8	8	90	5	69	85	0	14	0	0.60
66188884--66188925	21	2.0	20	90	4	66	35	14	9	40	1.78
66188884--66188925	20	2.1	19	86	8	57	35	14	9	40	1.78
66189030--66189519	17	27.3	18	69	12	247	32	13	7	45	1.72
66189043--66189444	35	11.3	35	70	14	155	32	13	6	47	1.69
66189044--66189136	38	2.5	36	83	11	109	30	12	6	50	1.66
66189313--66189371	16	3.5	16	76	15	57	33	15	8	42	1.77
66189030--66189522	18	27.4	18	67	18	167	32	13	7	46	1.72
66189588--66189662	19	3.8	19	84	7	96	40	8	10	41	1.69
66189536--66189661	20	5.9	19	69	24	67	38	11	9	40	1.73
66189581--66189715	39	3.6	38	75	15	102	38	5	9	45	1.61
66189587--66189699	20	5.8	20	70	21	71	38	6	10	45	1.64
66194286--66194512	118	1.9	116	90	3	357	44	8	5	41	1.57
66194462--66194505	19	2.3	19	84	0	52	50	9	0	40	1.34
66207977--66208045	18	3.8	18	86	0	84	30	21	13	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66213006--66213049	19	2.4	19	92	3	72	77	9	9	4	1.12
66213188--66213265	19	4.0	20	75	11	72	67	2	29	0	1.03
66213206--66213269	15	4.6	13	79	15	58	71	3	25	0	1.00
66213207--66213269	20	3.1	20	80	11	74	73	3	23	0	0.98
66213315--66213361	20	2.4	19	82	13	60	17	0	12	70	1.17
66218111--66218154	17	2.6	18	85	10	65	34	4	11	50	1.59
66218688--66218828	72	2.0	72	91	0	228	33	19	24	21	1.97
66220519--66220560	18	2.5	17	80	7	50	38	0	7	54	1.28
66220690--66221899	146	8.2	146	84	7	1461	28	8	6	56	1.54
66220690--66221899	296	4.1	295	88	4	1645	28	8	6	56	1.54
66220690--66221907	595	2.1	578	85	6	1662	29	8	6	56	1.54
66222477--66222509	16	2.1	16	94	0	57	0	33	0	66	0.92
66222471--66222510	16	2.4	17	83	12	55	0	35	0	65	0.93
66222521--66222549	14	2.0	15	93	6	51	0	31	0	68	0.89
66227611--66227714	48	2.2	48	94	0	190	43	19	7	29	1.79
66227680--66227753	34	2.2	34	87	4	105	54	16	6	22	1.66
66233482--66233528	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
66238647--66238697	20	2.7	19	79	11	52	66	1	1	29	1.13
66239065--66239121	23	2.5	22	78	13	62	68	3	1	26	1.15
66240617--66240659	22	2.0	22	90	0	68	37	0	2	60	1.10
66240646--66240700	17	3.1	17	77	12	56	38	1	3	56	1.28
66242615--66242648	17	1.9	18	88	5	52	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66248527--66248704	61	3.0	60	72	16	161	43	1	3	51	1.28
66248619--66248677	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
66248632--66248687	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
66248658--66248726	22	3.3	22	69	22	67	43	2	0	53	1.15
66248604--66248743	17	8.6	17	67	23	61	45	1	0	52	1.14
66248971--66249038	16	4.2	16	92	0	118	35	36	0	27	1.58
66249402--66249460	28	2.0	30	83	6	77	38	0	1	59	1.08
66251183--66251236	17	2.9	19	89	10	94	38	11	14	35	1.82
66251199--66251245	19	2.4	20	76	23	55	40	8	14	36	1.77
66251186--66251243	17	3.3	17	80	15	73	39	10	13	36	1.79
66251507--66251563	7	8.0	7	88	3	78	19	0	36	43	1.51
66251505--66251560	29	2.0	28	92	3	94	21	0	33	44	1.52
66251578--66251697	44	2.7	47	79	13	153	27	8	4	60	1.44
66260306--66260443	25	5.5	25	92	2	215	21	25	19	34	1.96
66260419--66260485	22	3.1	21	79	14	82	14	25	20	38	1.91
66266512--66266673	89	1.8	87	82	5	209	30	19	23	26	1.98
66266395--66267204	220	3.7	220	92	0	1334	32	19	21	26	1.97
66267146--66267752	78	7.8	78	89	1	869	32	18	24	24	1.97
66267692--66267965	45	6.1	46	78	10	269	31	16	28	24	1.96
66267692--66267965	89	3.0	90	82	9	292	31	16	28	24	1.96
66268317--66268372	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
66268315--66268393	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66268315--66268386	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
66268315--66268409	17	4.8	22	84	12	79	36	9	15	37	1.80
66268675--66268710	18	2.1	17	89	5	54	33	0	0	66	0.92
66273215--66273252	18	2.0	20	90	10	62	34	10	18	36	1.85
66274920--66274950	9	3.4	9	90	0	53	32	22	0	45	1.53
66282062--66282094	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
66282060--66282094	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
66282148--66282208	9	6.8	9	90	0	95	44	16	11	27	1.82
66282145--66282208	18	3.6	18	100	0	128	45	15	10	28	1.80
66283620--66284104	113	4.3	113	83	4	611	29	17	19	34	1.94
66283682--66284104	57	7.5	55	70	15	265	29	16	19	34	1.94
66284215--66284282	28	2.6	27	82	15	88	23	0	30	45	1.53
66288365--66288423	28	2.1	27	87	3	82	27	13	1	57	1.46
66288375--66288417	23	1.9	22	85	4	59	27	11	2	58	1.46
66288443--66288490	15	3.2	15	80	8	53	33	4	2	60	1.27
66288709--66288761	5	10.0	5	80	11	61	33	5	0	60	1.20
66288706--66288762	27	2.1	27	90	3	87	31	10	0	57	1.32
66288709--66288786	33	2.4	32	82	4	84	32	7	1	58	1.34
66288709--66288786	38	2.1	38	82	4	95	32	7	1	58	1.34
66288795--66288837	21	2.0	21	90	0	68	32	4	4	58	1.39
66288932--66288968	15	2.4	17	82	17	53	29	5	0	64	1.15
66289199--66289259	23	2.7	23	77	7	70	27	11	0	60	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66289251--66289299	21	2.3	20	83	10	62	38	6	4	51	1.46
66289446--66289480	18	2.0	18	88	5	54	31	11	2	54	1.51
66289494--66289545	22	2.3	23	77	6	54	26	19	0	53	1.45
66289618--66289664	17	2.8	16	79	17	51	19	2	4	74	1.09
66289612--66289669	16	3.6	15	75	11	53	18	1	6	72	1.16
66300574--66300603	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
66300715--66300749	16	2.1	17	89	10	54	37	0	0	62	0.95
66306684--66306798	60	1.9	60	90	0	185	50	2	11	35	1.52
66307988--66308051	18	3.6	18	80	14	78	17	4	21	56	1.59
66309923--66309966	18	2.6	16	83	13	61	52	0	0	47	1.00
66309928--66309967	18	2.2	18	100	0	80	50	0	0	50	1.00
66310058--66310123	28	2.4	28	84	5	80	39	15	4	40	1.67
66310058--66310111	14	3.9	14	90	0	81	38	18	1	40	1.61
66311848--66311926	27	2.8	27	75	17	72	31	13	0	54	1.40
66314115--66314163	25	2.0	23	81	14	55	71	6	0	22	1.08
66315836--66315894	10	5.6	10	73	11	55	35	1	1	61	1.16
66315826--66315940	21	5.2	21	75	15	83	34	5	1	58	1.31
66315826--66315938	43	2.6	42	80	8	122	34	5	1	58	1.31
66328580--66328718	71	2.0	71	91	0	224	28	17	23	30	1.97
66328722--66328929	51	4.0	54	82	10	254	30	14	17	37	1.90
66329163--66329254	42	2.1	45	86	7	129	20	23	27	28	1.99
66330218--66330251	15	2.3	15	90	5	52	73	0	2	23	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66330218--66330255	15	2.7	14	84	11	51	76	0	2	21	0.91
66336047--66336764	119	6.0	119	90	1	1069	33	16	18	30	1.94
66336047--66336766	241	3.0	241	93	1	1214	33	16	18	30	1.93
66338548--66338590	20	2.2	20	87	8	61	37	2	0	60	1.10
66338738--66338779	19	2.2	19	91	8	68	40	0	2	57	1.12
66339171--66339235	30	2.2	30	82	0	76	30	9	4	55	1.52
66340752--66340851	31	3.2	30	79	9	94	39	1	2	58	1.16
66340758--66340856	15	6.3	16	68	16	64	37	1	2	59	1.16
66355504--66355540	18	2.1	18	90	10	58	54	0	10	35	1.36
66364582--66364788	46	4.5	46	90	1	281	43	14	22	19	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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