genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21270070--21270252	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
21270049--21270252	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
21273073--21273245	46	3.7	46	76	13	183	22	21	27	28	1.99
21273070--21273240	93	1.8	93	91	0	279	22	21	28	28	1.99
21279598--21279674	38	2.1	37	90	2	118	31	24	10	33	1.89
21285503--21285539	18	2.1	18	100	0	74	35	5	10	48	1.61
21293735--21293808	37	2.0	37	100	0	148	51	21	5	21	1.68
21323906--21323940	17	2.0	18	88	5	54	40	0	20	40	1.52
21330285--21330491	53	3.8	53	78	3	216	38	17	23	19	1.93
21340506--21340552	18	2.6	18	93	0	85	34	31	6	27	1.82
21347171--21347388	46	4.7	45	76	13	162	23	28	19	28	1.98
21348248--21348530	18	15.3	18	70	11	151	35	15	13	36	1.86
21348235--21348530	36	8.0	36	70	10	186	36	15	12	35	1.85
21350942--21351038	36	2.7	35	78	12	108	54	2	8	35	1.42
21351221--21351277	30	1.9	30	85	7	80	33	1	45	19	1.61
21356378--21356484	28	4.0	26	77	15	87	32	25	11	30	1.91
21356391--21356484	24	3.6	27	87	10	122	31	27	11	28	1.92
21356390--21356509	24	4.4	28	79	10	106	32	28	11	27	1.92
21364432--21364557	28	4.5	28	92	2	191	32	27	12	26	1.93
21367402--21367497	46	2.0	46	96	4	174	56	6	2	35	1.36
21367858--21367896	14	2.8	14	80	0	51	25	0	7	66	1.18
21372602--21372640	21	1.9	20	89	5	60	41	23	5	30	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21374307--21374342	15	2.4	15	90	9	56	30	16	0	52	1.44
21378961--21379013	23	2.3	23	83	6	63	32	9	20	37	1.85
21386409--21386434	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
21388901--21389468	47	11.8	47	68	18	246	26	19	30	23	1.98
21389070--21389139	31	2.3	31	97	0	131	25	24	28	21	1.99
21389070--21389162	31	3.0	31	87	3	98	29	20	29	21	1.98
21388976--21389255	155	1.8	155	82	6	370	26	19	31	22	1.98
21389131--21389468	93	3.6	92	77	12	314	26	19	30	23	1.98
21389132--21389468	47	7.2	46	75	11	260	26	19	30	23	1.98
21390132--21390697	270	2.1	270	87	0	801	24	21	30	24	1.99
21394020--21394103	27	3.1	26	77	6	87	20	27	17	34	1.95
21394063--21394119	27	2.1	27	83	0	69	22	31	15	29	1.95
21396322--21396399	29	2.6	29	81	8	84	23	25	20	30	1.98
21396651--21396722	25	2.9	25	91	0	117	23	22	26	27	1.99
21397530--21397607	27	2.9	26	74	14	77	23	20	19	37	1.95
21397648--21397703	27	2.1	26	86	3	76	41	10	8	39	1.71
21397740--21397929	81	2.4	81	79	8	192	29	10	20	40	1.84
21397740--21397887	27	5.5	27	84	5	194	29	8	20	42	1.80
21397748--21397920	54	3.2	54	82	5	174	30	10	18	40	1.84
21397919--21398035	27	4.3	27	86	4	155	40	6	23	29	1.81
21399170--21399239	35	2.0	35	97	0	131	30	11	31	27	1.91
21411232--21411272	18	2.2	18	86	4	55	41	4	0	53	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21415042--21415097	18	3.1	18	73	16	53	26	0	7	66	1.18
21421629--21421659	12	2.6	12	100	0	62	51	6	9	32	1.60
21425803--21426245	220	2.0	221	99	0	879	39	21	5	33	1.77
21432162--21432192	12	2.6	12	94	0	53	58	29	6	6	1.48
21436553--21436686	48	2.8	48	84	0	160	26	32	16	24	1.96
21444275--21444390	42	2.8	42	86	0	133	32	23	15	28	1.95
21444188--21444354	90	1.9	90	82	2	210	26	26	18	28	1.98
21444308--21444392	42	2.0	42	90	0	134	34	23	12	29	1.92
21444183--21444453	132	2.1	132	80	4	296	28	25	18	27	1.98
21444403--21444541	48	2.9	47	84	6	181	25	27	18	28	1.98
21451121--21451149	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
21456443--21456479	6	5.7	7	90	9	53	56	0	27	16	1.40
21460828--21461048	27	8.2	27	81	0	235	31	22	7	39	1.81
21460855--21461048	81	2.4	81	89	1	291	30	21	6	41	1.79
21461351--21461412	31	2.0	32	87	3	90	20	22	19	37	1.95
21461552--21461630	31	2.5	31	89	0	122	18	18	13	48	1.81
21461552--21461694	6	23.3	6	74	14	123	18	18	13	48	1.81
21461555--21461673	49	2.4	49	90	4	177	18	20	14	47	1.83
21461580--21461694	49	2.3	49	89	2	178	18	20	13	47	1.82
21470239--21470469	111	2.1	107	86	8	310	31	32	18	17	1.94
21470333--21470382	26	2.0	25	92	7	84	28	36	24	12	1.91
21477427--21477477	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21477333--21477555	103	2.2	104	92	2	369	31	31	18	17	1.95
21482728--21482794	22	3.3	22	62	30	58	44	22	11	20	1.84
21482722--21482796	38	2.0	38	100	0	150	48	20	10	21	1.79
21485271--21485318	19	2.6	18	74	9	51	29	22	0	47	1.51
21488932--21488983	24	2.2	24	92	0	86	46	19	17	17	1.85
21503690--21503727	19	2.0	19	100	0	76	36	31	15	15	1.90
21510133--21510162	13	2.3	13	94	0	51	10	16	26	46	1.78
21511563--21511606	19	2.3	19	88	0	61	47	15	2	34	1.58
21514412--21514437	9	2.9	9	100	0	52	53	23	0	23	1.46
21518011--21518042	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
21520922--21520991	35	2.0	35	100	0	140	28	28	8	34	1.87
21523008--21523057	26	1.9	26	95	0	91	46	12	4	38	1.60
21523113--21523172	31	1.9	31	86	0	84	36	3	13	46	1.60
21531216--21531614	201	2.0	201	92	2	667	38	17	17	26	1.91
21531901--21532583	235	2.9	235	90	1	1093	38	16	16	28	1.91
21537459--21537583	48	2.6	48	87	1	169	24	31	18	26	1.98
21556963--21557007	18	2.5	17	82	7	54	80	0	13	6	0.91
21563687--21563734	25	1.9	25	83	8	62	33	16	27	22	1.96
21564993--21565110	45	2.6	45	77	5	123	49	11	19	19	1.79
21567201--21567239	20	1.9	21	85	15	55	23	12	12	51	1.74
21568187--21568232	23	2.0	23	95	0	83	34	4	15	45	1.66
21583938--21584025	28	3.1	28	90	0	131	30	31	12	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21584009--21584110	40	2.5	41	82	3	118	34	25	16	23	1.95
21590384--21590564	99	1.8	101	84	4	251	25	18	25	29	1.98
21590330--21590567	50	4.8	49	78	5	219	25	18	25	30	1.98
21603223--21603384	6	26.3	6	71	16	109	46	13	19	20	1.83
21603244--21603384	25	5.7	25	83	5	178	46	13	19	20	1.84
21603234--21603380	74	2.0	74	91	0	240	46	13	19	20	1.83
21603501--21603581	27	3.0	27	80	8	85	39	20	20	18	1.93
21604227--21604411	27	6.9	27	83	2	203	25	20	17	36	1.94
21604229--21604411	54	3.4	54	91	1	278	24	20	18	37	1.94
21604404--21604528	27	4.7	26	73	11	67	29	8	23	39	1.83
21604468--21604663	27	7.3	27	85	5	123	28	9	21	40	1.85
21604512--21604663	54	2.8	54	87	4	164	28	9	21	40	1.84
21604457--21604663	81	2.6	81	80	6	222	27	9	22	40	1.85
21606068--21606159	44	2.1	44	85	4	123	35	23	19	20	1.95
21606406--21606460	24	2.3	23	76	17	58	49	20	0	30	1.49
21606809--21606849	12	3.5	11	90	6	55	26	17	0	56	1.41
21607723--21607776	5	10.6	5	80	11	65	59	1	0	38	1.08
21610152--21610201	24	2.1	24	100	0	100	32	24	8	36	1.84
21610436--21610476	12	3.5	11	90	6	55	26	17	0	56	1.41
21610877--21610952	30	2.6	29	76	15	75	2	26	5	65	1.27
21612532--21612702	79	2.2	78	79	10	179	24	20	29	25	1.99
21612479--21612696	40	5.5	38	78	9	170	25	21	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21617882--21617910	14	2.1	14	93	6	51	0	0	10	89	0.48
21618020--21618054	16	2.2	16	94	0	61	0	2	8	88	0.61
21618027--21618062	16	2.2	16	90	0	54	0	5	11	83	0.80
21619121--21619155	18	2.0	18	88	5	54	14	0	14	71	1.15
21619598--21619652	19	2.9	19	83	0	65	1	0	56	41	1.10
21619664--21619702	8	4.8	8	87	6	51	0	0	28	71	0.86
21619655--21619702	17	2.8	17	87	3	60	0	0	31	68	0.90
21627016--21627182	38	4.4	37	78	11	144	25	20	28	25	1.99
21628574--21628609	12	2.9	13	88	12	58	58	5	0	36	1.22
21628934--21628987	5	10.6	5	80	11	65	59	3	0	37	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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