genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54813858--54813901	13	3.4	13	87	0	70	68	6	11	13	1.39
54813882--54814048	73	2.3	74	88	2	248	34	20	16	28	1.94
54813965--54814141	91	2.0	89	87	6	259	37	19	16	26	1.93
54826123--54826170	25	1.9	25	91	0	78	29	14	20	35	1.93
54847736--54847770	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
54847921--54848138	25	8.9	25	70	15	107	55	4	5	33	1.43
54848087--54848138	24	2.2	23	83	10	61	59	0	3	36	1.16
54848618--54848716	30	3.3	30	85	0	135	19	6	47	27	1.72
54852659--54852717	22	2.5	25	81	10	72	57	1	0	40	1.09
54855000--54855065	29	2.2	29	86	5	87	40	1	9	48	1.44
54860717--54860755	16	2.4	16	82	0	51	38	17	12	30	1.88
54862029--54862055	13	2.1	13	100	0	54	14	7	0	77	0.97
54862017--54862055	12	3.2	12	85	7	51	15	7	5	71	1.26
54862177--54862238	19	3.3	19	76	13	74	25	6	3	64	1.33
54862193--54862249	18	3.1	19	73	14	64	28	7	1	63	1.30
54862176--54862249	37	2.0	37	94	0	130	27	8	2	62	1.37
54862193--54862249	19	3.1	19	75	14	64	28	7	1	63	1.30
54863655--54863696	22	1.9	22	85	0	57	52	0	0	47	1.00
54863718--54863759	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
54863722--54863758	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
54863791--54863847	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
54866911--54866947	15	2.5	15	91	4	58	29	0	5	64	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54868478--54868522	20	2.3	20	88	3	65	33	4	4	57	1.38
54869070--54869145	37	2.1	37	94	0	134	43	6	11	38	1.68
54871076--54871200	39	3.3	39	76	11	127	53	4	5	36	1.46
54871955--54872009	25	2.2	24	87	6	83	5	1	14	78	1.02
54871937--54871987	20	2.4	21	90	6	77	3	1	23	70	1.14
54874276--54874314	20	2.0	20	85	10	53	51	0	2	46	1.14
54875916--54875947	16	2.1	16	88	11	50	43	9	0	46	1.35
54879816--54879844	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
54880241--54880287	10	4.3	12	72	22	50	57	0	2	40	1.11
54880246--54880284	21	1.9	20	89	5	60	58	0	2	38	1.12
54890095--54890139	18	2.5	19	75	17	51	53	2	2	42	1.25
54890104--54890146	22	1.9	23	85	4	61	53	2	6	37	1.41
54891525--54891562	18	2.1	18	90	0	58	71	0	0	28	0.87
54891873--54891942	36	1.9	36	94	0	122	42	8	15	32	1.77
54904553--54904710	44	3.6	43	75	10	133	36	21	22	19	1.95
54904537--54904745	88	2.4	86	82	8	251	35	22	21	21	1.96
54904862--54905016	44	3.5	43	74	10	152	36	23	22	18	1.95
54904857--54905019	88	1.9	87	90	1	263	35	23	22	19	1.96
54904903--54905057	44	3.6	43	73	9	143	36	21	20	21	1.96
54904548--54905245	309	2.3	308	93	1	1180	34	19	21	24	1.97
54907110--54907177	29	2.4	27	79	13	73	38	1	4	55	1.29
54907125--54907177	25	2.0	27	86	13	76	39	0	3	56	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54907123--54907183	25	2.5	24	82	17	72	37	0	4	57	1.20
54907715--54907756	21	2.0	21	81	9	50	16	9	7	66	1.42
54910027--54910215	50	3.8	48	76	6	148	28	17	23	30	1.97
54911515--54911579	28	2.4	26	79	7	67	16	12	12	58	1.63
54912071--54912225	78	2.0	78	96	0	283	27	13	27	31	1.94
54923123--54923170	20	2.5	19	80	10	53	35	2	6	56	1.36
54924221--54924262	21	2.0	21	100	0	84	38	4	4	52	1.44
54925444--54925485	21	2.0	20	86	13	59	59	7	7	26	1.50
54925735--54925774	18	2.3	18	91	4	64	65	2	5	27	1.27
54925732--54925769	15	2.6	14	84	15	51	68	2	2	26	1.16
54929281--54929327	22	2.1	23	92	4	78	27	8	6	57	1.53
54931486--54931521	16	2.2	16	95	0	63	72	0	13	13	1.13
54932165--54932308	71	2.0	71	87	0	207	23	24	22	29	1.99
54933150--54933191	21	2.0	21	100	0	84	47	19	14	19	1.82
54933508--54933760	132	1.9	126	82	11	312	24	12	13	49	1.76
54934882--54934940	25	2.3	27	82	11	70	55	3	3	37	1.33
54934887--54934950	28	2.3	27	77	20	69	59	3	3	34	1.29
54939172--54939279	26	4.2	26	90	0	171	36	24	6	33	1.81
54939784--54939838	18	3.1	16	76	23	56	27	0	0	72	0.85
54939753--54939831	22	3.8	20	75	21	74	27	0	3	68	1.07
54940118--54940154	12	2.8	14	80	16	51	51	37	10	0	1.37
54940124--54940154	12	2.6	12	89	0	53	51	38	9	0	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54941179--54941253	29	2.6	28	76	4	87	44	2	10	42	1.53
54941267--54941345	31	2.5	32	81	6	90	36	5	17	40	1.72
54944665--54944719	19	3.1	18	73	17	60	29	0	1	69	0.99
54947902--54947985	24	3.3	24	70	20	80	39	8	1	51	1.40
54947913--54948015	30	3.7	29	71	17	92	38	7	2	50	1.46
54947901--54948003	53	1.9	53	98	0	197	41	7	1	48	1.43
54947904--54947990	23	3.2	29	65	31	82	41	8	1	49	1.40
54948042--54948074	16	2.1	16	100	0	66	45	6	6	42	1.53
54949866--54949903	18	2.2	19	81	18	55	65	0	2	31	1.06
54951048--54951088	20	2.1	20	86	4	57	58	2	0	39	1.11
54951583--54951640	30	1.9	31	82	10	75	55	3	5	36	1.39
54953060--54953090	16	1.9	16	93	0	53	64	0	0	35	0.94
54954324--54954373	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
54958954--54959003	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
54965925--54965973	16	2.9	16	82	11	53	65	2	4	28	1.22
54965930--54965973	18	2.6	16	82	13	52	68	2	4	25	1.20
54966553--54966587	18	1.9	18	88	0	52	31	0	14	54	1.40
54973629--54973787	35	4.6	35	79	5	162	16	13	32	38	1.87
54973629--54973785	70	2.3	67	82	4	188	16	13	32	37	1.88
54974149--54974221	23	3.0	26	82	6	73	35	19	16	28	1.93
54974183--54974257	23	3.3	23	83	7	91	34	20	21	24	1.96
54978717--54978808	37	2.5	37	91	5	141	46	1	1	51	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54978808--54978860	25	2.1	25	93	6	90	43	1	0	54	1.11
54980459--54980554	40	2.3	40	89	3	147	63	8	28	0	1.23
54987766--54987791	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
54999400--54999933	264	2.0	264	95	0	960	21	17	17	44	1.87
55005186--55005217	14	2.3	14	94	0	55	56	0	9	34	1.32
55008036--55008112	37	2.1	37	100	0	154	31	2	14	51	1.55
55008498--55008569	36	2.0	36	97	0	135	37	8	15	38	1.77
55008647--55008768	51	2.4	51	87	1	174	38	6	18	36	1.77
55011135--55011206	27	2.7	26	80	6	90	40	4	4	51	1.40
55015286--55015417	55	2.4	55	98	0	255	26	13	15	44	1.83
55021534--55021566	12	2.7	12	95	4	57	18	0	0	81	0.68
55021538--55021581	20	2.2	20	84	8	54	20	0	2	77	0.88
55027954--55027991	20	2.0	20	84	5	51	68	5	7	18	1.34
55047404--55047448	21	2.2	21	88	11	67	17	6	2	73	1.15
55051189--55051233	21	2.0	23	91	8	76	64	0	4	31	1.13
55054521--55054559	20	1.9	21	89	5	62	38	0	15	46	1.46
55054835--55055006	43	4.0	43	71	12	131	27	15	25	31	1.95
55056092--55056222	46	2.8	46	87	2	174	19	23	14	42	1.88
55058071--55058126	11	5.2	11	73	4	51	62	3	1	32	1.23
55058071--55058154	43	2.0	41	81	4	96	58	3	1	36	1.23
55064063--55064155	39	2.5	38	79	6	109	36	20	10	32	1.87
55065119--55065178	16	3.9	16	93	6	99	38	11	0	50	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55065117--55065186	32	2.3	28	86	13	95	38	11	0	50	1.39
55065582--55065655	35	2.1	35	97	0	139	48	10	8	32	1.67
55066994--55067054	31	2.0	31	100	0	122	32	11	9	45	1.73
55067942--55067998	23	2.5	24	81	18	68	50	35	1	12	1.50
55068489--55068524	18	2.1	18	89	5	56	0	11	5	83	0.80
55068695--55068719	11	2.3	11	100	0	50	0	12	0	88	0.53
55068945--55069009	30	2.1	31	83	8	80	15	27	16	40	1.89
55069186--55069232	17	2.6	18	80	10	51	34	2	0	63	1.06
55069180--55069232	9	5.6	9	77	18	54	33	1	0	64	1.05
55069180--55069241	20	3.2	20	78	15	67	35	1	0	62	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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