genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62875584--62875964	78	4.9	78	91	2	615	24	23	18	32	1.97
62884103--62884138	18	1.9	19	88	5	56	69	0	0	30	0.89
62884392--62884486	19	4.7	21	82	11	74	40	16	7	35	1.77
62884392--62884449	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
62884428--62884537	19	5.9	19	93	6	199	36	15	10	37	1.83
62884421--62884537	54	2.1	56	90	9	197	35	16	10	37	1.82
62886504--62886566	26	2.4	26	86	5	83	63	1	0	34	1.04
62888507--62888566	24	2.4	24	80	5	75	43	8	15	33	1.76
62889339--62889381	11	4.1	10	79	8	50	18	0	9	72	1.11
62891432--62891523	46	2.0	46	85	4	123	45	7	16	30	1.75
62912718--62912753	15	2.4	15	95	0	63	33	11	33	22	1.89
62924716--62924836	60	2.0	60	98	0	233	25	13	15	45	1.83
62929010--62929042	17	2.0	17	88	5	50	54	6	12	27	1.60
62931739--62931814	26	2.8	27	82	4	91	28	10	21	39	1.86
62933261--62933318	26	2.2	26	96	0	107	36	24	6	32	1.82
62935568--62935625	18	3.4	17	79	6	64	31	0	1	67	1.01
62935570--62935627	26	2.2	26	84	6	73	29	0	1	68	0.99
62935568--62935626	27	2.3	23	74	20	55	30	0	1	67	1.00
62936051--62936109	18	3.2	18	78	9	57	33	5	0	61	1.18
62936057--62936113	10	5.7	10	78	19	50	36	3	0	59	1.14
62936096--62936144	21	2.3	21	78	0	62	44	2	0	53	1.12
62936239--62936318	20	4.1	20	75	3	54	23	22	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62940932--62940969	19	2.0	20	90	10	62	0	7	21	71	1.11
62946570--62946605	19	1.9	18	88	5	54	86	2	2	8	0.77
62947012--62947068	30	1.9	30	89	7	89	50	0	3	45	1.18
62948382--62948413	16	2.0	16	100	0	64	37	6	31	25	1.81
62948383--62948421	16	2.4	16	91	0	60	38	5	25	30	1.78
62950735--62950849	53	2.2	53	84	3	142	41	11	22	24	1.86
62954855--62954920	6	10.8	6	76	9	53	75	3	9	12	1.14
62954890--62954920	11	2.7	11	95	5	53	80	0	3	16	0.83
62954887--62954920	17	2.0	17	94	0	59	79	0	2	17	0.86
62955606--62955715	40	2.8	39	76	13	84	27	25	19	28	1.98
62955602--62955849	133	1.9	130	82	9	315	28	21	19	30	1.98
62955737--62955848	40	2.8	40	90	1	179	28	23	17	30	1.97
62955737--62955884	40	3.7	39	85	4	163	27	22	18	31	1.97
62956114--62956202	35	2.5	35	80	7	90	22	0	35	41	1.54
62956151--62956192	22	1.9	22	95	0	75	21	0	35	42	1.53
62956127--62956189	15	4.4	14	76	9	56	22	0	33	44	1.53
62956116--62956192	7	10.9	7	73	8	57	22	0	35	42	1.54
62956155--62956211	22	2.6	22	83	5	62	26	0	33	40	1.56
62957396--62957534	43	3.2	43	89	0	197	22	22	30	25	1.99
62968544--62968611	23	3.0	23	89	4	111	32	20	22	25	1.98
62968542--62968611	22	3.1	22	89	4	113	31	20	22	25	1.98
62970272--62970602	169	2.0	169	100	0	662	37	17	14	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62970919--62970960	19	2.2	20	86	4	59	47	0	0	52	1.00
62970946--62970993	17	2.8	17	87	3	69	35	6	0	58	1.23
62974149--62974195	3	15.7	3	100	0	94	0	68	0	31	0.90
62977859--62977905	22	2.1	22	96	0	85	21	12	8	57	1.62
62985370--62985448	40	2.0	39	82	4	97	18	17	26	36	1.94
62987960--62988170	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
62987926--62988212	137	2.1	137	98	0	556	31	25	19	24	1.98
62989998--62990107	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
62991917--62991950	10	3.4	10	91	0	50	23	8	0	67	1.18
62996100--62996146	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
62996407--62996658	46	5.6	47	83	9	269	21	23	15	39	1.91
62996541--62996700	38	4.0	38	83	12	221	24	23	16	35	1.95
62996497--62996710	84	2.5	84	95	0	392	24	24	15	35	1.94
63002396--63002450	18	2.9	19	94	5	103	36	16	10	36	1.84
63004000--63004063	32	2.0	32	100	0	128	34	18	12	34	1.89
63006868--63006913	17	2.6	18	83	13	51	28	6	8	56	1.54
63011150--63011214	32	2.0	32	96	0	121	46	15	18	20	1.84
63023677--63023739	30	2.1	30	100	0	126	57	9	17	15	1.65
63031397--63031466	24	3.0	23	71	19	56	45	5	0	48	1.26
63035902--63035953	25	2.0	28	85	11	74	50	5	19	25	1.69
63051765--63051821	30	1.9	30	92	0	96	14	28	36	21	1.92
63053653--63053691	6	6.7	6	97	2	71	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63053650--63053722	6	11.7	6	85	8	65	73	1	1	23	0.98
63053683--63053722	20	2.0	21	90	5	64	80	2	2	15	0.93
63055357--63055411	28	2.0	28	82	7	67	67	1	9	21	1.28
63055746--63055809	29	2.2	29	80	0	74	21	25	29	23	1.99
63069104--63069153	19	2.9	16	76	21	55	38	0	2	60	1.09
63073419--63073443	10	2.5	10	100	0	50	68	12	12	8	1.40
63072720--63075847	985	3.2	984	85	4	4116	41	15	10	32	1.81
63077652--63077772	60	2.0	60	100	0	242	40	16	13	29	1.86
63097431--63097508	39	2.0	39	85	5	104	39	29	10	20	1.85
63101105--63101138	16	2.1	16	94	0	59	50	14	23	11	1.76
63107328--63107368	19	2.1	19	86	4	55	21	0	4	73	1.02
63115760--63115825	33	2.0	33	93	0	114	37	21	16	24	1.93
63120232--63120270	20	1.9	20	84	5	51	56	20	5	17	1.60
63122011--63122048	20	1.9	20	94	0	67	28	0	5	65	1.14
63122059--63122109	21	2.5	21	75	12	52	29	1	0	68	1.00
63122075--63122125	19	2.7	20	79	11	63	31	0	1	66	1.03
63124497--63124532	18	1.9	18	88	5	54	63	0	30	5	1.17
63138199--63138238	21	1.9	21	89	0	62	55	10	10	25	1.64
63140656--63140690	15	2.3	15	90	0	52	37	8	8	45	1.65
63140703--63140727	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
63150782--63150816	18	1.9	18	88	0	52	48	0	0	51	1.00
63150895--63150942	17	2.8	18	78	9	55	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63151705--63151749	24	1.9	24	90	4	74	28	15	20	35	1.93
63155402--63155767	43	8.6	43	78	5	214	17	35	31	15	1.91
63155400--63155778	85	4.5	84	81	3	391	17	35	31	15	1.91
63155445--63155793	85	4.1	85	81	2	405	18	34	31	16	1.92
63155445--63155778	128	2.6	126	78	6	386	18	35	31	14	1.91
63175336--63175360	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
63177938--63177974	6	6.2	6	100	0	74	32	16	51	0	1.45
63183668--63183695	13	2.2	13	100	0	56	71	0	0	28	0.86
63184873--63184906	15	2.4	14	95	5	59	14	2	44	38	1.61
63184873--63184906	7	4.7	7	92	7	59	14	2	44	38	1.61
63190532--63190593	13	4.8	14	70	23	55	33	17	4	43	1.71
63190583--63190634	27	1.9	27	88	0	77	34	21	1	42	1.64
63190515--63190631	38	3.0	38	85	7	119	32	19	4	43	1.70
63190489--63190653	13	12.4	13	65	16	52	32	17	3	46	1.65
63190623--63190657	15	2.3	15	95	0	61	25	11	0	62	1.28
63191763--63191791	14	2.1	14	100	0	58	58	0	20	20	1.39
63207298--63207358	6	9.8	6	79	13	70	80	4	1	13	0.95
63214089--63214154	3	22.0	3	80	6	71	27	6	1	65	1.25
63215703--63215758	6	9.3	6	88	0	76	16	3	3	76	1.06
63215715--63215771	18	3.1	18	82	7	71	14	5	3	77	1.08
63215703--63215784	36	2.3	35	81	12	94	17	6	4	71	1.24
63221329--63221377	20	2.4	21	76	10	57	40	10	12	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63222209--63222262	25	2.2	25	100	0	108	57	0	3	38	1.17
63222254--63222311	24	2.4	24	75	11	64	53	1	1	43	1.21
63225695--63225731	18	2.1	18	90	5	58	27	2	10	59	1.44
63226093--63226142	16	3.1	15	80	8	55	78	2	4	16	1.00
63234901--63234966	22	3.0	23	74	26	70	40	6	0	53	1.26
63235940--63235972	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
63236019--63236077	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
63236048--63236096	26	2.0	24	88	8	71	30	0	6	63	1.19
63236301--63236387	41	2.1	41	97	2	167	40	13	8	37	1.75
63244505--63244537	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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