genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70926200--70926239	18	2.2	19	86	8	57	22	0	7	70	1.12
70935514--70935568	18	2.9	19	76	13	51	69	12	1	16	1.28
70938668--70938716	22	2.2	23	85	3	64	59	4	8	28	1.45
70945837--70945863	11	2.5	11	100	0	54	92	7	0	0	0.38
70950119--70950164	24	1.9	24	86	8	67	17	13	32	36	1.88
70950678--70950744	20	3.6	19	72	16	61	59	2	1	35	1.22
70952178--70952310	47	2.8	47	94	0	230	40	22	12	24	1.88
70953090--70953186	42	2.3	43	85	7	137	8	25	7	58	1.53
70955072--70955108	17	2.1	18	90	5	58	32	2	0	64	1.07
70956080--70956210	65	2.0	65	100	0	262	30	18	13	37	1.90
70968064--70968093	14	2.1	14	93	0	51	16	0	0	83	0.65
70969530--70969594	3	21.7	3	100	0	130	66	0	33	0	0.92
70971220--70971249	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
70975311--70975431	34	3.5	33	68	12	89	41	4	4	49	1.43
70975334--70975454	34	3.5	32	69	18	82	39	4	3	52	1.40
70976439--70976484	23	2.0	22	87	4	65	41	10	4	43	1.59
70977606--70977643	16	2.5	16	87	8	53	0	15	0	84	0.63
70979308--70979345	18	2.1	18	95	0	67	52	13	0	34	1.40
70979804--70979848	22	2.1	22	88	12	67	62	2	0	35	1.08
70980326--70980366	16	2.5	17	88	7	59	51	9	2	36	1.48
70984267--70984315	2	24.5	2	100	0	98	0	48	0	51	1.00
70987130--70987165	18	2.1	18	89	5	56	33	5	0	61	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70989863--70989920	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
70990132--70990163	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
70990258--70990499	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
70990258--70990507	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
70997455--70997512	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
70997724--70997755	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
70997850--70998091	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
70997850--70998099	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
71001589--71001613	13	1.9	13	100	0	50	32	8	8	52	1.60
71004224--71004286	29	2.1	29	91	5	99	52	0	0	47	1.00
71004263--71004300	20	1.9	19	89	5	58	55	2	0	42	1.14
71004232--71004332	50	1.9	53	82	11	129	54	0	0	44	1.06
71004221--71004299	29	2.7	29	81	14	83	55	1	0	43	1.07
71005227--71005276	25	2.0	25	92	7	84	24	20	16	40	1.91
71006255--71006310	20	3.0	18	69	19	51	5	8	8	76	1.14
71007435--71007481	19	2.4	20	82	7	60	68	2	0	29	1.02
71014409--71014444	19	1.9	19	88	5	56	44	5	2	47	1.41
71015759--71015817	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
71021733--71021757	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
71022820--71022970	38	4.0	38	84	0	194	35	13	15	34	1.88
71024114--71024361	123	2.0	123	100	0	496	29	16	16	38	1.90
71033732--71033763	16	2.0	16	93	0	55	25	9	6	59	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71047826--71047876	25	2.0	25	100	0	102	31	7	25	35	1.85
71050969--71051105	70	2.0	70	91	2	222	36	13	13	36	1.84
71054391--71054432	17	2.5	17	100	0	84	7	50	21	21	1.72
71056165--71056199	16	2.2	17	90	10	56	20	11	2	65	1.37
71070843--71070904	26	2.5	24	84	10	79	51	0	3	45	1.17
71070843--71070907	25	2.6	25	85	7	78	52	0	3	44	1.16
71072637--71072713	32	2.4	32	80	0	91	24	24	6	44	1.77
71084106--71084132	13	2.1	13	100	0	54	37	22	7	33	1.82
71097982--71098157	46	3.8	45	80	10	203	21	21	28	28	1.98
71097979--71098149	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	27	1.99
71108472--71108496	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
71114995--71115042	20	2.5	19	80	9	53	31	0	6	62	1.20
71121165--71121197	16	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
71121535--71121578	22	2.0	22	95	0	79	36	11	0	52	1.38
71129765--71129793	4	7.5	4	92	7	51	51	0	0	48	1.00
71130752--71130782	16	1.9	16	100	0	62	35	32	12	19	1.90
71140576--71140618	22	2.0	22	85	0	59	23	9	6	60	1.51
71146344--71146388	12	3.7	12	93	3	72	80	0	20	0	0.72
71146345--71146403	12	4.2	15	87	10	65	74	1	23	0	0.91
71148515--71148732	39	5.6	39	93	0	310	12	26	23	37	1.91
71148671--71148734	18	3.4	18	67	12	56	18	26	21	32	1.97
71149255--71149380	63	2.0	63	100	0	252	36	11	25	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71149979--71150074	49	2.0	49	95	0	174	27	15	14	42	1.86
71151579--71151620	14	3.1	13	86	13	50	66	7	21	4	1.35
71152119--71152158	15	2.9	14	85	7	55	65	0	7	27	1.20
71152500--71152610	23	5.0	23	84	7	124	18	21	24	36	1.95
71152501--71152609	44	2.5	41	79	10	110	16	22	24	36	1.94
71153823--71153863	21	2.0	21	85	9	57	29	24	17	29	1.97
71154336--71154376	21	2.0	21	90	9	66	29	26	17	26	1.97
71153423--71154445	513	2.0	513	98	0	1992	30	17	17	34	1.93
71158223--71158304	40	2.0	40	95	0	146	23	9	30	36	1.87
71161094--71161177	43	2.0	43	90	0	132	30	4	14	50	1.63
71162720--71162753	11	3.0	11	87	8	50	70	0	0	29	0.87
71163016--71163049	15	2.2	16	89	5	52	41	0	0	58	0.98
71167876--71167956	24	3.2	24	74	16	90	27	11	8	53	1.65
71171093--71171128	18	2.0	18	88	0	54	47	0	2	50	1.15
71173127--71173168	18	2.3	18	84	8	50	28	7	2	61	1.35
71176280--71176317	18	2.1	18	85	9	51	55	2	18	23	1.55
71191440--71191472	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
71191556--71191596	22	1.9	21	85	14	57	53	4	4	36	1.44
71192373--71192407	14	2.4	15	90	4	54	62	2	2	31	1.24
71195010--71195053	23	1.9	23	86	9	63	27	4	22	45	1.72
71196815--71196862	24	2.0	24	100	0	96	16	20	33	29	1.95
71201575--71201609	3	11.7	3	88	11	54	68	0	2	28	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71203128--71203763	44	14.7	44	68	14	258	28	21	18	31	1.97
71203128--71203676	170	3.2	170	88	3	866	29	21	17	31	1.96
71216549--71216589	3	13.7	3	90	10	66	68	0	2	29	1.03
71217940--71218091	75	2.0	75	94	0	268	36	23	17	23	1.95
71229120--71229148	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
71230405--71230609	101	2.0	101	98	0	392	38	19	6	36	1.77
71233634--71233683	16	3.2	16	68	21	52	22	38	0	40	1.54
71234509--71234540	5	6.4	5	92	0	55	25	18	18	37	1.94
71237396--71237521	30	4.2	30	92	0	198	26	48	5	19	1.70
71244892--71245015	61	2.0	61	87	3	178	33	10	4	50	1.58
71245033--71245066	16	2.1	16	88	0	50	29	5	5	58	1.45
71264530--71264575	24	1.9	24	82	8	58	39	6	6	47	1.55
71265477--71265502	5	5.2	5	100	0	52	38	0	19	42	1.51
71266775--71266840	33	2.0	33	100	0	132	33	9	18	39	1.82
71268907--71268938	10	3.2	10	90	0	55	87	0	12	0	0.54
71273066--71273097	16	2.0	16	100	0	64	43	0	0	56	0.99
71276645--71276680	16	2.2	16	100	0	72	52	5	11	30	1.59
71276874--71276902	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
71276925--71276960	5	7.4	5	87	6	56	41	2	0	55	1.14
71278230--71278286	15	3.9	15	83	2	80	33	0	14	52	1.41
71278681--71278765	21	4.0	21	90	0	125	14	24	27	34	1.94
71278657--71278765	42	2.5	42	83	2	128	16	22	24	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71283042--71283067	6	4.3	6	100	0	52	46	15	19	19	1.85
71284210--71284269	31	1.9	31	100	0	120	58	10	13	18	1.62
71286641--71286670	14	2.1	14	93	0	51	30	13	16	40	1.87
71286985--71287029	22	2.0	22	83	8	56	13	8	0	77	0.98
71288941--71288989	22	2.1	23	85	14	66	34	8	0	57	1.29
71289133--71289202	3	22.7	3	74	11	61	31	1	2	64	1.17
71289441--71289498	22	2.5	22	80	5	62	34	13	1	50	1.52
71293736--71293773	17	2.2	18	85	4	51	0	23	5	71	1.07
71293869--71294090	109	2.0	109	100	0	444	7	26	23	42	1.81
71298593--71298633	17	2.4	18	80	15	52	36	2	0	60	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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