genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59639011--59639080	3	24.0	3	72	18	51	64	4	2	28	1.27
59639093--59639140	20	2.4	20	83	16	64	79	0	8	12	0.94
59640926--59641003	41	1.9	41	89	0	120	25	20	19	34	1.96
59641116--59641786	68	9.9	68	90	0	1009	26	22	25	26	2.00
59641801--59641974	88	2.0	87	85	5	235	22	23	20	33	1.97
59648989--59649015	14	1.9	14	100	0	54	66	3	7	22	1.33
59649149--59649181	12	2.8	12	90	9	50	66	3	0	30	1.06
59649149--59649205	14	4.2	13	77	20	55	66	1	1	29	1.12
59654869--59654921	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
59656405--59656512	26	4.2	26	92	0	180	35	24	8	32	1.85
59659231--59659515	138	2.1	138	89	0	444	45	6	8	39	1.60
59663681--59663711	16	1.9	16	93	0	53	77	12	3	6	1.08
59665999--59666045	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
59666016--59666075	17	3.2	19	83	13	79	35	16	8	40	1.79
59666479--59666643	87	1.9	86	81	5	197	27	21	18	33	1.96
59666391--59666886	261	1.9	261	89	1	762	27	20	18	33	1.96
59668004--59668064	1	61.0	1	76	0	59	8	3	0	88	0.61
59668004--59668061	8	7.6	8	83	11	77	8	3	0	87	0.64
59668003--59668064	22	2.9	21	83	4	79	9	3	0	87	0.66
59674827--59674905	19	4.2	19	87	9	117	36	15	10	37	1.81
59674827--59674899	36	2.0	38	91	5	123	36	13	10	38	1.80
59674828--59674915	36	2.4	35	83	14	108	36	14	10	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59677990--59678039	20	2.5	20	86	3	73	54	12	8	26	1.64
59678105--59678177	36	2.0	36	100	0	146	41	10	5	42	1.63
59684305--59684331	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
59688639--59688728	47	1.9	47	93	0	153	36	23	17	22	1.95
59691244--59691358	27	4.3	27	85	5	135	36	23	21	18	1.95
59692950--59693057	26	4.2	26	96	0	198	36	25	6	31	1.82
59693730--59693768	15	2.6	16	84	8	55	0	25	0	74	0.82
59693825--59693861	14	2.6	15	83	12	51	37	5	0	56	1.22
59693827--59693889	21	3.1	21	77	8	60	39	4	0	55	1.21
59695703--59695747	10	4.4	10	91	2	63	46	0	0	53	1.00
59695704--59695740	5	7.4	5	93	0	65	43	0	0	56	0.99
59695704--59695747	15	2.9	15	89	3	70	45	0	0	54	0.99
59701686--59701754	35	2.0	35	100	0	138	47	8	5	37	1.58
59703922--59703977	19	2.9	19	79	10	60	33	3	10	51	1.54
59703921--59703988	20	3.5	20	80	6	59	35	2	8	52	1.47
59709847--59709890	19	2.5	17	79	13	52	43	2	18	36	1.63
59715010--59715051	20	2.1	20	86	8	59	52	0	0	47	1.00
59717410--59717563	62	2.5	61	81	4	175	23	30	23	22	1.99
59720408--59720441	8	4.2	8	85	14	52	11	0	0	88	0.52
59720411--59720444	9	4.0	9	88	11	54	11	0	0	88	0.52
59720406--59720448	18	2.4	18	81	11	54	16	0	0	83	0.64
59720510--59720553	17	2.6	16	82	10	52	65	4	9	20	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59725103--59725132	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
59725386--59725732	3	113.7	3	67	14	131	59	3	8	28	1.44
59729060--59729320	47	5.6	47	95	0	432	31	12	29	26	1.93
59729029--59729353	94	3.5	94	89	1	474	31	11	30	27	1.91
59729077--59729150	23	3.2	23	62	24	55	28	10	29	31	1.91
59729242--59729317	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
59729334--59729423	46	2.0	45	82	6	110	34	6	32	26	1.83
59730862--59731218	40	8.9	40	94	0	610	25	22	26	25	2.00
59731226--59731405	57	3.2	57	84	2	229	22	17	30	30	1.97
59731258--59731355	29	3.4	29	76	8	101	21	16	31	30	1.95
59731226--59731386	28	5.7	29	71	6	114	21	17	29	31	1.96
59735007--59735267	47	5.6	47	94	0	423	31	12	29	26	1.93
59734976--59735287	94	3.3	94	89	0	464	30	11	30	27	1.91
59735024--59735097	23	3.2	23	62	24	55	28	10	29	31	1.91
59735189--59735264	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
59734976--59735287	47	6.6	47	90	0	392	30	11	30	27	1.91
59735281--59735371	46	2.0	46	82	4	112	34	6	32	26	1.82
59739148--59739198	25	2.1	24	85	3	66	50	3	0	45	1.20
59740213--59740286	22	3.3	22	69	3	67	66	5	2	25	1.27
59740258--59740306	26	2.0	24	84	15	64	63	4	2	30	1.24
59742168--59742284	45	2.6	44	79	4	119	23	23	21	32	1.98
59742748--59742877	46	2.8	46	88	0	179	28	23	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59743308--59743414	53	2.0	53	90	0	169	55	6	14	23	1.63
59748279--59748386	29	3.8	29	77	1	101	27	26	15	29	1.96
59752908--59752933	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
59753558--59753651	47	2.0	47	100	0	188	38	29	4	27	1.76
59753559--59753636	24	3.3	24	67	22	74	39	30	3	25	1.74
59757517--59758005	244	2.0	244	97	0	933	39	17	11	31	1.85
59761150--59761215	30	2.2	31	91	2	107	56	15	4	24	1.58
59761505--59761616	54	2.1	54	94	0	197	28	26	12	32	1.93
59768523--59768598	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
59768559--59768684	35	3.5	36	87	7	184	37	15	10	37	1.81
59768559--59768684	19	6.9	19	87	10	201	37	15	10	37	1.81
59768559--59768684	54	2.3	54	98	0	243	37	15	10	37	1.81
59769265--59769346	42	1.9	42	82	2	101	26	26	14	31	1.95
59768970--59769451	260	1.9	261	88	1	743	28	22	16	32	1.96
59769309--59770011	205	3.5	205	93	1	1184	29	21	18	31	1.97
59770076--59770348	44	6.2	44	72	9	234	27	24	17	29	1.98
59770076--59770348	132	2.1	132	94	1	476	27	24	17	29	1.98
59771255--59771294	9	4.6	9	87	6	64	0	12	0	87	0.54
59771243--59771293	23	2.2	23	86	10	77	0	13	0	86	0.58
59771243--59771282	6	6.8	6	88	5	64	0	15	0	85	0.61
59771243--59771292	17	2.9	17	91	5	75	0	14	0	86	0.58
59776882--59776957	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59776911--59776989	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
59776932--59776987	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
59776918--59776989	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
59779532--59779584	27	2.0	27	85	7	72	35	3	1	58	1.27
59779673--59779782	56	2.0	56	92	0	184	40	13	17	28	1.87
59784368--59784419	21	2.5	21	81	6	61	26	7	26	38	1.83
59788831--59788878	17	3.1	14	78	18	51	47	18	0	33	1.49
59790530--59790554	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
59794092--59794240	79	1.9	78	86	8	214	42	8	10	37	1.71
59796239--59796317	32	2.5	31	91	4	140	31	10	17	40	1.83
59798082--59798124	17	2.6	16	78	10	50	41	0	6	51	1.29
59799892--59799936	22	2.1	22	84	8	58	55	0	0	44	0.99
59799912--59799958	17	2.5	18	83	16	60	53	0	0	46	1.00
59800673--59800946	91	3.0	90	83	3	309	32	11	13	41	1.81
59801327--59801464	69	2.0	69	100	0	276	37	17	11	33	1.86
59808054--59808128	30	2.5	30	100	0	150	14	26	34	24	1.94
59808664--59808692	12	2.3	13	94	5	51	41	0	13	44	1.44
59809751--59809858	54	2.0	54	92	0	180	14	12	31	40	1.84
59811090--59811205	27	4.3	26	84	5	133	37	22	22	17	1.93
59811090--59811205	54	2.1	54	85	3	153	37	22	22	17	1.93
59812815--59812898	26	3.2	26	94	0	141	38	23	4	33	1.76
59814565--59814643	19	4.2	19	90	9	126	37	10	16	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59814555--59814642	36	2.4	36	80	17	119	38	10	15	35	1.82
59821852--59821891	21	1.9	21	85	10	55	47	10	7	35	1.65
59821950--59822073	3	40.7	3	75	13	94	62	4	3	30	1.30
59821946--59822012	14	4.9	14	75	17	52	61	8	0	29	1.27
59823743--59823966	89	2.5	89	80	6	222	38	20	14	25	1.91
59823919--59824301	54	7.1	54	94	0	658	38	18	15	27	1.91
59824369--59824402	14	2.4	14	90	9	52	58	5	17	17	1.57
59824244--59824476	91	2.6	87	85	11	328	36	19	18	26	1.94
59824381--59824544	73	2.2	74	92	3	267	35	23	17	23	1.95
59824244--59824787	252	2.1	250	84	7	679	34	21	17	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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