genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13618032--13618091	30	2.0	29	83	3	75	40	3	25	31	1.72
13620306--13620490	40	4.6	39	80	6	194	24	21	27	26	1.99
13620307--13620490	79	2.3	81	81	7	216	25	21	27	26	2.00
13620362--13620513	79	1.9	79	81	7	184	26	18	26	28	1.98
13622428--13622454	12	2.2	12	100	0	54	33	7	14	44	1.73
13624586--13624610	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
13625172--13625217	19	2.4	19	96	0	83	30	10	17	41	1.84
13634223--13634260	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
13634489--13634659	93	1.8	93	93	2	299	28	26	21	23	1.99
13634481--13634656	46	3.8	46	78	14	200	29	26	20	23	1.99
13635079--13635138	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
13637179--13637212	16	2.1	16	88	0	50	23	5	5	64	1.38
13637453--13637551	51	1.9	51	81	4	119	38	5	31	25	1.77
13637579--13637631	27	2.0	27	92	0	88	28	15	49	7	1.71
13637786--13637820	18	2.0	18	88	5	54	37	2	2	57	1.29
13639032--13639064	12	2.8	12	95	0	57	42	9	24	24	1.83
13642365--13642394	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
13644855--13644929	27	2.8	26	91	4	96	32	26	13	28	1.94
13644855--13644952	28	3.5	28	90	5	137	31	26	13	28	1.94
13652143--13652240	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
13654315--13654399	24	3.5	24	81	0	98	28	29	17	24	1.97
13657463--13657500	16	2.4	16	100	0	76	39	10	10	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13657636--13657660	9	2.8	9	100	0	50	12	0	0	88	0.53
13666062--13666110	24	2.0	24	88	0	71	28	4	16	51	1.63
13666881--13666924	16	2.5	18	85	10	56	45	2	0	52	1.13
13673709--13673928	113	2.0	112	81	4	264	33	10	20	35	1.88
13694486--13694538	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
13697174--13697216	18	2.4	18	88	0	59	30	4	37	27	1.77
13697405--13697467	32	2.0	32	100	0	126	44	7	19	28	1.78
13700132--13700176	18	2.5	19	78	10	58	57	2	24	15	1.49
13703645--13703676	5	6.4	5	100	0	64	21	0	0	78	0.76
13715130--13715199	23	2.9	23	80	6	77	25	22	15	35	1.94
13718341--13718380	18	2.2	19	86	4	55	7	10	27	55	1.60
13721755--13721784	15	1.9	16	93	6	53	43	0	3	53	1.17
13735817--13735880	31	2.1	31	90	0	101	31	18	23	26	1.98
13749187--13749250	30	2.2	29	94	2	110	25	18	23	32	1.97
13751258--13751503	49	5.0	49	83	3	303	29	27	17	24	1.98
13751272--13751503	100	2.3	98	88	2	338	30	27	17	24	1.97
13756248--13756471	40	5.7	40	82	7	242	25	28	20	25	1.99
13756248--13756471	79	2.8	78	80	6	254	25	28	20	25	1.99
13756403--13756480	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
13757860--13757904	22	2.0	22	86	0	63	44	15	13	26	1.83
13804121--13804295	27	6.6	25	81	10	181	29	28	14	28	1.95
13804121--13804295	54	3.3	52	82	10	210	29	28	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13804141--13804294	81	1.9	80	85	6	213	29	28	14	27	1.95
13805581--13805626	13	3.2	14	82	17	51	6	15	2	76	1.09
13814835--13815057	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
13818028--13818064	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
13819824--13819928	50	2.1	50	98	1	203	30	7	21	40	1.81
13827047--13827314	137	2.0	131	95	4	482	41	16	11	29	1.84
13828749--13828792	19	2.5	17	85	10	54	45	13	4	36	1.64
13834009--13834064	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
13834007--13834085	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
13834007--13834078	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
13834007--13834101	17	4.8	22	84	12	79	36	9	15	37	1.80
13834360--13834394	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
13838712--13838850	75	1.9	75	98	0	269	33	11	17	38	1.85
13843393--13843985	219	2.7	220	90	2	942	33	18	21	27	1.96
13843927--13844448	78	6.5	78	87	4	697	32	19	24	24	1.98
13844317--13844541	44	5.0	45	77	9	217	30	16	27	24	1.97
13844896--13844951	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
13844894--13844972	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
13844894--13844965	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
13844894--13844988	17	4.8	22	84	12	79	36	9	15	37	1.80
13845255--13845289	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
13856828--13856945	41	2.8	43	78	12	145	30	26	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13856814--13856938	41	3.0	41	78	9	135	32	26	16	24	1.96
13862369--13862409	20	2.0	21	85	4	57	43	12	7	36	1.70
13864497--13864536	21	2.0	20	85	5	53	42	25	0	32	1.55
13868455--13868562	46	2.3	47	82	9	121	34	29	13	22	1.93
13868636--13868720	31	2.7	31	89	7	136	24	22	22	30	1.99
13879308--13879366	20	2.9	19	85	5	73	37	20	28	13	1.91
13885620--13885778	35	4.5	35	79	0	174	30	8	18	42	1.80
13888061--13888120	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
13914241--13914422	40	4.6	40	80	8	194	24	21	28	26	1.99
13914291--13914455	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
13923317--13923409	17	5.9	16	69	16	68	22	5	2	69	1.19
13923320--13923380	13	4.6	13	75	16	63	21	3	1	73	1.06
13923317--13923409	15	5.9	15	71	15	55	22	5	2	69	1.19
13923293--13923396	50	2.1	50	82	10	124	20	7	0	71	1.16
13924953--13925007	25	2.2	25	87	6	76	25	5	3	65	1.31
13935668--13935848	46	3.9	46	80	7	170	28	18	30	22	1.97
13938625--13938795	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.98
13938625--13938792	46	3.6	46	80	13	209	29	28	20	21	1.98
13938666--13938804	47	3.0	46	77	16	153	29	28	19	23	1.98
13942917--13943021	39	2.7	39	96	0	192	30	21	24	22	1.99
13944528--13944676	27	5.6	27	84	4	167	29	28	14	27	1.95
13944528--13944676	53	2.8	53	83	4	174	29	28	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13979346--13979556	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
13984282--13984452	46	3.7	47	80	9	181	26	19	29	24	1.98
13991205--13991239	18	1.9	18	100	0	70	25	34	22	17	1.96
13994545--13994576	17	1.9	16	93	6	55	59	6	3	31	1.38
13994928--13994957	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
13996617--13996767	43	3.5	42	86	7	180	23	21	30	24	1.99
14013794--14013867	28	2.6	28	87	4	96	31	22	20	25	1.98
14015590--14015760	93	1.8	93	91	0	279	28	27	21	22	1.99
14015585--14015757	46	3.8	45	78	10	179	29	26	20	23	1.99
14016180--14016239	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
14019111--14019293	87	2.1	88	85	4	253	31	20	12	36	1.90
14021741--14021777	3	12.3	3	100	0	74	67	0	32	0	0.91
14030538--14030669	39	3.4	39	91	0	183	26	19	28	25	1.99
14034200--14034234	16	2.2	16	94	0	61	42	11	28	17	1.83
14037511--14037578	10	6.5	10	78	10	57	2	27	0	69	1.03
14037511--14037551	5	8.2	5	84	10	57	0	24	0	75	0.80
14041063--14041106	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
14041201--14041230	15	2.0	15	93	0	51	40	3	0	56	1.16
14042021--14042092	20	3.6	20	87	7	94	2	23	0	73	0.96
14042021--14042075	5	11.0	5	88	7	85	0	23	0	76	0.79
14042840--14042871	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
14044081--14044105	11	2.3	11	100	0	50	48	28	8	16	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14044760--14044874	43	2.7	43	78	5	126	35	21	13	28	1.92
14048449--14048672	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
14050371--14050491	60	2.0	60	96	0	224	38	21	13	27	1.90
14051258--14051331	35	2.1	36	89	2	114	20	22	10	45	1.82
14054967--14055108	43	3.3	43	77	4	119	30	26	15	27	1.96
14058095--14058169	28	2.7	28	89	0	114	28	33	16	22	1.95
14066972--14067014	18	2.3	18	84	11	52	60	11	2	25	1.43
14070333--14070364	5	6.6	5	92	7	57	40	0	21	37	1.54
14078514--14078662	65	2.3	65	82	2	174	22	19	22	35	1.96
14078722--14078788	26	2.7	23	79	9	62	17	23	17	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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