genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12361402--12361527	28	4.5	28	85	1	155	25	16	24	33	1.96
12361402--12361511	56	2.0	56	90	0	175	23	17	25	33	1.96
12361568--12361603	18	2.0	18	88	0	54	44	25	5	25	1.75
12364008--12364064	22	2.6	22	82	0	78	21	35	29	14	1.92
12369188--12369237	13	3.6	14	71	17	50	30	2	12	56	1.47
12369552--12369647	40	2.4	40	85	0	129	35	8	6	50	1.58
12369552--12369658	40	2.7	40	82	2	108	32	7	7	52	1.58
12378354--12378525	93	1.8	93	93	2	301	29	29	20	20	1.98
12378347--12378522	46	3.8	46	77	14	200	30	29	19	20	1.97
12385799--12386070	46	5.9	46	88	0	366	40	13	23	22	1.89
12385891--12385961	21	3.2	21	66	21	54	39	7	26	26	1.82
12387791--12387837	16	2.8	17	77	6	51	40	2	4	53	1.32
12388331--12388407	31	2.5	31	82	2	84	37	9	2	50	1.48
12396228--12396328	39	2.6	39	91	0	157	36	22	26	13	1.92
12396226--12396330	18	5.5	18	68	16	68	35	24	25	14	1.93
12402090--12402175	34	2.5	34	88	0	127	33	31	12	22	1.91
12407597--12407646	24	2.1	24	96	0	91	14	26	30	30	1.94
12411335--12411380	16	2.9	16	81	9	51	39	0	2	58	1.10
12417834--12418134	153	2.0	148	89	3	458	38	8	10	42	1.70
12426353--12426383	6	5.2	6	100	0	62	83	0	0	16	0.64
12431035--12431173	65	2.1	66	90	4	228	35	14	24	25	1.93
12434828--12434858	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12436579--12436606	3	9.3	3	100	0	56	35	0	32	32	1.58
12437697--12437742	17	2.7	17	81	15	51	36	2	0	60	1.09
12438893--12438917	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
12448932--12448975	18	2.4	18	100	0	88	34	36	15	13	1.87
12450994--12451143	43	3.5	43	75	12	146	27	14	24	34	1.94
12452886--12452927	18	2.4	18	88	4	59	19	0	26	54	1.44
12454016--12454066	22	2.3	22	93	3	84	29	17	9	43	1.81
12461716--12461744	14	2.1	14	100	0	58	20	0	20	58	1.39
12465910--12466017	37	3.1	37	62	32	94	36	13	5	44	1.68
12465844--12466043	66	3.0	66	94	1	328	36	13	6	44	1.68
12473509--12473548	19	2.1	19	95	0	71	35	10	12	42	1.76
12477515--12477660	40	3.7	40	87	5	181	31	26	20	21	1.98
12485519--12485635	40	3.0	38	81	7	108	32	25	19	22	1.97
12485542--12485674	40	3.3	40	88	3	180	30	24	21	24	1.99
12496527--12496605	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
12496724--12497064	47	7.1	47	92	2	511	28	30	9	31	1.88
12502013--12502075	30	2.1	30	93	0	108	22	3	17	57	1.54
12504140--12504174	16	2.2	16	100	0	70	20	20	34	25	1.96
12506388--12506612	40	5.6	40	86	6	312	26	28	22	23	1.99
12506388--12506612	83	2.8	82	88	6	336	26	28	22	23	1.99
12508748--12508780	13	2.6	13	90	4	50	36	0	9	54	1.32
12512862--12512933	27	2.7	26	80	4	72	26	27	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12549436--12549547	54	2.1	54	100	0	224	27	26	3	41	1.72
12557634--12557662	15	1.9	15	100	0	58	34	34	6	24	1.82
12561370--12561519	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
12561394--12561577	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
12565543--12565639	43	2.2	44	78	8	110	31	23	15	28	1.95
12568179--12568237	29	2.0	29	96	0	109	35	33	8	22	1.84
12568242--12568339	40	2.5	40	86	5	128	20	28	25	25	1.99
12570217--12570321	52	2.0	52	100	0	210	22	17	15	44	1.86
12572013--12572039	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
12573709--12573881	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
12573706--12573876	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
12574104--12574141	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
12581268--12581393	46	2.7	46	92	0	207	21	21	26	30	1.98
12586559--12586591	17	1.9	17	93	0	57	39	36	3	21	1.69
12592855--12592909	28	2.0	28	100	0	110	41	21	18	18	1.90
12601181--12601219	20	1.9	21	89	5	62	35	15	0	48	1.45
12601423--12601522	41	2.4	42	77	5	103	29	23	19	29	1.98
12603813--12603867	28	2.0	28	88	0	83	29	20	27	23	1.99
12605290--12605318	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
12609389--12609422	17	2.0	17	100	0	68	23	11	17	47	1.81
12612051--12612090	21	2.0	21	90	5	64	32	22	35	10	1.87
12627740--12627898	43	3.7	43	76	9	171	32	24	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12633712--12633899	40	4.7	40	90	5	292	25	21	27	25	1.99
12633712--12633922	40	5.3	40	88	5	286	26	21	27	25	2.00
12637173--12637269	34	2.8	34	80	9	117	28	22	25	22	1.99
12641356--12641522	43	3.9	43	79	6	196	31	26	14	27	1.95
12649433--12649481	10	4.7	10	80	9	53	55	4	0	40	1.19
12649457--12650104	252	2.6	249	80	9	699	45	7	10	37	1.66
12653446--12653496	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
12654152--12654317	48	3.5	46	72	6	145	30	18	26	25	1.98
12659332--12659369	19	2.0	19	89	0	58	26	10	34	28	1.90
12665586--12665628	19	2.3	19	100	0	86	16	32	16	34	1.91
12669243--12669286	20	2.1	21	87	4	63	63	0	6	29	1.20
12671470--12671562	40	2.3	40	94	0	159	26	27	21	23	1.99
12679300--12679518	40	5.6	38	75	13	153	24	27	22	25	2.00
12682865--12683055	79	2.4	80	85	6	255	25	27	21	25	1.99
12682840--12683055	40	5.4	40	84	3	260	25	26	22	25	2.00
12686360--12686571	39	5.6	40	78	15	204	24	28	22	24	2.00
12699217--12699294	40	2.0	40	84	5	104	29	16	21	32	1.96
12702507--12702699	49	3.9	49	80	8	203	26	28	20	24	1.99
12702518--12702703	100	1.9	99	86	5	268	27	29	18	24	1.98
12704372--12704427	15	3.7	15	77	17	71	62	12	14	10	1.55
12707439--12707568	50	2.6	49	89	3	181	30	28	17	23	1.97
12709011--12709320	153	2.0	152	89	2	471	28	12	23	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12715673--12715710	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
12715939--12716060	46	2.7	46	90	0	181	31	26	20	22	1.98
12716483--12716542	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
12723150--12723187	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
12723412--12723583	46	3.7	46	77	11	190	29	27	20	22	1.98
12730468--12730640	46	3.7	46	80	10	217	22	20	27	29	1.99
12730465--12730635	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	28	1.99
12730865--12730902	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
12734874--12734944	22	3.2	22	77	15	74	36	19	21	22	1.95
12737405--12737441	15	2.5	15	95	0	65	37	13	32	16	1.87
12737494--12737551	27	2.1	27	87	0	80	31	12	15	41	1.84
12744261--12744330	25	2.8	25	84	4	88	27	24	24	24	2.00
12748973--12749002	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67
12762328--12762419	40	2.3	39	80	9	105	28	18	26	27	1.98
12763913--12763940	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
12766071--12766108	18	2.1	18	85	9	51	47	2	0	50	1.15
12766521--12766593	29	2.5	29	75	14	78	24	8	4	63	1.40
12768032--12768137	53	2.0	53	92	0	176	30	14	17	37	1.90
12775553--12775601	25	2.0	25	87	0	71	34	20	14	30	1.92
12780010--12780098	27	3.3	27	78	6	99	29	17	23	29	1.97
12782563--12782602	15	2.7	15	92	3	64	52	17	15	15	1.75
12790410--12790501	46	2.0	45	97	2	175	43	19	10	26	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12804459--12804586	46	2.8	46	80	11	147	29	27	20	22	1.98
12804462--12804605	46	3.1	44	74	15	132	29	27	20	22	1.98
12811908--12812078	93	1.8	93	97	0	324	28	29	21	21	1.98
12811903--12812075	46	3.7	46	80	13	228	29	28	20	21	1.98
12814296--12814399	43	2.5	42	78	7	104	29	27	19	23	1.98
12816499--12816541	22	2.0	22	100	0	86	25	13	13	46	1.81
12821774--12821945	93	1.8	93	88	4	267	27	28	20	23	1.99
12821767--12821942	46	3.8	47	75	15	177	28	28	19	22	1.98
12821820--12821961	46	3.1	45	73	14	112	28	27	19	24	1.98
12825753--12825885	51	2.6	51	83	7	146	28	29	15	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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