genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10204876--10204929	27	2.0	27	100	0	108	48	14	11	25	1.77
10205326--10205370	22	2.0	22	100	0	90	42	13	13	31	1.82
10206999--10207101	30	3.6	28	69	27	67	45	5	9	38	1.61
10207200--10207374	60	2.9	58	80	10	181	45	10	6	37	1.66
10209150--10209202	20	2.7	20	78	0	61	32	9	22	35	1.86
10211965--10212034	16	4.4	16	96	0	104	31	0	35	32	1.58
10212013--10212122	45	2.6	43	80	12	131	34	5	28	31	1.80
10212362--10212408	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
10212246--10212782	120	4.5	121	94	0	868	50	5	2	41	1.39
10212507--10212541	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
10212533--10212562	16	1.9	15	93	6	51	50	10	0	40	1.36
10212463--10212771	59	5.2	58	65	16	164	50	4	3	41	1.40
10212764--10212931	47	3.7	46	70	18	143	47	3	3	45	1.37
10212779--10212955	91	1.9	92	88	4	254	49	3	2	44	1.33
10212920--10212958	17	2.5	15	84	12	51	58	0	0	41	0.98
10217290--10217346	29	2.0	29	85	0	78	50	14	1	33	1.52
10217340--10217400	26	2.4	25	83	5	70	26	11	6	55	1.59
10222466--10222511	23	2.0	23	95	0	83	39	6	13	41	1.70
10227497--10227646	44	3.4	42	75	14	151	32	24	17	26	1.97
10227436--10227691	87	2.9	87	86	1	323	28	25	19	27	1.98
10227534--10227669	44	3.1	43	77	11	159	30	26	16	27	1.97
10227543--10227690	44	3.4	42	73	15	129	31	22	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10227772--10227931	45	3.6	45	74	10	157	28	20	20	31	1.97
10235345--10235389	19	2.3	20	88	7	67	44	6	22	26	1.77
10242840--10242946	40	2.7	40	81	8	112	25	24	19	30	1.98
10243130--10243189	22	2.7	24	75	12	56	25	1	26	46	1.62
10243200--10243305	7	14.9	7	73	7	52	22	1	33	42	1.65
10243236--10243305	14	4.9	14	76	1	68	24	1	27	47	1.61
10243510--10243556	21	2.2	21	92	0	76	17	4	31	46	1.67
10243812--10243858	21	2.2	21	92	0	76	17	4	31	46	1.67
10244858--10244893	13	2.8	13	95	0	63	33	36	0	30	1.58
10245706--10245741	3	12.0	3	87	0	54	36	0	2	61	1.11
10245706--10245763	15	3.9	15	86	2	64	43	0	3	53	1.17
10247089--10247168	40	2.0	40	100	0	160	27	10	27	35	1.89
10248402--10249156	23	32.9	23	77	8	585	32	6	23	37	1.80
10248402--10249152	115	6.5	115	84	7	809	32	6	23	37	1.80
10249830--10249941	42	2.6	42	82	10	138	25	15	26	32	1.95
10249912--10250029	43	2.7	43	80	8	150	25	27	19	27	1.99
10252944--10253126	47	3.9	47	85	1	215	24	14	28	32	1.95
10256255--10256279	12	2.1	12	100	0	50	32	8	24	36	1.84
10276822--10276866	22	2.2	20	84	11	56	11	17	15	55	1.68
10292486--10292633	79	1.9	80	88	4	228	25	22	27	25	2.00
10292486--10292633	40	3.7	40	89	5	228	25	22	27	25	2.00
10292486--10292666	79	2.3	79	84	5	224	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10300016--10300056	12	3.5	12	90	3	66	58	0	0	41	0.98
10301996--10302056	31	2.0	30	93	3	104	31	3	18	47	1.64
10305095--10305142	20	2.4	20	79	6	53	72	2	2	22	1.05
10305762--10305887	3	41.0	3	70	16	71	30	3	3	61	1.33
10305829--10305885	16	3.6	16	88	6	82	29	3	3	63	1.28
10305860--10305898	18	2.2	18	90	0	60	38	2	0	58	1.12
10306208--10306234	13	2.1	13	100	0	54	14	0	0	85	0.61
10306294--10306335	17	2.4	18	80	15	52	30	0	7	61	1.22
10306296--10306356	16	3.8	16	75	14	54	34	0	4	60	1.18
10306480--10306527	25	1.9	25	83	8	62	39	4	8	47	1.53
10307261--10307298	16	2.4	16	100	0	76	63	7	10	18	1.50
10314709--10314746	16	2.4	16	100	0	76	63	7	10	18	1.50
10315319--10315462	74	1.9	77	87	4	213	39	10	4	45	1.58
10316990--10317033	22	1.9	24	86	9	65	56	0	4	38	1.20
10320091--10320386	148	2.0	148	100	0	592	38	22	8	30	1.84
10322105--10322178	37	2.0	37	100	0	148	35	2	8	54	1.44
10327009--10327050	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
10327203--10327293	45	2.0	44	85	2	119	34	27	5	32	1.80
10327272--10327325	16	3.4	16	92	0	81	31	33	0	35	1.58
10328232--10328276	22	2.2	20	84	8	54	68	2	0	28	1.01
10328649--10328714	27	2.4	27	90	5	98	21	21	27	30	1.98
10328649--10328725	27	2.9	27	82	3	75	20	23	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10331935--10331993	30	1.9	31	89	3	93	55	3	1	38	1.26
10332035--10332078	22	2.0	22	86	4	63	45	0	4	50	1.22
10332707--10332790	19	4.3	19	65	28	59	54	15	0	29	1.41
10332632--10332810	60	3.0	60	90	0	286	54	12	0	33	1.38
10332712--10332754	22	2.0	22	86	9	61	53	13	0	32	1.41
10332862--10332904	14	2.9	15	79	10	52	65	4	0	30	1.13
10332968--10333032	13	4.8	13	80	10	53	0	24	0	75	0.81
10332971--10333034	19	3.3	19	81	16	69	0	26	0	73	0.84
10332967--10333034	27	2.5	28	83	9	86	0	26	0	73	0.83
10332967--10333034	28	2.5	27	81	13	77	0	26	0	73	0.83
10332967--10333033	22	3.2	21	78	17	68	0	25	0	74	0.82
10332971--10333034	9	6.5	10	75	24	57	0	26	0	73	0.84
10333287--10333357	27	2.6	28	80	12	85	59	4	0	36	1.17
10335920--10336144	40	5.6	40	83	3	272	24	22	27	26	2.00
10335924--10336144	83	2.7	80	84	5	259	23	22	28	25	1.99
10339094--10339140	24	2.0	24	91	0	76	34	17	6	42	1.74
10339222--10339286	12	5.3	12	77	3	58	35	18	10	35	1.86
10339225--10339281	25	2.3	25	78	3	62	38	17	10	33	1.84
10342933--10342966	16	2.1	16	100	0	68	41	14	11	32	1.82
10348598--10348639	14	3.1	14	73	13	52	33	42	0	23	1.55
10348588--10348644	26	2.2	25	96	3	105	36	42	0	21	1.53
10348855--10348920	25	2.7	25	85	2	98	19	28	9	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10353516--10353555	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
10353521--10353563	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
10354888--10354919	6	5.3	6	92	0	55	50	15	15	18	1.79
10361717--10361784	34	2.0	34	85	5	93	20	26	23	29	1.99
10368191--10368590	164	2.5	163	83	5	481	41	23	8	27	1.82
10373063--10373209	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
10373109--10373289	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
10373106--10373289	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
10380927--10381149	80	2.8	80	80	7	204	27	26	20	25	1.99
10380969--10381149	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
10380966--10381149	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
10385638--10385708	35	2.0	35	97	0	133	33	15	12	38	1.85
10386537--10386648	27	4.2	26	86	7	143	36	22	24	16	1.94
10386537--10386648	54	2.1	54	88	3	163	36	22	24	16	1.94
10402901--10403333	50	8.6	50	77	3	375	26	17	25	30	1.97
10402940--10403333	101	3.9	100	75	4	362	26	18	25	30	1.98
10402906--10403330	151	2.8	151	83	0	562	25	17	25	31	1.97
10403198--10403278	26	3.2	26	63	30	66	23	18	29	28	1.98
10410664--10410778	43	2.7	42	77	6	133	33	16	24	26	1.96
10412243--10412322	38	2.1	38	100	0	160	30	12	16	41	1.85
10412707--10412939	51	4.6	51	73	5	177	25	19	28	27	1.99
10419628--10419729	28	3.5	27	71	19	80	24	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10419629--10419756	60	2.1	59	84	9	161	25	25	21	28	1.99
10422180--10422223	19	2.4	18	85	7	54	45	6	0	47	1.29
10424833--10424872	20	2.0	21	90	5	64	37	22	22	17	1.94
10429449--10429638	85	2.2	85	84	2	238	22	35	25	16	1.95
10429566--10429958	128	3.1	126	74	9	382	19	31	30	18	1.96
10429449--10429927	43	11.2	42	73	9	249	21	32	28	17	1.96
10429726--10429927	85	2.4	85	79	8	198	19	30	29	19	1.97
10438384--10438553	46	3.7	46	74	15	163	30	29	18	21	1.97
10438391--10438559	92	1.8	91	89	3	268	29	28	20	21	1.98
10445153--10445192	17	2.4	17	100	0	80	42	10	20	27	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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