genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76361519--76361604	42	2.1	41	81	10	97	37	1	3	58	1.23
76366242--76366307	31	2.0	34	88	8	102	54	10	4	30	1.54
76370152--76370185	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
76372178--76372245	33	2.1	33	81	13	79	45	0	2	51	1.16
76372191--76372262	33	2.1	35	82	10	87	43	0	1	55	1.08
76372463--76372519	21	2.7	21	84	7	71	33	29	5	31	1.80
76373311--76373371	31	2.0	31	96	0	113	36	19	18	26	1.94
76378318--76378476	87	1.8	86	93	1	273	35	4	10	49	1.56
76378526--76378577	22	2.3	22	96	3	95	61	13	9	15	1.56
76387476--76387520	19	2.4	20	78	14	51	60	11	2	26	1.42
76396125--76396167	21	2.1	21	91	4	70	34	13	0	51	1.42
76398606--76398647	20	2.1	20	100	0	84	9	14	9	66	1.44
76401436--76401465	6	5.2	6	96	4	53	46	0	0	53	1.00
76403141--76403202	27	2.2	28	86	13	85	48	1	0	50	1.10
76412947--76413678	1	732.0	1	90	0	1095	94	1	3	0	0.39
76415508--76416610	281	4.0	270	81	11	1156	45	18	12	24	1.83
76415868--76416610	264	2.8	257	82	11	886	44	19	11	23	1.84
76415602--76416610	545	1.9	534	86	5	1425	45	19	11	23	1.83
76419786--76419845	31	1.9	32	93	3	104	60	0	3	36	1.14
76421757--76421809	24	2.3	23	87	9	81	30	0	16	52	1.44
76429462--76429523	31	2.0	31	84	6	81	37	14	9	38	1.79
76429976--76430039	31	2.1	30	83	11	78	25	7	10	56	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76430884--76430918	17	2.1	17	94	5	63	65	0	0	34	0.93
76430974--76431015	15	2.6	16	85	14	59	64	0	0	35	0.94
76436337--76436380	23	1.9	23	100	0	88	29	9	11	50	1.69
76453336--76453383	22	2.2	21	92	7	87	41	29	18	10	1.84
76456050--76456082	17	1.9	17	93	0	57	42	24	3	30	1.70
76458435--76458902	138	3.4	136	78	9	477	27	14	21	35	1.93
76470871--76470962	47	2.1	43	75	19	100	40	10	10	38	1.75
76470890--76470984	47	2.0	47	100	0	190	37	8	14	38	1.77
76474000--76474123	33	3.8	33	95	0	221	30	41	9	17	1.82
76476890--76476939	25	2.0	25	100	0	100	40	20	20	20	1.92
76485446--76485493	25	2.0	25	84	8	64	66	2	0	31	1.03
76497358--76497468	47	2.4	47	84	6	154	35	21	16	27	1.94
76498232--76498260	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
76502462--76502527	32	2.1	32	86	8	91	42	6	4	46	1.48
76505675--76505770	35	2.7	35	81	0	111	30	7	19	42	1.78
76506073--76506144	25	3.2	25	64	35	72	22	4	20	52	1.63
76506080--76506147	21	3.2	21	67	29	63	19	4	19	57	1.57
76506071--76506157	42	2.1	42	97	0	165	20	4	19	55	1.61
76512669--76512734	29	2.3	28	78	2	78	60	4	0	34	1.17
76516306--76516342	18	2.1	18	85	14	51	35	0	2	62	1.10
76516304--76516354	26	2.0	26	84	7	68	35	0	1	62	1.06
76520330--76520363	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76528667--76528697	16	1.9	16	93	0	53	32	0	9	58	1.31
76533399--76533449	24	2.1	24	82	13	61	35	0	13	50	1.42
76550704--76550761	27	2.1	29	84	9	77	53	5	6	34	1.50
76551353--76551411	23	2.6	22	78	19	59	37	1	3	57	1.25
76552406--76552443	14	2.6	15	83	8	51	31	0	2	65	1.06
76552917--76553119	107	1.9	107	85	0	280	42	11	12	33	1.78
76553981--76554027	24	2.0	24	86	0	67	12	55	8	23	1.64
76553988--76554065	24	3.2	24	76	8	61	21	56	7	14	1.63
76554037--76554107	18	3.9	18	69	0	61	29	50	8	11	1.67
76554663--76554727	31	2.1	30	83	11	78	43	1	6	49	1.37
76555308--76555341	18	1.9	18	88	5	52	11	8	5	73	1.24
76556415--76556515	42	2.4	43	81	6	118	21	59	7	10	1.56
76556523--76556756	24	9.5	24	67	18	133	22	58	9	9	1.59
76556445--76556656	102	2.1	103	80	7	245	22	57	10	9	1.60
76556494--76556588	30	3.2	30	73	11	86	23	57	8	10	1.59
76556488--76556755	102	2.7	104	77	15	278	22	57	9	10	1.60
76560053--76560113	31	2.0	30	81	9	70	49	0	0	50	1.00
76568192--76568259	24	3.0	22	72	14	57	47	1	0	51	1.09
76569100--76569139	19	2.2	19	86	4	55	60	0	0	40	0.97
76571761--76571820	30	2.0	30	93	0	102	58	8	5	28	1.48
76579861--76579893	18	1.9	18	88	11	52	33	0	12	54	1.37
76589916--76590051	73	1.9	73	87	3	202	24	14	21	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76611708--76611733	6	4.3	6	100	0	52	65	0	0	34	0.93
76622101--76622126	13	2.0	13	100	0	52	23	7	23	46	1.78
76622854--76622880	7	3.9	7	100	0	54	70	0	0	29	0.88
76632420--76632465	6	7.3	6	85	9	56	76	6	0	17	1.00
76632484--76632542	9	6.6	9	82	0	64	30	6	16	45	1.74
76632484--76632542	18	3.3	18	87	0	82	30	6	16	45	1.74
76633244--76633507	131	2.0	132	99	0	521	39	12	21	25	1.89
76633589--76633630	4	10.2	4	94	5	75	47	26	2	23	1.64
76637240--76637277	12	2.9	13	88	7	51	23	2	15	57	1.51
76637440--76637599	47	3.4	48	76	9	134	35	20	22	21	1.96
76637581--76637696	47	2.5	47	95	0	205	34	13	25	26	1.93
76637675--76637990	55	5.8	54	83	4	386	36	17	23	22	1.94
76637683--76637990	109	2.8	109	91	0	483	36	17	23	22	1.95
76642135--76642306	93	1.8	93	94	0	308	26	29	21	22	1.99
76642127--76642302	46	3.8	46	79	10	214	27	28	21	22	1.99
76644695--76644744	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
76644706--76644753	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
76647693--76647864	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	21	1.99
76647685--76647860	46	3.8	46	81	10	223	28	28	21	21	1.98
76654511--76654557	22	2.1	22	84	0	58	44	0	4	51	1.21
76657193--76657266	36	2.1	36	100	0	148	36	5	13	44	1.67
76670675--76670699	7	3.6	7	100	0	50	60	0	28	12	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76678297--76678567	133	2.1	131	85	3	357	24	10	12	51	1.72
76678364--76678781	215	1.9	220	85	4	587	23	11	14	50	1.75
76678822--76679264	129	3.4	135	81	8	393	27	9	14	48	1.75
76678586--76679473	385	2.3	384	81	8	1006	27	10	14	48	1.75
76678958--76679472	127	4.0	125	80	7	534	26	8	15	48	1.74
76679498--76679693	109	1.8	106	80	9	236	28	10	12	48	1.73
76680831--76681097	132	2.0	132	98	0	516	36	9	10	43	1.71
76681243--76681305	32	2.0	32	83	0	81	36	14	23	25	1.93
76681917--76683301	199	6.9	198	84	5	1583	28	19	20	31	1.97
76681920--76683271	598	2.3	588	82	5	1604	28	19	20	31	1.97
76690575--76690617	23	1.9	22	90	4	68	48	0	0	51	1.00
76693192--76693243	26	2.0	26	96	3	97	30	3	19	46	1.68
76698238--76698286	20	2.5	20	80	16	57	32	0	12	55	1.37
76703176--76703229	22	2.6	21	72	18	58	68	0	12	18	1.21
76713498--76713753	104	2.5	104	96	0	467	19	21	29	29	1.98
76716136--76716401	103	2.6	103	90	4	419	30	30	20	19	1.97
76716730--76716793	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
76716737--76716793	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
76719170--76719203	16	2.1	17	89	10	54	82	0	14	2	0.79
76723132--76723156	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
76723990--76724014	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
76727280--76727315	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76727267--76727307	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
76727948--76727994	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
76728917--76728959	23	1.9	23	86	13	63	2	13	4	79	1.00
76728934--76728958	13	1.9	13	100	0	50	0	12	8	80	0.92
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76733962--76733996	5	7.0	5	100	0	70	40	0	0	60	0.97
76734031--76734091	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
76735559--76735693	39	3.4	39	74	8	114	23	21	27	27	1.99
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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