genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3056045--3056109	25	2.6	25	90	0	94	15	20	16	47	1.82
3056070--3056195	19	6.4	19	72	20	107	17	20	14	47	1.82
3056064--3056146	37	2.2	37	89	0	130	16	20	16	45	1.85
3056107--3056171	25	2.6	25	92	0	103	20	20	13	46	1.84
3056042--3056208	62	2.7	62	90	0	262	18	18	14	48	1.81
3056126--3056213	37	2.4	37	88	0	131	20	18	12	48	1.80
3058183--3058359	27	6.6	27	82	2	160	38	22	9	28	1.86
3058359--3058463	27	3.9	27	86	2	113	32	20	7	39	1.81
3058352--3058466	54	2.1	54	79	10	128	30	24	6	38	1.82
3058376--3058464	27	3.3	27	90	0	133	31	24	5	38	1.79
3058700--3058751	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
3058681--3058820	69	2.1	68	84	2	183	19	27	22	30	1.98
3058966--3059121	6	25.3	6	71	19	99	20	17	12	49	1.79
3058994--3059064	19	3.8	19	80	10	92	19	21	11	47	1.80
3058966--3059107	25	5.7	25	76	12	107	20	17	12	49	1.79
3058988--3059112	37	3.4	37	85	4	162	20	19	12	48	1.79
3063974--3064022	21	2.3	21	100	0	98	22	30	26	20	1.98
3063974--3064031	21	2.8	21	92	5	82	20	29	27	22	1.99
3070109--3070142	13	2.5	14	90	4	52	11	55	20	11	1.67
3072065--3072187	48	2.6	48	82	2	140	27	13	26	31	1.94
3072149--3072272	42	3.0	42	85	0	158	28	16	25	29	1.96
3075817--3075966	41	3.7	41	83	1	203	28	28	22	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3083926--3084030	40	2.6	40	73	1	111	29	27	22	20	1.98
3086019--3086081	31	2.0	31	90	0	99	34	20	4	39	1.74
3091450--3091595	41	3.6	40	78	1	166	28	26	22	21	1.99
3096974--3097064	46	2.0	46	86	0	128	19	15	27	37	1.92
3100485--3100540	23	2.4	24	84	3	69	41	21	19	17	1.91
3100485--3100578	24	3.8	24	74	14	68	36	19	20	24	1.95
3101892--3101934	22	2.0	22	95	0	77	27	34	6	30	1.83
3110529--3110579	26	1.9	28	88	11	81	54	13	9	21	1.67
3112876--3112904	8	3.6	8	100	0	58	24	0	0	75	0.80
3114999--3115319	46	7.0	46	90	2	434	39	14	24	21	1.90
3116496--3116582	41	2.2	40	93	2	147	33	21	17	27	1.96
3117496--3117534	12	3.0	13	81	11	53	0	25	0	74	0.82
3117494--3117570	26	3.1	25	75	12	77	1	18	5	75	1.06
3119264--3119305	15	2.6	17	81	7	52	54	0	0	45	0.99
3119406--3119446	17	2.3	18	80	16	50	56	0	4	39	1.21
3120835--3120865	15	2.1	15	93	0	53	41	12	22	22	1.88
3126513--3126630	59	2.0	59	98	0	227	39	18	27	14	1.89
3146496--3146542	25	1.9	25	86	4	69	31	17	19	31	1.94
3149109--3149297	50	3.7	52	79	4	197	24	17	25	32	1.97
3149109--3149240	52	2.6	51	82	2	167	25	15	26	32	1.96
3149109--3149392	51	5.6	51	78	5	200	25	16	26	30	1.97
3152399--3152479	34	2.4	34	81	8	101	28	23	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3153776--3153833	6	10.0	6	81	10	68	29	1	3	65	1.19
3153748--3153812	25	2.6	25	78	9	69	26	7	1	64	1.29
3153774--3153812	19	2.1	19	100	0	78	30	5	0	64	1.15
3155758--3155805	25	1.9	25	83	8	62	14	6	12	66	1.42
3156011--3156058	25	1.9	25	95	0	87	29	8	18	43	1.79
3163753--3163826	25	2.9	26	83	4	96	29	22	17	29	1.97
3165143--3165348	103	2.0	103	98	0	394	36	12	5	46	1.64
3173170--3173219	25	2.0	24	84	7	64	38	16	10	36	1.82
3175258--3175296	17	2.3	17	90	0	60	69	2	2	25	1.14
3177870--3177915	22	2.2	20	84	7	56	0	26	0	73	0.83
3186005--3186072	32	2.1	32	97	0	127	35	27	2	33	1.72
3192392--3192421	8	3.6	8	95	4	51	23	0	0	76	0.78
3193590--3193632	22	2.0	22	95	0	77	69	0	20	9	1.15
3195207--3195251	20	2.2	20	84	7	56	53	11	8	26	1.65
3196298--3196352	10	5.8	10	81	12	55	36	3	1	58	1.26
3196300--3196338	9	4.3	9	87	6	53	38	0	2	58	1.12
3196482--3196512	9	3.4	9	95	0	53	38	0	3	58	1.15
3204066--3204328	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
3204105--3204363	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
3212018--3212280	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
3212057--3212315	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
3214787--3215291	44	10.8	44	65	20	159	28	20	18	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3214736--3215294	142	3.9	142	91	0	929	28	20	17	32	1.96
3215221--3215350	44	3.0	43	81	8	122	23	22	20	33	1.97
3215346--3215818	131	3.6	131	90	0	741	23	25	22	28	1.99
3217064--3217113	8	6.7	7	84	6	55	12	10	0	78	0.98
3217062--3217112	14	3.5	15	82	17	63	13	11	0	74	1.07
3217062--3217113	15	3.5	16	82	15	67	13	11	0	75	1.06
3217982--3218053	22	3.2	22	88	5	92	11	5	12	70	1.31
3217982--3218043	6	10.7	6	84	10	67	12	6	11	69	1.36
3228516--3228578	17	3.5	17	69	12	54	34	3	12	49	1.57
3228513--3228587	37	2.0	37	94	0	114	36	4	14	45	1.64
3231016--3231492	231	2.1	231	87	1	688	33	20	14	31	1.92
3231917--3231998	32	2.5	33	90	2	130	46	18	6	29	1.73
3253847--3253873	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
3253907--3253977	36	1.9	38	83	11	94	63	2	4	29	1.27
3254032--3254070	12	3.2	12	85	3	51	58	5	7	28	1.47
3256082--3256211	43	3.0	41	78	14	147	21	18	30	30	1.97
3256855--3256889	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
3257227--3257267	21	2.0	21	90	0	64	24	7	17	51	1.70
3257249--3257637	47	8.4	47	93	1	619	32	11	14	41	1.82
3257249--3257637	93	4.2	94	92	2	619	32	11	14	41	1.82
3257249--3257637	140	2.8	140	92	1	642	32	11	14	41	1.82
3257657--3257708	23	2.3	23	93	0	86	28	17	15	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3257657--3257765	23	4.7	23	75	8	76	29	12	19	38	1.89
3264382--3264416	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
3264763--3265251	138	3.6	137	91	1	750	32	9	14	43	1.78
3264763--3265251	92	5.3	92	90	3	725	32	9	14	43	1.78
3264773--3265214	230	1.9	231	93	1	771	33	9	14	42	1.77
3264763--3265251	47	10.7	46	85	5	625	32	9	14	43	1.78
3265270--3265321	23	2.3	23	93	0	86	28	17	15	38	1.90
3265705--3266274	44	12.7	44	72	11	356	26	22	19	31	1.98
3266108--3266283	45	3.8	47	77	8	155	25	23	21	29	1.99
3266300--3266887	50	11.8	50	76	1	550	27	20	20	31	1.98
3266305--3266886	100	5.8	100	89	0	869	26	20	20	31	1.98
3268871--3268989	50	2.4	51	92	1	195	33	13	25	27	1.93
3270906--3270948	5	8.4	5	87	12	61	0	18	0	81	0.69
3270909--3270945	11	3.4	11	88	11	58	0	18	0	81	0.70
3270902--3270948	16	3.0	16	90	3	78	0	21	0	78	0.75
3274475--3274513	15	2.6	15	91	0	60	25	5	25	43	1.75
3275054--3275101	17	2.8	16	81	12	51	22	2	2	72	1.05
3276570--3276594	13	1.9	13	100	0	50	32	28	16	24	1.96
3278461--3278504	22	2.0	22	100	0	88	13	9	22	54	1.67
3282714--3282746	17	1.9	17	88	11	50	69	0	27	3	1.03
3283362--3283433	32	2.2	32	85	7	101	13	31	1	52	1.49
3283487--3283526	21	1.9	21	84	0	53	27	30	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3283612--3283669	20	2.9	20	89	0	89	31	1	32	34	1.68
3285091--3285133	18	2.4	18	96	0	77	34	6	18	39	1.78
3285341--3285399	22	2.8	20	73	14	55	38	0	1	59	1.08
3289415--3289454	21	1.9	21	85	10	55	35	20	0	45	1.51
3299335--3299397	24	2.6	24	77	5	65	15	38	7	38	1.77
3302267--3302299	10	3.4	10	83	8	50	30	0	0	69	0.88
3302263--3302299	19	2.1	18	90	10	58	27	0	0	72	0.84
3305525--3305704	74	2.4	74	93	1	308	27	24	15	32	1.95
3307175--3307241	32	2.1	32	83	5	82	14	17	38	28	1.90
3309377--3309447	20	3.6	19	75	9	70	29	2	1	66	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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