genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22647473--22647883	75	5.5	74	90	4	551	30	19	18	31	1.96
22647473--22647887	149	2.8	147	88	4	582	31	19	18	31	1.95
22651808--22652264	232	2.0	231	96	0	842	20	23	19	35	1.96
22660087--22660121	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
22660236--22660295	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
22660249--22660421	25	7.0	25	72	11	124	56	4	6	31	1.46
22660251--22660420	50	3.5	48	76	12	148	57	4	6	31	1.45
22660441--22660486	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
22661387--22661411	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
22664697--22664765	38	1.9	35	82	11	86	47	2	0	49	1.16
22669569--22669593	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
22672058--22672503	219	2.0	219	99	0	874	38	6	11	43	1.67
22678240--22678291	26	2.0	26	100	0	104	30	23	11	34	1.90
22679866--22679924	28	2.1	28	84	6	75	59	0	8	32	1.28
22685408--22685458	26	2.0	26	88	0	75	52	1	13	31	1.51
22685540--22685605	30	2.2	29	81	7	71	60	1	3	34	1.21
22685676--22685754	36	2.1	36	84	9	97	56	2	5	35	1.35
22685739--22685798	20	2.8	20	78	9	57	68	6	0	25	1.14
22685869--22685924	19	2.9	18	76	10	58	60	1	7	30	1.33
22688636--22688661	13	2.0	13	100	0	52	23	0	30	46	1.53
22689271--22689325	27	2.0	27	96	0	101	43	16	18	21	1.88
22691512--22691623	12	9.3	12	67	23	51	33	3	3	58	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22691567--22691625	18	3.2	18	80	17	68	30	3	1	64	1.20
22691580--22691671	3	30.3	3	68	22	50	29	5	2	63	1.29
22693143--22693190	15	3.2	15	77	11	53	81	2	8	8	0.96
22693573--22693630	23	2.6	21	86	8	71	15	6	39	37	1.74
22696932--22696979	15	3.2	15	77	11	53	81	2	8	8	0.96
22697362--22697423	23	2.8	21	85	11	72	19	6	35	38	1.77
22698113--22698602	219	2.4	205	81	12	599	34	20	17	27	1.95
22698468--22698747	73	3.9	72	85	7	336	32	20	17	29	1.95
22698727--22698769	22	2.0	22	95	0	77	39	0	20	39	1.53
22698749--22699701	145	6.6	144	94	2	1337	34	18	16	30	1.93
22698749--22699705	72	13.2	72	91	3	1268	33	18	16	30	1.93
22713038--22713098	23	2.7	23	85	9	83	16	6	39	37	1.75
22722691--22722750	28	2.1	28	81	0	66	61	5	1	31	1.27
22723515--22723583	19	3.3	20	71	21	61	53	2	7	36	1.44
22727466--22727498	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
22727461--22727536	27	2.8	27	72	9	75	46	0	1	52	1.08
22727485--22727555	37	1.9	37	88	0	106	50	2	1	45	1.25
22728252--22728299	16	3.0	16	81	0	51	62	2	0	35	1.07
22743132--22743423	76	3.8	76	90	2	417	30	16	23	29	1.96
22743361--22744369	88	11.4	87	83	6	1109	26	16	20	36	1.93
22743361--22744369	177	5.7	174	85	3	1130	26	16	20	36	1.93
22744214--22744249	14	2.7	13	83	8	54	30	13	8	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22746084--22746122	3	13.0	3	89	10	62	33	0	2	64	1.08
22761564--22761860	44	6.7	44	69	9	154	27	24	17	29	1.98
22761573--22761864	133	2.2	133	85	3	372	28	24	17	29	1.97
22762146--22762258	44	2.6	43	78	2	120	25	18	23	32	1.97
22762223--22762418	88	2.2	88	85	1	268	20	23	19	35	1.96
22762282--22762472	88	2.2	88	82	4	224	23	23	20	32	1.98
22762396--22762876	131	3.7	131	88	2	716	27	23	20	28	1.99
22762405--22762876	261	1.8	262	89	2	752	27	23	20	28	1.99
22766828--22767293	253	1.8	253	84	1	639	38	19	13	28	1.90
22767512--22767559	21	2.2	22	88	3	71	58	10	8	22	1.58
22769070--22769104	18	1.9	18	88	0	52	2	20	14	62	1.43
22769949--22769997	19	2.6	18	87	9	71	44	12	22	20	1.84
22771375--22771405	5	6.2	5	92	0	53	83	0	0	16	0.64
22776376--22776455	31	2.5	31	83	2	97	32	12	3	51	1.57
22776526--22776596	31	2.3	31	85	4	90	45	9	11	33	1.73
22776734--22776803	30	2.3	31	80	9	81	52	7	11	28	1.63
22783415--22783465	25	2.0	25	100	0	102	31	23	21	23	1.98
22784817--22784860	22	2.0	22	86	4	63	29	29	11	29	1.92
22786387--22786432	21	2.2	21	92	0	74	8	26	36	28	1.86
22791129--22791180	23	2.2	24	89	6	88	28	9	11	50	1.70
22797800--22797829	12	2.4	13	94	5	53	13	0	0	86	0.57
22802424--22802466	19	2.2	20	80	12	54	30	0	4	65	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22802870--22803356	171	2.8	169	79	8	459	31	12	9	45	1.74
22803859--22803893	14	2.6	14	90	4	54	40	0	0	60	0.97
22803859--22803898	13	3.0	13	85	7	53	40	0	2	57	1.12
22810646--22810723	41	1.9	41	81	5	95	37	8	7	46	1.64
22831005--22831069	23	2.8	23	79	9	62	43	15	6	35	1.72
22834100--22834138	18	2.1	18	95	4	69	61	5	5	28	1.39
22834624--22834770	3	49.0	3	73	18	103	59	2	4	34	1.28
22834583--22834818	105	2.2	105	89	5	352	57	2	7	31	1.42
22836303--22836388	44	2.0	44	81	4	102	31	18	19	30	1.96
22836486--22836862	45	8.4	45	71	11	243	27	23	16	32	1.96
22836486--22836825	89	3.8	89	80	7	375	28	23	16	31	1.96
22837989--22838090	53	1.9	53	88	4	152	10	28	19	41	1.85
22842036--22842461	47	9.1	47	97	0	753	33	11	29	26	1.91
22842438--22842525	46	1.9	46	85	0	122	31	9	32	26	1.87
22842067--22842510	141	3.2	138	91	3	683	33	12	29	25	1.92
22849625--22849720	40	2.4	41	84	6	117	25	28	16	30	1.97
22855214--22855291	37	2.1	37	90	0	120	24	30	19	25	1.98
22855410--22855771	49	7.6	47	91	3	544	29	30	7	32	1.85
22855410--22855771	96	3.8	96	90	3	561	29	30	7	32	1.85
22858602--22858770	45	3.8	45	82	1	205	23	26	20	29	1.99
22860667--22860724	29	2.0	29	96	0	107	25	13	17	43	1.86
22861042--22861132	44	2.1	44	100	0	182	45	16	15	23	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22870709--22870762	2	27.0	2	100	0	108	50	0	50	0	1.00
22871213--22871240	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
22871242--22871274	6	5.5	6	96	0	57	15	0	3	81	0.80
22886454--22886629	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
22886451--22886621	93	1.8	93	93	0	297	20	21	29	28	1.98
22893247--22893314	18	3.7	19	76	5	68	45	14	8	30	1.76
22896233--22896271	12	3.5	11	83	10	53	30	0	25	43	1.55
22897833--22897891	23	2.6	23	79	15	61	44	15	5	35	1.68
22905325--22905479	78	2.0	77	84	1	202	30	18	21	29	1.97
22913277--22913379	44	2.3	45	84	3	127	30	23	12	33	1.92
22913296--22913384	46	2.0	44	88	4	133	28	26	12	32	1.92
22919734--22919882	78	1.9	77	88	1	226	30	16	22	30	1.96
22922319--22922412	29	3.1	28	77	10	89	57	4	4	34	1.38
22923020--22923078	30	2.0	30	89	0	91	59	15	1	23	1.45
22927412--22927467	30	1.9	31	85	10	82	53	0	0	46	1.00
22927569--22927612	13	3.3	13	81	9	54	52	2	0	45	1.13
22930032--22930074	21	2.0	21	100	0	86	9	11	27	51	1.69
22932380--22932475	30	3.2	30	89	0	156	13	34	25	27	1.93
22940764--22940816	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
22950168--22950204	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
22954349--22954382	16	2.0	18	88	11	54	38	2	0	58	1.13
22964828--22964868	20	2.0	20	100	0	82	34	29	17	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22973183--22973227	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
22976508--22976552	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
22995237--22995279	19	2.3	18	88	4	59	46	2	6	44	1.43
22998303--22998752	127	3.6	126	79	9	469	29	15	18	37	1.91
22998386--22998751	118	3.0	118	81	8	384	27	15	19	37	1.92
23001065--23001132	31	2.2	30	82	15	77	38	14	0	47	1.45
23002316--23002348	13	2.4	14	85	15	50	0	12	15	72	1.12
23002661--23002691	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
23002678--23002746	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
23005676--23005956	131	2.1	131	78	3	287	33	17	19	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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