genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  175  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57547657--57547766	53	2.1	54	84	5	143	20	20	20	38	1.94
57548070--57548126	27	2.1	27	83	6	71	14	22	26	36	1.92
57548261--57548354	6	15.3	6	71	12	66	21	18	11	48	1.79
57548273--57548333	31	2.0	31	93	0	104	19	21	13	45	1.84
57552845--57553894	27	39.2	27	87	2	1420	35	19	20	24	1.96
57554119--57554227	27	4.0	28	84	5	127	20	21	20	38	1.94
57554118--57554227	53	2.1	54	84	5	143	20	20	20	38	1.94
57554744--57554815	6	11.8	6	75	8	65	20	19	12	47	1.82
57554734--57554794	31	2.0	31	93	0	104	19	21	13	45	1.84
57558370--57558875	40	12.6	40	95	1	888	28	18	27	25	1.98
57560616--57562016	27	52.0	27	89	1	2100	34	20	20	24	1.96
57562232--57562320	27	3.3	27	81	9	101	17	20	23	38	1.93
57562251--57562340	27	3.4	25	83	10	99	22	21	17	38	1.93
57562232--57562340	53	2.0	52	81	15	125	20	21	20	38	1.94
57562644--57562700	27	2.1	27	83	6	71	14	22	26	36	1.92
57562835--57562928	6	15.3	6	71	12	66	21	18	11	48	1.79
57562847--57562907	31	2.0	31	93	0	104	19	21	13	45	1.84
57562916--57562949	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
57562974--57563370	201	2.0	201	99	0	785	24	17	22	35	1.95
57571325--57571477	40	3.8	40	91	2	238	24	29	24	22	1.99
57579489--57579552	29	2.2	29	100	0	128	26	31	6	35	1.81
57579747--57579863	45	2.6	45	77	0	126	19	18	19	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57582022--57582100	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
57582219--57583146	47	19.7	47	97	0	1696	30	29	7	32	1.84
57599757--57599928	43	4.0	43	74	8	161	26	16	23	33	1.96
57603621--57603772	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
57603621--57603772	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
57608188--57608344	43	3.7	42	70	13	115	23	17	25	33	1.97
57611417--57611484	27	2.6	26	84	9	86	19	26	20	33	1.96
57611498--57611545	24	2.0	24	84	8	62	22	25	18	33	1.97
57617916--57617969	18	2.8	19	79	15	67	59	3	1	35	1.26
57617921--57617970	21	2.4	21	89	0	73	56	4	2	38	1.30
57622396--57622522	64	2.0	64	81	3	148	23	29	17	29	1.97
57623257--57623317	30	2.0	30	84	6	79	31	22	6	39	1.80
57637121--57637178	23	2.5	23	88	0	80	22	17	18	41	1.90
57637141--57637185	23	2.0	23	86	0	63	20	22	20	37	1.94
57640641--57640758	25	4.7	25	82	6	132	28	24	22	24	1.99
57655489--57655543	26	2.1	26	93	0	92	5	30	7	56	1.49
57656592--57656641	23	2.1	24	82	10	59	32	8	0	60	1.26
57656715--57656747	16	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
57658330--57658415	6	12.9	7	79	14	53	53	3	0	43	1.18
57658364--57658408	6	7.5	6	100	0	90	51	0	0	48	1.00
57661447--57661472	13	2.0	13	100	0	52	76	0	15	7	0.99
57662591--57662694	52	2.0	52	98	0	199	34	6	21	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57663123--57663235	23	5.0	21	71	11	82	24	23	18	32	1.97
57679612--57679662	23	2.2	23	89	6	77	21	17	19	41	1.91
57679621--57679719	46	2.2	45	83	5	128	24	18	20	37	1.94
57679644--57679749	46	2.3	45	83	3	122	24	17	18	38	1.93
57679621--57679757	23	5.9	24	76	6	106	24	18	18	37	1.94
57698134--57698170	20	1.9	20	88	5	58	81	0	13	5	0.86
57700271--57700344	29	2.5	30	80	10	89	44	13	13	28	1.82
57704048--57704080	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
57705752--57705784	16	2.1	16	100	0	66	42	6	21	30	1.77
57710971--57711012	22	2.0	21	81	13	50	11	9	7	71	1.31
57711160--57711217	23	2.4	24	80	13	66	31	0	1	67	1.01
57712410--57712444	17	2.0	18	88	5	54	51	0	0	48	1.00
57718119--57718165	19	2.6	18	77	12	51	42	2	4	51	1.33
57724761--57724945	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
57724742--57724945	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
57727868--57728029	68	2.4	67	84	6	211	35	20	23	20	1.96
57731251--57731302	23	2.3	23	83	9	63	65	3	7	23	1.35
57734054--57734088	17	2.1	17	89	10	54	34	11	31	22	1.90
57742057--57742402	47	7.3	47	93	2	509	27	30	9	31	1.89
57742085--57742206	22	5.3	22	63	18	68	27	29	10	32	1.90
57747572--57747676	24	4.6	23	71	20	69	36	20	18	25	1.95
57778403--57778440	20	1.9	20	94	0	67	60	2	2	34	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57782902--57783016	23	4.9	24	80	11	116	33	17	21	26	1.96
57782953--57783025	23	3.2	23	72	16	71	34	20	20	24	1.97
57792706--57793044	96	3.5	95	81	6	385	26	20	28	25	1.99
57792707--57793044	48	7.0	48	72	9	186	26	20	28	25	1.99
57793823--57793852	15	2.0	15	100	0	60	26	13	6	53	1.64
57804700--57804769	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
57804700--57804797	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
57815465--57815595	42	3.1	42	78	2	127	35	25	10	29	1.89
57815475--57815627	42	3.6	42	76	3	119	33	23	11	31	1.90
57815815--57815857	19	2.3	19	87	0	59	30	11	6	51	1.65
57820329--57820370	13	3.2	13	82	0	57	42	16	0	40	1.48
57822185--57822265	40	2.0	40	100	0	162	32	4	27	35	1.78
57823146--57823184	19	2.1	19	95	0	69	20	15	15	48	1.81
57830500--57830562	12	5.4	12	71	22	55	47	0	3	49	1.17
57830500--57830562	22	2.7	23	77	20	69	47	0	3	49	1.17
57830492--57830569	34	2.3	33	79	14	88	44	0	2	52	1.14
57830525--57830658	61	2.3	58	79	11	139	44	1	3	50	1.29
57830626--57830676	26	2.0	26	88	3	77	50	7	0	41	1.31
57830823--57830876	16	3.4	16	89	0	72	29	25	5	38	1.79
57830823--57830893	32	2.2	32	82	5	90	29	25	5	39	1.78
57830923--57830990	21	3.3	21	72	12	77	42	5	1	50	1.35
57830921--57831006	41	2.1	41	93	0	145	43	5	2	48	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57830935--57831002	22	3.2	21	70	19	61	45	7	2	44	1.46
57831068--57831173	51	2.1	51	96	0	194	50	8	14	26	1.70
57832832--57832892	30	2.0	30	87	0	86	26	8	9	55	1.60
57833009--57833046	11	3.3	12	85	10	53	63	0	0	36	0.95
57834677--57834705	15	1.9	15	100	0	58	27	0	27	44	1.54
57834717--57834753	19	1.9	19	89	10	58	40	0	8	51	1.32
57835121--57835163	22	2.0	22	100	0	86	46	4	2	46	1.36
57835338--57835373	19	1.9	18	88	5	54	16	8	25	50	1.73
57838290--57838440	68	2.2	68	84	4	189	39	17	17	25	1.92
57844280--57844507	46	5.0	46	92	1	341	39	14	24	21	1.91
57848924--57849115	67	2.9	67	80	3	224	34	15	25	24	1.95
57851731--57851989	138	1.9	138	97	0	491	38	13	19	28	1.89
57856980--57857027	20	2.4	19	83	10	60	31	6	0	62	1.20
57857524--57857594	31	2.3	30	81	11	81	16	8	9	64	1.47
57862758--57862796	20	2.0	20	89	0	60	23	35	28	12	1.91
57864320--57864403	44	1.9	44	90	0	132	34	29	16	19	1.94
57872727--57872814	44	2.0	44	95	0	158	29	29	21	19	1.98
57883512--57883609	48	2.0	48	96	0	178	30	22	8	38	1.83
57886594--57886896	76	4.0	75	83	2	345	31	20	23	25	1.98
57886610--57886924	152	2.1	152	83	0	405	32	20	22	24	1.98
57888196--57888236	21	1.9	22	85	5	57	51	14	0	34	1.43
57893083--57893313	76	3.1	74	88	5	308	38	6	10	43	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57893117--57893355	76	3.4	70	83	9	247	40	7	8	43	1.64
57893257--57893380	65	1.9	65	85	3	169	42	8	6	41	1.62
57895203--57895475	39	7.0	39	90	2	270	28	28	22	19	1.98
57895220--57895475	78	3.3	78	88	2	372	28	28	23	20	1.99
57895220--57895473	117	2.2	117	87	3	368	27	28	23	20	1.99
57906366--57906675	39	7.9	39	90	0	476	22	28	26	22	1.99
57908701--57908818	59	2.0	59	98	0	227	37	10	16	36	1.82
57910380--57910508	43	2.9	44	82	10	138	25	20	25	28	1.99
57910345--57910530	48	4.0	48	77	9	195	26	19	25	28	1.99
57915436--57915751	158	2.0	158	96	0	587	36	19	11	32	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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