genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  87  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27037744--27037803	27	2.2	27	84	0	75	20	1	31	46	1.60
27037697--27037801	47	2.2	48	85	6	142	17	2	31	48	1.61
27044255--27044437	95	1.9	95	96	0	339	28	10	18	42	1.83
27050435--27050611	46	3.9	45	90	4	257	39	15	24	20	1.91
27050430--27050611	92	2.0	92	91	2	294	39	15	24	21	1.92
27050897--27050928	15	2.0	17	88	11	50	50	0	12	37	1.41
27055994--27056052	29	2.0	29	100	0	118	50	18	13	16	1.77
27058740--27058802	25	2.5	26	92	2	101	23	17	25	33	1.96
27058743--27058803	26	2.4	25	91	2	95	21	18	26	34	1.96
27068240--27068301	31	2.0	31	96	0	115	33	25	12	27	1.93
27068248--27068317	31	2.4	28	79	13	72	35	25	7	31	1.83
27068300--27068440	26	5.4	26	87	0	201	28	22	19	29	1.98
27068300--27068440	52	2.7	52	94	2	239	28	22	19	29	1.98
27069192--27069275	27	3.1	27	86	6	100	21	25	21	32	1.98
27069214--27069286	27	2.7	27	89	4	103	20	26	17	35	1.95
27069337--27069646	27	11.4	27	76	8	166	32	9	19	39	1.83
27069314--27069673	54	6.6	54	74	5	251	32	9	20	38	1.84
27069596--27069700	27	3.9	27	88	2	149	40	7	21	30	1.81
27069589--27069711	54	2.3	54	81	2	149	36	7	21	34	1.82
27069556--27069711	27	5.8	27	82	0	132	35	7	21	34	1.82
27080245--27080392	74	2.0	74	97	0	278	34	11	18	35	1.87
27087269--27087328	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27087772--27087850	27	3.2	27	60	29	66	24	20	29	26	1.99
27087752--27087892	47	3.0	47	98	0	273	23	19	30	26	1.98
27096994--27097025	16	2.0	16	93	0	55	62	9	0	28	1.26
27109702--27109741	20	2.0	20	100	0	80	50	10	10	30	1.69
27110966--27111064	34	2.9	34	81	4	110	34	7	17	41	1.76
27113680--27113797	40	3.1	38	69	12	98	23	22	23	29	1.99
27113645--27113924	76	3.7	76	83	5	284	24	24	19	31	1.98
27116277--27116388	43	2.6	43	97	0	206	30	32	25	12	1.92
27116381--27116677	38	7.8	38	94	1	499	29	25	23	21	1.99
27121956--27122110	43	3.7	42	81	5	179	30	29	17	23	1.97
27127856--27127891	12	2.9	13	88	12	58	16	16	0	66	1.25
27130410--27130618	104	2.0	104	99	0	409	35	20	6	37	1.79
27134061--27134099	21	2.0	21	90	10	64	51	10	12	25	1.71
27139298--27139358	28	2.2	28	78	0	68	21	19	32	26	1.97
27140959--27141012	21	2.6	21	76	5	56	40	11	0	48	1.39
27141603--27141666	31	2.1	31	85	2	85	23	3	14	59	1.49
27152476--27152511	18	1.9	19	88	5	56	61	13	5	19	1.52
27161831--27161952	48	2.6	47	81	7	140	25	15	28	30	1.96
27162517--27162618	49	2.1	49	84	0	132	30	28	16	24	1.97
27163044--27163111	33	2.1	33	88	0	100	33	13	32	20	1.91
27166701--27166749	18	2.8	17	84	3	62	75	4	4	16	1.11
27172332--27172367	6	6.0	6	93	0	63	19	16	47	16	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27173070--27173122	22	2.5	20	72	6	52	56	0	5	37	1.23
27174242--27174354	60	1.9	60	81	3	138	47	13	16	22	1.81
27176097--27176161	34	1.9	34	100	0	130	21	12	10	55	1.67
27176774--27176972	63	3.2	63	78	4	222	25	18	29	27	1.98
27178779--27178871	48	1.9	48	84	0	123	23	16	30	30	1.96
27183431--27183522	45	2.0	46	95	4	168	58	13	15	13	1.63
27185963--27186161	63	3.2	63	78	4	222	25	18	29	27	1.98
27187968--27188060	48	1.9	48	84	0	123	23	16	30	30	1.96
27190316--27190359	13	3.4	13	81	9	54	77	0	4	18	0.94
27197044--27197070	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
27197445--27197539	48	2.0	48	82	0	118	24	13	29	32	1.93
27198887--27198963	40	1.9	40	84	5	102	16	16	31	35	1.92
27208003--27208043	17	2.4	18	80	12	50	7	19	0	73	1.07
27216821--27216895	35	2.1	35	100	0	150	16	17	8	58	1.60
27220565--27220604	21	2.0	20	90	5	62	32	2	0	65	1.06
27221584--27221623	20	2.0	20	85	4	55	25	7	10	57	1.57
27227696--27227751	29	2.0	28	92	3	94	23	14	5	57	1.58
27228621--27228660	18	2.2	19	86	4	55	27	0	10	62	1.27
27229474--27229520	25	1.9	24	83	12	60	29	10	0	59	1.31
27234730--27235071	88	3.9	88	90	0	504	21	25	21	30	1.99
27234878--27235016	44	3.2	44	65	8	120	23	27	20	28	1.99
27234901--27235037	44	3.1	44	68	15	138	18	29	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27234916--27235060	44	3.3	44	69	14	145	20	29	22	27	1.98
27243049--27243088	19	2.1	19	86	9	55	42	12	20	25	1.86
27246609--27246648	18	2.2	19	86	4	55	27	0	10	62	1.27
27247461--27247507	25	1.9	24	83	12	60	29	10	0	59	1.31
27253894--27254100	106	2.0	105	89	0	306	34	15	24	24	1.94
27259983--27260573	180	3.3	180	89	1	846	30	16	23	29	1.96
27260444--27260524	43	1.9	42	82	12	103	30	13	28	27	1.94
27260463--27260671	112	1.9	112	94	0	373	31	13	28	26	1.94
27260281--27260839	292	1.9	292	91	0	922	30	14	25	29	1.95
27260574--27260960	180	2.2	180	87	3	564	29	15	25	29	1.96
27263813--27264152	131	2.6	131	89	2	501	36	19	17	27	1.94
27266747--27266786	21	2.0	20	90	5	62	32	2	0	65	1.06
27267766--27267805	20	2.0	20	85	4	55	25	7	10	57	1.57
27273878--27273933	29	2.0	28	92	3	94	23	14	5	57	1.58
27274641--27274702	29	2.1	30	84	3	81	14	11	1	72	1.19
27275106--27275168	29	2.1	29	82	5	72	50	7	12	28	1.68
27276352--27276619	115	2.3	114	83	5	331	41	12	5	41	1.65
27279091--27279124	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
27280561--27280710	39	3.8	39	87	1	219	19	24	28	28	1.98
27283658--27284545	451	2.0	452	92	0	1472	25	21	12	40	1.89
27290162--27290200	18	2.1	19	85	4	53	43	2	2	51	1.29
27292476--27292514	16	2.4	16	83	8	53	69	0	7	23	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27292528--27292572	24	1.9	23	86	4	63	64	4	15	15	1.44
27292595--27292675	41	2.0	41	92	0	135	55	4	7	32	1.49
27293892--27293944	19	2.8	19	75	11	56	9	3	11	75	1.16
27295984--27296012	14	2.0	15	93	6	51	62	0	6	31	1.22
27305238--27305265	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
27307485--27307534	27	1.9	25	84	8	64	48	8	2	42	1.44
27308142--27308173	13	2.5	13	94	0	55	34	6	3	56	1.40
27309035--27309068	7	4.9	7	88	0	50	44	11	0	44	1.40
27310889--27310957	9	7.2	9	72	18	59	37	2	0	59	1.12
27310891--27310928	20	1.9	20	88	0	58	34	5	0	60	1.19
27313890--27314381	104	4.7	104	86	1	673	35	15	20	28	1.93
27316294--27316331	2	19.0	2	88	0	58	50	5	0	44	1.24
27320225--27320405	40	4.5	40	85	5	224	25	21	27	25	1.99
27320273--27320438	80	2.1	79	84	5	210	27	20	27	25	1.99
27327076--27327132	18	3.2	18	76	0	51	73	10	3	12	1.21
27327344--27327370	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
27338288--27338317	16	1.9	15	93	6	51	66	0	6	26	1.16
27340160--27340209	21	2.4	21	84	12	68	58	2	2	38	1.21
27340157--27340237	25	3.6	23	80	9	78	60	1	2	35	1.18
27340151--27340242	25	4.0	23	80	9	75	58	3	2	35	1.26
27340184--27340252	25	2.8	24	82	12	77	59	1	1	37	1.15
27340250--27340298	25	2.0	24	92	4	80	57	0	2	40	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27340867--27340902	18	2.1	17	89	5	54	52	2	0	44	1.15
27341428--27341461	11	3.3	11	92	8	54	17	0	0	82	0.67
27341428--27341460	5	6.6	5	86	13	50	18	0	0	81	0.68
27350400--27350527	66	1.9	66	85	0	175	40	24	18	16	1.90
27355000--27355050	25	2.0	25	96	0	93	19	9	19	50	1.75
27358421--27358477	25	2.3	25	84	6	71	68	1	3	26	1.15
27364283--27364351	20	3.3	20	80	8	68	14	39	28	17	1.89
27368456--27368514	28	2.1	28	93	0	100	45	15	3	35	1.63
27368757--27368833	40	1.9	40	83	0	100	35	20	11	32	1.89
27368942--27368998	24	2.4	24	84	0	69	19	22	24	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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