genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  213  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70738022--70738181	33	4.8	33	89	0	230	34	21	8	35	1.83
70738190--70738420	29	7.8	29	76	17	185	25	28	15	30	1.95
70738273--70738417	31	4.7	31	78	9	122	26	28	16	28	1.97
70740775--70740928	42	3.6	42	82	6	186	32	14	22	29	1.94
70748262--70748319	24	2.4	25	77	16	59	36	1	1	60	1.17
70750611--70750679	10	6.9	10	83	6	95	66	1	10	21	1.29
70751161--70751216	22	2.6	21	80	11	60	50	0	1	48	1.11
70751168--70751234	18	3.6	18	82	10	64	46	0	2	50	1.16
70751192--70751237	18	2.6	18	89	3	67	45	0	4	50	1.21
70775822--70775932	57	1.9	57	85	3	152	25	33	17	24	1.96
70775823--70775939	28	4.1	28	73	14	98	26	30	16	26	1.96
70776159--70776197	8	4.9	8	80	0	51	10	23	23	43	1.84
70779486--70779523	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
70779752--70779920	46	3.7	46	79	4	196	30	27	20	21	1.98
70779753--70779923	93	1.8	93	93	0	297	29	28	20	21	1.98
70783855--70783944	28	3.2	28	79	7	101	26	33	14	25	1.94
70784162--70784198	16	2.3	16	95	0	65	5	16	21	56	1.59
70790983--70791065	39	2.2	39	80	10	91	30	0	7	62	1.22
70794895--70795052	55	2.9	55	83	5	205	20	25	18	34	1.96
70795376--70795483	26	4.2	26	86	0	162	33	6	24	36	1.81
70801185--70801292	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
70806049--70806158	55	2.0	55	98	1	213	29	32	14	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70807537--70807569	17	1.9	17	93	0	57	57	0	6	36	1.23
70807536--70807592	26	2.1	29	87	9	84	64	0	5	29	1.15
70807651--70807740	37	2.3	38	80	10	103	62	1	3	33	1.19
70809570--70809673	44	2.3	45	81	5	120	24	25	16	34	1.95
70809405--70810316	218	4.2	218	98	0	1781	28	23	16	30	1.97
70809798--70809891	44	2.1	45	80	5	102	24	26	17	31	1.97
70810016--70810109	44	2.1	45	80	5	102	24	26	17	31	1.97
70810234--70810448	44	4.9	44	94	0	349	27	25	15	31	1.96
70810006--70810761	353	2.1	350	86	4	1027	28	23	16	31	1.96
70810671--70810761	44	2.1	44	91	0	146	30	25	13	30	1.93
70810356--70811121	312	2.5	312	91	0	1262	29	22	17	31	1.96
70810980--70811073	44	2.1	44	88	0	143	30	23	13	31	1.93
70815274--70815328	28	2.0	28	96	0	101	18	29	23	29	1.98
70818437--70818515	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
70818421--70818804	47	8.1	47	92	2	624	31	8	30	29	1.87
70818421--70818804	96	4.0	94	92	2	624	31	8	30	29	1.87
70818421--70818804	143	2.7	143	94	0	660	31	8	30	29	1.87
70818923--70819001	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
70820216--70820727	40	12.8	40	87	2	715	24	22	27	25	2.00
70820903--70820954	25	2.1	25	85	7	70	28	7	32	30	1.85
70824770--70824961	47	4.1	47	90	1	269	32	11	31	25	1.91
70824935--70825071	46	3.0	46	85	2	186	35	8	30	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70832634--70832666	17	1.9	17	93	0	57	57	0	6	36	1.23
70832769--70832838	23	3.0	23	73	12	63	65	0	1	32	1.01
70832776--70832822	18	2.6	19	87	12	64	63	0	2	34	1.06
70832752--70832836	39	2.2	38	79	8	91	64	1	1	32	1.08
70838951--70839086	70	1.9	70	93	0	236	32	28	10	28	1.90
70841618--70841888	135	2.0	135	94	0	479	32	17	9	39	1.83
70842083--70842383	150	2.0	150	95	0	539	33	22	8	35	1.84
70845049--70845148	51	2.0	51	84	4	130	29	26	19	26	1.98
70846448--70846553	52	2.0	52	88	0	158	25	19	18	35	1.95
70848693--70848812	28	4.3	28	88	2	161	34	26	11	27	1.91
70859830--70859907	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
70859860--70860187	174	1.9	174	98	0	629	29	14	24	31	1.95
70863941--70864050	27	4.1	27	82	5	116	36	20	23	19	1.95
70863941--70864050	54	2.0	54	82	6	134	36	20	23	19	1.95
70865223--70865376	77	2.0	77	96	0	281	20	27	11	41	1.85
70867681--70867763	25	3.4	25	88	6	118	28	25	18	27	1.98
70869482--70869651	46	3.7	46	76	12	168	31	29	18	21	1.97
70870081--70870140	30	2.0	30	87	6	86	26	25	10	38	1.87
70881904--70882035	27	4.9	27	81	0	156	43	18	14	22	1.86
70889990--70890123	27	5.0	27	75	12	105	38	21	8	31	1.84
70889998--70890166	54	3.2	53	78	5	153	39	21	8	30	1.84
70889992--70890165	81	2.2	80	79	8	192	39	21	8	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70890023--70890545	27	19.3	26	79	7	172	34	21	8	35	1.85
70890117--70890580	54	8.6	55	75	6	202	32	21	9	36	1.85
70890144--70890390	107	2.3	107	85	0	287	31	22	7	38	1.82
70890373--70890445	28	2.6	28	93	2	121	41	20	8	30	1.81
70890373--70890477	28	3.8	27	86	3	95	40	21	10	27	1.86
70890361--70890492	55	2.4	56	79	6	135	37	21	11	30	1.88
70890144--70890560	27	15.4	27	81	4	293	31	22	8	37	1.85
70890144--70890560	81	5.1	81	76	4	390	31	22	8	37	1.85
70892647--70892821	93	1.9	93	89	0	269	23	17	28	30	1.97
70892647--70892843	93	2.1	93	86	0	268	23	18	27	29	1.98
70898785--70898961	93	1.9	93	85	2	248	25	18	26	29	1.98
70900897--70901181	50	5.7	50	90	0	439	29	24	18	27	1.98
70909121--70909392	6	44.8	6	73	15	222	48	14	17	20	1.81
70909121--70909392	85	3.2	85	96	0	490	48	14	17	20	1.81
70909510--70909575	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
70909510--70909583	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
70909534--70909591	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
70909748--70909806	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
70909894--70909976	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
70910175--70910363	27	7.0	27	82	1	216	26	20	17	34	1.95
70910177--70910371	81	2.4	82	87	0	266	27	20	16	35	1.94
70910380--70910540	54	3.0	54	86	0	250	42	7	21	27	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70910381--70910533	81	1.9	81	87	2	227	42	7	22	27	1.81
70910376--70910544	27	6.3	27	84	2	205	42	8	21	27	1.81
70912418--70912628	6	34.8	6	72	17	161	48	12	17	21	1.80
70912418--70912653	30	8.2	30	77	16	239	48	13	16	21	1.80
70912418--70912653	85	2.8	85	93	1	384	48	13	16	21	1.80
70912418--70912653	55	4.2	54	79	12	244	48	13	16	21	1.80
70913009--70913067	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
70913159--70913236	27	2.9	26	86	3	93	37	20	21	20	1.95
70913436--70913630	27	7.2	27	84	2	239	26	20	18	35	1.95
70913640--70913990	27	13.0	27	92	2	589	38	11	24	26	1.89
70916384--70916566	27	6.8	27	85	0	222	25	12	20	41	1.87
70916384--70916596	54	3.9	54	82	4	234	25	13	19	41	1.87
70916384--70916596	81	2.6	81	83	4	261	25	13	19	41	1.87
70916409--70916587	27	6.6	27	75	7	139	24	12	21	41	1.87
70918928--70919056	47	2.8	47	87	1	170	24	16	28	31	1.96
70919076--70919123	23	2.1	23	96	0	87	22	8	16	52	1.71
70921252--70921336	45	1.9	44	82	2	107	29	12	23	34	1.92
70925258--70925478	48	4.6	48	82	6	209	27	16	29	26	1.97
70925258--70925478	96	2.3	96	85	5	277	27	16	29	26	1.97
70933657--70933790	54	2.5	54	91	0	214	26	17	24	32	1.97
70937458--70937638	38	4.7	38	82	2	200	22	21	24	31	1.98
70937467--70937642	76	2.3	78	84	6	234	22	21	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70943040--70943302	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
70952148--70952450	40	7.6	40	87	4	344	26	27	21	25	1.99
70952382--70952459	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
70970434--70970511	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
70970464--70971139	174	3.9	174	98	0	1289	29	14	25	30	1.95
70972829--70973089	131	2.0	131	96	0	477	31	14	20	33	1.92
70974308--70974332	12	2.1	12	100	0	50	28	0	16	56	1.41
70974683--70974879	55	3.6	55	83	4	240	35	17	24	22	1.96
70977564--70977596	18	1.9	17	88	11	50	21	6	27	45	1.75
70981238--70981434	54	3.6	54	80	4	218	35	17	24	22	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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