genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58995140--58995272	56	2.4	56	97	0	257	47	15	18	18	1.83
58995391--58995450	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
58995489--58995540	27	2.0	26	84	3	68	38	17	23	21	1.93
58995786--58996063	27	10.3	27	87	1	360	25	20	19	35	1.95
58996047--58996143	27	3.6	27	82	0	122	30	10	21	37	1.87
58995787--58996116	81	4.1	79	82	6	290	26	18	19	35	1.95
58996044--58996151	54	2.0	54	83	0	135	32	12	21	34	1.90
58998942--58999118	47	3.8	47	83	4	189	34	9	27	29	1.87
58999040--58999224	48	3.8	48	91	2	289	35	5	27	31	1.81
58999371--58999478	37	2.9	37	97	0	198	24	19	31	25	1.98
59001148--59001316	46	3.7	46	77	13	175	19	18	30	31	1.96
59001138--59001308	93	1.8	93	88	2	263	19	19	30	29	1.97
59008490--59008516	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
59008996--59009173	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
59008997--59009152	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
59008993--59009173	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
59012293--59012317	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
59013429--59013593	44	3.8	44	73	15	155	24	16	27	31	1.96
59013728--59013790	31	2.0	31	96	0	117	44	3	20	31	1.67
59023176--59023200	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
59038291--59038446	27	5.8	27	89	1	188	28	25	7	39	1.83
59038273--59038474	81	2.5	81	77	1	208	31	24	7	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59038439--59038527	28	3.2	28	90	4	128	42	17	7	31	1.78
59038536--59038627	27	3.4	27	86	0	112	27	20	8	43	1.81
59038659--59038809	27	5.6	27	74	7	119	40	22	8	28	1.83
59038679--59038809	54	2.4	54	81	0	136	39	20	9	30	1.84
59038830--59038903	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
59039614--59039680	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
59039730--59039866	26	5.3	26	89	4	192	28	20	22	28	1.99
59039999--59040090	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
59042415--59042519	53	2.0	54	92	1	176	27	23	8	40	1.84
59042408--59042519	27	4.2	27	88	2	163	27	23	8	40	1.84
59042508--59042892	27	14.2	28	74	8	165	36	20	9	33	1.84
59042516--59042641	28	4.6	27	83	3	135	38	19	8	32	1.83
59042516--59042641	55	2.3	55	82	5	139	38	19	8	32	1.83
59042522--59042863	81	4.2	80	70	9	212	37	19	9	33	1.84
59043690--59043756	20	3.3	20	91	4	100	38	8	19	32	1.83
59043699--59043756	11	5.6	11	68	15	52	39	8	18	32	1.82
59043806--59043928	26	4.8	26	81	3	144	26	22	23	26	2.00
59043806--59043936	52	2.6	51	85	7	171	29	21	22	26	1.99
59044073--59044164	42	2.2	42	88	0	130	29	14	20	35	1.92
59059141--59059194	27	2.0	27	100	0	108	48	7	22	22	1.75
59061326--59061417	38	2.4	38	83	1	112	42	10	9	36	1.73
59068327--59068356	15	2.1	14	93	6	51	13	23	0	63	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59072735--59072773	20	2.0	20	89	0	60	25	2	15	56	1.52
59079071--59079258	40	4.7	40	91	2	297	32	20	25	21	1.98
59089201--59089384	40	4.6	39	85	4	219	25	22	27	24	2.00
59089201--59089384	79	2.3	80	84	6	223	25	22	27	24	2.00
59089239--59089417	79	2.3	79	79	7	195	27	21	26	24	1.99
59093773--59093824	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
59094238--59094540	153	2.0	153	88	0	444	29	17	24	28	1.98
59095742--59095795	28	1.9	28	84	0	72	35	20	14	29	1.93
59103244--59103289	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
59103256--59103299	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
59110126--59110197	5	14.4	5	71	0	54	38	15	5	40	1.70
59110135--59110190	20	2.8	20	91	0	85	39	16	7	37	1.76
59110429--59110478	7	7.0	7	82	13	66	42	14	0	44	1.44
59110420--59110477	29	2.0	29	93	6	100	43	13	0	43	1.44
59112637--59113450	19	45.5	15	83	16	424	36	11	15	36	1.82
59112635--59113464	54	15.3	54	99	0	1633	36	11	15	36	1.82
59116479--59116662	40	4.7	40	81	9	209	25	27	21	26	2.00
59116479--59116662	79	2.3	80	82	10	209	25	27	21	26	2.00
59117948--59117972	11	2.3	11	100	0	50	28	32	8	32	1.86
59122231--59122284	25	2.2	24	87	9	74	83	0	12	3	0.78
59122238--59122284	19	2.5	18	82	6	58	85	0	10	4	0.74
59122238--59122284	24	2.0	24	91	8	78	85	0	10	4	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59123721--59123893	46	3.7	46	79	10	199	22	20	27	30	1.98
59123718--59123888	93	1.8	93	91	0	279	22	20	28	29	1.98
59125575--59125917	44	7.8	44	80	10	328	29	15	26	28	1.96
59125575--59126007	219	2.0	219	88	0	641	29	15	26	28	1.96
59125882--59126246	87	4.2	87	89	0	559	26	16	26	31	1.96
59126273--59126645	78	4.8	78	90	1	518	32	18	24	25	1.97
59126585--59126858	45	6.1	45	78	8	270	31	16	27	25	1.96
59126585--59126858	89	3.0	90	81	8	281	31	16	27	25	1.96
59127200--59127279	19	4.4	19	87	9	78	37	11	12	38	1.79
59127209--59127289	19	4.3	19	89	9	121	39	8	14	37	1.77
59127201--59127289	36	2.4	36	85	14	121	39	10	13	37	1.78
59127230--59127267	17	2.5	15	80	19	51	39	10	15	34	1.82
59136324--59136364	4	10.2	4	94	0	73	2	24	0	73	0.96
59137218--59137348	65	2.0	65	98	0	253	26	26	9	36	1.88
59142524--59142634	47	2.4	47	81	6	136	34	22	17	26	1.96
59143868--59143924	30	1.9	29	86	10	80	36	22	10	29	1.88
59145012--59145063	18	2.9	18	86	11	79	30	3	1	63	1.23
59145087--59145159	32	2.3	29	82	15	76	31	16	2	49	1.60
59145435--59145481	17	2.6	17	86	6	58	63	2	4	29	1.25
59146098--59146152	7	7.9	7	97	0	83	43	0	49	7	1.30
59148475--59148527	27	2.0	27	84	0	70	60	1	7	30	1.35
59148886--59148957	11	6.4	11	78	12	83	56	1	1	40	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59148861--59148926	12	5.4	13	84	12	68	60	1	0	37	1.06
59148860--59148957	24	4.2	24	79	5	103	60	2	1	36	1.15
59148887--59148935	2	26.5	2	80	15	61	55	2	0	42	1.11
59149016--59149061	23	2.0	23	83	8	58	56	4	2	36	1.31
59149124--59149215	12	7.7	11	74	13	67	60	4	3	31	1.32
59149135--59149215	24	3.4	23	81	6	83	61	4	2	30	1.30
59150010--59150047	20	1.9	20	89	10	60	84	0	13	2	0.73
59152148--59152207	10	6.0	10	84	11	79	21	8	1	68	1.25
59152922--59152955	18	1.9	18	88	5	52	29	11	5	52	1.61
59153678--59153716	21	1.9	20	89	5	60	28	0	0	71	0.86
59154292--59154332	21	2.0	21	90	9	66	26	17	26	29	1.97
59154392--59154589	101	2.0	98	94	3	342	43	8	28	19	1.80
59164761--59164800	3	13.3	3	89	0	62	30	2	2	65	1.19
59171204--59171256	28	1.9	27	88	3	79	24	26	20	28	1.99
59171180--59171325	61	2.4	60	83	11	172	28	26	19	25	1.99
59176335--59176454	60	2.0	60	100	0	240	48	13	6	31	1.68
59182858--59182922	33	2.0	33	87	0	94	12	29	10	47	1.75
59184685--59184782	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
59184713--59184795	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
59184685--59184796	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
59192785--59192882	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
59192813--59192895	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59192785--59192896	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
59197819--59197880	32	1.9	32	87	6	90	43	12	8	35	1.73
59198636--59198687	26	2.0	25	82	10	61	50	1	0	48	1.12
59198637--59198747	58	1.9	57	83	5	143	43	1	2	52	1.26
59198909--59198980	16	4.5	16	85	3	92	29	26	8	36	1.86
59210638--59210773	68	2.0	68	95	0	245	25	23	19	32	1.97
59211668--59211704	18	2.1	18	89	0	56	37	0	10	51	1.37
59213702--59213799	42	2.3	43	80	3	108	31	18	21	28	1.97
59213730--59213798	21	3.3	20	74	22	61	30	20	21	27	1.98
59214470--59214525	27	2.1	27	82	0	67	44	16	19	19	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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