genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  204  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67838469--67838510	12	3.0	15	73	20	54	28	19	4	47	1.69
67841853--67841985	69	1.9	70	90	1	214	31	13	17	37	1.88
67842749--67843251	39	12.7	39	79	6	474	21	20	28	29	1.98
67842759--67843212	40	11.4	40	80	4	429	21	20	28	29	1.98
67842759--67843230	79	5.9	80	77	7	419	22	20	27	29	1.98
67842749--67843251	158	3.2	158	87	3	667	21	20	28	29	1.98
67843185--67843259	39	1.9	39	88	0	114	22	21	24	32	1.98
67846136--67846161	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
67848213--67848345	69	1.9	70	89	1	205	31	13	16	38	1.88
67849103--67849446	40	8.7	39	83	3	339	21	22	26	28	1.99
67849119--67849414	40	7.4	40	83	3	348	20	23	27	28	1.99
67849101--67849414	120	2.6	119	87	2	443	21	22	27	28	1.99
67851805--67851892	6	14.3	6	68	17	56	50	13	15	20	1.78
67851789--67851892	31	3.4	31	76	4	95	50	13	15	20	1.77
67851844--67851892	19	2.7	19	70	17	50	53	16	12	18	1.73
67852029--67852130	27	3.8	26	83	5	96	35	21	24	18	1.96
67852299--67852349	22	2.3	23	83	10	70	35	19	21	23	1.96
67852777--67853198	27	15.7	27	87	0	497	25	21	19	33	1.97
67854381--67854543	43	3.8	43	79	6	163	25	17	23	32	1.97
67856600--67856639	20	2.0	20	95	0	71	27	15	17	40	1.89
67860959--67861071	59	1.9	59	96	0	208	21	11	18	48	1.79
67861840--67861878	16	2.4	16	86	0	51	28	17	15	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67866083--67866242	43	3.7	42	72	12	137	26	18	22	31	1.97
67867366--67867451	27	3.2	26	86	4	109	34	23	24	17	1.96
67875794--67875880	22	4.0	22	78	0	93	33	26	27	12	1.93
67876525--67876559	17	1.9	19	88	11	56	17	45	28	8	1.77
67879008--67879047	21	2.0	20	90	9	64	40	45	5	10	1.60
67879430--67879491	27	2.3	26	75	8	61	25	22	17	33	1.96
67881904--67882008	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
67881864--67882027	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
67881864--67882014	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
67889374--67889559	40	4.7	40	88	5	243	24	21	27	26	1.99
67897079--67897231	56	2.7	56	91	0	243	31	12	23	32	1.92
67900157--67900553	27	14.7	27	81	3	309	40	19	9	30	1.83
67900764--67900886	41	3.0	41	82	0	156	26	21	24	27	1.99
67901024--67901076	22	2.4	22	72	12	54	20	24	24	30	1.99
67903675--67903906	27	8.7	26	78	4	151	40	19	9	30	1.82
67903700--67903921	54	4.1	54	78	2	198	41	18	9	30	1.82
67903700--67903986	27	10.6	27	76	6	172	43	19	8	28	1.79
67903888--67904016	55	2.4	53	76	6	123	45	19	6	27	1.76
67904506--67904569	22	2.9	22	77	9	67	20	23	23	32	1.98
67907859--67908003	6	23.7	6	76	14	127	48	15	17	18	1.82
67907879--67907998	25	4.8	25	87	6	163	48	16	18	16	1.82
67907929--67908059	32	4.2	31	86	5	176	52	14	13	19	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67908196--67908269	27	2.8	26	87	2	94	36	20	24	18	1.95
67908209--67908269	26	2.3	27	88	2	88	37	22	24	14	1.92
67908430--67908479	22	2.3	22	86	6	66	34	24	24	18	1.96
67908941--67909298	27	13.3	26	85	4	365	24	19	19	35	1.95
67908915--67909298	54	7.1	53	82	4	412	24	20	19	35	1.96
67908933--67909298	81	4.5	80	83	4	430	24	19	19	35	1.95
67909280--67909650	27	13.7	27	80	3	316	30	9	21	38	1.85
67909390--67909650	108	2.4	108	92	0	423	30	8	21	39	1.83
67910485--67910764	81	3.4	81	78	6	235	41	20	10	28	1.84
67910491--67910764	27	10.1	27	82	3	180	41	20	9	28	1.84
67911004--67911087	41	2.0	41	90	0	132	21	17	29	30	1.96
67911227--67911291	22	3.0	22	80	8	78	21	24	21	32	1.98
67923653--67923722	28	2.5	28	90	4	106	27	14	25	32	1.94
67929624--67929671	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
67929620--67929675	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
67929620--67929671	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
67929649--67929790	43	3.3	43	73	15	159	63	3	4	28	1.30
67929658--67929785	38	3.2	38	68	23	116	63	3	4	28	1.30
67929640--67929820	84	2.1	85	95	3	330	63	3	4	28	1.29
67929912--67929976	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
67929997--67930124	23	5.6	23	72	15	79	57	3	4	35	1.36
67930621--67930769	30	4.7	30	75	14	138	23	5	45	25	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67930607--67930800	97	2.0	97	98	0	379	23	5	46	25	1.72
67930728--67930846	60	2.0	60	85	3	159	23	3	47	25	1.67
67930758--67930846	30	3.0	30	98	0	169	22	3	49	24	1.65
67931345--67931739	131	3.0	131	90	1	585	34	18	19	28	1.95
67935516--67935761	64	3.8	64	82	4	289	23	29	15	31	1.95
67936294--67936354	30	2.0	30	83	0	77	29	24	3	42	1.70
67937455--67937490	12	3.2	12	92	7	58	58	0	0	41	0.98
67937886--67938027	56	2.5	56	90	1	221	27	14	25	32	1.95
67939541--67939570	15	2.0	15	100	0	60	46	6	13	33	1.69
67943867--67943939	37	1.9	38	83	8	96	27	15	20	36	1.92
67950676--67950754	25	3.3	25	64	16	67	35	5	27	31	1.79
67950637--67950804	47	3.6	47	91	0	264	33	7	30	27	1.85
67969194--67969278	26	3.3	26	64	18	68	25	12	25	35	1.92
67969191--67969484	50	5.8	50	81	6	326	25	17	24	31	1.97
67969242--67969484	101	2.4	101	80	4	276	25	18	24	31	1.97
67969237--67969519	151	1.9	151	86	1	406	25	17	26	30	1.97
67972208--67972267	30	2.0	30	86	0	84	38	6	25	30	1.81
67979704--67979764	30	2.0	30	90	0	95	37	8	24	29	1.84
67985589--67985737	43	3.5	43	73	16	123	28	20	24	26	1.99
67988749--67989124	183	2.1	183	98	0	734	29	13	27	28	1.94
67990332--67990391	27	2.3	27	82	2	68	21	23	18	36	1.95
67990240--67990507	100	2.7	100	97	1	493	20	26	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67998678--67998769	46	2.0	46	100	0	184	30	19	21	28	1.98
68000439--68000493	26	2.1	26	100	0	110	18	10	18	52	1.73
68000450--68000505	26	2.2	26	83	6	69	23	14	19	42	1.88
68003061--68003195	42	3.1	43	79	6	148	25	18	26	28	1.98
68003118--68003223	42	2.5	42	81	1	122	29	20	23	26	1.99
68007377--68007430	16	3.4	16	86	0	81	44	9	14	31	1.77
68012258--68012307	25	2.0	25	92	0	82	28	8	32	32	1.86
68014111--68014158	24	2.0	24	100	0	96	37	25	16	20	1.93
68016850--68016965	39	3.0	39	88	0	151	27	27	21	23	1.99
68021152--68021406	55	4.8	53	80	6	250	36	16	24	22	1.95
68021159--68021359	108	1.8	110	90	2	325	34	17	24	23	1.96
68024971--68025201	39	5.9	39	88	4	105	31	28	21	18	1.97
68024995--68025240	39	6.3	39	90	0	359	30	28	21	19	1.97
68025313--68025385	28	2.6	28	80	0	83	27	21	9	41	1.84
68032522--68032588	20	3.3	20	87	0	98	34	13	19	32	1.91
68032639--68032718	25	3.2	25	89	7	126	31	18	22	27	1.97
68032637--68032709	24	3.0	24	92	4	128	28	20	21	28	1.98
68032903--68032966	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
68034706--68034859	28	5.5	28	93	0	238	25	12	28	32	1.93
68035029--68035211	92	2.0	92	97	0	348	37	8	22	31	1.85
68037418--68037443	10	2.6	10	100	0	52	19	11	26	42	1.85
68039016--68039057	22	2.0	21	81	13	50	47	26	11	14	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68039647--68039719	6	11.5	6	72	10	56	6	20	1	71	1.17
68039647--68039703	18	3.1	18	80	7	62	7	21	0	71	1.08
68039694--68039759	35	1.9	34	84	9	89	6	21	4	68	1.30
68039733--68039757	9	2.8	9	100	0	50	0	12	8	80	0.92
68039693--68039767	34	2.2	35	80	7	91	8	20	4	68	1.32
68042226--68042273	20	2.4	20	71	0	51	33	18	27	20	1.96
68042255--68042303	20	2.5	20	77	16	57	30	14	36	18	1.90
68044689--68044778	46	2.0	46	97	0	171	40	20	4	35	1.72
68048272--68048368	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
68056557--68056588	12	2.7	12	95	0	55	81	9	6	3	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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