genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1484651--1484922	59	4.7	59	87	2	381	47	3	5	43	1.44
1486394--1486488	25	3.8	25	82	0	91	32	20	31	15	1.94
1495143--1495208	28	2.4	26	78	11	69	28	25	21	24	1.99
1495559--1495638	27	3.0	26	83	5	106	23	18	21	36	1.95
1498957--1499031	40	1.9	38	83	5	96	44	1	28	26	1.63
1499092--1499171	40	2.0	42	87	9	121	22	12	20	45	1.84
1499096--1499212	40	2.9	40	78	10	103	25	17	16	41	1.89
1499367--1499557	95	2.0	95	98	0	373	41	19	5	32	1.76
1499391--1499583	95	2.0	95	85	6	255	45	18	6	30	1.74
1504603--1504633	16	1.9	16	100	0	62	29	32	0	38	1.57
1507859--1507961	27	3.9	27	86	6	138	28	13	16	41	1.86
1507859--1507961	54	1.9	53	88	2	152	28	13	16	41	1.86
1511273--1511315	20	2.2	19	83	4	50	18	23	41	16	1.89
1511562--1511670	27	4.1	27	84	1	130	23	16	20	39	1.92
1513307--1513351	16	2.8	16	83	10	56	71	2	6	20	1.20
1513324--1513358	10	3.5	10	88	11	54	77	0	2	20	0.90
1513884--1514339	151	3.1	147	83	5	580	44	10	4	40	1.59
1514094--1514133	20	2.0	20	85	0	53	42	10	2	45	1.51
1515435--1515492	27	2.1	27	96	0	107	25	31	15	27	1.96
1517644--1517752	23	4.8	24	80	9	95	35	11	22	30	1.90
1517665--1517755	46	2.0	46	82	4	112	34	13	21	30	1.92
1518002--1518039	15	2.5	16	87	8	53	42	5	0	52	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1520097--1520316	46	4.7	48	77	12	208	28	19	27	24	1.98
1523108--1523154	19	2.4	19	85	3	58	44	17	10	27	1.81
1523294--1523383	23	3.9	22	82	8	108	33	20	25	21	1.97
1535851--1536016	46	3.6	47	84	11	193	27	18	30	24	1.98
1535852--1536076	46	4.9	44	76	14	181	28	17	29	24	1.97
1539067--1539152	23	3.7	23	78	10	77	37	16	24	22	1.93
1539091--1539152	24	2.6	22	87	7	79	37	19	22	20	1.95
1544837--1544981	40	3.6	40	90	1	193	24	22	28	25	1.99
1544837--1545008	80	2.2	80	82	3	204	23	20	27	27	1.99
1549799--1549845	19	2.4	19	85	3	58	44	17	10	27	1.81
1550020--1550099	24	3.4	23	78	10	81	38	22	21	17	1.93
1550020--1550114	48	2.0	49	85	6	131	37	21	20	21	1.94
1550808--1550840	15	2.2	15	94	0	57	42	15	6	36	1.71
1552326--1552399	35	2.1	35	97	0	139	58	4	14	22	1.54
1553359--1553478	57	2.1	57	95	0	213	23	16	7	52	1.69
1556318--1556364	18	2.6	18	96	0	85	17	42	23	17	1.88
1564859--1564938	38	2.1	38	97	0	151	33	5	28	32	1.79
1565822--1565855	15	2.2	16	89	5	52	67	0	2	29	1.05
1568092--1568121	10	3.0	10	95	0	51	40	10	3	46	1.54
1568930--1569227	158	1.9	158	97	0	560	37	19	24	19	1.94
1570710--1570826	56	2.1	56	92	4	193	35	18	21	24	1.96
1586591--1586619	5	5.8	5	100	0	58	62	0	37	0	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1593565--1593597	7	5.0	7	92	7	52	42	15	15	27	1.86
1593565--1593598	13	2.6	13	86	13	52	44	14	14	26	1.84
1594910--1595076	46	3.6	44	82	7	181	30	18	28	22	1.97
1597940--1598115	27	6.5	26	84	2	163	27	15	27	30	1.96
1597938--1598115	54	3.3	54	79	7	191	27	15	27	29	1.96
1597939--1598094	82	1.9	81	87	6	226	27	15	27	29	1.96
1597935--1598115	82	2.2	81	82	4	222	27	15	27	29	1.96
1603461--1603509	24	2.0	24	100	0	98	46	8	24	20	1.77
1604246--1604327	41	2.0	41	97	0	155	30	7	23	39	1.82
1604419--1604679	46	5.5	46	76	9	192	27	18	29	24	1.98
1606474--1606638	43	3.9	43	84	4	183	25	21	29	23	1.99
1610738--1610824	27	3.2	27	84	9	115	18	22	24	34	1.96
1618686--1618830	54	2.7	54	90	3	211	17	22	23	35	1.95
1618689--1618847	27	5.9	27	80	12	148	19	23	21	35	1.96
1618689--1618847	81	2.0	81	80	7	180	19	23	21	35	1.96
1626214--1626262	17	3.1	17	75	19	52	38	2	22	36	1.66
1642651--1642705	28	1.9	29	82	10	69	54	3	1	40	1.28
1642669--1642707	20	1.9	21	89	5	62	48	5	0	46	1.24
1642766--1642809	21	2.1	21	83	4	54	45	2	2	50	1.27
1642848--1642894	22	2.1	22	84	0	58	21	0	8	70	1.14
1644339--1644407	31	2.2	31	89	5	104	39	15	8	36	1.79
1647199--1647325	45	2.9	45	80	8	129	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1647655--1647766	43	2.6	43	92	0	179	30	31	25	13	1.93
1647764--1647966	75	2.7	76	90	3	320	31	24	22	21	1.99
1647759--1647966	38	5.5	38	91	2	321	30	25	22	21	1.98
1648453--1648551	49	2.0	49	96	0	180	35	19	11	34	1.87
1653366--1653688	43	7.5	43	76	13	272	31	29	23	15	1.95
1653470--1653558	38	2.3	38	86	0	115	31	22	21	24	1.98
1655438--1655615	89	2.0	89	93	0	302	29	26	8	34	1.87
1658021--1658065	19	2.4	19	92	3	74	28	6	28	35	1.83
1661840--1661891	26	2.0	26	100	0	104	30	3	19	46	1.68
1673380--1673466	40	2.2	40	79	4	95	37	26	13	21	1.91
1677119--1677169	25	2.0	25	100	0	102	31	7	23	37	1.83
1681296--1681406	40	2.8	41	80	6	120	28	18	21	30	1.97
1687723--1687765	16	2.7	16	85	0	59	51	18	20	9	1.74
1687975--1688032	29	2.0	29	90	3	91	27	12	29	31	1.92
1731388--1732103	27	26.6	26	85	4	750	39	19	13	26	1.89
1731377--1732103	54	13.5	54	85	1	886	39	19	14	26	1.90
1731409--1732103	81	8.6	81	85	1	876	39	19	14	26	1.90
1733531--1733693	39	4.1	39	83	7	188	25	28	22	23	1.99
1737267--1737330	30	2.1	30	100	0	128	29	31	9	29	1.88
1738186--1738223	20	1.9	20	89	10	60	28	5	15	50	1.66
1740143--1740261	60	1.9	60	88	5	175	36	5	4	54	1.42
1748954--1749036	43	1.9	43	92	0	139	39	39	7	13	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1756240--1756286	24	2.0	24	84	12	62	68	0	2	29	1.02
1759017--1759186	46	3.7	46	77	10	193	30	30	19	20	1.97
1760612--1760651	21	1.9	21	85	10	55	32	27	27	12	1.93
1770147--1770226	34	2.4	34	89	0	115	48	12	18	20	1.80
1773499--1773546	18	2.7	18	96	0	87	27	4	16	52	1.62
1778245--1778390	34	4.3	34	79	3	141	47	13	21	18	1.82
1778245--1778390	68	2.1	68	81	2	159	47	13	21	18	1.82
1778245--1778374	34	3.8	34	82	2	145	44	13	23	19	1.85
1790304--1790414	56	2.0	56	94	0	195	33	9	18	38	1.83
1792982--1793012	15	2.1	15	93	0	53	32	6	9	51	1.60
1803612--1803710	46	2.2	45	81	1	108	32	19	21	27	1.97
1804504--1804645	71	2.0	70	88	1	212	33	16	19	30	1.93
1812342--1812419	38	2.0	40	85	7	106	55	0	6	38	1.26
1812378--1812409	14	2.3	14	94	0	55	50	0	9	40	1.35
1812439--1812471	14	2.2	16	89	10	52	54	3	9	33	1.47
1812551--1812592	22	1.9	22	85	9	59	69	2	2	26	1.13
1812564--1812606	22	1.9	23	85	4	61	69	4	2	23	1.18
1813730--1813817	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
1813923--1813987	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
1821584--1821698	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
1821609--1821698	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
1821804--1821868	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1825009--1825103	43	2.2	45	82	3	113	31	24	12	31	1.92
1824904--1825239	176	1.9	176	85	2	469	28	23	17	29	1.97
1825538--1825719	64	2.8	63	91	3	285	39	14	18	28	1.90
1826774--1826823	20	2.7	18	80	17	57	12	8	0	80	0.92
1826784--1826820	20	1.9	20	88	5	58	13	10	0	75	1.04
1833069--1833101	14	2.3	15	89	5	50	0	12	6	81	0.85
1833927--1834062	46	2.9	46	80	8	134	34	16	21	27	1.95
1833980--1834062	23	3.7	23	74	7	80	34	16	20	27	1.94
1836953--1837017	27	2.5	26	94	2	112	41	3	4	50	1.38
1837094--1837165	35	2.0	38	91	8	123	51	6	15	26	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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