genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  250  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82786761--82786807	24	2.0	24	100	0	94	34	10	21	34	1.88
82788985--82789048	24	2.7	24	73	9	58	37	3	31	28	1.73
82793927--82794101	48	3.6	47	75	9	156	29	18	27	24	1.98
82793973--82794148	96	1.8	96	90	0	280	27	19	27	25	1.99
82793974--82794204	48	4.8	48	79	1	201	28	19	26	25	1.99
82794874--82794916	21	2.0	21	82	8	52	11	2	32	53	1.50
82795416--82795455	21	2.0	21	90	5	64	17	40	22	20	1.92
82796364--82796463	48	2.1	48	88	0	146	30	25	19	26	1.98
82799741--82799780	21	2.0	21	85	5	55	45	0	20	35	1.51
82813009--82813083	37	2.0	37	97	0	141	32	12	21	34	1.90
82816584--82816627	20	2.2	20	84	8	54	61	6	13	18	1.54
82818670--82818753	38	2.2	38	80	0	96	32	19	13	35	1.90
82818851--82819008	85	1.9	85	84	0	217	32	17	13	36	1.89
82831332--82831398	24	2.8	24	88	2	100	26	19	2	50	1.62
82835620--82835670	24	2.1	24	85	0	66	27	25	0	47	1.53
82835674--82835739	32	2.1	32	82	5	80	36	22	10	30	1.88
82835669--82835901	101	2.3	100	83	0	286	30	23	13	31	1.93
82837651--82837681	16	1.9	16	93	0	53	45	9	6	38	1.63
82839391--82839427	19	1.9	20	88	5	58	40	0	0	59	0.97
82839443--82839492	26	1.9	26	84	8	66	54	4	2	40	1.31
82846938--82847236	154	2.0	152	91	1	490	46	6	8	39	1.58
82847081--82847673	138	4.3	138	96	0	1035	45	6	8	39	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82847649--82847795	75	2.0	75	93	0	249	30	13	8	46	1.74
82860477--82860539	14	4.1	14	75	25	65	34	25	3	36	1.72
82860472--82860642	47	3.6	47	90	4	240	30	28	6	33	1.82
82860431--82860586	80	2.0	80	82	10	194	31	26	7	34	1.83
82872546--82872831	40	7.2	40	88	5	427	25	22	24	27	2.00
82872530--82872831	80	3.8	79	92	3	489	26	22	24	27	2.00
82878170--82878195	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
82879572--82879657	40	2.2	40	89	6	131	23	23	27	25	2.00
82881217--82881291	29	2.6	29	74	2	71	30	28	12	29	1.92
82881504--82881562	24	2.5	24	86	5	75	10	22	16	50	1.75
82897251--82897418	40	4.2	40	80	9	139	27	27	20	24	1.99
82897288--82897418	40	3.3	39	86	4	181	29	27	19	23	1.99
82897251--82897469	80	2.8	79	78	11	214	27	27	20	24	1.99
82904578--82904717	48	2.9	48	95	0	244	34	25	5	35	1.78
82906996--82907241	40	6.2	40	88	1	350	26	28	21	23	1.99
82908628--82909069	48	9.1	48	89	3	636	30	26	7	35	1.83
82908628--82909069	191	2.3	192	89	3	672	30	26	7	35	1.83
82916022--82916051	15	1.9	16	93	6	53	10	23	0	66	1.21
82926217--82926373	53	2.9	53	86	3	226	23	17	18	40	1.91
82926217--82926373	27	5.9	27	90	3	228	23	17	18	40	1.91
82926217--82926373	80	2.0	81	89	3	246	23	17	18	40	1.91
82930978--82931377	200	2.0	200	99	0	791	36	9	20	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82932110--82932316	47	4.4	47	91	0	306	33	9	29	28	1.88
82932438--82932513	37	2.1	37	87	5	109	23	19	30	26	1.98
82944419--82944586	40	4.2	40	89	0	203	23	21	29	25	1.99
82944366--82944586	80	2.8	79	82	3	237	24	21	28	25	1.99
82944444--82944623	79	2.3	80	80	5	197	25	20	28	25	1.99
82946336--82946424	40	2.2	40	100	0	178	41	14	6	37	1.72
82947534--82947577	21	2.1	21	91	0	70	31	20	15	31	1.94
82949460--82949669	40	5.3	40	88	0	278	25	20	26	27	1.99
82949407--82949669	80	3.3	80	83	2	280	25	20	26	26	1.99
82951878--82952007	43	3.1	41	80	5	136	27	14	25	32	1.95
82958152--82958326	27	6.4	27	84	3	208	27	14	27	30	1.95
82958153--82958308	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
82958149--82958326	82	2.2	81	83	3	232	27	14	26	30	1.95
82960726--82960937	94	2.2	93	81	5	230	21	29	20	28	1.98
82960726--82960935	46	4.5	45	74	9	145	21	29	20	28	1.98
82972562--82972606	20	2.2	20	96	0	81	31	17	8	42	1.80
82973054--82973109	3	18.3	3	96	3	103	33	0	0	66	0.92
82973287--82973320	4	8.5	4	86	0	50	50	0	0	50	1.00
82973287--82973320	6	5.7	6	92	0	50	50	0	0	50	1.00
82978151--82978249	49	2.0	49	96	0	180	31	12	12	44	1.78
82982339--82982419	34	2.4	34	89	2	117	32	22	18	27	1.97
82983477--82983570	12	7.9	11	82	13	75	71	0	27	1	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82983477--82983530	4	13.5	4	86	7	74	75	0	22	1	0.89
82983526--82983570	3	15.0	3	100	0	90	66	0	33	0	0.92
82989633--82989699	33	2.0	34	85	8	93	23	26	20	28	1.99
82989633--82989780	34	4.2	34	78	16	104	27	25	20	27	1.99
82989674--82989774	34	2.7	39	79	17	131	28	26	19	24	1.99
82989694--82989771	34	2.3	35	93	4	140	32	25	17	24	1.97
82998997--82999044	15	3.1	15	77	19	53	33	20	0	45	1.52
82999414--82999490	24	3.2	22	75	10	64	37	22	24	15	1.93
82999425--82999568	24	5.9	24	69	10	69	34	20	25	19	1.96
83002192--83002276	26	3.4	25	76	7	84	20	21	20	38	1.93
83002305--83002386	26	3.2	25	87	6	110	18	19	20	41	1.91
83020010--83020060	26	2.0	26	84	7	68	23	45	19	11	1.83
83020968--83020998	3	10.7	3	93	6	55	35	0	29	35	1.58
83024548--83024577	15	2.0	15	93	0	51	66	3	0	30	1.07
83028798--83028833	19	1.9	19	88	5	56	2	25	5	66	1.27
83042679--83042736	30	1.9	30	92	0	98	39	27	10	22	1.86
83045883--83045916	18	1.9	18	88	5	52	44	2	5	47	1.42
83047150--83047176	14	1.9	14	100	0	54	22	18	7	51	1.70
83048316--83048355	18	2.2	18	86	8	55	57	0	12	30	1.36
83052638--83052667	15	2.0	15	100	0	60	26	26	6	40	1.81
83055638--83055680	23	2.0	23	86	9	63	62	0	4	32	1.15
83064592--83064652	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83076937--83077104	30	5.8	30	78	3	148	26	13	22	37	1.91
83078641--83078869	79	2.9	78	92	1	377	31	22	13	31	1.93
83078836--83078973	40	3.5	40	85	0	159	36	20	11	31	1.88
83088175--83088342	47	3.6	46	80	7	144	29	19	28	22	1.98
83088173--83088340	46	3.6	48	81	8	161	29	18	28	23	1.98
83089995--83090053	25	2.4	25	83	11	68	22	23	23	30	1.99
83095892--83095992	39	2.6	39	87	0	148	15	25	20	37	1.93
83097871--83097932	21	2.9	21	79	11	72	48	3	3	45	1.34
83105196--83105294	28	3.5	29	81	12	107	29	28	15	27	1.96
83113611--83113680	21	3.3	21	87	0	86	11	17	20	51	1.75
83113643--83113694	21	2.6	21	84	6	63	13	15	21	50	1.78
83114760--83114798	21	2.0	20	85	10	53	51	5	5	38	1.46
83116856--83116892	20	1.9	18	89	10	56	37	0	8	54	1.30
83117960--83118017	23	2.5	23	91	0	89	43	18	1	36	1.61
83120717--83120934	68	3.2	68	83	1	267	33	18	23	24	1.97
83120851--83121021	87	2.0	87	100	0	342	33	16	25	24	1.96
83120943--83121099	68	2.3	68	85	6	203	33	16	24	25	1.96
83120783--83121089	155	2.0	155	83	6	390	33	17	23	25	1.96
83131525--83131556	16	1.9	17	93	6	57	75	0	0	25	0.81
83134193--83134218	12	2.2	12	100	0	52	23	46	23	7	1.78
83134663--83134711	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
83134682--83134740	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83140757--83140791	18	2.0	17	94	0	52	17	22	20	37	1.92
83142133--83142182	11	4.8	11	80	7	52	0	8	10	82	0.86
83145087--83145497	47	8.7	47	97	0	750	32	8	30	29	1.86
83145616--83145694	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
83165056--83165188	42	3.1	42	73	9	119	30	23	18	27	1.98
83165064--83165226	85	1.9	85	85	5	222	28	25	20	26	1.99
83166751--83166785	6	5.8	6	93	0	52	48	11	17	22	1.79
83179892--83179932	19	2.2	19	91	4	66	9	21	4	63	1.44
83187026--83187073	11	4.2	11	74	10	51	35	2	0	62	1.07
83187476--83187531	24	2.3	24	96	0	103	46	0	35	17	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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