genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13750396--13750467	26	2.8	26	85	2	83	30	15	9	44	1.78
13754833--13754884	20	2.7	19	77	17	54	59	1	3	34	1.27
13754941--13754997	20	2.8	20	76	12	62	63	0	7	29	1.21
13754976--13755049	28	2.6	29	84	6	89	56	0	1	41	1.07
13754998--13755055	28	2.1	28	96	0	107	51	0	0	48	1.00
13755163--13755229	11	6.3	11	77	10	59	44	4	0	50	1.22
13755243--13755322	10	8.5	10	74	19	66	38	0	0	61	0.96
13755243--13755322	19	4.3	18	74	16	74	38	0	0	61	0.96
13755244--13755305	17	3.6	16	81	14	70	40	0	0	59	0.97
13755252--13755301	26	2.0	25	88	4	73	38	0	0	62	0.96
13755402--13755568	32	5.2	32	91	0	280	31	12	14	40	1.84
13755402--13755568	64	2.6	64	99	0	325	31	12	14	40	1.84
13756637--13756669	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
13757005--13757172	46	3.7	46	90	0	246	19	23	14	43	1.87
13757213--13758051	54	15.5	54	100	0	1678	31	22	18	27	1.97
13759638--13759670	11	3.1	11	91	8	59	9	24	0	66	1.20
13761540--13761605	26	2.5	27	80	11	75	72	1	21	4	1.10
13763140--13763319	90	2.0	90	90	2	281	23	25	21	30	1.99
13764049--13764093	23	2.0	22	82	4	54	40	26	4	28	1.75
13766174--13766225	25	2.1	25	85	0	68	38	15	9	36	1.80
13772884--13772921	19	2.0	20	89	5	60	34	18	7	39	1.80
13790547--13790641	44	2.1	44	94	1	163	27	18	21	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13795233--13795267	11	3.1	11	88	8	52	77	0	0	22	0.78
13805692--13806026	81	4.1	81	99	0	661	28	24	25	21	1.99
13808687--13809196	132	3.9	132	90	2	765	28	18	25	27	1.98
13808687--13809195	263	1.9	264	89	2	790	28	18	25	27	1.98
13810815--13811048	113	2.1	113	82	8	282	21	22	24	31	1.98
13811382--13811430	18	2.5	21	80	9	59	61	10	2	26	1.39
13811696--13811726	15	2.0	16	93	6	55	16	0	45	38	1.47
13812018--13812095	7	11.1	7	84	0	75	7	0	46	46	1.31
13812513--13813021	230	2.2	230	89	1	752	28	18	19	33	1.95
13813351--13813394	19	2.3	19	84	0	61	31	43	2	22	1.66
13815410--13815471	20	3.2	20	86	4	90	46	8	4	40	1.55
13815510--13815793	51	5.6	52	89	2	425	46	20	0	32	1.56
13815514--13815794	77	3.7	76	96	0	490	46	20	0	32	1.56
13815592--13815710	19	6.2	19	66	21	61	47	18	0	32	1.54
13815786--13815839	9	5.7	10	79	20	55	42	20	0	37	1.52
13815760--13815825	18	3.6	18	84	10	89	46	18	0	34	1.49
13815682--13815839	18	9.0	18	67	29	69	45	20	0	34	1.51
13821290--13821360	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
13821584--13821617	14	2.4	14	95	0	59	17	8	20	52	1.71
13821677--13821929	42	6.1	40	78	8	182	26	19	20	33	1.96
13821734--13821931	42	4.7	42	87	3	274	25	19	20	34	1.96
13821686--13821931	126	2.0	124	84	3	323	26	19	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13821667--13821920	84	3.0	84	91	3	379	26	18	20	33	1.96
13823742--13824014	131	2.1	131	83	2	332	28	20	18	32	1.97
13823776--13824064	131	2.2	131	80	1	301	26	21	19	32	1.97
13833595--13833643	22	2.2	22	77	0	53	22	4	6	67	1.30
13833672--13833734	30	2.1	30	90	0	99	26	3	12	57	1.51
13833818--13833857	18	2.1	18	86	9	53	30	0	5	65	1.14
13840473--13840547	29	2.5	31	84	4	100	28	13	13	45	1.81
13841937--13841975	14	2.6	14	84	11	51	25	0	2	71	0.98
13846700--13846790	45	2.0	44	91	2	146	32	17	23	25	1.96
13854682--13854730	24	2.1	23	84	3	62	36	0	2	61	1.08
13855768--13855807	21	1.9	21	94	0	71	32	0	12	55	1.38
13855851--13855890	14	2.6	16	88	11	57	42	0	2	55	1.13
13855865--13855912	14	3.4	14	83	13	55	41	0	6	52	1.27
13864827--13864857	6	5.2	6	100	0	62	67	0	16	16	1.23
13865009--13865066	25	2.3	26	87	3	82	41	13	13	31	1.84
13868902--13869038	35	3.9	35	77	1	150	31	10	23	34	1.89
13870766--13871427	329	2.0	329	98	0	1279	24	23	13	38	1.91
13871957--13872099	68	2.1	68	84	2	180	23	23	18	34	1.96
13874327--13874445	43	2.8	43	81	5	143	31	25	13	29	1.94
13882010--13882077	29	2.3	30	87	5	93	26	19	7	47	1.75
13887685--13887847	45	3.6	45	81	5	170	25	20	10	43	1.83
13891664--13892489	2	413.0	2	100	0	1652	50	50	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13896843--13896889	24	2.0	24	95	0	85	38	8	19	34	1.82
13898150--13898202	15	3.6	15	75	12	56	33	0	7	58	1.26
13898161--13898203	14	2.9	15	86	6	70	37	0	6	55	1.27
13900965--13901006	20	2.2	19	83	12	50	64	2	7	26	1.32
13909086--13909141	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
13915105--13915139	12	2.9	12	95	0	61	51	8	14	25	1.70
13924929--13924989	32	1.9	32	89	0	95	29	4	16	49	1.66
13925938--13926026	22	4.0	22	73	15	83	26	7	21	43	1.80
13925941--13926089	68	2.2	68	85	2	192	27	7	20	44	1.78
13926475--13926558	29	2.9	29	83	11	102	46	4	1	47	1.31
13926475--13926558	14	5.9	15	84	6	95	46	4	1	47	1.31
13933476--13933529	22	2.5	22	96	0	99	24	33	22	20	1.97
13936299--13936346	17	2.8	17	93	3	78	45	6	8	39	1.59
13946514--13946735	79	2.8	79	81	9	263	25	21	27	26	1.99
13946514--13946721	40	5.2	40	84	7	262	24	21	27	25	1.99
13949836--13950094	136	1.9	137	88	4	398	32	27	20	19	1.97
13950871--13950998	63	2.0	62	96	1	238	30	17	26	25	1.98
13951439--13951469	16	1.9	16	93	0	53	61	3	0	35	1.12
13955762--13955813	16	3.2	16	91	0	77	28	0	34	36	1.58
13955794--13955888	45	2.1	44	86	1	127	34	5	26	33	1.79
13956050--13956084	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13956008--13956080	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13961994--13962037	15	2.9	15	86	10	54	72	2	2	22	1.07
13963228--13963307	40	2.0	40	97	0	151	28	10	13	47	1.75
13965352--13965407	19	3.1	19	67	15	55	42	19	7	30	1.78
13970286--13970382	50	1.9	50	87	8	144	30	22	11	35	1.90
13974269--13974366	48	2.0	48	98	0	187	37	28	18	15	1.91
13977421--13977492	35	2.1	35	91	0	117	38	12	13	34	1.83
13978647--13978676	15	2.1	14	93	6	51	76	0	0	23	0.78
14020983--14021030	17	2.8	17	83	3	51	16	2	6	75	1.11
14020988--14021037	17	2.9	17	81	3	64	16	2	6	76	1.08
14023617--14023651	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
14025732--14026568	2	418.5	2	100	0	1674	50	49	0	0	1.00
14029616--14029665	23	2.2	22	82	10	57	34	4	2	60	1.27
14034813--14034956	46	3.1	44	71	15	114	30	29	18	21	1.97
14038101--14038307	46	4.6	44	81	10	179	24	29	20	25	1.99
14038144--14038352	46	4.6	45	79	8	172	22	31	19	26	1.98
14044910--14044942	16	2.1	16	100	0	66	24	39	12	24	1.89
14047550--14047724	46	3.8	46	76	13	187	30	29	19	21	1.97
14048282--14048318	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
14049936--14050003	25	2.7	25	82	8	84	35	19	23	22	1.96
14049956--14050010	25	2.2	25	83	6	67	36	18	25	20	1.94
14053751--14053810	10	6.0	10	84	11	79	21	8	1	68	1.25
14060543--14060606	5	12.8	5	73	23	55	25	1	0	73	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14060540--14060606	26	2.6	24	78	19	73	25	1	0	73	0.92
14061059--14061127	30	2.3	30	90	5	104	20	11	1	66	1.31
14061059--14061128	10	7.0	10	87	9	90	20	11	1	67	1.30
14078980--14079035	21	2.5	20	81	18	58	75	0	25	0	0.81
14078970--14079029	22	2.7	22	85	10	70	73	0	26	0	0.84
14078994--14079032	17	2.4	16	83	8	51	74	0	25	0	0.82
14079195--14079313	60	2.0	60	89	0	184	34	0	12	52	1.45
14085787--14085861	38	2.0	38	94	0	132	34	4	13	48	1.61
14087594--14087765	40	4.3	40	88	2	240	23	21	27	26	1.99
14088490--14088685	99	2.0	99	96	0	365	45	9	17	27	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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