genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  247  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81846811--81846899	27	3.2	27	82	7	99	33	23	21	21	1.97
81847006--81847070	28	2.3	28	91	0	103	30	9	27	32	1.88
81854497--81854562	27	2.4	28	87	5	89	34	24	22	18	1.96
81854497--81854585	27	3.2	27	79	7	81	34	22	22	20	1.96
81854563--81854704	71	2.0	71	98	0	275	32	29	11	26	1.92
81855867--81855899	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
81866599--81866677	40	2.0	40	94	0	140	27	29	21	21	1.99
81868040--81868118	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
81868237--81868772	47	11.4	47	93	0	838	28	29	8	33	1.87
81870577--81870682	53	2.0	53	98	0	203	27	22	1	48	1.61
81877359--81877401	17	2.5	17	96	0	77	32	16	13	37	1.88
81880928--81881002	6	12.3	6	75	13	73	49	14	17	18	1.80
81881352--81881466	27	4.3	27	80	6	72	27	18	20	33	1.96
81881365--81881497	27	5.0	27	85	0	160	24	17	19	38	1.93
81884596--81884629	17	2.1	16	88	5	50	38	5	14	41	1.70
81889485--81889765	47	5.9	47	91	1	409	32	11	31	25	1.90
81889475--81889765	95	3.1	95	88	1	433	32	10	31	25	1.90
81889502--81889765	142	1.9	141	93	0	456	32	11	31	24	1.91
81890649--81890815	84	2.0	84	96	0	307	37	15	21	25	1.93
81890762--81890870	55	2.0	55	94	0	191	40	13	22	23	1.90
81891509--81892489	40	24.5	40	96	0	1763	24	22	27	25	2.00
81917792--81918066	49	5.5	49	78	5	300	26	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81917787--81918074	100	2.9	100	94	0	486	26	19	25	29	1.98
81919905--81919943	19	2.1	19	100	0	78	38	30	10	20	1.86
81923496--81923550	21	2.6	21	80	11	67	18	23	38	20	1.93
81932202--81932366	47	3.5	46	88	3	222	29	30	8	32	1.87
81941915--81941994	22	3.6	22	75	9	90	35	21	20	23	1.96
81953095--81953155	30	2.0	30	87	0	86	32	21	8	37	1.83
81953309--81953334	12	2.2	12	100	0	52	7	7	30	53	1.57
81953398--81953621	41	5.5	39	81	7	232	34	23	23	19	1.96
81953387--81953621	82	2.9	81	84	8	282	35	23	22	18	1.96
81953429--81953648	41	5.4	41	86	2	282	35	24	21	19	1.96
81953792--81953831	14	2.9	14	88	0	53	30	0	22	47	1.52
81964505--81964682	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
81964526--81964681	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
81967226--81967411	40	4.6	41	78	5	184	24	29	20	25	1.99
81967704--81967806	29	3.6	29	94	2	172	26	30	15	28	1.96
81974532--81974795	40	6.6	40	90	4	322	25	22	27	24	2.00
81974532--81974831	80	3.8	80	81	8	274	26	22	27	24	1.99
81974586--81974831	120	2.1	119	82	5	291	26	21	28	23	1.99
81975518--81975699	91	2.0	91	97	0	346	39	13	24	23	1.90
81983764--81983823	21	2.9	20	71	22	52	63	1	33	1	1.14
81989150--81989231	38	2.2	38	91	2	130	36	14	7	41	1.74
81997719--81997894	46	3.8	46	75	10	178	22	20	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81997715--81997887	93	1.9	93	90	0	274	22	20	28	27	1.99
82011663--82011782	39	3.1	39	60	13	95	23	30	10	35	1.89
82011620--82011903	76	3.7	76	96	0	507	25	27	11	35	1.90
82022117--82022302	40	4.7	40	86	5	218	25	21	26	26	2.00
82024963--82025075	43	2.6	44	80	9	133	30	10	25	32	1.90
82024963--82025095	43	3.1	43	80	8	128	30	11	27	30	1.91
82025069--82025234	43	3.9	43	79	5	158	25	16	26	30	1.97
82027155--82027184	13	2.3	13	94	0	51	30	6	10	53	1.60
82027617--82027644	13	2.2	13	100	0	56	32	25	14	28	1.94
82040566--82040644	39	2.0	41	85	5	108	27	16	24	31	1.96
82044662--82044699	18	2.1	18	100	0	76	34	39	5	21	1.76
82045234--82045258	13	1.9	13	100	0	50	80	8	0	12	0.92
82050851--82050902	26	2.0	26	100	0	104	42	7	3	46	1.51
82054798--82055290	245	2.0	245	84	2	632	26	17	23	32	1.96
82062911--82063053	54	2.6	54	92	0	232	45	13	7	33	1.72
82064759--82064788	14	2.1	14	93	0	51	36	10	0	53	1.35
82064922--82064983	28	2.2	29	83	11	85	17	38	8	35	1.80
82066878--82066909	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
82066934--82066963	15	2.0	15	100	0	60	40	6	0	53	1.27
82072163--82072318	53	3.0	53	90	4	228	25	17	28	28	1.97
82074296--82074394	38	2.6	38	84	11	121	26	16	26	31	1.96
82074297--82074396	40	2.6	39	85	9	125	26	16	27	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82074914--82074975	22	2.9	22	83	11	67	48	22	0	29	1.51
82075355--82075459	41	2.5	42	81	3	113	23	2	31	41	1.69
82075851--82076043	84	2.3	84	90	1	298	33	17	20	28	1.95
82077879--82077907	12	2.3	13	94	5	51	3	6	0	89	0.57
82079427--82079502	9	8.1	9	77	8	71	48	19	0	31	1.49
82079444--82079502	21	3.0	21	82	7	70	47	22	0	30	1.51
82085012--82085062	21	2.5	21	93	3	86	25	19	54	0	1.44
82086364--82086426	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
82086393--82086422	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
82088177--82088214	14	2.7	14	91	0	58	44	2	0	52	1.14
82089529--82089576	11	4.5	11	82	10	64	31	29	0	39	1.57
82089512--82089582	31	2.3	31	82	4	81	30	29	0	39	1.57
82089519--82089576	20	2.7	22	82	15	77	31	29	0	39	1.57
82089603--82089638	15	2.5	15	90	4	56	27	5	0	66	1.13
82090651--82090677	7	3.9	7	100	0	54	25	0	14	59	1.36
82091176--82091240	30	2.2	30	83	5	78	29	46	18	6	1.73
82091294--82091331	18	2.1	18	90	0	58	21	23	13	42	1.88
82091735--82092036	61	5.2	58	67	20	191	39	3	9	47	1.53
82091721--82092102	116	3.3	116	94	0	649	40	3	8	47	1.52
82095119--82095655	126	4.3	126	89	2	783	27	21	17	34	1.95
82095737--82095766	15	2.0	15	93	0	51	46	36	0	16	1.47
82095708--82095945	95	2.4	98	83	8	279	40	17	1	40	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82097503--82097542	5	7.8	5	85	2	53	2	17	0	80	0.83
82103790--82103823	12	3.0	12	87	12	54	8	17	14	58	1.61
82105853--82105889	18	2.1	18	89	0	56	21	32	16	29	1.95
82107079--82107131	22	2.4	22	81	6	54	35	1	7	54	1.40
82107170--82107212	23	2.0	20	86	13	59	65	2	0	32	1.06
82108681--82108785	51	2.1	51	90	3	167	53	8	0	37	1.38
82109341--82109372	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
82112849--82112878	12	2.5	12	94	0	51	60	0	0	40	0.97
82130647--82130725	29	2.7	30	82	4	97	18	24	13	43	1.87
82130711--82130777	30	2.2	30	86	0	98	28	17	13	40	1.88
82130771--82130836	29	2.2	30	94	2	116	18	28	12	40	1.86
82130633--82130866	119	2.0	119	84	1	308	22	25	15	36	1.93
82130968--82130998	12	2.6	12	94	0	53	54	6	0	38	1.26
82137622--82137670	20	2.5	19	81	15	55	28	6	2	63	1.30
82140793--82140897	31	3.6	29	73	21	94	46	9	16	27	1.77
82146560--82146604	17	2.8	16	87	12	65	75	2	0	22	0.91
82151750--82151800	21	2.4	21	83	0	75	1	47	19	31	1.61
82157437--82157653	9	23.6	9	73	10	134	38	0	12	47	1.48
82157421--82157634	35	6.1	36	77	7	181	38	0	12	48	1.48
82157437--82157653	18	12.3	18	75	10	162	38	0	12	47	1.48
82157435--82157684	123	2.1	120	84	8	325	38	1	12	48	1.49
82157758--82157813	15	3.8	15	78	21	73	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82157990--82158057	24	2.8	24	86	8	102	45	7	19	27	1.76
82158145--82159432	373	3.5	373	99	0	2531	38	10	14	35	1.81
82162852--82162881	14	2.1	15	93	6	53	36	0	13	50	1.42
82165193--82165301	41	2.7	40	82	5	110	29	17	22	30	1.97
82165228--82165368	72	2.0	71	84	4	185	27	16	24	31	1.96
82165300--82165434	41	3.3	40	84	3	162	22	16	23	37	1.94
82165319--82165434	40	2.9	40	85	2	151	23	18	23	35	1.96
82178257--82178306	26	2.0	25	84	11	66	32	2	0	66	1.03
82181622--82181661	19	2.1	19	100	0	80	57	0	17	25	1.40
82181655--82181688	6	5.7	6	100	0	68	85	0	14	0	0.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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