genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192571--2192607	18	2.0	19	89	5	58	32	0	5	62	1.18
2192817--2192853	18	2.0	19	89	5	58	67	5	5	21	1.31
2192789--2192841	22	2.5	21	76	14	54	67	1	3	26	1.17
2192917--2192970	22	2.5	22	74	14	58	59	1	5	33	1.31
2192946--2192970	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2193063--2193101	20	2.0	20	90	9	64	33	10	0	56	1.33
2193632--2193670	18	2.2	18	95	0	69	20	17	12	48	1.80
2193918--2193961	19	2.5	18	85	10	56	68	0	4	27	1.09
2194921--2196640	917	1.9	918	97	0	3273	21	15	21	40	1.90
2196770--2197711	94	10.2	93	78	8	728	26	19	18	35	1.95
2197125--2197274	44	3.3	44	71	17	133	24	18	19	37	1.94
2197193--2197341	50	3.1	49	65	21	116	26	20	18	34	1.96
2197125--2197308	44	4.0	44	71	18	126	25	18	19	36	1.94
2197030--2197705	364	1.9	364	86	1	971	25	21	17	35	1.95
2197073--2197611	270	2.0	270	85	2	733	26	20	17	35	1.94
2197432--2197671	44	5.2	44	65	20	139	25	19	19	35	1.95
2197379--2197711	50	7.0	48	63	17	124	25	21	18	34	1.96
2202306--2202436	41	3.1	41	67	16	115	25	25	19	29	1.99
2202260--2202479	43	5.2	42	67	14	148	24	28	17	29	1.97
2202258--2202483	84	2.7	84	92	0	380	24	28	17	29	1.97
2206512--2206566	19	3.0	20	79	15	64	65	0	7	27	1.19
2210946--2211018	35	2.1	36	78	12	82	28	21	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2222263--2222458	39	5.0	39	82	3	182	22	21	27	29	1.99
2228126--2228183	21	2.6	23	81	8	57	48	0	3	48	1.18
2229562--2229597	17	2.1	17	100	0	72	66	11	11	11	1.45
2232312--2232721	141	3.0	135	83	6	538	41	22	16	18	1.89
2232311--2232724	135	3.0	135	83	6	546	41	22	16	18	1.90
2245201--2245233	15	2.2	15	94	0	57	27	15	12	45	1.81
2247207--2247253	24	2.0	23	83	4	58	51	0	6	42	1.27
2247238--2247289	16	3.3	16	76	13	54	71	0	13	15	1.15
2247275--2247315	22	1.9	21	85	5	55	70	7	19	2	1.22
2249198--2249382	40	4.7	40	80	7	207	25	27	22	24	2.00
2249226--2249376	79	1.9	80	83	6	200	26	25	21	26	1.99
2251382--2251422	3	13.7	3	100	0	82	0	0	31	68	0.90
2251517--2251573	22	2.7	21	75	5	51	38	1	19	40	1.62
2260827--2260981	40	3.9	40	80	9	165	26	21	27	24	2.00
2260827--2260981	79	1.9	81	82	7	192	26	21	27	24	2.00
2261068--2261252	40	4.7	40	81	7	200	25	22	27	24	2.00
2260733--2261217	241	2.0	242	97	0	927	27	17	25	29	1.97
2261068--2261252	79	2.3	81	82	7	218	25	22	27	24	2.00
2261121--2261275	79	2.0	79	83	7	199	26	21	27	25	1.99
2265054--2265119	33	2.0	34	84	3	89	28	22	18	30	1.97
2265468--2265521	22	2.4	21	80	17	56	16	9	18	55	1.67
2266044--2266100	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2268262--2268395	49	2.9	46	82	8	141	30	26	13	29	1.94
2268301--2268395	49	2.0	48	93	2	163	31	27	13	27	1.94
2268311--2268426	49	2.4	47	81	9	121	30	29	12	27	1.93
2268495--2268644	31	4.8	31	87	1	201	26	25	19	28	1.99
2268620--2268748	50	2.5	51	88	2	206	25	21	16	36	1.94
2271327--2271445	27	4.4	27	82	0	130	22	21	20	36	1.95
2272532--2272775	51	4.9	49	86	2	281	26	19	24	29	1.99
2272532--2272775	100	2.4	100	82	2	276	26	19	24	29	1.99
2274576--2274745	52	3.4	50	86	6	220	28	29	13	28	1.94
2275975--2276007	8	4.1	8	100	0	66	75	0	0	24	0.80
2278778--2278863	20	4.3	20	89	2	120	51	15	8	25	1.70
2281985--2282032	24	2.0	24	84	11	64	50	27	2	20	1.60
2282726--2282878	44	3.6	42	79	11	159	32	27	16	22	1.96
2282726--2282878	43	3.6	43	79	12	172	32	27	16	22	1.96
2282717--2282884	85	2.0	84	81	10	198	35	26	16	22	1.94
2290690--2290810	43	2.8	44	84	9	160	28	28	19	22	1.98
2302580--2302641	23	2.7	23	92	0	97	14	30	33	20	1.93
2303692--2303863	43	4.0	42	77	10	161	32	25	16	25	1.96
2308195--2308228	17	2.0	17	94	0	59	61	14	5	17	1.52
2313071--2313140	34	2.1	34	100	0	140	20	20	2	57	1.54
2315879--2315935	30	1.9	30	85	0	78	38	8	22	29	1.85
2316646--2316812	67	2.5	66	81	7	169	31	16	29	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2316670--2316853	67	2.8	64	77	8	194	28	17	30	23	1.97
2317254--2317307	23	2.3	23	96	0	99	50	3	18	27	1.64
2324377--2324424	24	2.0	24	84	11	64	50	27	2	20	1.60
2325117--2325269	43	3.6	43	79	12	172	32	27	16	22	1.96
2325108--2325275	85	2.0	84	81	10	198	35	26	16	22	1.94
2333078--2333198	43	2.8	44	84	9	169	28	28	19	23	1.98
2343732--2343909	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
2343753--2343908	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
2345441--2345613	87	2.0	87	96	0	319	36	19	9	35	1.83
2345721--2345811	45	2.0	45	100	0	182	32	19	15	31	1.93
2347667--2347752	43	2.0	43	100	0	172	30	23	23	23	1.99
2351962--2352139	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
2351983--2352138	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
2352249--2352539	146	2.0	144	97	1	555	35	19	9	34	1.85
2354836--2354988	76	2.0	76	93	0	261	26	18	26	28	1.98
2355996--2356092	39	2.5	40	89	1	142	23	29	20	25	1.99
2356286--2356362	40	1.9	40	89	0	118	24	29	22	23	1.99
2365193--2365220	13	2.2	13	100	0	56	17	35	32	14	1.90
2369189--2369296	39	2.8	39	88	0	162	25	22	27	25	2.00
2373330--2373475	74	1.9	75	81	2	177	30	21	12	35	1.90
2374027--2374062	14	2.6	14	86	0	54	22	0	2	75	0.94
2374242--2374289	18	2.7	18	83	0	60	45	0	4	50	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2380389--2380452	32	2.0	32	93	0	110	29	6	25	39	1.80
2381847--2381888	20	2.1	20	95	0	75	26	21	16	35	1.94
2383318--2383589	47	5.9	48	70	14	180	25	18	30	25	1.98
2384552--2384630	41	1.9	41	89	5	124	17	21	43	17	1.89
2384747--2384786	21	2.0	20	85	5	53	17	37	22	22	1.94
2390825--2391025	52	4.0	52	74	12	159	24	16	27	30	1.97
2395977--2396074	40	2.4	42	79	10	121	25	15	26	32	1.95
2401141--2401372	127	1.8	127	83	3	306	37	18	15	29	1.91
2401531--2401564	17	2.0	17	88	11	52	76	2	0	20	0.92
2401723--2401765	15	2.9	15	96	0	77	60	0	4	34	1.17
2402168--2402366	50	4.0	49	73	14	133	57	3	7	31	1.43
2404011--2404040	15	1.9	16	93	6	53	33	3	0	63	1.11
2404006--2404040	16	2.1	17	89	5	54	34	2	0	62	1.10
2408353--2408395	14	3.0	14	86	3	50	48	6	4	39	1.51
2408500--2408542	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
2411974--2412080	40	3.1	34	78	18	121	41	6	37	14	1.73
2411984--2412059	40	1.9	40	97	0	143	38	7	35	18	1.80
2413045--2413100	20	2.8	21	75	20	57	53	1	1	42	1.21
2420436--2420462	14	1.9	14	100	0	54	37	7	14	40	1.74
2423218--2423270	25	2.2	24	86	3	70	41	20	20	16	1.90
2428689--2428739	17	3.0	17	82	5	59	9	17	0	72	1.11
2429870--2429930	30	2.0	31	87	9	90	52	13	16	18	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2431155--2431305	58	2.6	58	77	1	151	21	23	23	30	1.99
2431222--2431345	38	3.2	38	75	3	115	20	18	25	36	1.95
2431251--2431364	19	5.9	19	73	1	66	18	19	26	35	1.95
2431222--2431359	38	3.6	38	73	4	107	20	18	26	34	1.96
2435595--2435916	45	6.8	48	71	15	185	22	29	20	27	1.98
2436145--2436184	20	2.0	21	85	14	57	32	10	12	45	1.75
2442651--2442702	16	3.2	16	91	0	77	36	1	26	34	1.68
2442948--2442980	17	1.9	17	93	0	57	60	0	0	39	0.97
2451150--2451191	20	2.1	20	100	0	84	42	4	9	42	1.58
2451195--2451233	13	2.9	14	92	7	64	46	0	0	53	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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