genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  266  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88120981--88121148	58	2.9	57	90	2	246	22	17	30	29	1.97
88135956--88136074	43	2.8	43	92	0	193	10	23	33	32	1.88
88136273--88136375	29	3.6	29	74	10	111	22	17	32	28	1.96
88136241--88136408	58	2.9	58	93	0	275	22	19	29	27	1.98
88138729--88138876	68	2.2	68	83	2	181	27	14	17	41	1.88
88140269--88140384	44	2.7	43	80	9	137	30	18	23	28	1.97
88143626--88143787	42	3.8	42	85	1	216	32	16	24	27	1.96
88143633--88143787	85	1.8	84	85	1	220	32	16	24	27	1.96
88149165--88149263	30	3.3	30	97	0	189	24	24	36	15	1.93
88149971--88150032	30	2.1	30	90	6	99	59	9	4	25	1.49
88159498--88159682	40	4.7	40	78	7	182	25	22	26	25	2.00
88159498--88159682	79	2.3	81	85	7	245	25	22	26	25	2.00
88159579--88159701	40	3.1	40	83	5	108	26	22	28	22	1.99
88159499--88159715	79	2.7	77	80	10	197	27	21	26	24	1.99
88166489--88166535	8	5.9	8	90	5	69	48	0	0	51	1.00
88168212--88168240	3	9.7	3	100	0	58	0	31	34	34	1.58
88170054--88170092	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
88170969--88171020	24	2.2	24	100	0	104	28	15	11	44	1.81
88176929--88177005	38	2.0	38	97	0	145	31	10	22	36	1.88
88179461--88179507	23	2.0	23	95	0	85	25	10	19	44	1.82
88180074--88180099	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
88180144--88180197	23	2.3	23	81	6	65	68	7	0	24	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88189388--88189568	40	4.6	40	81	4	206	25	23	25	25	2.00
88194396--88194532	64	2.1	66	82	6	163	36	4	13	45	1.64
88199227--88199398	49	3.5	49	77	3	143	29	18	26	25	1.98
88199089--88199346	142	1.8	138	82	8	324	27	17	29	25	1.97
88206711--88206966	48	5.4	47	74	9	184	30	20	26	22	1.98
88206711--88206984	97	2.9	94	79	10	254	29	21	27	21	1.99
88212042--88212228	92	2.0	93	92	1	313	17	10	16	55	1.68
88213730--88213767	19	2.0	19	94	0	67	50	10	7	31	1.66
88213759--88213796	14	2.7	14	91	0	58	36	13	7	42	1.73
88221348--88221488	51	2.8	51	100	0	282	31	8	29	30	1.87
88221663--88221741	37	2.1	37	88	0	113	24	18	30	26	1.98
88221870--88222853	47	20.9	47	92	0	1590	31	10	29	27	1.90
88221870--88222853	94	10.5	94	98	0	1851	31	10	29	27	1.90
88223016--88223094	37	2.1	37	88	0	113	24	18	30	26	1.98
88234065--88234449	131	2.9	131	80	7	390	32	17	20	29	1.96
88236298--88236397	52	1.9	51	91	0	155	18	22	41	18	1.90
88237458--88238081	132	4.7	131	86	2	849	28	24	18	29	1.98
88237458--88238080	263	2.4	265	88	1	910	28	23	18	29	1.98
88238068--88238374	88	3.5	88	87	1	391	25	28	15	30	1.96
88238068--88238374	44	7.0	44	81	2	330	25	28	15	30	1.96
88242708--88242751	23	1.9	23	100	0	88	20	25	22	31	1.98
88243609--88243831	39	5.7	40	82	8	239	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88243609--88243831	79	2.8	80	80	11	244	26	22	26	24	2.00
88243663--88243864	79	2.6	79	82	8	200	26	21	27	24	1.99
88244848--88245004	81	1.9	81	93	0	269	31	17	24	26	1.97
88248640--88249129	245	2.0	245	97	0	935	30	19	21	28	1.97
88252410--88252594	40	4.6	39	83	6	212	24	22	27	25	2.00
88252410--88252594	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
88252411--88252627	79	2.7	79	80	7	192	25	21	27	24	1.99
88269524--88269652	46	2.8	46	89	0	186	21	22	27	28	1.99
88270487--88270591	54	1.9	54	86	0	147	35	17	10	37	1.84
88275382--88275551	40	4.2	40	89	5	245	27	27	22	22	1.99
88275398--88275549	82	1.9	80	90	5	243	26	27	23	23	2.00
88278167--88278339	46	3.7	46	74	11	165	22	19	28	30	1.98
88278161--88278332	93	1.8	93	90	2	274	22	20	27	29	1.98
88279004--88279459	231	2.0	231	100	0	912	39	9	16	34	1.82
88280374--88280418	6	7.5	6	87	0	63	11	2	4	82	0.91
88280374--88280413	12	3.3	12	96	0	71	10	0	5	85	0.75
88282060--88282163	52	2.0	52	98	0	199	29	3	22	44	1.70
88283616--88283800	40	4.6	40	87	0	253	18	19	27	34	1.96
88283616--88283800	80	2.3	80	91	0	298	18	19	27	34	1.96
88291615--88291711	40	2.4	40	87	0	131	20	20	28	29	1.98
88294482--88294510	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
88295184--88295242	25	2.2	28	82	8	70	47	3	0	49	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88316801--88317087	6	46.3	6	65	21	78	47	12	19	20	1.81
88316853--88317087	25	9.7	25	75	9	209	46	12	20	20	1.82
88316817--88316881	31	2.1	32	88	2	96	50	9	21	18	1.74
88316824--88316897	31	2.4	31	81	4	87	48	12	18	20	1.80
88316853--88316981	68	1.9	68	90	0	204	48	12	18	20	1.81
88316877--88316959	43	1.9	43	87	0	121	49	15	16	18	1.80
88316883--88316959	19	3.8	19	71	15	64	49	15	16	18	1.80
88317204--88317289	27	3.2	26	85	4	109	38	20	22	18	1.94
88317902--88318023	52	2.3	53	85	4	158	26	23	16	33	1.96
88317898--88318030	27	5.0	27	83	3	171	25	22	17	34	1.96
88318033--88318107	27	2.8	27	85	0	87	34	8	24	33	1.84
88320121--88320502	25	14.6	25	76	10	262	47	14	18	20	1.83
88320152--88320254	19	5.5	18	73	19	61	44	17	20	17	1.87
88320116--88320506	56	7.3	56	83	8	365	47	13	18	20	1.82
88320121--88320502	50	7.3	50	84	7	343	47	14	18	20	1.83
88320626--88320724	27	3.7	25	79	11	81	39	16	23	21	1.92
88321300--88321438	27	5.2	27	86	4	165	27	22	16	33	1.95
88321287--88321401	54	2.1	55	79	7	128	27	20	20	30	1.98
88325418--88325501	43	2.0	43	87	0	123	32	30	19	17	1.95
88327502--88327614	42	2.7	43	80	5	122	29	25	17	27	1.98
88348406--88348517	43	2.6	43	81	8	129	23	16	26	33	1.95
88348982--88349018	17	2.2	17	100	0	74	29	10	29	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88353412--88353547	66	2.1	66	98	0	263	16	8	8	66	1.43
88354110--88354161	16	3.3	16	69	15	54	50	5	0	44	1.26
88354112--88354173	31	2.0	31	100	0	124	45	6	0	48	1.28
88361437--88361494	30	1.9	30	92	0	98	34	12	25	27	1.91
88362977--88363010	13	2.6	13	85	0	50	14	20	52	11	1.73
88373711--88373769	28	2.1	27	84	3	73	44	0	3	52	1.17
88390922--88391053	39	3.4	39	93	2	212	29	19	25	25	1.99
88391046--88391338	39	7.5	39	90	1	462	19	22	28	28	1.98
88416514--88416789	48	5.7	47	73	15	197	26	21	28	23	1.99
88418492--88418644	75	2.0	75	94	2	272	21	19	30	28	1.98
88423354--88423712	48	7.7	46	74	6	215	27	19	27	25	1.99
88423395--88423603	45	4.6	46	74	5	127	28	19	26	25	1.98
88432886--88433070	40	4.7	40	89	1	255	26	27	23	22	2.00
88432886--88433109	40	5.6	39	81	9	208	25	27	23	22	2.00
88432886--88433110	80	2.8	78	77	12	235	25	27	23	23	2.00
88434853--88434895	22	2.0	23	81	9	54	44	2	0	53	1.13
88441616--88441666	22	2.3	21	75	21	50	47	27	1	23	1.63
88442101--88442149	22	2.2	22	85	3	62	42	16	6	34	1.73
88444522--88444640	29	4.2	29	77	6	118	28	28	12	30	1.93
88446124--88446156	16	2.1	16	100	0	66	12	6	33	48	1.65
88448669--88448722	27	2.1	25	82	6	63	14	22	24	38	1.91
88448981--88449099	29	4.2	29	79	6	136	28	30	11	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88450560--88450590	16	1.9	16	93	0	53	16	6	25	51	1.68
88453897--88454365	40	11.7	40	87	3	649	26	21	28	24	1.99
88456687--88456809	45	2.8	44	76	9	126	24	14	26	34	1.94
88456778--88456864	44	2.0	44	90	4	140	20	18	28	32	1.96
88460728--88460796	15	4.6	15	78	7	77	11	14	14	59	1.61
88463272--88463310	14	2.6	16	88	8	55	41	2	20	35	1.66
88463497--88463668	45	3.8	45	75	11	140	23	15	27	33	1.94
88464374--88464421	23	2.0	24	92	4	80	45	18	18	16	1.85
88464782--88464974	27	7.1	27	86	4	93	39	19	15	24	1.91
88464771--88464985	54	4.0	52	84	8	234	38	19	16	26	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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