genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29923658--29923714	29	2.0	29	89	6	89	33	43	1	21	1.63
29923681--29923755	37	2.0	37	97	0	141	29	53	0	17	1.44
29923699--29923769	18	3.9	18	68	17	56	28	53	0	18	1.45
29924040--29924182	63	2.3	63	81	12	168	25	4	5	64	1.34
29924163--29924201	14	2.7	14	92	4	60	33	0	2	64	1.08
29924154--29924212	21	2.8	19	80	16	64	35	0	1	62	1.05
29926749--29926794	21	2.1	23	88	8	69	41	0	0	58	0.98
29926749--29926864	34	3.6	34	75	19	122	40	0	1	57	1.09
29926786--29926833	21	2.3	21	92	3	80	41	0	0	58	0.98
29926772--29926867	13	7.7	14	69	21	63	39	0	2	58	1.10
29926798--29926840	7	6.1	7	77	0	50	41	0	0	58	0.98
29926798--29926855	28	2.1	28	87	6	82	39	0	3	56	1.16
29926749--29926870	14	10.1	12	68	26	64	40	0	1	58	1.08
29927022--29927092	36	2.0	36	97	0	133	26	23	14	35	1.93
29929790--29929834	18	2.4	19	82	13	58	37	4	0	57	1.19
29930138--29930187	23	2.3	21	86	6	64	68	0	0	32	0.90
29930210--29930261	15	3.5	15	86	5	79	53	0	1	44	1.11
29930245--29930314	22	3.1	23	80	10	65	54	1	0	44	1.09
29930260--29930285	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
29930255--29930302	22	2.1	24	88	7	73	47	2	0	50	1.12
29930381--29930480	21	4.8	20	70	18	69	56	1	2	41	1.18
29930380--29930480	20	4.8	20	77	16	87	56	0	1	40	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29930414--29930507	45	2.1	45	80	11	104	58	4	0	37	1.18
29930488--29930536	11	4.4	11	76	5	53	73	10	6	10	1.25
29930497--29930573	32	2.3	34	82	10	88	74	6	7	11	1.23
29930527--29930567	22	1.9	22	85	14	59	73	4	7	14	1.22
29932440--29932464	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
29933299--29933660	101	3.6	101	83	5	433	31	15	25	27	1.96
29940214--29940238	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
29942498--29942547	24	2.1	24	96	0	91	44	8	14	34	1.74
29944565--29944731	82	2.0	81	97	1	316	31	5	4	58	1.41
29947930--29947972	22	2.0	23	86	9	63	62	6	13	16	1.51
29950778--29950832	22	2.5	21	80	16	58	76	3	9	10	1.13
29951523--29951608	39	2.2	39	83	8	104	39	1	22	37	1.62
29954063--29954296	125	1.9	125	86	7	341	41	11	16	31	1.83
29954041--29954317	125	2.2	123	81	8	339	38	12	16	31	1.87
29957425--29957591	59	2.8	59	81	0	172	48	8	7	35	1.61
29971594--29971655	27	2.3	26	91	5	106	53	16	0	30	1.43
29971595--29971648	27	2.0	27	100	0	108	55	14	0	29	1.40
29975810--29975917	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
29980545--29980577	17	1.9	17	100	0	66	36	12	30	21	1.90
29988960--29989000	20	2.0	20	85	0	55	51	9	0	39	1.35
29990966--29991011	3	15.3	3	86	0	65	63	2	4	30	1.26
29991174--29991269	3	32.3	3	79	6	88	58	0	8	33	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29993826--29993861	18	2.0	18	94	0	63	11	30	33	25	1.90
29993827--29993869	18	2.4	18	88	0	59	13	32	30	23	1.93
29994569--29994618	24	2.1	23	88	3	73	58	10	16	16	1.63
29996839--29996864	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
30002024--30002203	28	6.6	27	91	3	279	30	28	13	27	1.94
30002024--30002203	55	3.3	55	95	1	308	30	28	13	27	1.94
30002024--30002203	83	2.2	82	91	1	288	30	28	13	27	1.94
30005153--30005258	52	2.0	52	81	0	122	27	16	18	37	1.92
30005311--30005482	94	1.8	94	82	7	224	32	21	15	30	1.94
30005344--30005705	44	8.0	44	73	8	228	29	20	16	33	1.95
30005454--30005707	89	2.9	89	77	8	248	28	21	17	33	1.96
30005654--30005853	94	2.1	94	82	1	240	27	19	20	33	1.96
30007402--30007525	62	2.0	62	100	0	248	37	24	14	24	1.93
30008744--30009237	247	2.0	246	94	0	862	21	23	17	38	1.93
30010285--30010338	19	2.8	20	83	5	67	44	9	18	27	1.80
30012304--30012334	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
30012461--30012647	3	62.0	3	77	7	146	58	2	9	30	1.41
30015642--30015718	30	2.6	30	87	0	118	32	10	24	32	1.89
30022360--30022419	26	2.3	26	82	0	75	38	21	23	16	1.93
30022374--30022434	26	2.3	26	80	5	70	34	19	26	19	1.96
30026574--30026604	16	1.9	16	93	0	53	12	12	25	48	1.77
30039659--30039921	39	6.7	40	88	5	324	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30051977--30052025	23	2.1	23	96	0	89	51	26	4	18	1.64
30052355--30052400	23	2.0	23	95	0	83	21	15	21	41	1.90
30057098--30057171	29	2.5	30	80	10	80	24	10	2	62	1.41
30065759--30065794	14	2.6	14	86	4	56	47	0	0	52	1.00
30066376--30066410	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
30071193--30071234	22	1.9	22	90	0	66	42	16	9	30	1.80
30077501--30077621	46	2.6	46	80	5	136	29	18	26	25	1.98
30080364--30080395	4	8.0	4	92	0	55	21	0	0	78	0.76
30081243--30081281	17	2.3	17	86	8	53	10	2	5	82	0.93
30091854--30091890	17	2.2	17	100	0	74	37	0	5	56	1.22
30094198--30094467	96	2.8	97	74	8	266	28	18	29	23	1.98
30112399--30112527	49	2.6	49	79	7	154	24	28	19	27	1.98
30112540--30112701	48	3.4	47	74	4	155	21	24	22	30	1.99
30119045--30119080	13	2.8	13	95	0	63	27	30	30	11	1.91
30120137--30120250	49	2.3	49	83	3	140	25	27	18	28	1.98
30120221--30120392	48	3.6	48	77	12	185	22	26	21	29	1.99
30120221--30120441	94	2.3	94	82	6	259	23	26	20	29	1.99
30120162--30120438	46	5.8	47	75	8	177	23	26	20	29	1.99
30121227--30121298	37	1.9	37	88	0	108	37	8	31	22	1.84
30122451--30122532	42	2.0	42	100	0	164	42	13	17	26	1.86
30122901--30122929	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
30127403--30127830	48	8.9	48	75	3	369	27	20	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30127412--30127830	96	4.4	96	84	2	441	27	20	28	22	1.99
30130863--30130931	30	2.3	29	87	9	95	42	24	15	17	1.88
30131251--30131294	16	2.8	16	82	0	52	27	18	22	31	1.97
30137479--30137801	48	6.7	48	87	2	407	29	27	17	26	1.97
30140485--30140524	18	2.2	19	90	4	64	27	15	20	37	1.92
30143230--30143396	43	3.9	43	75	6	122	32	26	16	25	1.96
30145142--30145170	8	3.6	8	100	0	58	24	24	24	27	2.00
30151459--30151610	43	3.5	43	75	8	139	31	26	16	25	1.96
30151440--30151610	43	4.0	43	74	8	134	31	26	16	25	1.96
30161235--30161325	42	2.1	42	82	6	103	32	25	9	31	1.89
30165338--30165423	43	2.0	43	97	0	163	37	6	10	45	1.66
30166625--30166974	174	2.0	174	100	0	700	35	7	16	41	1.76
30169881--30169961	24	3.4	24	79	3	92	23	18	16	41	1.89
30172036--30172121	29	3.0	28	83	6	102	26	30	15	27	1.96
30172762--30173281	260	2.0	260	97	0	988	39	15	23	21	1.91
30182119--30182233	29	4.0	29	84	6	146	28	29	13	27	1.95
30182110--30182225	57	2.0	57	85	3	153	27	31	14	26	1.95
30183934--30183972	16	2.4	17	86	4	53	38	20	5	35	1.75
30185305--30185453	43	3.5	42	83	5	156	32	24	18	24	1.97
30186715--30186850	66	2.1	65	81	4	157	19	25	27	27	1.98
30186830--30186877	25	2.0	24	87	4	69	8	31	35	25	1.85
30192685--30192861	41	4.3	41	89	0	239	36	22	22	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30192874--30192980	54	2.0	55	84	1	144	51	27	1	19	1.57
30193874--30193947	8	8.9	8	76	16	62	62	4	0	33	1.14
30193906--30193933	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
30194053--30194101	8	6.1	8	100	0	98	63	0	12	24	1.29
30194095--30194133	11	3.5	11	100	0	78	38	0	25	35	1.56
30194471--30194593	40	3.1	40	92	0	192	26	21	26	26	1.99
30197737--30197815	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
30200536--30200729	96	2.0	96	90	0	307	34	18	35	12	1.88
30208428--30208475	25	1.9	25	91	0	78	47	12	10	29	1.74
30209205--30209354	12	12.6	12	66	23	52	47	4	2	46	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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