genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  263  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87158653--87159091	47	9.4	47	90	1	668	32	10	30	27	1.89
87161018--87161070	23	2.4	22	76	20	56	69	1	18	9	1.25
87165936--87166053	50	2.4	50	88	1	166	30	26	17	25	1.97
87173199--87173440	50	4.9	49	79	8	247	28	26	19	25	1.99
87173199--87173440	101	2.4	99	84	4	290	28	26	19	25	1.99
87175509--87175692	67	2.8	64	76	8	185	29	17	29	22	1.97
87179191--87179467	40	6.9	40	91	0	446	24	28	20	26	1.99
87181665--87181836	86	2.0	86	97	0	326	28	22	16	31	1.96
87181954--87182006	25	2.1	26	92	3	90	39	16	9	33	1.81
87186430--87186706	40	6.9	40	91	0	437	24	28	20	26	1.99
87193287--87193381	29	3.3	29	85	4	131	29	12	27	30	1.93
87197756--87197794	21	2.0	19	85	14	53	17	30	25	25	1.97
87205815--87205881	29	2.3	29	87	2	91	28	34	10	26	1.90
87205827--87205893	29	2.3	28	85	7	89	29	28	11	29	1.92
87206159--87206201	16	2.7	16	81	0	59	6	18	20	53	1.67
87206864--87206923	28	2.1	28	93	0	102	40	10	26	23	1.86
87208903--87208949	18	2.3	22	68	27	57	14	36	27	21	1.93
87211815--87211849	16	2.2	16	94	0	61	11	17	14	57	1.66
87211820--87211857	16	2.4	16	90	0	58	10	21	18	50	1.76
87213178--87213532	178	2.0	178	97	0	665	18	21	28	31	1.97
87213777--87214240	27	17.2	27	84	4	569	28	22	9	39	1.84
87214296--87214417	60	2.0	60	88	3	183	38	16	19	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87214323--87214417	33	3.1	33	75	14	112	37	16	21	24	1.93
87214269--87214444	87	2.0	87	84	0	226	36	17	20	26	1.94
87214245--87214446	27	7.3	27	79	6	188	36	18	19	25	1.95
87214647--87214699	27	2.0	26	88	3	79	18	26	22	32	1.97
87215038--87215112	27	2.8	27	86	6	91	17	24	21	37	1.94
87215229--87215355	6	20.8	6	74	18	111	19	16	14	49	1.79
87215229--87215323	25	3.6	25	80	13	118	20	16	14	48	1.81
87215229--87215355	55	2.2	56	90	8	193	19	16	14	49	1.79
87215254--87215376	30	4.1	30	88	4	158	19	17	13	49	1.79
87216103--87216158	28	2.0	28	96	0	103	14	16	21	48	1.81
87217145--87217657	256	2.0	256	98	0	990	26	19	25	28	1.99
87217655--87218145	27	18.2	27	83	3	558	28	20	8	41	1.83
87218150--87218350	27	7.2	27	76	8	170	35	18	19	26	1.95
87218150--87218351	54	3.6	54	79	7	215	35	18	19	26	1.95
87218201--87218322	60	2.0	60	88	3	183	37	17	18	26	1.93
87218228--87218322	33	3.1	33	76	14	112	36	17	20	25	1.94
87218174--87218349	87	2.0	87	83	0	217	36	17	19	26	1.94
87218550--87218632	27	3.1	26	85	10	96	20	21	21	36	1.96
87218720--87218778	22	2.7	22	78	0	55	22	25	20	32	1.98
87218943--87218997	27	2.0	27	86	6	76	18	25	20	36	1.94
87219134--87219233	6	16.5	6	78	13	107	19	16	15	50	1.79
87219134--87219233	30	3.3	30	92	1	164	19	16	15	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87222361--87222397	18	2.1	18	89	0	56	32	0	2	64	1.07
87226629--87226702	29	2.6	29	86	4	96	24	16	33	25	1.95
87227055--87227089	17	2.1	17	100	0	70	45	11	17	25	1.81
87232590--87232728	70	2.0	70	98	0	269	32	6	31	29	1.83
87234951--87234982	16	2.0	16	93	0	55	40	6	12	40	1.68
87236499--87236612	57	2.0	57	96	0	210	35	13	20	30	1.90
87236961--87237036	34	2.4	31	81	12	98	27	30	32	7	1.85
87236967--87237033	34	2.0	33	96	0	116	26	31	32	7	1.84
87238179--87238404	113	2.0	113	94	0	398	26	23	11	38	1.90
87250859--87250963	39	2.7	38	92	5	174	28	28	21	20	1.99
87251322--87252775	729	2.0	725	97	0	2775	35	20	8	35	1.83
87259009--87259182	46	3.7	46	79	6	172	21	28	20	28	1.98
87259009--87259177	94	1.8	91	82	7	214	22	28	19	28	1.98
87263910--87264086	40	4.4	40	84	4	234	26	28	22	23	1.99
87265864--87265941	38	2.1	38	85	7	106	29	25	8	35	1.87
87268362--87268527	44	3.6	45	82	10	160	24	28	18	28	1.98
87288758--87288800	21	2.0	21	100	0	86	41	13	16	27	1.86
87288810--87288976	43	3.9	44	78	7	164	26	15	26	31	1.96
87305074--87305115	21	2.0	21	85	0	57	21	19	38	21	1.94
87312870--87312912	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
87313473--87313597	48	2.6	48	80	2	144	22	15	28	34	1.94
87322409--87322538	38	3.4	38	75	3	125	20	18	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87324596--87324680	32	2.7	32	92	0	143	24	17	28	29	1.97
87329991--87330174	67	2.8	64	77	11	187	28	16	30	23	1.96
87332447--87332561	56	2.1	56	98	0	221	29	13	22	33	1.93
87332764--87332871	47	2.2	49	91	6	175	32	8	29	29	1.87
87334581--87334708	40	3.2	40	86	5	179	23	20	28	27	1.99
87336179--87336311	47	2.8	47	89	0	194	30	8	33	27	1.86
87336430--87336574	37	3.9	37	91	0	227	22	20	31	25	1.98
87339574--87339652	37	2.1	37	86	4	106	25	29	18	26	1.98
87339771--87339977	49	4.3	47	94	2	333	29	28	8	33	1.86
87340030--87340983	47	20.2	47	96	0	1665	29	28	8	33	1.87
87345979--87346170	40	4.8	40	88	1	172	27	26	21	25	2.00
87346650--87346949	150	2.0	150	99	0	591	34	25	8	31	1.86
87346910--87347009	50	2.0	50	100	0	200	32	18	12	38	1.87
87354302--87354493	40	4.8	40	88	1	199	27	27	21	23	1.99
87354282--87354492	80	2.6	81	80	5	223	28	27	21	22	1.99
87357593--87357845	68	3.9	64	75	15	162	30	17	28	23	1.97
87368801--87368966	43	3.9	42	76	3	154	28	14	22	34	1.94
87372092--87372167	24	3.2	24	90	0	107	48	21	3	26	1.67
87374961--87375009	22	2.3	21	82	6	62	10	16	8	65	1.46
87374970--87375012	22	2.0	22	100	0	86	9	13	4	72	1.26
87374972--87375009	11	3.3	12	78	14	53	7	13	5	73	1.22
87377404--87377435	17	1.9	17	93	6	57	46	12	21	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87380362--87380411	25	2.0	25	81	11	59	50	20	8	22	1.74
87384253--87384363	58	1.9	58	96	0	204	27	24	23	24	2.00
87385657--87385779	64	1.9	64	100	0	246	30	29	11	29	1.92
87388661--87388754	23	4.1	23	85	0	134	47	4	25	22	1.69
87393110--87393203	23	4.1	23	85	0	134	47	4	25	22	1.69
87395682--87395724	22	2.0	22	90	0	68	41	9	13	34	1.77
87395977--87396016	6	6.5	6	83	16	55	80	2	0	17	0.83
87395954--87396016	31	2.0	31	84	6	83	73	3	0	23	0.98
87395977--87396018	19	2.2	20	86	4	59	80	2	0	16	0.81
87396037--87396087	18	2.8	18	87	0	75	29	11	17	41	1.85
87396236--87396760	75	7.0	75	99	0	1041	34	20	8	37	1.82
87398430--87398693	47	5.7	47	75	12	192	26	18	31	23	1.97
87403016--87403322	126	2.4	126	89	2	472	34	18	18	27	1.95
87406589--87406913	126	2.6	126	86	3	447	36	16	16	30	1.91
87417192--87417273	25	3.3	25	78	11	87	20	28	17	34	1.95
87418851--87418922	35	2.1	35	91	0	117	31	33	19	15	1.93
87419517--87419555	16	2.4	16	91	8	62	12	28	10	48	1.74
87427300--87428172	16	54.6	16	98	0	1687	12	31	31	25	1.92
87428100--87428243	43	3.2	42	87	6	180	10	25	31	32	1.90
87428234--87428352	45	2.6	45	85	0	148	20	24	26	29	1.99
87432336--87432374	16	2.5	16	91	4	62	7	25	15	51	1.70
87433035--87433100	34	1.9	34	96	0	123	40	9	37	12	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87437286--87437466	40	4.6	39	79	10	179	26	27	20	25	1.99
87444746--87444929	40	4.6	40	78	10	180	23	27	22	25	2.00
87444748--87444930	79	2.3	81	82	7	214	24	27	22	25	2.00
87447560--87447599	21	1.9	20	90	10	62	47	20	5	27	1.70
87460941--87460999	6	10.2	6	79	17	54	49	15	3	32	1.61
87460996--87461023	14	2.0	14	100	0	56	71	0	14	14	1.15
87461525--87461549	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
87464829--87464896	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
87464718--87465045	174	1.9	174	95	0	593	31	24	14	29	1.95
87465003--87465076	29	2.5	30	82	12	100	29	28	14	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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