genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11681788--11681841	12	4.5	12	78	0	54	14	22	38	24	1.91
11684646--11684702	28	2.0	28	96	0	105	33	10	0	56	1.34
11697290--11697331	21	2.0	21	81	9	50	7	19	54	19	1.66
11699187--11699255	30	2.4	26	78	19	75	55	1	7	36	1.37
11714021--11714064	22	2.0	22	82	8	54	65	2	2	29	1.16
11714050--11714136	39	2.2	38	82	8	104	67	3	1	27	1.13
11714022--11714125	49	2.2	47	83	10	122	68	2	1	26	1.14
11714052--11714138	10	9.0	9	72	19	52	68	3	1	26	1.12
11714087--11714162	10	7.5	10	73	19	52	57	1	1	39	1.15
11714087--11714162	11	7.5	11	73	19	51	57	1	1	39	1.15
11714602--11714678	30	2.5	31	81	6	86	42	9	15	32	1.78
11715201--11715463	126	2.1	125	87	2	375	41	13	17	26	1.87
11715728--11715784	25	2.3	23	80	14	60	63	1	1	33	1.15
11716802--11716849	25	2.0	24	84	12	62	72	2	6	18	1.15
11716802--11716852	24	2.1	23	82	13	59	74	1	5	17	1.11
11723758--11723820	24	2.6	25	82	7	76	74	6	6	12	1.20
11725620--11725649	13	2.2	14	94	5	53	43	6	50	0	1.28
11735592--11735685	46	2.0	46	100	0	188	32	21	12	32	1.91
11736518--11736581	21	3.0	21	81	0	83	42	17	3	37	1.65
11739732--11739815	26	3.2	25	91	6	132	35	4	23	35	1.76
11741259--11741333	26	2.8	26	85	4	87	34	22	12	30	1.91
11741435--11741565	54	2.4	54	93	1	217	19	25	22	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11741438--11741597	27	5.9	27	78	12	159	20	23	21	34	1.97
11741442--11741597	81	1.9	81	83	7	201	21	23	20	34	1.97
11743639--11743685	24	2.0	24	83	8	60	21	21	27	29	1.98
11745568--11745651	26	3.2	25	91	6	132	35	4	23	35	1.76
11747094--11747168	26	2.8	26	85	4	87	34	22	12	30	1.91
11747273--11747404	27	4.9	25	82	10	147	20	25	21	33	1.97
11747270--11747408	54	2.6	54	91	3	219	20	24	20	33	1.97
11747273--11747432	27	5.9	27	77	14	134	21	24	20	33	1.97
11747274--11747431	81	2.0	81	82	7	196	21	24	20	34	1.97
11749167--11749258	45	2.1	44	82	13	109	30	28	13	28	1.94
11749185--11749293	44	2.4	45	85	10	136	30	26	16	26	1.97
11749194--11749514	177	1.8	177	90	1	518	29	23	18	28	1.98
11749630--11749654	13	1.9	13	100	0	50	32	8	24	36	1.84
11752851--11752889	18	2.1	18	85	9	51	23	41	23	12	1.88
11753153--11753778	176	3.5	176	90	1	934	27	25	18	29	1.98
11753747--11753863	44	2.7	44	80	7	114	28	23	19	28	1.99
11753750--11753953	45	4.6	45	82	3	198	27	20	19	32	1.97
11753795--11753953	45	3.6	45	88	0	212	27	18	18	34	1.95
11754022--11754149	64	2.0	64	92	0	211	38	14	15	31	1.88
11755251--11755275	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
11760267--11760297	8	3.9	8	100	0	62	38	0	22	38	1.54
11762898--11762924	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11773997--11774095	46	2.2	46	83	3	128	32	22	16	29	1.95
11780032--11780078	15	3.3	14	79	11	51	68	2	6	23	1.24
11780526--11780636	55	2.0	55	89	0	168	31	27	24	16	1.96
11782364--11782920	138	4.0	138	89	0	810	45	5	8	40	1.59
11782896--11783273	79	4.8	79	95	2	647	33	12	7	46	1.70
11786145--11786508	48	7.6	48	79	4	360	30	19	27	22	1.98
11786180--11786415	96	2.5	96	97	0	436	31	19	27	22	1.97
11786146--11786508	144	2.5	144	84	1	433	30	19	27	22	1.98
11786180--11786461	96	2.9	94	91	3	404	30	18	28	22	1.97
11786798--11786847	26	1.9	26	100	0	100	28	2	16	54	1.53
11788825--11788924	50	2.0	51	98	2	193	29	7	22	42	1.79
11793529--11793590	30	2.1	30	96	0	115	22	3	14	59	1.49
11796759--11796818	20	3.1	19	86	9	84	30	0	3	66	1.07
11796767--11796811	11	4.3	11	78	18	51	28	0	2	68	1.01
11796740--11796818	8	8.7	9	78	19	76	32	0	2	64	1.07
11797341--11797391	22	2.3	22	75	0	57	19	11	9	58	1.60
11797639--11797697	24	2.4	25	77	8	77	20	0	27	52	1.47
11797692--11797741	26	1.9	26	83	0	64	50	0	12	38	1.40
11797768--11797801	16	2.1	17	88	5	52	14	0	29	55	1.40
11797767--11797832	24	2.8	23	69	13	55	16	0	30	53	1.44
11797666--11798059	156	2.5	158	89	3	604	33	1	20	44	1.59
11799202--11799231	9	3.4	9	90	9	53	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11799780--11799822	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
11800477--11800508	7	4.6	7	92	0	55	62	9	0	28	1.26
11801655--11801701	21	2.2	22	85	7	62	51	6	12	29	1.65
11801883--11801938	24	2.3	24	96	0	103	19	17	39	23	1.92
11806728--11806810	40	2.1	40	93	0	139	37	8	12	42	1.72
11806946--11806979	11	3.0	11	91	8	59	38	0	0	61	0.96
11808556--11808716	79	2.0	79	93	0	277	35	7	16	40	1.77
11810207--11810242	6	5.6	7	90	9	51	8	0	44	47	1.33
11811491--11811558	16	4.2	16	84	0	91	29	1	33	35	1.67
11811794--11811828	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
11811681--11811994	157	2.0	157	96	0	583	44	3	5	47	1.41
11811931--11811972	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
11811940--11811981	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
11812409--11812433	13	1.9	13	100	0	50	32	32	24	12	1.91
11816009--11816050	21	2.0	21	100	0	84	28	9	23	38	1.86
11816342--11816444	47	2.2	47	94	3	181	28	4	33	33	1.78
11816730--11816879	75	2.0	75	98	0	291	30	12	26	32	1.92
11816973--11817157	40	4.7	40	80	5	178	24	20	28	26	1.99
11817038--11817154	39	3.0	39	85	1	153	24	20	29	24	1.99
11817046--11817190	79	1.8	78	80	1	173	26	20	28	24	1.99
11818049--11818141	48	1.9	48	95	0	168	32	17	31	19	1.95
11824981--11825190	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11824928--11825190	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
11824981--11825225	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
11827453--11827498	22	2.1	22	84	4	58	15	34	30	19	1.93
11830358--11830438	29	2.8	29	100	0	162	32	27	13	27	1.94
11834603--11834690	41	2.1	41	95	2	158	37	12	22	27	1.90
11835979--11836784	180	4.5	179	84	3	930	28	23	17	30	1.97
11849538--11849571	17	2.0	17	100	0	68	52	0	5	41	1.25
11862465--11862493	6	4.8	6	100	0	58	34	13	0	51	1.42
11862701--11862758	23	2.5	23	85	2	80	43	20	18	17	1.89
11863885--11863963	38	2.1	38	100	0	158	45	20	12	21	1.84
11869950--11870036	15	6.0	14	75	12	68	24	8	1	66	1.25
11869957--11869990	14	2.3	15	90	5	52	23	5	2	67	1.26
11869899--11870034	44	3.1	44	75	14	120	24	8	2	65	1.31
11869924--11870057	50	2.7	50	75	15	118	27	7	0	64	1.26
11869907--11870027	29	4.2	30	67	10	81	24	7	1	66	1.27
11870159--11870238	25	3.2	24	74	15	63	32	10	0	57	1.32
11877064--11877135	35	2.1	35	100	0	144	38	11	8	41	1.71
11880792--11880885	48	2.0	48	89	4	145	40	12	6	40	1.69
11883160--11883238	25	3.2	25	75	13	74	25	21	20	32	1.97
11886085--11886140	28	2.1	28	83	6	71	21	14	7	57	1.61
11888574--11888608	15	2.3	15	95	0	61	40	2	11	45	1.55
11891840--11891930	25	3.7	24	82	10	112	34	23	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11892571--11892598	4	7.0	4	100	0	56	25	0	25	50	1.50
11895579--11895702	58	2.1	58	83	5	153	46	4	18	30	1.67
11899877--11899930	27	2.1	26	82	6	65	50	5	0	44	1.25
11900672--11900766	36	2.7	35	79	9	113	65	3	4	27	1.26
11900737--11900778	17	2.5	17	84	3	50	69	7	0	23	1.13
11908473--11908589	58	2.0	58	94	0	207	40	12	11	35	1.81
11908695--11909162	93	5.0	93	100	0	936	31	8	18	42	1.80
11911319--11911439	54	2.2	54	83	2	154	26	22	28	22	1.99
11914334--11914412	31	2.6	29	83	15	88	13	32	26	26	1.94
11914353--11914417	31	2.1	31	100	0	130	13	30	23	32	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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