genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  254  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84128486--84128531	22	2.1	23	80	19	62	67	0	2	30	1.03
84128488--84128544	21	2.7	20	80	17	62	63	0	3	33	1.12
84129165--84129269	28	4.0	27	72	14	78	18	2	6	72	1.19
84134134--84134449	43	7.4	43	85	3	377	30	22	20	26	1.98
84134134--84134449	128	2.5	129	86	3	422	30	22	20	26	1.98
84135325--84135362	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
84136418--84136468	25	1.9	28	84	11	72	43	21	1	33	1.64
84141112--84141203	44	2.1	44	95	0	166	44	6	7	41	1.59
84141631--84141664	10	3.4	10	100	0	68	29	20	0	50	1.49
84141156--84142107	518	1.8	519	98	0	1852	40	11	12	36	1.79
84146301--84146332	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
84147333--84147509	41	4.3	41	83	4	189	20	20	21	37	1.95
84147392--84147531	41	3.5	40	81	8	117	22	22	19	35	1.96
84154368--84154519	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
84154368--84154519	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
84156728--84156774	24	2.0	24	91	8	78	36	2	38	23	1.67
84158044--84158108	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
84158214--84158304	28	3.2	28	92	1	137	19	24	24	31	1.98
84158214--84158329	56	2.1	55	82	6	135	18	24	22	34	1.96
84164495--84164541	24	2.0	24	95	0	85	36	4	38	21	1.73
84169420--84169541	61	2.0	61	85	0	163	30	26	12	31	1.92
84175587--84175675	45	2.0	45	97	0	169	34	7	33	23	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84176848--84176884	19	1.9	19	88	0	56	59	2	2	35	1.26
84176880--84176934	21	2.5	23	82	11	71	63	0	3	32	1.12
84176794--84176937	12	12.6	12	68	15	58	62	0	4	32	1.19
84176843--84176944	15	6.7	16	70	19	51	61	0	2	34	1.17
84176857--84176947	19	4.4	20	74	15	64	62	1	2	34	1.14
84177537--84177568	9	3.7	9	95	4	57	21	53	25	0	1.46
84178615--84179141	44	12.0	44	82	1	601	27	26	13	32	1.94
84178669--84179146	44	10.9	44	85	0	614	27	26	14	32	1.94
84191408--84191752	39	8.7	40	75	9	314	24	28	20	25	1.99
84191410--84191751	40	8.7	38	74	13	221	24	28	21	25	1.99
84191479--84191748	79	3.4	79	79	6	348	25	28	21	24	1.99
84191408--84191752	158	2.2	158	96	1	638	24	28	20	25	1.99
84199672--84199858	39	4.7	40	79	9	213	25	28	20	25	1.99
84199649--84199854	40	5.2	40	78	10	210	25	28	20	25	1.99
84199672--84199854	79	2.3	79	83	5	219	25	29	21	24	1.99
84210354--84210475	61	2.0	61	85	0	163	30	26	12	31	1.92
84217680--84217716	19	1.9	19	88	0	56	59	2	2	35	1.26
84217712--84217766	21	2.5	23	77	11	62	61	0	5	32	1.19
84217726--84217764	12	3.4	11	82	10	51	61	0	5	33	1.18
84219431--84219838	44	9.2	44	88	4	588	25	28	14	30	1.95
84226548--84226577	15	2.0	15	100	0	60	33	20	6	40	1.78
84231974--84232028	21	2.5	23	82	11	71	63	0	3	32	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84231988--84232026	12	3.4	11	89	10	60	64	0	2	33	1.08
84231937--84232038	14	6.7	16	71	21	53	61	0	2	34	1.17
84231974--84232039	23	3.2	20	76	16	55	62	0	3	34	1.11
84233113--84233257	74	2.0	74	95	0	263	14	24	29	31	1.94
84246662--84246822	77	2.1	77	81	3	182	22	21	37	18	1.94
84247136--84247197	26	2.6	23	76	14	61	32	12	17	37	1.88
84247144--84247197	26	2.1	26	92	0	90	31	12	16	38	1.87
84247971--84248052	43	1.9	43	87	0	119	18	18	29	34	1.94
84256290--84256334	16	2.9	16	81	15	58	31	17	22	28	1.97
84256448--84256585	54	2.6	54	84	0	177	35	15	23	24	1.94
84258473--84258645	46	3.8	45	74	13	154	21	19	28	29	1.98
84258468--84258638	93	1.8	93	87	0	252	21	20	28	29	1.98
84275362--84275542	40	4.6	40	90	2	276	25	23	25	25	2.00
84277094--84277146	26	2.0	26	96	0	97	37	22	20	18	1.94
84280149--84280301	78	2.0	77	89	3	236	37	15	16	30	1.90
84280958--84281133	87	2.0	87	95	0	316	22	22	5	50	1.68
84282667--84283030	190	1.9	190	94	0	638	38	13	12	35	1.82
84283460--84283571	27	4.2	26	84	8	136	39	23	21	16	1.92
84284989--84285035	24	2.0	24	86	0	67	27	36	4	31	1.76
84290438--84290558	60	2.0	62	95	3	219	38	21	4	36	1.73
84304224--84304443	48	4.6	48	74	14	195	26	18	25	28	1.98
84323209--84323302	28	3.4	28	79	5	109	26	18	31	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84323209--84323335	56	2.3	56	84	0	155	27	19	29	22	1.98
84323428--84323507	32	2.5	32	95	0	142	35	11	26	27	1.90
84325967--84326238	47	5.8	47	75	12	186	28	16	29	26	1.97
84330888--84331059	92	1.9	93	87	6	260	29	18	29	23	1.98
84330979--84331152	95	1.8	97	86	5	255	28	20	28	23	1.99
84338499--84338826	47	6.9	46	74	17	257	27	18	28	25	1.98
84338914--84339019	53	2.0	53	98	0	203	30	8	28	33	1.87
84343904--84344082	35	5.1	35	86	5	227	35	22	12	29	1.91
84347191--84347265	37	2.0	38	97	2	143	52	10	10	26	1.69
84349677--84349752	25	3.2	25	83	9	88	40	18	22	18	1.91
84350114--84350217	53	2.0	52	94	5	185	40	22	0	37	1.54
84351959--84352117	27	5.9	27	82	11	175	33	21	24	20	1.97
84351977--84352120	54	2.7	54	93	2	236	34	22	24	18	1.97
84355220--84355273	20	2.5	21	82	8	65	42	27	18	11	1.84
84364221--84364261	22	1.9	22	90	5	66	19	29	41	9	1.83
84367656--84367698	21	2.0	21	90	0	68	41	6	13	37	1.72
84373372--84373935	279	2.0	280	92	1	943	30	14	22	32	1.93
84382060--84382089	11	2.7	11	100	0	60	30	23	10	36	1.87
84383696--84383720	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
84386269--84386327	5	10.8	5	79	13	55	71	3	3	22	1.16
84386269--84386327	12	5.4	10	80	11	55	71	3	3	22	1.16
84386263--84386327	15	3.9	16	77	18	62	70	3	3	23	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84397464--84397518	20	2.8	20	83	5	67	67	1	5	25	1.22
84399610--84399682	25	2.9	25	97	0	137	43	1	0	54	1.08
84410759--84410850	48	1.9	47	93	0	148	29	21	27	20	1.98
84412427--84412477	23	2.2	23	86	13	70	31	15	9	43	1.80
84414493--84414533	18	2.2	19	87	12	59	7	4	7	80	1.02
84427124--84427164	21	2.0	21	85	9	57	60	0	17	21	1.35
84431828--84431891	18	3.7	18	76	15	55	68	1	1	28	1.07
84431840--84431892	18	2.9	19	76	15	58	62	1	1	33	1.17
84431901--84431925	12	2.1	12	100	0	50	76	0	8	16	1.02
84431909--84431955	22	2.2	22	88	3	69	70	2	6	21	1.20
84432388--84432448	9	6.8	9	94	0	95	24	9	27	37	1.87
84432572--84432596	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
84445884--84445908	7	3.6	7	100	0	50	28	0	40	32	1.57
84445855--84445919	14	4.6	14	71	7	51	38	1	30	29	1.66
84446290--84446352	30	2.1	31	90	3	101	30	3	6	60	1.37
84446477--84446509	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
84454915--84455032	58	2.1	57	85	4	157	31	16	16	33	1.92
84461303--84461338	17	2.1	17	100	0	72	5	19	16	58	1.58
84461359--84461410	11	4.6	11	84	11	70	34	0	0	65	0.93
84461359--84461410	23	2.3	22	87	9	70	34	0	0	65	0.93
84461356--84461404	3	17.0	3	76	16	50	34	0	0	65	0.93
84463522--84463553	13	2.5	13	100	0	64	43	15	12	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84465399--84465453	19	2.9	19	92	7	94	63	5	3	27	1.33
84465728--84465767	18	2.2	18	86	0	53	2	40	30	27	1.70
84471894--84472064	27	6.3	27	84	2	182	28	22	7	41	1.81
84471894--84472064	81	2.1	81	82	4	202	28	22	7	41	1.81
84472056--84472219	27	6.1	27	75	11	95	39	21	10	28	1.86
84472197--84472282	27	3.1	27	73	17	77	40	15	9	34	1.79
84473123--84473173	20	2.5	20	93	0	84	39	11	17	31	1.86
84473223--84473335	52	2.2	51	96	1	208	27	21	23	27	1.99
84473223--84473335	26	4.4	26	89	1	174	27	21	23	27	1.99
84473491--84473582	42	2.2	42	88	0	130	31	13	20	34	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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