genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  191  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63072490--63072556	31	2.1	32	81	13	77	31	28	11	28	1.92
63072830--63072888	30	2.0	30	83	6	75	30	15	23	30	1.95
63078932--63079020	42	2.1	42	89	0	133	50	13	6	29	1.67
63081795--63081870	38	2.0	38	100	0	152	34	7	21	36	1.82
63082928--63083016	42	2.1	42	91	0	142	50	14	6	28	1.68
63098022--63098121	50	2.0	50	100	0	200	20	22	28	30	1.98
63099703--63099867	65	2.5	65	85	1	206	32	20	21	26	1.97
63103985--63104316	40	8.3	40	95	0	576	26	25	23	24	2.00
63109874--63110054	40	4.6	40	90	2	276	25	25	23	24	2.00
63117373--63117498	48	2.6	48	89	0	198	29	25	18	26	1.98
63122535--63122604	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
63126923--63127154	101	2.3	100	84	4	288	24	17	25	31	1.97
63126923--63127168	50	4.9	50	78	4	212	25	17	26	31	1.97
63127366--63127395	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
63134820--63134984	43	3.8	43	75	12	167	29	23	18	28	1.98
63134820--63134976	86	1.8	85	82	6	201	28	23	19	28	1.98
63142446--63142602	43	3.7	42	78	8	138	31	24	15	28	1.96
63142490--63142601	44	2.6	44	84	6	140	33	25	16	25	1.96
63145511--63145564	3	17.7	3	84	3	54	37	7	0	55	1.28
63145893--63145944	27	2.0	27	84	3	70	53	0	9	36	1.34
63146020--63146065	19	2.4	19	100	0	92	41	0	15	43	1.46
63162598--63163089	42	11.7	42	88	0	642	20	16	24	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63163463--63163500	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
63163814--63164085	130	2.1	128	89	3	422	43	4	9	43	1.57
63164086--63164147	22	2.8	21	72	20	54	43	0	9	46	1.36
63176414--63176495	26	3.2	26	98	0	155	30	7	25	36	1.83
63179165--63179214	25	2.0	25	88	0	73	34	20	26	20	1.96
63179143--63179233	27	3.4	27	81	6	105	34	21	23	20	1.97
63181051--63181075	9	2.8	9	100	0	50	60	28	0	12	1.32
63186698--63186916	27	8.1	27	93	3	345	32	22	25	20	1.98
63186969--63187003	18	1.9	18	100	0	70	34	5	22	37	1.78
63187321--63187355	18	1.9	18	100	0	70	34	5	22	37	1.78
63188583--63188669	24	3.6	24	92	0	138	20	41	2	35	1.65
63188569--63188668	48	2.1	48	88	0	146	20	39	4	37	1.71
63190873--63190954	33	2.5	32	82	9	94	35	3	6	54	1.43
63190892--63190954	32	1.9	33	90	3	101	38	4	4	52	1.44
63203545--63203724	46	3.9	46	78	15	192	27	20	30	22	1.98
63203591--63203739	46	3.2	45	81	16	171	29	18	28	22	1.98
63218404--63218513	43	2.6	43	80	2	123	34	24	19	21	1.96
63218795--63219111	158	2.0	158	94	0	562	30	21	10	37	1.87
63219913--63219960	14	3.2	15	73	8	53	60	10	6	22	1.52
63226266--63226482	46	4.7	46	79	8	217	28	20	28	22	1.99
63228065--63228149	41	2.1	40	95	2	152	40	21	7	31	1.80
63231201--63231334	27	5.0	27	81	3	153	39	16	16	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63235084--63235128	22	2.0	22	95	0	81	55	8	22	13	1.65
63236066--63236196	42	3.1	42	95	1	228	30	16	25	27	1.96
63239380--63239443	18	3.7	18	75	12	71	40	1	9	48	1.45
63239387--63239455	33	2.1	33	83	5	86	47	1	5	44	1.35
63239524--63239633	19	5.8	19	67	23	79	59	5	3	31	1.38
63239457--63239641	76	2.4	75	86	6	248	56	4	3	35	1.37
63239498--63239620	38	3.4	35	70	26	103	56	4	3	34	1.37
63241155--63241179	13	1.9	13	100	0	50	60	0	8	32	1.26
63241215--63241255	21	2.0	21	95	0	73	63	4	2	29	1.28
63248939--63248974	18	2.0	18	94	0	63	22	13	27	36	1.92
63254993--63255084	25	3.7	24	77	13	87	22	22	19	34	1.96
63254994--63255121	25	5.1	25	74	11	73	26	21	19	32	1.97
63254994--63255116	50	2.5	50	82	2	149	26	21	20	32	1.97
63269095--63269265	93	1.8	93	94	2	308	28	29	21	21	1.98
63269090--63269262	46	3.7	46	79	14	212	29	28	20	21	1.98
63269685--63269744	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
63271687--63271762	38	2.0	38	97	0	143	31	14	27	26	1.95
63272949--63273093	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
63287556--63287589	17	2.0	17	100	0	68	17	5	11	64	1.45
63287556--63287592	18	2.1	18	95	5	67	21	5	10	62	1.48
63291429--63291503	29	2.6	29	73	10	73	28	14	33	24	1.94
63295953--63296071	28	4.2	28	76	5	105	26	15	31	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63306175--63306282	27	4.0	27	76	8	87	35	19	23	22	1.96
63306846--63307041	27	7.3	26	85	5	248	25	20	19	34	1.96
63307027--63307192	27	6.1	27	79	0	134	30	7	22	39	1.81
63306847--63307068	81	2.7	81	82	5	227	26	19	18	35	1.95
63307027--63307331	54	5.8	54	74	6	194	31	8	21	38	1.83
63307144--63307234	27	3.4	27	85	0	128	39	7	20	31	1.81
63307237--63307331	27	3.5	27	85	0	127	29	8	22	40	1.83
63309732--63309908	35	5.1	34	83	6	221	40	29	14	15	1.87
63309732--63309908	70	2.5	69	86	8	250	40	29	14	15	1.87
63311688--63311717	16	1.9	15	93	6	51	43	3	6	46	1.46
63315826--63315899	36	2.1	36	94	0	130	28	22	21	27	1.99
63317820--63317862	21	2.0	21	86	8	61	41	0	23	34	1.55
63318544--63318791	33	7.6	33	80	3	187	37	12	22	27	1.91
63326135--63326415	33	8.6	33	81	4	212	36	12	22	28	1.91
63335166--63335325	43	3.7	43	79	3	160	25	16	26	31	1.97
63340548--63340721	48	3.6	48	82	3	208	29	19	28	22	1.98
63340548--63340721	94	1.8	95	85	1	242	29	19	28	22	1.98
63370125--63370511	194	2.0	194	95	1	704	37	16	14	31	1.89
63401972--63402106	39	3.5	39	95	0	234	13	26	23	36	1.92
63413913--63414321	227	1.8	227	91	0	683	27	11	17	43	1.83
63414370--63414400	16	1.9	16	93	0	53	9	9	6	74	1.23
63418125--63418172	14	3.5	13	75	13	51	33	6	6	54	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63419010--63419049	21	1.9	21	85	10	55	40	2	2	55	1.27
63423036--63423079	22	2.0	22	81	0	52	54	18	9	18	1.69
63423129--63423195	31	2.1	32	97	2	127	55	2	8	32	1.46
63423840--63423896	14	4.1	14	97	2	107	57	7	0	35	1.26
63424004--63424038	9	3.8	9	85	7	52	17	0	0	82	0.66
63428326--63428416	9	9.9	9	74	15	62	36	3	14	46	1.61
63428614--63428655	14	3.4	13	81	18	54	66	0	0	33	0.92
63428614--63428665	12	4.3	12	77	15	54	63	1	0	34	1.06
63428639--63428787	48	3.2	48	67	12	139	55	3	4	36	1.37
63428683--63428828	43	3.3	43	69	16	125	56	4	6	32	1.43
63428560--63428869	105	3.1	104	82	12	421	54	3	5	36	1.43
63428639--63428828	91	2.1	91	93	0	326	55	3	5	35	1.42
63428660--63428803	48	3.1	47	66	23	124	54	3	6	36	1.43
63432469--63432890	206	2.0	210	91	5	683	37	10	27	24	1.88
63433743--63433816	22	3.4	21	76	9	60	31	37	4	27	1.75
63433715--63433840	7	17.3	7	71	12	67	30	38	3	27	1.75
63433765--63433803	15	2.7	14	84	7	51	25	41	5	28	1.77
63433767--63433840	29	2.5	28	78	8	76	28	37	4	29	1.75
63433900--63433939	15	2.7	14	84	7	53	47	35	0	17	1.48
63433897--63433954	22	2.6	22	77	0	62	46	31	0	22	1.52
63433969--63434019	14	3.7	14	81	5	68	50	23	0	25	1.49
63434300--63434632	41	8.1	41	85	2	409	28	19	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63435918--63435996	39	2.0	40	97	2	151	40	10	10	39	1.73
63437289--63437344	26	2.2	26	96	0	103	25	23	14	37	1.92
63443673--63443697	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
63445742--63445848	55	1.9	55	84	0	142	13	29	28	28	1.94
63453838--63453876	20	1.9	21	89	5	62	35	15	0	48	1.45
63454048--63454214	43	4.0	42	76	9	178	29	28	17	23	1.97
63465639--63465663	13	1.9	13	100	0	50	32	16	24	28	1.96
63467005--63467193	50	3.8	51	82	2	222	24	17	26	31	1.97
63471753--63471987	50	4.7	50	91	0	346	25	14	28	31	1.95
63475829--63475880	27	1.9	27	88	0	77	38	19	11	30	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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