genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9181175--9181248	37	2.0	37	91	0	121	43	12	17	27	1.84
9183603--9183764	27	6.0	27	88	1	227	32	23	5	38	1.78
9183599--9183763	54	3.1	54	90	1	251	31	23	5	39	1.78
9183572--9183976	27	15.1	26	79	5	204	36	22	7	33	1.83
9183961--9184497	27	20.3	27	85	4	655	33	19	21	25	1.97
9184217--9184253	19	1.9	19	100	0	74	27	18	27	27	1.98
9184923--9184987	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
9185145--9185246	27	3.8	27	85	5	134	18	21	21	38	1.94
9185378--9185535	30	5.4	30	80	11	175	20	17	13	48	1.81
9185378--9186269	79	11.2	79	97	1	1660	21	17	13	48	1.81
9191391--9191658	48	5.6	48	91	0	410	29	28	7	34	1.84
9191391--9191656	144	1.8	144	93	0	460	29	28	7	34	1.84
9202114--9202188	22	3.3	22	88	3	96	34	18	26	20	1.95
9207559--9207630	28	2.6	28	86	0	108	31	26	11	30	1.91
9212999--9213050	22	2.4	22	90	9	88	28	13	34	23	1.92
9215185--9215240	19	2.9	20	67	17	55	17	17	28	35	1.93
9218097--9218228	70	1.9	66	84	6	174	30	12	14	43	1.82
9225300--9225351	28	1.9	27	84	7	70	44	17	0	38	1.49
9225512--9225639	57	2.2	57	87	4	177	27	17	6	48	1.71
9225602--9225666	32	2.1	30	85	5	85	20	23	4	52	1.65
9227036--9227103	34	2.0	34	85	0	91	35	11	23	29	1.90
9230536--9230577	19	2.1	21	82	8	52	42	9	16	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9230873--9230929	29	2.0	28	86	3	78	43	0	8	47	1.34
9231602--9231637	18	2.1	18	89	5	56	44	0	25	30	1.54
9232824--9232866	21	2.0	21	90	0	68	18	37	25	18	1.94
9233781--9234344	282	2.0	282	100	0	1128	31	19	16	32	1.94
9235824--9235990	42	4.0	41	72	9	131	31	26	13	29	1.94
9250817--9250938	65	1.9	63	85	9	167	25	4	16	53	1.63
9256535--9256589	3	18.3	3	100	0	110	32	34	0	32	1.58
9257313--9257355	23	1.9	23	85	4	61	44	0	2	53	1.13
9257375--9257413	18	2.2	18	90	9	62	74	2	0	23	0.94
9257375--9257413	17	2.2	18	90	4	62	74	2	0	23	0.94
9257647--9257692	10	4.3	11	81	10	51	39	0	0	60	0.97
9257812--9257868	10	5.6	10	75	10	53	42	1	1	54	1.21
9260020--9260062	21	2.0	22	86	4	61	62	0	27	9	1.25
9260083--9260157	32	2.3	32	81	2	87	41	0	21	37	1.53
9263055--9263085	14	2.2	14	94	0	53	61	9	6	22	1.50
9263085--9263188	45	2.3	45	90	1	156	44	8	16	30	1.78
9268277--9268311	16	2.3	15	90	5	52	65	2	2	28	1.21
9268775--9268833	31	1.9	31	92	0	100	37	20	5	37	1.75
9279474--9279507	17	2.0	17	100	0	68	35	5	29	29	1.81
9280977--9281185	90	2.3	88	83	8	269	33	15	23	27	1.95
9284156--9284214	29	2.0	29	83	9	75	22	33	23	20	1.97
9284864--9284908	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9285420--9285490	35	2.0	35	100	0	142	42	0	8	49	1.33
9292488--9292541	20	2.6	23	72	24	57	57	9	9	24	1.59
9298363--9298401	21	1.9	20	89	5	60	48	23	0	28	1.51
9307985--9308163	49	3.7	50	76	12	167	27	18	29	24	1.98
9307985--9308166	96	1.9	96	85	7	251	26	19	29	24	1.98
9332554--9332579	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
9336143--9336231	30	3.0	30	90	1	126	31	10	4	53	1.54
9336143--9336231	29	3.0	29	88	4	117	31	10	4	53	1.54
9337941--9338039	3	33.0	3	100	0	198	66	0	0	33	0.92
9338452--9338623	92	1.9	92	93	2	301	34	17	15	32	1.91
9346879--9346929	26	2.0	26	96	0	93	15	17	33	33	1.92
9354198--9354287	43	2.1	43	91	0	144	46	21	4	27	1.70
9354864--9354919	16	3.5	16	87	4	78	35	23	3	37	1.72
9359516--9359560	19	2.4	19	85	3	56	62	8	2	26	1.37
9359746--9359772	5	5.4	5	100	0	54	62	0	0	37	0.95
9361639--9361698	30	2.0	30	96	0	111	55	10	15	20	1.68
9367087--9367357	94	2.8	93	77	9	271	27	19	29	24	1.98
9380717--9380746	15	1.9	16	93	6	53	13	0	3	83	0.77
9382919--9382956	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
9383183--9383318	46	3.0	43	76	14	123	29	27	19	23	1.98
9383725--9383784	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
9386552--9386577	13	2.0	13	100	0	52	38	23	0	38	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9386548--9386598	20	2.5	21	84	9	61	33	25	0	41	1.56
9386811--9386923	42	2.6	42	75	10	113	37	26	14	22	1.92
9386789--9386945	43	3.7	42	77	7	138	34	27	15	22	1.95
9388684--9388722	10	3.5	11	86	13	53	43	10	2	43	1.52
9391789--9391958	47	3.6	46	81	12	161	24	30	17	27	1.97
9391790--9391960	94	1.8	94	88	2	263	25	29	17	27	1.97
9393431--9393594	42	3.9	42	78	8	163	28	22	14	34	1.94
9401491--9401583	46	2.0	46	91	0	150	43	18	18	20	1.89
9402259--9402303	20	2.2	20	84	0	54	26	22	13	37	1.91
9402334--9402476	39	3.6	39	86	5	205	16	25	20	37	1.93
9407211--9408018	49	16.5	49	98	0	1523	20	20	30	28	1.98
9412917--9412959	20	2.2	20	100	0	86	34	30	0	34	1.58
9418742--9418806	35	1.9	33	87	6	94	53	3	1	41	1.25
9419942--9420506	297	1.9	297	100	0	1130	36	10	9	42	1.73
9422634--9422689	28	2.0	28	100	0	112	39	10	10	39	1.75
9423140--9423191	18	2.9	18	83	11	63	59	13	15	11	1.61
9423162--9423194	17	1.9	17	100	0	66	54	18	15	12	1.71
9423142--9423194	17	3.1	17	86	8	63	58	15	15	11	1.63
9424812--9424838	13	2.1	13	100	0	54	51	14	0	33	1.43
9432484--9432543	14	4.3	14	80	0	57	53	26	0	20	1.46
9432484--9432529	7	6.6	7	79	0	56	50	30	0	19	1.48
9432484--9432543	21	2.9	21	79	0	57	53	26	0	20	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9432780--9433038	141	1.8	139	81	3	322	33	20	16	29	1.95
9432926--9433155	117	2.0	117	86	1	327	31	23	16	28	1.96
9433040--9433472	140	3.1	140	92	0	695	29	24	18	27	1.98
9438420--9438560	48	2.9	48	87	0	192	33	31	15	19	1.93
9441698--9441758	30	2.0	30	90	0	95	32	14	6	45	1.71
9444871--9444913	21	2.0	21	95	0	77	48	4	23	23	1.69
9457429--9457737	104	2.9	106	77	5	329	31	10	20	37	1.87
9461983--9462025	19	2.1	21	87	8	63	62	4	4	27	1.35
9465548--9465616	34	2.0	35	91	2	113	36	4	33	26	1.76
9470974--9471014	20	2.0	21	85	4	57	43	0	2	53	1.13
9471837--9471928	37	2.4	36	82	13	105	46	4	3	45	1.39
9472225--9472297	37	2.0	37	94	0	128	49	4	6	39	1.49
9473136--9473200	19	3.5	19	76	2	51	67	3	3	26	1.20
9473125--9473210	31	2.8	32	79	10	97	66	3	2	27	1.20
9476832--9476859	8	3.5	8	100	0	56	89	0	10	0	0.49
9480548--9480576	14	2.0	15	93	6	51	41	31	0	27	1.56
9480598--9480691	46	2.0	46	91	4	154	42	24	3	29	1.70
9480580--9480667	25	3.6	25	67	16	69	42	26	3	28	1.71
9480617--9480694	21	3.5	22	75	13	79	46	24	1	28	1.61
9480662--9480706	14	3.2	14	77	0	54	48	22	0	28	1.50
9480902--9480947	17	2.7	18	77	12	53	45	6	0	47	1.28
9480988--9481079	38	2.4	36	84	13	114	47	4	3	44	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9481377--9481449	37	2.0	37	94	0	128	49	4	6	39	1.49
9483260--9483299	15	3.0	13	83	16	55	80	2	0	17	0.83
9487464--9487539	38	2.0	38	100	0	152	50	13	5	31	1.63
9487695--9487751	30	1.9	30	88	0	87	26	22	8	42	1.83
9498705--9498735	16	1.9	16	100	0	62	19	16	38	25	1.92
9501436--9501460	13	1.9	13	100	0	50	12	32	8	48	1.69
9503013--9503374	46	7.8	46	72	17	275	21	19	29	29	1.97
9503059--9503313	47	5.5	47	71	19	219	21	19	29	29	1.97
9503009--9503365	93	3.8	93	94	0	597	21	19	29	29	1.98
9506063--9506101	15	2.6	15	79	0	51	10	10	20	58	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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