genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  171  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56027035--56027141	42	2.5	42	98	0	205	28	12	29	29	1.93
56027119--56027196	29	2.7	28	82	11	95	24	16	30	28	1.97
56027151--56027476	174	1.9	174	89	1	510	29	14	24	30	1.95
56034729--56034779	21	2.4	21	100	0	102	17	23	39	19	1.92
56036779--56036851	6	12.2	6	100	0	146	83	0	0	16	0.64
56042317--56042446	40	3.3	39	83	5	154	24	21	28	25	1.99
56052792--56052966	46	3.8	47	71	15	166	30	29	20	19	1.97
56052799--56052971	93	1.9	93	90	4	278	29	30	20	19	1.97
56055213--56055248	18	2.0	18	100	0	72	27	22	11	38	1.88
56059487--56059559	32	2.3	32	82	0	92	24	34	26	15	1.94
56059790--56059828	20	1.9	21	84	5	53	30	25	7	35	1.84
56060605--56060821	43	5.1	42	75	12	181	29	23	18	28	1.98
56068742--56068885	72	2.0	72	98	0	279	27	21	22	28	1.99
56071057--56071203	75	2.0	75	97	0	276	28	21	12	37	1.90
56082936--56083125	43	4.4	43	79	9	190	30	24	15	28	1.96
56082957--56083121	86	1.9	86	85	2	224	31	24	17	26	1.97
56087405--56087554	74	2.0	75	89	1	230	33	18	19	28	1.96
56096692--56096737	24	1.9	24	95	0	83	28	32	8	30	1.87
56096643--56096762	29	4.3	29	74	13	110	28	30	12	28	1.93
56106114--56106327	40	5.4	40	81	4	229	24	27	24	23	2.00
56115778--56115858	6	13.2	6	76	14	67	45	16	18	19	1.85
56115789--56115858	19	3.8	18	78	3	77	44	17	18	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56115778--56115858	37	2.2	37	88	0	117	45	16	18	19	1.85
56116270--56116438	27	6.3	27	90	0	257	25	21	18	34	1.96
56116283--56116465	54	3.4	52	81	12	178	26	19	19	34	1.95
56116288--56116465	81	2.2	81	84	4	234	25	18	20	35	1.95
56116288--56116492	81	2.5	81	82	4	209	25	17	20	36	1.94
56116423--56116549	27	4.7	27	78	3	103	28	7	21	42	1.80
56116420--56116562	54	2.6	54	79	4	155	30	8	21	39	1.83
56116450--56116562	27	4.2	27	79	0	118	28	7	23	41	1.80
56116541--56116751	27	7.8	27	88	0	287	37	8	24	30	1.84
56116513--56116770	81	3.2	81	81	3	295	36	8	23	32	1.85
56117860--56117920	21	2.9	21	80	9	70	21	0	27	50	1.49
56117862--56117926	22	3.0	22	76	13	62	20	0	30	49	1.49
56122267--56122305	20	2.1	19	90	9	62	51	15	28	5	1.64
56124139--56124195	28	2.0	28	90	6	89	33	26	17	22	1.96
56127708--56127753	20	2.3	20	81	3	58	26	19	26	28	1.99
56130692--56130733	20	2.1	20	100	0	84	40	21	19	19	1.92
56132830--56133055	40	5.7	40	88	4	296	27	26	20	24	1.99
56133567--56133647	41	2.0	41	97	0	153	40	24	7	27	1.81
56134227--56134343	56	2.1	56	95	0	207	23	23	9	43	1.82
56141815--56141873	30	2.0	29	83	6	75	15	27	33	23	1.95
56144289--56144471	79	2.3	81	82	7	214	24	27	22	25	2.00
56144287--56144471	40	4.7	40	81	7	216	24	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56145601--56145720	56	2.1	56	95	0	213	22	23	10	44	1.83
56146828--56146925	42	2.3	41	79	10	101	21	22	27	28	1.99
56152423--56152449	12	2.2	12	100	0	54	14	0	0	85	0.61
56156519--56156583	22	3.0	22	81	0	85	12	30	26	30	1.92
56159774--56159807	17	2.0	17	94	0	59	26	23	14	35	1.94
56162175--56162210	18	2.0	18	100	0	72	22	33	5	38	1.77
56163533--56163739	53	3.8	54	75	4	184	20	22	18	38	1.93
56171015--56171219	53	3.8	53	78	3	212	19	23	18	38	1.93
56171026--56171219	55	3.6	52	79	4	199	19	23	19	38	1.94
56172654--56172686	15	2.2	16	89	10	52	54	15	0	30	1.41
56172783--56172989	93	2.2	93	86	0	288	24	25	20	29	1.99
56177378--56177544	56	3.0	56	86	1	219	25	13	25	34	1.93
56177784--56177821	19	2.0	19	94	0	67	28	10	18	42	1.83
56189772--56189894	62	2.0	62	95	0	219	17	11	39	32	1.85
56193387--56193486	47	2.1	47	96	0	182	36	10	28	26	1.88
56193387--56193526	47	3.0	47	85	4	158	33	10	30	25	1.90
56193510--56193636	46	2.8	46	93	0	209	33	10	32	23	1.88
56196643--56196688	24	1.9	24	90	0	74	23	19	17	39	1.92
56200743--56200816	21	3.6	21	74	9	80	44	2	0	51	1.15
56200760--56200822	19	3.2	19	75	16	74	42	3	0	52	1.17
56200926--56200966	15	2.8	15	88	3	57	31	19	9	39	1.84
56214561--56214602	18	2.3	18	100	0	84	33	4	19	42	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56215741--56216153	47	8.7	47	95	1	727	32	7	30	29	1.86
56217385--56217428	21	2.0	22	86	4	63	29	6	2	61	1.34
56221789--56221929	52	2.7	52	82	3	158	28	23	19	29	1.98
56231322--56231540	38	5.7	38	86	2	312	21	22	25	30	1.99
56231322--56231540	78	2.9	76	85	2	303	21	22	25	30	1.99
56233934--56234346	47	8.7	47	95	1	727	29	30	7	32	1.86
56233945--56234367	143	3.0	138	88	7	566	30	29	8	31	1.86
56235485--56235526	18	2.3	18	100	0	84	42	19	4	33	1.72
56245600--56245655	18	3.2	18	76	2	60	37	14	10	37	1.81
56245604--56245672	36	1.9	36	84	0	93	39	14	8	37	1.77
56246394--56246421	6	4.7	6	100	0	56	0	17	0	82	0.68
56246394--56246433	18	2.2	18	86	8	55	0	20	0	80	0.72
56246505--56246542	5	7.6	5	93	0	67	60	2	0	36	1.11
56246635--56246687	21	2.5	22	78	9	65	58	3	0	37	1.16
56249371--56249402	13	2.5	13	94	0	55	50	25	25	0	1.50
56251562--56251593	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
56255682--56255913	56	4.1	56	98	0	437	23	21	9	45	1.81
56257421--56257489	34	2.0	34	94	0	120	47	10	15	26	1.77
56257516--56257557	18	2.3	18	80	8	50	42	2	9	45	1.49
56257548--56258007	227	2.0	231	92	2	775	41	11	14	32	1.81
56266679--56266724	23	2.0	23	86	0	65	26	17	10	45	1.81
56272315--56272349	16	2.3	15	90	9	54	71	0	20	8	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56272431--56272471	5	8.0	5	89	5	64	75	2	21	0	0.92
56281255--56281296	12	3.5	12	81	18	52	76	0	23	0	0.79
56281252--56281304	21	2.5	22	82	14	67	73	0	26	0	0.83
56281263--56281306	20	2.2	20	92	8	72	72	0	27	0	0.85
56284529--56284627	50	2.0	50	95	0	180	33	13	24	29	1.93
56295360--56295416	25	2.2	26	90	3	89	35	17	19	28	1.94
56295368--56295424	25	2.2	25	84	3	69	35	17	19	28	1.94
56302645--56302674	14	2.1	14	100	0	60	16	10	40	33	1.82
56312254--56312364	43	2.6	42	82	2	132	27	26	17	29	1.97
56325959--56326856	475	1.9	462	93	3	1546	30	23	16	30	1.96
56326819--56326895	39	2.0	39	97	0	145	36	14	20	28	1.92
56333788--56334084	40	7.5	40	91	4	433	22	23	27	25	2.00
56343134--56343322	40	4.7	40	87	2	281	25	22	26	25	2.00
56346251--56346428	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
56346272--56346427	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
56348631--56348670	8	4.9	8	87	6	62	35	22	0	42	1.54
56349948--56350106	43	3.7	43	85	2	212	32	23	15	28	1.95
56351949--56351979	16	1.9	16	93	0	53	45	16	19	19	1.86
56354097--56354217	43	2.9	42	81	8	156	28	26	15	29	1.96
56357488--56357608	43	2.9	42	81	8	156	28	26	15	29	1.96
56361778--56362039	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
56375880--56376000	47	2.6	48	77	12	126	26	19	31	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56375886--56376046	46	3.5	45	73	11	146	27	19	29	22	1.98
56381838--56381889	12	4.3	12	80	4	52	28	0	50	21	1.49
56383302--56383451	27	5.7	27	78	7	157	33	13	14	38	1.85
56383302--56383451	54	2.9	53	85	4	191	33	13	14	38	1.85
56383390--56383433	22	2.0	22	90	0	70	34	6	20	38	1.79
56383446--56383570	27	4.6	27	82	8	130	40	21	17	20	1.92
56383631--56383698	23	2.9	24	79	16	63	23	10	20	45	1.81
56387241--56387689	27	16.7	27	90	0	659	30	14	16	38	1.88
56387684--56387824	27	5.2	27	85	0	165	41	19	17	21	1.90
56387887--56387936	23	2.2	23	82	13	59	24	14	18	44	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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