genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  220  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73140745--73140892	63	2.4	62	80	4	163	28	8	29	33	1.86
73156182--73156236	27	2.0	27	85	0	74	21	25	3	49	1.66
73156224--73156308	43	2.0	42	88	6	127	22	24	0	52	1.47
73159834--73159859	11	2.4	11	100	0	52	26	26	11	34	1.91
73161782--73161830	13	3.8	13	78	7	55	40	0	20	38	1.53
73161777--73161816	14	2.9	14	81	3	55	47	0	15	37	1.45
73164290--73164481	102	1.9	103	86	3	280	32	9	6	51	1.60
73164532--73164578	22	2.2	22	84	3	60	36	2	0	61	1.08
73171608--73171808	88	2.3	89	94	0	359	36	15	15	31	1.90
73173694--73173724	16	1.9	16	93	0	53	64	0	0	35	0.94
73174594--73174665	22	3.0	24	82	8	76	52	1	2	43	1.24
73177906--73177973	16	4.2	16	92	0	118	27	0	35	36	1.58
73178190--73178231	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
73178199--73178240	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
73178193--73178674	120	4.0	120	95	0	752	51	4	1	42	1.32
73178309--73178367	15	4.0	15	78	14	61	52	1	0	45	1.10
73178286--73178370	43	2.0	43	82	8	104	54	2	1	42	1.21
73178467--73178650	37	4.7	37	70	17	140	51	3	1	44	1.27
73178450--73178603	18	8.9	18	66	18	76	54	2	0	42	1.19
73182684--73182739	20	2.8	20	84	10	71	35	0	10	53	1.36
73183743--73183806	31	2.1	31	93	0	110	39	9	14	37	1.78
73184356--73184405	26	2.0	25	84	4	64	24	0	16	60	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73186586--73186630	14	2.9	16	77	16	58	44	2	6	46	1.42
73186674--73186798	63	2.0	63	87	4	180	51	3	8	36	1.49
73190362--73190398	17	2.1	19	90	10	60	75	0	24	0	0.80
73193121--73193304	93	2.0	93	90	0	287	32	11	21	34	1.89
73200011--73200050	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
73209364--73209419	21	2.7	21	74	0	67	30	25	23	21	1.99
73209723--73209789	33	2.0	33	97	0	125	40	22	8	28	1.84
73213034--73213262	48	4.8	48	92	0	377	24	18	27	29	1.98
73222726--73222897	40	4.3	40	85	2	222	23	22	27	25	2.00
73226536--73226644	20	5.5	19	71	6	67	34	14	9	41	1.78
73226526--73226623	20	4.9	20	72	5	65	35	15	10	38	1.81
73226526--73226643	40	3.0	40	79	9	118	35	15	9	39	1.79
73226609--73226654	20	2.3	20	88	0	74	36	17	4	41	1.69
73226812--73226976	23	7.0	23	75	6	107	35	16	20	27	1.94
73226915--73226999	26	3.4	26	75	15	88	31	17	20	30	1.95
73226895--73227022	49	2.6	49	92	0	202	34	16	20	28	1.94
73233254--73233314	6	10.2	6	76	13	63	62	0	1	36	1.05
73233274--73233332	30	2.0	30	83	6	75	54	1	3	40	1.27
73234238--73234273	11	3.2	11	96	4	63	25	0	47	27	1.52
73237097--73237364	40	6.7	40	78	6	283	22	26	18	32	1.97
73237097--73237364	120	2.2	119	83	6	319	22	26	18	32	1.97
73261444--73261468	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73265583--73265665	29	2.9	28	78	8	96	27	16	30	25	1.97
73266041--73266065	11	2.3	11	100	0	50	36	28	8	28	1.85
73267525--73267642	42	2.8	42	83	3	139	31	22	17	28	1.97
73267525--73267681	43	3.6	44	77	5	151	31	22	18	27	1.97
73275104--73275253	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
73275128--73275311	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
73285725--73285971	40	6.2	40	80	12	253	23	23	28	25	2.00
73285725--73285948	119	1.9	120	86	2	326	22	23	28	25	1.99
73285765--73285971	79	2.6	79	86	3	283	23	23	28	25	2.00
73292551--73292795	40	6.2	40	79	12	240	23	22	28	25	1.99
73292591--73292772	79	2.3	80	91	0	285	23	23	28	25	1.99
73292591--73292795	79	2.6	79	86	3	279	23	22	28	25	1.99
73295841--73295967	55	2.3	54	77	6	130	15	27	25	30	1.96
73298916--73298962	5	9.0	5	82	13	51	57	0	2	40	1.11
73313367--73313419	26	2.0	26	100	0	106	41	7	3	47	1.50
73328706--73328742	17	2.2	17	90	9	58	24	13	8	54	1.66
73334004--73334029	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
73345677--73345940	46	5.7	45	75	15	161	23	29	18	29	1.97
73345723--73345942	46	4.7	47	79	10	213	23	30	18	28	1.98
73345671--73345945	94	2.9	94	75	13	282	23	29	18	29	1.98
73352682--73352823	67	2.1	67	86	5	194	30	22	28	18	1.97
73352753--73352804	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73357932--73357973	22	2.0	22	85	4	59	14	35	26	23	1.93
73358266--73358526	48	5.5	48	77	14	199	22	30	18	27	1.98
73358266--73358571	46	6.5	47	75	13	199	23	29	18	28	1.98
73358266--73358534	46	5.7	48	75	13	238	22	30	18	27	1.97
73358266--73358574	94	3.3	93	74	16	257	23	29	18	28	1.98
73366251--73366310	29	2.1	29	81	3	68	46	1	23	28	1.62
73368941--73369014	37	2.0	37	94	0	130	33	12	22	31	1.91
73389182--73389368	40	4.7	40	88	5	281	25	28	22	22	1.99
73406480--73406507	14	2.0	14	100	0	56	28	7	28	35	1.84
73408679--73408833	76	2.0	76	96	0	283	44	16	7	31	1.76
73412010--73412057	17	2.8	18	87	9	66	85	2	12	0	0.69
73412022--73412062	11	3.7	11	90	6	57	87	0	9	2	0.62
73412010--73412062	6	9.2	6	82	12	58	83	1	13	1	0.82
73422861--73423058	48	4.1	48	90	2	281	31	24	17	25	1.97
73422830--73423058	96	2.4	96	85	0	314	32	25	16	25	1.96
73423038--73423122	37	2.3	37	87	0	116	28	24	17	29	1.97
73438512--73438571	29	2.1	29	81	6	68	43	1	20	35	1.62
73440508--73440547	20	2.0	20	85	0	53	32	10	12	45	1.75
73442565--73442604	20	2.0	20	100	0	80	25	15	20	40	1.90
73442787--73442848	24	2.7	24	92	7	103	46	6	24	22	1.75
73447941--73447971	13	2.4	13	94	0	53	6	9	41	41	1.63
73450222--73450423	41	5.0	41	93	0	316	30	28	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73470110--73470148	19	2.2	18	90	9	62	46	5	15	33	1.68
73473861--73473923	25	2.6	25	97	2	119	34	26	11	26	1.90
73474279--73474425	41	3.6	41	83	6	165	31	28	17	23	1.96
73475858--73475977	24	4.8	25	69	12	79	34	20	26	18	1.96
73475858--73475977	48	2.4	50	81	9	122	34	20	26	18	1.96
73477819--73477929	29	3.8	29	86	1	132	21	26	15	36	1.93
73477819--73477929	58	1.9	59	84	1	152	21	26	15	36	1.93
73500915--73501010	40	2.4	40	84	6	124	14	26	19	39	1.90
73501659--73501738	27	3.0	27	88	0	124	32	18	6	42	1.75
73501803--73501883	27	3.0	27	83	8	76	39	16	9	34	1.81
73501812--73501901	27	3.3	28	84	9	107	40	16	10	33	1.82
73501907--73502170	27	9.8	27	86	0	314	28	24	7	39	1.83
73501907--73502170	81	3.3	81	86	2	361	28	24	7	39	1.83
73502237--73502317	27	3.0	27	83	8	76	39	16	9	34	1.81
73502246--73502335	27	3.3	28	84	9	107	40	16	10	33	1.82
73502347--73502550	80	2.5	80	85	2	257	30	23	7	39	1.82
73502344--73502550	27	7.7	27	86	1	238	29	24	7	38	1.82
73501652--73502552	434	2.1	434	92	0	1509	31	21	9	37	1.85
73502543--73502612	36	1.9	36	88	0	104	44	12	11	31	1.78
73502572--73502678	27	4.0	27	73	8	85	42	17	8	30	1.79
73502572--73502678	54	2.0	54	83	3	135	42	17	8	30	1.79
73502689--73502740	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73502786--73502853	27	2.5	27	85	4	84	36	22	22	19	1.95
73502803--73502880	27	2.9	27	92	3	122	32	23	24	20	1.98
73503666--73503735	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
73503665--73503760	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
73503666--73503760	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
73503885--73503974	42	2.1	42	85	0	117	28	15	20	35	1.93
73503998--73504068	31	2.3	30	90	4	115	30	14	25	29	1.94
73504010--73504075	31	2.1	31	100	0	132	28	16	25	28	1.97
73512517--73512602	27	3.2	26	85	8	102	22	22	19	36	1.96
73520311--73520364	27	2.0	27	92	3	92	18	25	20	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276