genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  83  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25605615--25605663	16	2.9	17	84	6	55	44	0	2	53	1.12
25606633--25606690	30	1.9	30	82	6	73	53	1	5	39	1.33
25606934--25606974	21	1.9	21	90	5	64	29	0	4	65	1.13
25607064--25607111	23	2.1	23	100	0	96	41	12	4	41	1.62
25607239--25607298	27	2.2	27	81	0	66	36	35	10	18	1.84
25611343--25611392	13	3.9	14	75	15	54	22	6	32	40	1.78
25613393--25613442	21	2.4	21	83	10	66	34	8	2	56	1.40
25618364--25618486	47	2.7	46	87	2	165	29	26	16	27	1.97
25618504--25618652	31	4.8	31	95	0	253	25	28	20	26	1.99
25618628--25618756	50	2.5	51	91	2	206	25	22	17	34	1.95
25620648--25620789	44	3.2	44	67	16	128	33	21	2	42	1.68
25620626--25620807	91	2.0	91	97	0	346	32	21	3	42	1.71
25620946--25621435	132	3.7	132	91	1	734	28	21	15	33	1.94
25622286--25622336	18	2.8	18	74	14	50	66	5	3	23	1.30
25625795--25625850	24	2.4	22	85	11	67	10	10	3	75	1.17
25625791--25625855	29	2.2	30	83	2	78	9	12	3	75	1.15
25628984--25629040	18	3.1	18	79	2	60	35	5	1	57	1.31
25631496--25631596	51	2.0	50	92	1	166	32	2	18	45	1.65
25632808--25632862	26	2.1	26	82	0	65	27	10	5	56	1.56
25638608--25638647	19	2.1	19	95	0	71	40	32	12	15	1.84
25641849--25641931	42	2.0	42	82	0	103	26	19	31	22	1.98
25645396--25645468	34	2.1	34	85	9	96	52	1	2	43	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25647162--25647195	17	1.9	18	88	5	52	50	8	5	35	1.58
25651724--25651788	30	2.2	30	97	2	123	53	3	9	33	1.48
25670609--25670672	32	2.0	32	100	0	128	31	28	0	40	1.57
25672758--25672803	21	2.1	21	84	11	58	60	0	4	34	1.16
25683987--25684546	279	2.0	279	95	1	998	30	18	16	34	1.94
25686969--25686993	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
25689515--25689852	168	2.0	168	100	0	676	40	19	4	34	1.73
25691609--25691652	3	15.0	3	86	13	65	65	0	2	31	1.05
25708098--25708137	21	1.9	21	94	0	71	55	12	12	20	1.69
25708733--25708821	43	2.1	42	85	2	124	46	4	15	33	1.66
25710311--25710348	19	2.0	19	100	0	76	47	15	10	26	1.78
25711736--25711787	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
25716583--25716624	14	2.8	15	78	10	50	47	7	4	40	1.52
25721128--25721192	29	2.2	28	86	10	87	47	1	4	46	1.32
25722991--25723035	23	2.0	22	91	4	72	60	8	6	24	1.51
25724167--25724232	28	2.3	31	79	10	77	60	0	0	39	0.97
25724210--25724252	22	2.0	22	90	0	68	60	2	0	37	1.10
25726492--25727891	700	2.0	700	99	0	2791	30	16	20	33	1.94
25749334--25749359	12	2.2	12	100	0	52	34	7	34	23	1.83
25756066--25756099	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
25758782--25758809	13	2.2	13	100	0	56	92	0	7	0	0.37
25763932--25764008	31	2.5	32	76	6	86	41	20	14	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25763961--25764105	60	2.5	59	82	6	170	39	20	15	24	1.91
25766254--25766322	24	2.8	24	75	2	66	17	5	4	72	1.21
25767638--25767671	16	2.1	16	88	0	50	50	0	8	41	1.34
25768403--25768449	22	2.1	23	84	11	62	25	8	8	57	1.57
25770611--25770640	15	2.0	15	93	0	51	13	10	0	76	1.01
25776417--25776473	22	2.6	21	81	10	62	12	5	14	68	1.37
25778067--25778165	49	2.0	49	100	0	198	48	12	4	35	1.59
25778427--25778481	24	2.2	25	78	12	69	47	3	1	47	1.30
25781288--25781417	59	2.2	59	81	11	153	40	16	6	36	1.75
25802974--25803016	21	2.0	21	100	0	86	44	13	9	32	1.76
25813679--25813717	17	2.4	16	91	4	60	0	15	0	84	0.62
25815472--25815551	31	2.6	30	77	11	83	45	12	8	33	1.73
25818572--25818715	59	2.4	59	91	0	243	40	6	6	46	1.56
25821557--25821599	18	2.6	16	82	10	50	37	0	0	62	0.95
25821817--25821856	16	2.4	17	87	8	55	72	0	27	0	0.85
25825771--25825815	19	2.2	21	88	7	67	2	26	0	71	0.98
25826042--25826092	26	2.0	26	100	0	102	15	37	35	11	1.84
25826513--25826563	26	2.0	26	96	0	93	15	39	35	9	1.81
25827672--25827722	26	2.0	26	100	0	102	15	37	35	11	1.84
25828017--25828083	30	2.2	31	81	5	75	47	2	4	44	1.38
25828975--25829036	29	2.1	29	81	0	70	54	3	0	41	1.16
25835262--25835354	44	2.1	44	97	0	177	44	7	8	39	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25841203--25841470	132	2.0	132	97	0	509	35	22	10	32	1.88
25843152--25843185	17	2.1	17	88	5	52	8	23	5	61	1.47
25845068--25845275	54	3.9	51	88	5	254	25	26	16	32	1.96
25847355--25847397	21	2.0	21	86	0	59	55	13	18	11	1.68
25855633--25855679	24	1.9	24	86	4	67	63	4	0	31	1.13
25860087--25860142	29	1.9	29	81	0	67	32	23	14	30	1.94
25867681--25867749	35	2.0	35	100	0	138	11	14	34	39	1.82
25877105--25877336	56	4.1	56	99	0	455	45	9	22	22	1.80
25881530--25881990	44	10.5	44	74	5	385	30	25	17	26	1.97
25881514--25881995	132	3.7	132	95	0	865	30	25	16	27	1.97
25883653--25883775	60	2.0	60	100	0	246	34	21	17	26	1.96
25897671--25897725	26	2.1	26	100	0	110	20	14	16	49	1.80
25898447--25898494	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
25902205--25902239	12	2.8	13	86	8	54	45	2	0	51	1.16
25903449--25903510	23	2.8	23	90	4	92	33	4	3	58	1.36
25909029--25909078	17	3.0	17	75	13	50	58	0	2	40	1.10
25909036--25909085	20	2.7	18	81	6	55	58	0	2	40	1.10
25909378--25909430	19	2.8	19	80	2	63	64	7	0	28	1.21
25912804--25912842	18	2.2	18	86	9	53	66	2	2	28	1.18
25919431--25919495	29	2.3	29	81	2	78	36	4	12	46	1.62
25922577--25922605	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
25923369--25923479	47	2.4	47	83	6	145	26	16	22	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25928706--25928746	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
25931495--25931573	41	1.9	41	100	0	158	45	11	8	34	1.71
25934337--25934528	100	1.9	100	86	0	276	37	13	15	34	1.86
25939380--25939429	20	2.5	20	83	3	57	42	4	2	52	1.31
25940472--25940511	13	3.1	13	88	0	62	42	20	7	30	1.79
25941186--25941238	26	2.0	27	85	10	74	39	0	3	56	1.17
25941724--25941786	22	2.8	22	92	2	99	42	6	15	34	1.73
25945206--25945454	52	4.9	51	78	8	231	25	17	27	29	1.98
25952491--25952542	24	2.2	24	82	0	59	50	7	5	36	1.55
25953831--25953874	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
25969136--25969184	23	2.2	22	92	3	80	10	18	16	55	1.69
25969144--25969193	23	2.3	22	83	10	59	10	22	14	54	1.69
25988222--25988264	21	2.0	22	81	4	52	48	0	2	48	1.14
25991510--25991646	50	2.7	49	87	4	202	30	7	2	59	1.40
25991516--25991721	50	4.1	49	80	6	182	30	7	3	58	1.42
25991733--25991764	14	2.3	14	94	0	55	12	0	3	84	0.74
25991771--25991812	19	2.3	18	84	8	50	23	4	7	64	1.38
25991848--25991917	26	2.6	25	82	10	77	31	4	5	58	1.41
25991952--25992080	49	2.6	47	75	14	129	27	6	2	64	1.29
25995889--25995994	53	2.0	55	92	3	180	30	0	3	65	1.17
25995907--25996002	25	3.8	25	72	14	70	29	1	4	65	1.18
25998019--25998271	126	2.0	126	89	0	389	28	14	18	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25998309--25998429	30	4.0	29	74	12	102	44	15	0	38	1.53
25998363--25998429	34	2.0	34	88	5	100	41	16	0	41	1.48
26006250--26006274	3	8.3	3	100	0	50	36	32	32	0	1.58
26008287--26008348	31	2.1	30	80	16	69	53	1	1	43	1.20
26015459--26015614	68	2.3	68	92	2	260	37	8	3	51	1.48
26017783--26017836	22	2.5	22	82	11	67	51	3	0	44	1.19
26018681--26018731	20	2.5	21	75	9	52	60	0	0	39	0.97
26021427--26021456	7	4.3	7	91	0	51	76	0	0	23	0.78
26021783--26021832	2	25.0	2	100	0	100	50	50	0	0	1.00
26028195--26028287	3	30.7	3	78	6	98	60	1	6	32	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276