Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  185  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60885130--60885181
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2.0
26
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26
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27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
60891087--60891532
27
16.5
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97
0
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22
22
1.97
60892185--60892236
27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
60892166--60893011
67
12.6
67
99
0
1683
17
29
22
29
1.97
60892252--60892303
27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
60892319--60892370
27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
60892386--60892437
27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
60892453--60892504
27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
60892520--60892571
27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
60892587--60892638
27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
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27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
60892721--60892772
27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
60892788--60892839
27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
60892855--60892906
27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
60892922--60892973
27
2.0
26
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17
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3.0
306
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10
39
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2.5
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29
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2.2
42
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1.91
60905168--60905342
26
6.8
26
88
0
246
28
23
22
26
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60905168--60905342
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3.4
52
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1
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22
26
1.99
60905392--60905466
20
3.8
20
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6
111
34
20
9
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1.84
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5.5
11
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10
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1.88
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27
2.4
27
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20
24
20
35
1.96
60906165--60906266
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22
20
20
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27
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211
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8
19
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1.81
60906260--60906512
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3.1
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265
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28
1.82
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4.1
54
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30
1.81
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1.84
60906707--60906796
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3.3
27
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119
32
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17
38
1.85
60906690--60906796
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2.0
54
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128
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11
20
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1.88
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42
10
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18
18
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2.4
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3
227
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19
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40
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2.0
120
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17
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9.1
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0
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1.98
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39
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1.99
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7.0
39
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0
517
23
30
25
20
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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29
24
1.98
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28
19
26
1.99
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2.0
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0
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19
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1.98
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156
2.0
156
98
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25
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21
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1.95
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34
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11
100
0
52
19
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7
65
1.43
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
61008247--61008427
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3.0
60
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12
3
44
1.61
61008479--61008549
24
3.0
24
93
0
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29
19
8
42
1.81
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2.4
29
92
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1
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1
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1.51
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13
1
36
1.52
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13
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13
0
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1.49
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123
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0
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1.49
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5
2
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1.35
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17
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0
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5
2
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29
29
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4.2
218
99
0
1797
28
24
16
30
1.96
61020589--61020682
44
2.1
45
80
5
102
24
26
17
31
1.97
61020807--61020900
44
2.1
45
80
5
102
24
26
17
31
1.97
61021015--61021152
44
3.1
44
85
3
168
27
25
15
31
1.95
61020807--61021420
265
2.3
265
85
4
812
28
23
16
30
1.97
61021374--61021464
44
2.1
44
93
0
155
29
26
13
30
1.94
61021062--61021824
312
2.4
312
92
0
1256
29
22
17
31
1.96
61021686--61021776
44
2.1
44
91
0
146
29
24
14
31
1.94
61026039--61026100
15
4.3
15
65
19
51
8
35
8
48
1.62
61026014--61026100
42
2.1
42
97
0
165
9
35
9
45
1.68
61029971--61030162
47
4.1
47
89
1
260
32
11
30
25
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
61030136--61030272
46
3.0
46
85
2
186
36
8
29
24
1.86
61031786--61032325
160
3.4
160
91
1
848
25
21
27
26
1.99
61031773--61032312
40
13.5
40
88
1
769
24
22
27
25
2.00
61045155--61045187
17
1.9
17
93
0
57
57
0
6
36
1.23
61045290--61045359
23
3.0
23
73
12
63
65
0
1
32
1.01
61045297--61045343
18
2.6
19
87
12
64
63
0
2
34
1.06
61045273--61045357
39
2.2
38
79
8
91
64
1
1
32
1.08
61051441--61051576
68
2.0
68
91
0
218
33
27
11
27
1.91
61053865--61054021
78
2.0
78
98
0
305
33
21
16
28
1.95
61055296--61055417
46
2.6
47
84
5
147
26
22
14
36
1.93
61056407--61056568
81
2.0
81
98
0
315
34
19
11
35
1.87
61072566--61072603
19
2.0
20
89
5
60
76
2
2
18
1.02
61073965--61074470
254
2.0
255
83
2
651
19
27
25
27
1.99
61081459--61081640
28
6.5
28
96
0
303
26
12
28
32
1.93
61088175--61088261
45
1.9
45
95
0
156
24
12
26
36
1.91
61096914--61097000
44
2.0
44
93
0
147
34
24
5
35
1.79
61106765--61107056
27
10.8
27
79
2
264
39
19
10
30
1.85
61106765--61107056
54
5.4
54
81
2
291
39
19
10
30
1.85
61107015--61107112
27
3.6
27
87
0
133
34
19
18
27
1.95
61109859--61109960
44
2.4
44
82
11
122
30
24
18
26
1.98
61117247--61117299
26
2.0
26
100
0
106
35
22
22
18
1.95
61117292--61117413
43
2.8
43
76
7
115
32
25
18
23
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
61124033--61124145
27
4.2
26
82
8
118
18
23
22
36
1.95
61124033--61124145
55
2.1
54
83
8
140
18
23
22
36
1.95
61127346--61127568
48
4.8
48
74
11
219
27
26
20
26
1.99
61127773--61127946
87
2.0
87
98
0
339
24
22
12
40
1.88
61135863--61135956
45
2.0
47
87
10
138
23
32
19
24
1.97
61135748--61136130
40
9.5
40
88
4
538
24
29
22
23
1.99
61144521--61144562
21
2.0
21
90
0
66
59
4
0
35
1.19
61147404--61147453
25
2.0
25
88
7
75
60
0
2
38
1.09
61156297--61156466
43
4.0
42
78
8
164
22
15
26
35
1.94
61156293--61156469
86
2.1
85
82
7
207
23
14
27
35
1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276