genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  239  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78939827--78939895	33	2.1	33	97	0	129	59	7	8	24	1.52
78940189--78940249	31	1.9	32	87	9	90	60	6	0	32	1.22
78940316--78940380	27	2.5	26	82	12	71	61	0	7	30	1.24
78940482--78940531	18	2.8	18	85	11	75	64	0	0	36	0.94
78940490--78940591	3	33.7	3	70	20	61	61	0	3	34	1.14
78940463--78940551	30	2.9	29	77	11	90	62	0	4	32	1.15
78940482--78940605	30	4.3	29	70	20	84	60	0	3	35	1.19
78944617--78944662	21	2.3	20	78	14	51	41	17	10	30	1.84
78945155--78945741	293	2.0	293	98	0	1138	28	15	16	39	1.89
78945926--78945961	18	2.0	18	100	0	72	27	16	5	50	1.68
78947048--78947081	18	1.9	17	88	5	50	23	0	8	67	1.18
78947929--78947984	17	3.5	17	79	13	57	44	7	0	48	1.30
78953166--78953220	28	2.0	28	100	0	110	40	29	9	21	1.84
78953416--78953483	34	2.0	34	94	0	118	26	8	20	44	1.81
78962141--78962209	9	7.7	9	81	0	66	47	20	5	26	1.72
78962142--78962209	18	3.8	18	84	0	91	47	20	5	26	1.73
78962229--78962255	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
78962280--78962304	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
78962281--78962318	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
78966672--78966702	16	2.0	15	93	6	53	58	0	0	41	0.98
78967290--78967318	14	2.1	14	93	6	51	37	13	10	37	1.79
78978664--78978737	21	3.5	21	83	0	94	4	48	17	29	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78981423--78981478	27	2.1	27	86	0	76	57	12	1	28	1.46
78983054--78983126	28	2.5	30	83	14	100	38	34	0	27	1.57
78983093--78983137	21	2.1	21	87	0	63	37	31	0	31	1.58
78983275--78983320	14	3.4	14	71	17	51	39	32	2	26	1.68
78983339--78983419	22	3.7	22	80	1	74	39	40	1	18	1.59
78983338--78983424	29	3.0	28	81	3	93	39	40	1	19	1.59
78983337--78983461	7	17.6	7	74	12	85	42	36	1	19	1.61
78983352--78983463	14	7.8	15	75	16	96	43	37	0	17	1.56
78983359--78983463	29	3.7	28	77	7	50	44	36	0	18	1.56
78986584--78986632	23	2.1	23	100	0	98	48	0	8	42	1.32
78988112--78988140	14	2.1	14	100	0	58	24	0	34	41	1.55
78991839--78991904	33	2.0	33	96	0	123	42	16	22	18	1.89
78998652--78999119	234	2.0	234	98	0	909	30	24	16	28	1.96
79009720--79010238	261	2.0	261	99	0	1020	30	21	24	22	1.99
79016642--79016667	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
79016940--79016997	30	1.9	30	86	6	82	18	27	32	20	1.97
79019999--79020034	18	2.0	18	88	0	54	27	5	22	44	1.75
79020839--79020888	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
79022402--79022453	18	2.9	18	83	16	65	76	0	0	23	0.78
79022408--79022463	5	10.4	5	85	11	67	80	1	0	17	0.80
79028421--79028475	5	11.8	5	74	14	55	25	1	0	72	0.94
79028421--79028488	9	7.6	9	79	12	68	26	1	0	72	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79028439--79028478	14	2.9	14	89	10	64	22	2	0	75	0.93
79028430--79028475	24	2.0	23	91	4	74	23	2	0	73	0.94
79029003--79029033	12	2.6	12	94	0	53	3	54	0	41	1.16
79031082--79031260	96	1.9	97	90	3	290	29	15	25	30	1.96
79031889--79031944	10	5.6	10	85	8	53	26	5	1	66	1.23
79032079--79032107	14	2.1	14	100	0	58	27	20	0	51	1.47
79033480--79033570	41	2.2	42	82	5	114	37	5	6	50	1.52
79035055--79035095	21	1.9	22	85	14	59	56	4	7	31	1.48
79035648--79035700	21	2.5	22	84	3	72	54	11	5	28	1.58
79042653--79042745	43	2.2	44	90	3	145	51	12	6	29	1.65
79042767--79042806	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
79047394--79047477	43	2.0	43	92	0	141	50	14	5	29	1.66
79047507--79047546	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
79054587--79054675	44	2.0	44	100	0	178	38	22	15	23	1.93
79056381--79056437	30	1.9	30	88	0	87	47	0	1	50	1.11
79078599--79078668	33	2.1	33	94	0	122	41	15	1	41	1.56
79078672--79078722	12	4.4	11	82	9	57	29	11	0	58	1.33
79078672--79078722	23	2.2	24	82	10	61	29	11	0	58	1.33
79079102--79079147	20	2.3	19	85	10	65	0	21	0	78	0.76
79079102--79079142	20	2.1	20	90	4	66	0	19	0	80	0.71
79083616--79083663	25	1.9	25	86	0	69	31	16	27	25	1.97
79083783--79083833	25	2.1	24	88	3	75	41	19	21	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79086458--79086680	111	2.0	112	87	7	326	47	7	11	33	1.67
79088536--79088585	18	2.7	19	84	9	59	46	0	4	50	1.20
79088548--79088585	19	2.0	20	85	10	53	42	0	5	52	1.24
79091105--79091148	22	2.0	22	90	0	70	59	4	2	34	1.30
79091107--79091155	22	2.2	22	81	3	53	63	8	2	26	1.34
79095874--79095927	28	2.0	28	82	7	67	64	22	11	1	1.35
79103560--79103584	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36
79106513--79106634	30	4.1	30	86	9	155	40	19	12	27	1.87
79106498--79106662	59	2.8	58	77	14	169	40	19	13	26	1.88
79106617--79106764	29	5.2	28	80	4	170	40	23	12	22	1.89
79106617--79106764	57	2.6	57	79	2	181	40	23	12	22	1.89
79106717--79106792	28	2.7	29	85	8	102	38	23	14	23	1.92
79106557--79106781	86	2.6	86	78	4	247	41	20	13	24	1.88
79117482--79117646	72	2.3	71	81	4	170	43	21	5	29	1.75
79121076--79121109	18	1.9	18	88	5	52	70	17	8	2	1.25
79123701--79123785	21	4.0	21	80	4	80	38	25	21	14	1.91
79123699--79123773	21	3.5	22	83	7	91	38	26	21	13	1.90
79124158--79124214	15	3.9	15	90	2	89	50	12	0	36	1.40
79125485--79125540	5	11.2	5	100	0	112	60	0	0	39	0.97
79125559--79125587	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
79130101--79130150	23	2.2	23	88	0	73	40	14	4	42	1.64
79133345--79133553	29	7.3	28	70	10	136	22	13	22	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79133345--79133553	57	3.6	57	76	5	199	22	13	22	41	1.88
79133539--79133568	15	2.0	15	100	0	60	13	20	33	33	1.91
79133556--79133619	29	2.2	29	82	0	74	23	18	21	35	1.95
79137534--79137577	19	2.4	18	88	11	63	31	2	0	65	1.05
79137541--79137578	19	2.0	20	94	5	69	31	2	0	65	1.06
79138543--79138583	21	2.0	21	90	0	64	43	9	7	39	1.65
79139854--79139982	40	3.2	40	93	1	215	40	13	12	34	1.82
79139854--79140004	80	1.9	79	86	4	214	44	12	11	31	1.79
79139854--79140004	40	3.8	40	86	2	180	44	12	11	31	1.79
79148320--79148459	66	2.1	67	90	4	219	50	3	12	33	1.57
79157707--79157738	15	2.1	15	100	0	64	68	0	6	25	1.12
79158696--79158772	37	2.1	37	100	0	154	32	37	7	22	1.83
79160929--79161000	33	2.2	34	80	14	89	54	18	1	26	1.52
79162963--79163115	42	3.6	42	79	2	164	17	22	16	43	1.87
79163050--79163131	21	4.0	21	68	12	55	14	26	18	40	1.89
79163283--79163341	29	2.0	29	100	0	118	54	20	13	11	1.70
79166600--79166882	141	2.0	141	95	0	512	38	6	22	31	1.80
79167372--79167426	23	2.4	23	84	6	76	18	25	20	36	1.94
79169728--79169803	38	2.0	37	82	10	91	55	2	1	40	1.22
79173773--79173847	37	2.0	37	100	0	150	33	0	21	45	1.52
79182435--79182475	21	2.0	21	90	0	64	43	17	7	31	1.76
79185029--79185076	19	2.6	18	86	6	60	35	25	20	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79194914--79194965	27	1.9	27	96	0	95	40	1	7	50	1.42
79195885--79195924	20	2.0	20	90	0	62	27	22	20	30	1.98
79199785--79199984	7	26.9	7	67	13	69	23	1	29	46	1.59
79199891--79199925	15	2.4	15	90	4	54	20	0	34	45	1.51
79199901--79199984	29	2.9	29	72	10	73	27	1	25	46	1.60
79199945--79199979	15	2.4	14	90	4	52	25	2	31	40	1.70
79199823--79200004	80	2.3	83	85	10	236	24	1	29	45	1.61
79199949--79199994	22	2.1	22	83	0	56	26	4	32	36	1.76
79200050--79200103	22	2.5	22	90	3	83	12	1	44	40	1.54
79200884--79200972	33	2.7	33	89	0	124	33	29	3	33	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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