genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8803473--8803516	19	2.2	20	84	4	54	20	0	2	77	0.88
8803482--8803516	13	2.7	13	83	16	54	14	0	0	85	0.59
8803481--8803524	20	2.2	20	88	8	63	15	0	4	79	0.89
8813925--8814054	53	2.5	52	83	5	145	41	21	9	27	1.83
8813932--8814054	27	4.7	26	74	14	92	42	21	8	26	1.83
8814036--8814127	27	3.4	27	79	5	114	35	18	20	25	1.95
8814566--8814632	27	2.5	27	95	0	116	22	22	26	28	1.99
8814765--8814872	27	4.0	26	79	12	94	19	23	21	36	1.95
8814767--8814872	54	2.0	54	84	1	142	19	23	20	35	1.96
8814990--8815102	6	18.3	6	66	18	54	19	18	13	48	1.80
8814993--8815081	25	3.6	25	84	0	88	19	20	13	47	1.82
8817102--8817202	27	3.8	27	78	8	100	40	17	12	28	1.87
8817196--8817300	27	3.9	27	87	0	147	34	15	22	27	1.94
8818699--8818777	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
8818911--8819898	47	20.9	47	95	1	1670	29	31	8	30	1.87
8822511--8822575	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
8822734--8822841	27	4.0	26	80	5	108	20	22	21	36	1.96
8822959--8823050	25	3.7	25	91	0	139	19	23	11	44	1.84
8825007--8825129	53	2.3	53	78	9	135	40	19	11	28	1.86
8825007--8825129	27	4.7	26	71	12	90	40	19	11	28	1.86
8825115--8825228	27	4.2	27	79	8	133	34	14	21	30	1.92
8825123--8825225	54	1.9	53	88	2	152	33	13	22	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8825633--8825681	22	2.2	22	85	7	64	28	26	18	26	1.98
8825853--8825939	27	3.3	26	75	4	75	21	20	18	39	1.93
8826056--8826158	6	16.7	6	69	16	68	18	21	14	45	1.85
8826056--8826148	25	3.7	25	88	0	132	18	22	15	44	1.87
8830789--8830830	17	2.3	18	84	15	52	21	19	40	19	1.92
8831079--8831130	27	1.9	27	84	7	70	26	21	21	30	1.98
8831425--8831496	32	2.2	32	85	4	92	25	20	27	26	1.99
8837419--8837496	38	2.1	38	95	0	138	33	23	14	29	1.93
8840393--8840615	27	8.3	27	86	0	257	37	18	17	26	1.93
8841267--8841346	27	3.0	27	85	5	99	20	26	21	32	1.97
8846687--8846774	27	3.3	27	95	1	151	34	19	21	25	1.96
8847333--8847357	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
8848438--8848662	40	5.7	40	85	5	278	24	22	26	26	2.00
8848438--8848695	79	3.2	80	81	8	217	25	21	26	25	2.00
8850169--8850375	40	5.2	40	84	6	235	25	27	22	24	2.00
8850185--8850379	79	2.5	80	85	4	261	25	27	22	25	2.00
8857871--8858048	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
8857872--8858027	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
8857868--8858048	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
8859276--8859526	128	2.0	128	100	0	502	24	16	27	31	1.96
8864183--8864396	45	4.8	45	82	0	232	35	24	14	25	1.93
8867861--8867899	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8880846--8880972	39	3.3	37	82	8	139	36	8	10	44	1.69
8882942--8883833	101	8.8	101	98	0	1682	25	17	26	29	1.98
8883842--8883930	45	2.0	45	90	0	142	25	16	23	33	1.96
8884060--8884091	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
8886710--8886762	25	2.1	25	100	0	106	47	0	20	32	1.51
8889326--8889623	149	2.0	149	100	0	596	42	12	18	27	1.85
8889893--8890734	51	16.5	51	100	0	1684	25	15	27	31	1.96
8890740--8890832	45	2.1	45	87	0	132	26	20	21	31	1.98
8893060--8893201	63	2.3	62	81	9	166	24	11	16	47	1.80
8895223--8895324	41	2.5	41	85	0	132	26	24	19	29	1.98
8904810--8904843	12	2.8	12	86	4	50	67	0	5	26	1.13
8922458--8922510	28	1.9	28	85	11	74	45	3	18	32	1.68
8925434--8925478	16	2.8	16	86	6	56	64	2	4	28	1.25
8927546--8927859	157	2.0	157	100	0	628	26	15	25	32	1.95
8927791--8927936	40	3.6	41	79	9	158	24	21	27	26	2.00
8928211--8928387	88	2.0	88	98	0	345	25	19	14	41	1.89
8928253--8928388	42	3.1	42	61	19	98	25	21	13	39	1.89
8932161--8932322	78	2.1	78	95	0	288	45	15	17	21	1.86
8946311--8946781	236	2.0	236	99	0	924	33	24	14	26	1.94
8952054--8952092	17	2.4	17	87	8	55	7	28	5	58	1.47
8954696--8954830	60	2.2	60	100	0	270	31	19	11	37	1.88
8958450--8958534	16	5.2	16	74	23	70	56	2	31	9	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8958450--8958527	17	4.8	15	74	25	61	57	2	29	10	1.45
8958450--8958566	33	3.6	33	86	3	139	53	5	32	8	1.53
8964450--8964718	40	6.7	40	91	0	412	23	20	28	26	1.99
8974535--8974586	25	2.1	25	89	3	79	25	19	23	32	1.97
8974790--8975039	27	9.3	27	82	4	236	26	17	18	37	1.93
8981558--8981596	20	1.9	21	84	5	53	64	7	2	25	1.33
8982948--8982991	23	1.9	23	100	0	88	52	18	0	29	1.46
8983192--8983245	16	3.3	16	79	7	56	55	0	0	44	0.99
8983418--8983542	54	2.3	54	94	0	214	30	31	28	10	1.90
8987353--8987382	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8991726--8991824	49	2.0	49	94	0	171	23	14	16	46	1.83
8992040--8992065	10	2.6	10	100	0	52	7	26	0	65	1.20
8997403--8997470	28	2.4	28	87	7	102	25	13	19	42	1.87
9012955--9013100	79	1.8	79	85	0	202	41	16	13	28	1.86
9019116--9019224	43	2.5	43	96	0	200	30	32	27	10	1.89
9019378--9019490	57	2.0	57	96	0	208	38	23	7	30	1.83
9024953--9025082	65	2.0	65	93	0	224	16	28	13	42	1.85
9028808--9029047	43	5.6	43	89	2	367	32	32	24	10	1.90
9035842--9035928	45	1.9	45	83	4	113	32	29	18	19	1.96
9036779--9036803	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
9042193--9042362	40	4.3	40	90	0	234	24	21	28	25	1.99
9042215--9042397	79	2.3	80	82	1	226	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9050841--9050880	19	2.2	18	86	13	55	70	0	5	25	1.08
9058081--9058119	18	2.2	18	90	0	60	56	10	2	30	1.46
9067069--9067443	191	2.0	191	94	0	660	37	17	10	34	1.84
9069865--9069951	28	3.1	29	83	5	106	26	13	27	32	1.94
9077536--9077619	28	3.0	28	82	3	96	29	15	27	27	1.96
9077550--9077619	29	2.4	29	83	2	88	27	15	30	27	1.96
9089681--9089743	31	2.0	31	96	0	117	46	14	3	36	1.61
9093121--9093295	48	3.7	46	72	13	142	27	20	26	26	1.99
9095662--9095801	49	2.9	49	80	8	158	27	22	28	21	1.99
9097274--9097308	18	1.9	18	88	0	52	31	28	28	11	1.92
9098051--9098094	20	2.2	20	87	0	61	59	0	4	36	1.18
9098826--9098870	23	2.0	22	83	12	56	28	22	11	37	1.88
9100975--9101021	11	4.4	11	78	5	51	61	10	8	19	1.53
9104799--9105009	106	2.0	106	98	0	404	34	15	18	31	1.93
9107482--9107551	31	2.3	31	79	0	77	45	5	11	37	1.64
9111057--9111181	66	1.9	66	85	1	171	16	47	11	25	1.79
9111057--9111183	33	3.9	32	81	3	137	15	48	11	25	1.78
9111377--9111520	77	1.9	77	88	0	216	27	4	9	59	1.48
9119156--9119284	47	2.7	48	89	1	188	23	17	27	31	1.96
9126286--9126514	48	4.8	48	71	6	160	27	19	25	26	1.99
9135670--9135699	12	2.6	12	94	5	53	13	16	0	70	1.18
9137654--9137732	28	2.8	28	84	0	95	35	11	24	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9140505--9140549	22	2.0	22	87	8	65	26	0	20	53	1.46
9144347--9144382	16	2.2	16	95	0	63	41	2	25	30	1.69
9144696--9145577	6	147.0	6	100	0	1764	16	0	16	66	1.25
9145851--9145982	62	2.1	62	92	0	219	24	8	19	47	1.77
9148053--9148120	28	2.5	28	83	4	86	29	7	14	48	1.71
9148793--9148867	21	3.7	21	70	21	70	32	30	17	20	1.95
9170122--9170366	83	3.0	83	98	0	472	28	16	14	40	1.88
9174485--9174540	26	2.1	26	80	9	60	25	10	8	55	1.63
9176201--9176287	37	2.3	38	77	15	92	24	2	6	66	1.28
9176923--9176972	21	2.4	22	75	21	61	52	4	2	42	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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