genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14101223--14101374	73	2.1	73	97	0	286	38	2	7	51	1.43
14102513--14102571	27	2.2	27	90	0	91	42	20	3	33	1.69
14104572--14104602	14	2.3	13	94	5	53	19	0	0	80	0.71
14109410--14109456	21	2.3	20	81	3	58	31	0	2	65	1.04
14109487--14109538	25	2.1	25	96	0	95	48	28	7	15	1.73
14110259--14110399	71	2.0	71	87	0	201	34	23	19	22	1.97
14112049--14112163	54	2.1	54	83	3	142	36	22	23	17	1.95
14112049--14112163	27	4.3	26	82	5	122	36	22	23	17	1.95
14113780--14113863	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
14120147--14120186	20	2.0	20	85	9	55	17	12	10	60	1.59
14124016--14124076	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
14123961--14124170	50	4.5	47	75	15	191	44	3	4	47	1.40
14124301--14124342	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
14124292--14124333	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
14124558--14124609	16	3.2	16	94	0	95	38	34	0	26	1.57
14124699--14124742	22	2.0	23	81	4	54	29	4	4	61	1.36
14129782--14129816	17	2.1	17	100	0	70	34	17	17	31	1.93
14130843--14130886	17	2.6	17	100	0	88	18	13	34	34	1.90
14131916--14131945	15	2.0	15	100	0	60	33	0	20	46	1.51
14135200--14135318	43	2.8	43	82	6	152	25	15	24	34	1.95
14136041--14136141	51	2.0	51	98	0	193	49	12	11	25	1.75
14137343--14137382	21	1.9	21	85	10	55	32	22	17	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14141728--14141775	21	2.3	21	96	3	89	14	27	0	58	1.37
14147831--14148464	318	2.0	319	99	0	1252	40	7	19	32	1.79
14148951--14149067	47	2.5	47	87	2	157	24	16	29	29	1.96
14148964--14149084	47	2.6	47	86	0	143	23	14	28	33	1.94
14151572--14151632	29	2.1	29	100	0	122	14	13	16	55	1.69
14152976--14153139	47	3.5	48	81	9	178	25	12	27	34	1.92
14153067--14153099	17	2.0	17	88	5	50	15	12	30	42	1.83
14152976--14153186	47	4.5	46	82	5	156	24	14	28	32	1.94
14157949--14158501	59	9.5	59	93	3	774	42	5	6	45	1.54
14158218--14158500	55	5.0	54	89	7	379	43	3	6	46	1.46
14159725--14159793	25	2.8	25	82	4	68	30	14	11	43	1.81
14159738--14159794	25	2.3	25	81	0	69	31	14	10	43	1.79
14163896--14164015	50	2.4	51	80	8	131	29	29	15	25	1.96
14163938--14164155	46	4.6	47	79	9	207	27	30	16	26	1.97
14169192--14169336	41	3.5	41	73	10	116	27	18	15	37	1.92
14170618--14170659	7	6.0	7	97	0	75	16	0	40	42	1.48
14170618--14170694	14	5.5	13	75	9	64	18	5	35	41	1.73
14171681--14171722	18	2.6	16	79	17	50	21	33	0	45	1.52
14171683--14171719	18	2.1	18	90	5	58	21	27	0	51	1.48
14173118--14173198	39	2.0	40	95	2	146	22	11	14	51	1.73
14175052--14175185	64	2.1	64	95	0	241	37	11	4	47	1.60
14175065--14175199	64	2.1	64	86	4	193	40	8	4	46	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14175244--14175303	24	2.5	24	91	0	93	26	18	10	45	1.81
14175345--14175808	241	1.9	241	95	0	849	33	18	14	33	1.91
14175810--14175857	9	5.3	9	87	0	69	45	22	2	29	1.64
14181432--14181513	31	2.5	33	80	7	96	14	4	19	60	1.51
14182166--14182198	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
14182383--14182425	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
14182390--14182430	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
14182908--14183003	48	2.0	46	96	4	174	55	5	8	31	1.52
14186142--14186174	15	2.2	15	94	0	57	54	9	18	18	1.69
14186562--14186610	25	2.0	25	84	8	64	57	0	0	42	0.99
14186738--14186778	21	2.0	21	100	0	82	24	34	21	19	1.97
14188539--14188758	111	2.0	111	99	0	431	44	15	11	28	1.81
14192280--14192338	27	2.2	27	90	0	91	42	20	3	33	1.69
14194339--14194369	5	6.4	5	92	7	55	19	0	0	80	0.71
14194340--14194374	14	2.6	14	95	4	63	20	0	0	80	0.72
14199186--14199232	21	2.3	20	81	3	58	31	0	2	65	1.04
14199935--14200075	71	2.0	71	87	0	201	34	23	19	22	1.97
14201725--14201839	54	2.1	54	83	3	142	36	22	23	17	1.95
14201725--14201839	27	4.3	26	82	5	122	36	22	23	17	1.95
14203456--14203539	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
14208487--14208526	20	2.0	20	85	9	55	17	12	10	60	1.59
14215401--14215461	3	20.3	3	91	0	95	70	0	27	1	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14219220--14219270	26	2.0	26	96	0	93	23	11	9	54	1.66
14221967--14222023	19	2.8	19	78	17	60	35	7	17	40	1.77
14221980--14222024	23	2.0	23	91	4	74	33	4	22	40	1.74
14226355--14226396	21	2.0	21	100	0	84	57	4	4	33	1.41
14226781--14226861	39	2.0	40	93	6	139	56	3	0	39	1.17
14231184--14231224	21	1.9	22	85	5	57	58	7	9	24	1.55
14231681--14231726	19	2.3	20	92	7	85	26	10	15	47	1.78
14231965--14231999	17	2.1	17	94	0	61	34	20	5	40	1.76
14232375--14232454	42	1.9	42	94	0	142	50	16	11	22	1.76
14234019--14234066	19	2.6	19	78	18	57	60	0	2	37	1.09
14234362--14234395	8	4.4	8	96	3	61	11	8	0	79	0.94
14234350--14234395	16	3.2	15	88	11	62	13	6	0	80	0.89
14234489--14234543	21	2.5	22	82	8	60	36	3	1	58	1.26
14234489--14234543	22	2.6	21	82	8	58	36	3	1	58	1.26
14234502--14234624	31	3.8	33	74	16	96	37	2	1	58	1.21
14234580--14234640	21	2.6	24	76	19	67	37	0	3	59	1.14
14234609--14234638	14	2.1	14	93	0	51	33	0	3	63	1.11
14234856--14234914	22	2.7	23	75	19	72	62	3	0	33	1.12
14234978--14235059	21	4.0	21	80	12	89	59	0	1	39	1.05
14234980--14235064	22	4.0	23	76	16	67	58	1	1	38	1.13
14234978--14235059	19	4.0	20	80	12	85	59	0	1	39	1.05
14235014--14235081	23	3.2	23	81	10	65	57	4	0	38	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14235127--14235171	23	1.9	23	86	4	63	71	4	8	15	1.28
14236413--14236458	23	2.0	23	91	8	76	34	26	13	26	1.92
14241377--14241402	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
14245205--14245271	34	2.0	33	90	0	98	38	22	20	16	1.91
14249662--14249804	22	6.0	22	68	19	83	33	2	5	58	1.36
14249662--14249714	25	2.3	22	83	9	61	32	3	3	60	1.32
14253566--14253652	38	2.3	38	96	3	160	33	21	4	40	1.74
14261960--14262123	90	1.8	90	88	5	251	30	15	18	35	1.92
14262030--14262418	76	5.1	75	80	5	415	29	17	21	31	1.96
14262048--14262429	75	5.0	78	79	7	426	29	17	21	32	1.96
14262410--14262446	19	1.9	19	88	0	56	16	8	0	75	1.02
14262356--14262657	87	3.4	85	76	9	241	27	15	20	36	1.92
14262690--14262778	45	2.0	45	81	0	106	25	20	24	29	1.99
14263777--14263830	23	2.3	23	96	0	99	9	29	46	14	1.76
14264597--14264635	19	2.1	19	95	0	69	30	12	5	51	1.62
14272084--14272144	14	4.1	14	72	12	50	59	4	1	34	1.29
14274273--14274448	91	1.9	90	89	1	271	42	18	9	30	1.82
14284719--14284762	17	2.5	17	78	14	54	65	0	0	34	0.93
14287164--14287231	35	1.9	35	93	0	118	19	22	23	35	1.96
14289762--14289800	20	2.0	20	90	5	62	58	5	5	30	1.41
14290152--14290257	37	2.9	35	76	13	90	38	2	4	53	1.36
14298168--14298204	18	2.1	18	89	0	56	54	10	5	29	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14298244--14298301	30	1.9	30	86	6	82	18	37	0	43	1.51
14299315--14299429	27	4.3	26	84	5	131	38	23	21	16	1.93
14299315--14299429	54	2.1	54	88	3	169	38	23	21	16	1.93
14301048--14301131	26	3.2	26	96	0	150	36	23	4	34	1.76
14302090--14302121	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
14302833--14302885	26	2.0	26	100	0	106	45	11	20	22	1.83
14303729--14303824	48	2.0	48	83	8	122	39	3	4	53	1.36
14307031--14307055	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
14307554--14307619	30	2.2	30	86	0	87	30	46	15	7	1.73
14307667--14307711	18	2.5	18	88	0	63	22	24	8	44	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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