genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89108833--89109419	46	12.7	46	72	13	420	21	18	30	29	1.97
89108823--89109419	93	6.5	91	72	13	353	21	18	30	29	1.97
89108833--89109419	139	4.2	138	93	3	973	21	18	30	29	1.97
89114759--89115210	93	4.9	92	75	10	409	21	19	30	28	1.97
89114764--89115355	139	4.3	138	93	3	965	21	19	30	28	1.97
89114961--89115349	93	4.2	92	73	10	369	22	18	30	29	1.97
89115887--89116254	185	2.0	185	98	0	709	38	10	19	31	1.86
89118278--89118390	29	4.0	29	76	11	108	28	27	15	29	1.96
89119719--89119752	16	2.1	16	94	0	59	14	5	32	47	1.69
89121995--89122195	43	4.7	45	74	16	185	31	20	14	32	1.93
89122006--89122167	81	2.0	83	85	2	220	30	22	16	31	1.95
89129649--89129798	66	2.3	66	84	2	212	46	12	11	29	1.77
89132423--89132552	42	3.1	42	80	6	154	32	26	13	28	1.93
89139736--89139865	66	1.9	67	84	10	174	33	16	30	20	1.94
89142188--89142239	26	2.0	26	100	0	104	38	15	15	30	1.88
89143290--89143341	25	2.1	25	89	3	79	25	19	23	32	1.97
89143389--89143449	21	2.9	21	85	4	88	32	19	11	36	1.88
89143389--89143449	10	5.9	10	77	11	61	32	19	11	36	1.88
89147079--89147336	56	4.7	56	83	2	324	33	22	13	29	1.93
89147079--89147336	110	2.3	110	86	2	356	33	22	13	29	1.93
89151302--89151373	28	2.6	28	84	6	92	30	36	9	23	1.87
89163305--89163352	26	1.9	24	83	8	60	35	0	25	39	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89171330--89171481	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
89171330--89171506	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
89186718--89186815	42	2.4	42	94	1	180	27	38	17	16	1.91
89190978--89191029	26	2.0	26	100	0	104	19	23	23	34	1.96
89191100--89191332	50	4.7	50	80	4	265	29	26	18	25	1.98
89191094--89191376	151	1.9	149	85	7	394	31	26	17	25	1.97
89194575--89194604	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
89199864--89199892	7	4.3	7	91	8	51	13	0	0	86	0.58
89199864--89199892	13	2.1	14	93	6	51	13	0	0	86	0.58
89202386--89202420	14	2.5	15	86	13	56	11	11	11	65	1.47
89205657--89205847	40	4.8	39	81	5	204	24	28	23	24	2.00
89205645--89205846	80	2.5	79	81	7	230	24	27	22	24	2.00
89207634--89207749	39	3.0	39	88	2	171	27	27	20	24	1.99
89211120--89211202	31	2.7	31	88	3	134	27	24	16	31	1.97
89211422--89211491	25	2.8	25	97	0	131	22	24	27	25	2.00
89212290--89212346	27	2.1	27	90	0	87	21	22	22	33	1.97
89212290--89212368	27	2.9	26	79	9	86	20	18	21	39	1.93
89212387--89212595	27	7.7	27	77	6	170	31	7	19	41	1.80
89212387--89212595	110	1.9	108	79	3	231	31	7	19	41	1.80
89212473--89212628	81	1.9	81	81	5	190	30	8	17	42	1.80
89212627--89212718	27	3.4	27	92	0	148	42	8	21	27	1.82
89216667--89216773	53	2.0	53	94	3	189	30	5	14	49	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89224790--89225165	38	8.9	38	74	18	275	30	24	15	29	1.96
89224797--89225088	85	3.4	85	98	0	557	30	25	15	29	1.96
89224835--89225131	47	6.7	47	80	13	369	30	23	15	29	1.95
89225000--89225138	48	2.9	48	86	1	199	30	21	15	31	1.95
89224920--89225165	133	1.9	132	90	0	393	30	24	15	29	1.96
89231449--89231552	47	2.2	47	87	0	145	33	9	29	26	1.88
89231290--89231614	165	2.0	165	96	0	605	28	15	29	25	1.96
89235877--89235904	12	2.3	12	100	0	56	35	35	14	14	1.86
89239710--89239796	43	2.0	42	88	2	129	34	16	18	29	1.92
89242113--89242297	67	2.9	64	76	13	173	23	30	17	28	1.97
89246753--89247124	44	8.8	44	73	14	246	27	27	15	29	1.96
89246961--89247138	84	2.2	80	82	9	200	26	26	16	30	1.97
89247033--89247138	40	2.7	40	91	5	187	28	25	17	28	1.98
89253690--89253841	47	3.2	47	92	0	268	34	13	29	23	1.92
89271711--89271748	12	2.9	13	80	11	51	47	0	15	36	1.46
89271856--89271897	11	3.6	11	84	9	57	66	0	4	28	1.12
89272008--89272104	21	5.8	18	63	29	54	63	1	5	29	1.22
89278725--89278758	18	1.9	17	88	5	50	29	0	23	47	1.52
89283103--89283221	42	2.8	42	75	9	125	27	24	16	31	1.97
89285373--89285411	21	1.9	19	85	10	51	28	15	5	51	1.64
89288476--89288501	13	2.0	13	100	0	52	30	38	7	23	1.83
89290642--89290916	48	5.7	47	79	5	232	26	17	31	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89290642--89290965	96	3.4	96	77	1	283	26	18	30	24	1.98
89290642--89290966	144	2.2	144	83	5	388	26	18	30	24	1.98
89296303--89296707	203	2.0	203	99	0	792	25	19	13	41	1.87
89296923--89297232	154	2.0	155	98	0	604	35	17	23	23	1.95
89297540--89297801	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
89305489--89305672	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
89305489--89305672	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
89307348--89307455	47	2.3	47	87	1	146	34	19	24	22	1.97
89315551--89315628	6	12.5	6	75	12	50	16	7	2	73	1.18
89315590--89315638	17	2.8	18	78	6	55	16	6	4	73	1.19
89318980--89319101	42	2.8	42	81	6	120	32	24	16	26	1.96
89318979--89319118	44	3.3	42	80	5	129	32	24	16	27	1.96
89322232--89322309	34	2.3	34	86	4	113	26	21	24	26	1.99
89329560--89329620	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
89335504--89335736	47	5.0	47	92	0	358	32	12	29	26	1.92
89335576--89335651	22	3.3	22	67	22	66	31	13	30	25	1.93
89335625--89335700	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
89335715--89335898	98	1.9	96	92	2	305	36	6	25	31	1.81
89335714--89335898	48	3.8	48	87	2	280	36	6	24	31	1.81
89336048--89336153	37	2.9	37	92	0	176	24	17	31	26	1.97
89337406--89337440	17	2.1	17	88	0	52	20	25	14	40	1.90
89337723--89337801	34	2.3	34	82	4	97	31	20	21	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89337820--89337862	23	1.9	23	90	4	70	25	46	2	25	1.65
89343998--89344215	27	8.1	27	82	6	228	44	19	15	21	1.87
89349826--89349921	27	3.5	27	89	1	138	25	14	29	31	1.95
89359787--89359845	29	2.0	30	83	6	77	33	23	3	38	1.72
89360034--89360136	42	2.4	43	85	3	127	33	23	18	25	1.97
89366230--89366593	48	7.6	48	73	11	236	27	20	29	22	1.98
89367780--89367819	21	2.0	21	90	5	64	10	35	30	25	1.88
89369914--89369944	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
89370857--89371200	56	6.1	56	99	0	679	45	9	22	22	1.80
89371501--89371792	40	7.3	40	89	5	423	26	18	27	28	1.98
89378128--89378303	56	3.1	56	98	0	334	45	10	21	22	1.82
89378128--89378343	112	1.9	111	80	8	251	49	9	20	20	1.76
89379071--89379175	40	2.6	41	79	8	117	23	22	27	25	2.00
89382190--89382234	16	2.9	15	84	12	56	26	0	13	60	1.34
89382196--89382236	16	2.4	17	84	12	57	31	0	12	56	1.36
89387824--89387854	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
89388502--89388657	43	3.6	43	94	1	260	26	18	28	26	1.98
89389421--89389464	18	2.5	18	82	14	56	34	9	29	27	1.87
89389433--89389463	9	3.4	9	100	0	62	38	9	29	22	1.86
89390092--89390198	42	2.5	42	81	4	126	23	17	27	31	1.97
89390092--89390211	43	2.8	42	77	7	134	22	16	27	33	1.96
89398121--89398343	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89398196--89398378	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
89416322--89416388	20	3.3	20	91	0	107	34	10	20	34	1.87
89416439--89416583	25	5.9	25	88	4	190	28	20	23	28	1.99
89416439--89416581	73	1.9	75	84	8	195	27	20	23	27	1.99
89428954--89429008	23	2.4	23	79	11	60	30	0	14	54	1.41
89431041--89431867	20	41.3	20	99	0	1636	34	10	20	34	1.86
89431916--89432016	48	2.1	47	92	5	168	30	19	20	28	1.97
89431916--89432016	23	4.2	24	91	6	170	30	19	20	28	1.97
89432229--89432291	31	2.0	31	90	0	99	36	14	23	25	1.93
89433950--89434041	29	3.2	28	81	7	105	26	34	15	23	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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