genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  234  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77539800--77540014	14	15.0	14	67	14	91	30	30	16	22	1.96
77539803--77540014	29	7.4	27	79	9	156	30	30	16	22	1.96
77542428--77542480	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
77543965--77544048	26	3.2	26	93	0	141	35	25	4	34	1.77
77552353--77552389	19	1.9	19	94	0	65	29	18	29	21	1.97
77552728--77552758	16	1.9	16	100	0	62	19	29	32	19	1.96
77555143--77555287	6	23.8	6	74	15	129	47	13	17	20	1.82
77555190--77555287	25	3.8	24	80	17	115	45	14	19	20	1.84
77555160--77555284	55	2.3	55	97	0	232	46	14	18	20	1.84
77555405--77555470	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
77555405--77555478	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
77555429--77555486	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
77555643--77555701	22	2.7	22	83	0	73	33	22	23	20	1.97
77555792--77555871	27	3.0	26	88	3	106	36	21	22	20	1.95
77556070--77556257	27	7.0	27	87	1	207	26	19	19	35	1.95
77556088--77556265	81	2.2	81	86	0	239	25	17	19	37	1.94
77556086--77556265	54	3.3	54	86	3	236	26	17	18	36	1.94
77556270--77556599	27	12.2	27	81	9	307	40	8	21	28	1.83
77556274--77556596	81	4.0	82	83	6	370	40	8	21	28	1.82
77569414--77569666	126	2.0	127	91	2	411	43	15	16	24	1.87
77578228--77578259	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
77578229--77578259	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77578605--77579391	388	2.0	389	97	0	1504	25	14	20	39	1.91
77579466--77579524	30	2.0	30	82	0	73	11	23	10	54	1.67
77580795--77580888	46	2.0	46	83	4	118	29	6	23	40	1.79
77584123--77584190	34	2.0	34	97	0	127	32	10	26	30	1.90
77587104--77587151	13	3.9	11	84	12	51	83	0	14	2	0.74
77587104--77587146	13	3.5	12	87	12	61	83	0	13	2	0.74
77587108--77587154	20	2.3	21	89	7	71	80	0	14	4	0.85
77588036--77588204	88	1.9	88	80	4	198	30	18	22	28	1.97
77588152--77588632	119	4.0	119	93	0	784	34	18	17	29	1.94
77588556--77588824	83	3.2	83	93	0	457	31	19	20	28	1.97
77589209--77589368	35	4.7	35	79	14	174	38	10	13	37	1.80
77589247--77589406	50	3.2	50	85	11	222	36	12	13	36	1.83
77589296--77589361	15	4.1	15	75	17	69	36	12	16	34	1.86
77589368--77590190	35	23.5	35	99	0	1628	37	14	11	37	1.82
77589374--77590195	17	46.9	18	84	15	349	37	14	11	37	1.82
77590602--77591262	207	3.2	207	91	1	1024	29	23	17	29	1.97
77591362--77591587	43	5.3	43	70	12	178	23	21	23	31	1.98
77591307--77591596	87	3.4	84	85	4	413	22	22	23	31	1.98
77593599--77593629	12	2.5	13	94	5	55	6	6	0	87	0.68
77595137--77595161	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
77598999--77599051	25	2.1	25	82	6	63	58	1	1	37	1.20
77599418--77599498	35	2.3	36	95	2	146	35	14	12	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77599401--77599506	17	5.8	19	84	10	141	36	13	11	38	1.80
77599418--77599514	35	2.7	35	89	7	126	36	14	12	37	1.84
77599434--77599503	19	3.9	18	88	9	74	37	15	11	35	1.84
77603156--77603212	28	2.0	28	100	0	114	50	3	24	21	1.64
77603809--77603854	22	2.0	24	91	8	78	19	13	8	58	1.60
77603853--77603900	22	2.2	21	81	3	51	50	2	0	47	1.12
77609941--77609968	11	2.5	11	100	0	56	7	39	10	42	1.67
77613473--77613507	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
77613733--77613801	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
77613733--77613801	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
77616819--77616978	79	2.0	79	98	0	311	33	19	15	31	1.92
77622552--77622741	102	1.9	102	84	4	258	45	16	10	27	1.80
77623297--77623340	16	2.8	16	86	6	54	65	0	0	34	0.93
77624905--77624986	30	2.7	30	81	7	103	39	18	12	30	1.87
77632893--77632939	15	3.3	14	77	14	51	0	12	4	82	0.80
77641661--77641702	15	2.8	15	82	13	59	57	16	11	14	1.66
77649064--77649106	17	2.6	17	88	3	61	44	18	4	32	1.71
77656283--77656330	24	2.0	24	100	0	96	33	25	16	25	1.96
77658671--77658717	18	2.5	19	73	13	53	46	2	0	51	1.13
77660285--77660314	15	2.0	15	93	0	51	66	3	0	30	1.07
77661891--77661928	19	2.0	19	100	0	76	36	5	26	31	1.79
77666058--77666141	42	2.0	42	97	0	159	41	14	13	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77666207--77666242	18	2.0	18	100	0	72	50	5	5	38	1.49
77666339--77666405	33	2.0	34	94	5	118	41	10	8	38	1.71
77670280--77670414	65	2.1	65	87	0	189	37	20	5	37	1.75
77671412--77671453	16	2.7	16	79	17	52	28	0	2	69	1.01
77672214--77672264	20	2.5	20	78	9	59	43	5	11	39	1.66
77672457--77672511	20	2.8	20	83	5	69	45	0	5	49	1.25
77672560--77672630	20	3.6	19	72	9	70	40	8	5	45	1.58
77672558--77672647	40	2.2	40	80	7	103	41	6	8	43	1.62
77673220--77673270	20	2.6	19	82	14	59	37	1	13	47	1.55
77681028--77681078	25	2.0	25	84	3	66	33	0	3	62	1.13
77681352--77681792	87	5.2	88	80	5	356	34	12	9	43	1.77
77681424--77681792	87	4.3	86	81	4	360	33	13	9	43	1.76
77681351--77681712	175	2.1	172	80	5	399	35	12	9	42	1.75
77681660--77681811	79	1.9	79	83	2	198	31	14	10	43	1.79
77687576--77687746	86	2.0	86	95	0	306	35	12	21	30	1.91
77688667--77688732	34	1.9	34	96	0	123	25	19	16	37	1.93
77688751--77688825	34	2.2	34	97	0	141	40	26	5	28	1.78
77694841--77694880	19	2.0	20	90	4	64	37	7	5	50	1.53
77700345--77700409	34	1.9	34	93	0	112	18	23	23	35	1.96
77712854--77712929	39	2.0	37	87	5	107	34	27	22	15	1.95
77713195--77713321	55	2.3	55	80	2	148	27	24	29	18	1.98
77717480--77717523	18	2.4	18	88	0	61	27	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77718631--77718684	18	3.0	18	91	5	83	18	42	25	12	1.86
77720733--77720771	19	2.1	19	90	9	62	61	17	0	20	1.34
77720733--77720778	17	2.6	18	89	6	67	58	21	0	19	1.39
77721167--77721193	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
77721623--77721666	22	2.0	23	86	4	63	20	11	0	68	1.20
77722522--77722557	16	2.2	16	90	0	54	80	0	16	2	0.83
77722532--77722589	21	2.8	21	78	5	55	79	3	12	5	1.02
77723988--77724073	3	29.0	3	79	9	79	63	3	4	27	1.30
77724153--77724184	5	6.4	5	92	0	55	78	0	3	18	0.89
77725034--77725078	21	2.1	21	84	8	56	11	8	8	71	1.32
77731451--77731476	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
77733560--77733605	24	1.9	24	82	8	58	56	2	2	39	1.24
77733811--77733843	3	11.3	3	87	6	50	69	0	30	0	0.88
77734439--77734467	6	5.0	6	95	4	51	34	17	48	0	1.47
77739271--77739305	17	2.0	18	88	5	54	11	42	31	14	1.81
77753322--77753436	44	2.9	38	74	14	122	20	17	25	36	1.94
77753348--77753426	22	3.6	22	87	0	113	18	17	26	36	1.94
77757789--77757994	108	1.9	108	95	0	376	50	21	15	13	1.78
77767286--77767313	12	2.3	12	100	0	56	32	0	0	67	0.91
77767968--77767994	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
77768177--77768227	20	2.5	21	75	9	61	47	25	0	27	1.53
77779788--77779855	30	2.3	30	82	10	77	47	5	17	29	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77780109--77780133	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
77780190--77780266	38	2.0	38	97	0	145	53	5	24	16	1.64
77789500--77789619	37	3.3	35	74	11	100	29	19	14	37	1.91
77792741--77792801	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
77794270--77794297	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
77794443--77794506	32	2.0	32	87	3	94	15	23	6	54	1.64
77797480--77797696	46	4.7	46	90	1	301	40	14	23	21	1.90
77797433--77797696	138	2.0	130	85	7	359	39	14	24	21	1.91
77803959--77803983	11	2.3	11	100	0	50	40	8	28	24	1.83
77804250--77804291	9	4.6	9	82	14	50	45	4	0	50	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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