genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  66  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20424914--20424944	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
20427109--20427174	32	2.1	32	94	0	114	39	16	6	37	1.74
20429744--20429782	20	2.0	20	94	0	69	41	10	5	43	1.61
20429857--20429908	23	2.3	23	96	0	95	26	21	11	40	1.87
20430724--20430769	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
20430731--20430775	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
20431359--20431550	59	3.3	59	91	6	290	31	25	17	26	1.97
20433313--20434163	283	3.0	283	98	0	1612	34	16	7	41	1.77
20437683--20437712	14	2.1	14	100	0	60	36	6	6	50	1.55
20440199--20440311	55	2.1	55	93	0	190	32	22	7	37	1.83
20445901--20446001	50	2.0	49	94	3	184	31	25	3	37	1.74
20451256--20451366	55	2.0	55	98	0	213	15	36	23	24	1.93
20452957--20452991	8	4.5	8	96	3	63	88	0	0	11	0.51
20454527--20454566	20	2.0	21	85	9	57	37	7	12	42	1.71
20454764--20454814	25	2.1	24	85	7	68	54	1	0	43	1.11
20456394--20456442	24	2.1	22	85	7	62	34	4	4	57	1.37
20456501--20456607	26	4.0	25	75	12	79	30	5	5	57	1.45
20456800--20456861	24	2.5	24	84	7	70	30	3	8	58	1.43
20456819--20456875	25	2.3	24	84	3	78	31	5	5	57	1.43
20460708--20460821	57	2.0	57	98	0	219	30	32	19	17	1.95
20462474--20462525	24	2.2	24	85	0	68	55	5	3	34	1.42
20467147--20467208	25	2.4	25	78	2	70	38	16	1	43	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20469877--20469919	13	3.3	13	80	0	50	37	2	4	55	1.33
20471740--20471893	79	2.0	75	86	5	209	35	18	24	21	1.96
20472108--20472170	27	2.3	27	91	0	99	52	1	11	34	1.47
20472108--20472184	27	2.9	27	88	1	93	48	2	11	37	1.54
20475485--20475561	2	38.5	2	93	0	127	51	45	0	2	1.14
20478234--20478277	16	2.8	16	82	10	63	25	0	22	52	1.48
20478234--20478277	15	2.8	15	80	19	54	25	0	22	52	1.48
20478272--20478451	97	1.8	99	83	7	240	43	2	13	40	1.56
20478562--20479098	126	4.3	125	89	2	790	33	18	20	27	1.96
20478554--20479098	251	2.2	251	90	2	835	33	18	20	27	1.96
20482124--20482326	100	2.0	101	94	0	354	43	9	4	42	1.58
20482151--20482306	50	3.1	49	66	20	124	44	9	3	42	1.55
20482157--20482373	100	2.2	99	81	6	244	48	8	4	38	1.55
20482825--20482890	30	2.2	30	83	0	78	6	16	45	31	1.72
20484558--20484607	20	2.4	22	80	16	61	40	0	30	30	1.57
20484558--20484615	11	5.5	10	80	15	64	41	0	27	31	1.56
20484558--20484621	31	2.1	31	85	5	85	42	0	26	31	1.56
20484684--20484836	75	2.0	75	93	0	261	25	21	28	24	1.99
20494021--20494197	46	3.8	46	77	12	182	22	21	27	28	1.99
20494019--20494190	93	1.8	93	91	0	281	22	22	27	27	1.99
20495727--20495779	25	2.1	25	82	0	61	24	22	20	32	1.98
20495962--20496023	31	2.1	30	82	17	76	45	8	17	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20497717--20497763	22	2.1	22	84	7	60	42	17	4	36	1.68
20498549--20498611	32	1.9	34	90	6	103	38	7	17	36	1.79
20498549--20498628	32	2.5	31	84	9	83	36	10	17	36	1.83
20505804--20505985	101	1.8	101	83	0	247	20	24	33	21	1.97
20508859--20508884	7	3.7	7	100	0	52	88	0	11	0	0.52
20510667--20510706	19	2.1	19	85	0	53	35	2	7	55	1.42
20516281--20516318	16	2.3	17	86	13	53	73	2	0	23	0.95
20516283--20516327	23	1.9	24	86	4	65	71	2	0	26	0.98
20517675--20517705	14	2.2	14	100	0	62	38	0	12	48	1.42
20525398--20525423	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
20525638--20525685	18	2.7	17	81	12	53	62	4	2	31	1.26
20525834--20526055	23	9.2	24	75	14	192	57	5	4	32	1.41
20526045--20526157	12	9.6	12	67	25	55	59	3	3	33	1.32
20526137--20526165	15	1.9	15	100	0	58	65	0	0	34	0.93
20527784--20527932	75	2.0	75	82	0	181	34	21	16	28	1.95
20527917--20527946	14	2.1	14	93	0	51	66	6	10	16	1.41
20527925--20528071	72	2.0	72	97	0	276	34	20	20	25	1.97
20527997--20528167	90	1.9	91	86	1	245	35	20	15	28	1.93
20527801--20528352	167	3.3	163	85	6	743	36	20	16	27	1.93
20528248--20528275	14	2.0	14	100	0	56	64	7	14	14	1.48
20528176--20528395	89	2.5	89	81	7	277	36	20	15	27	1.93
20528333--20528365	14	2.4	14	95	5	59	60	6	15	18	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20529610--20529663	19	2.7	20	80	8	56	27	5	0	66	1.13
20529777--20529801	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
20529952--20529995	21	2.1	21	86	0	61	31	0	9	59	1.29
20532875--20532912	19	1.9	20	84	10	51	76	5	0	18	0.97
20533619--20533647	15	1.9	15	100	0	58	34	0	0	65	0.93
20533768--20533958	25	7.8	25	78	12	157	31	4	4	59	1.37
20533749--20533958	23	8.7	23	77	14	167	32	4	4	58	1.38
20533922--20533969	25	2.0	23	84	8	60	33	2	2	62	1.18
20534107--20534141	17	2.0	18	88	5	54	28	2	2	65	1.21
20534364--20534389	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
20535445--20535531	33	2.6	33	94	0	147	13	35	28	21	1.92
20538338--20538643	85	3.6	85	82	3	337	26	17	21	33	1.96
20539765--20539854	43	2.1	43	100	0	180	46	20	10	23	1.80
20541731--20541803	29	2.4	30	82	11	78	21	8	10	58	1.58
20541744--20541803	29	2.0	31	87	6	88	21	10	11	56	1.64
20557270--20557446	71	2.5	70	84	1	212	28	14	22	35	1.93
20557463--20557801	75	4.5	75	87	4	427	32	15	19	32	1.94
20557449--20557784	147	2.2	146	83	7	415	32	15	18	33	1.92
20558199--20558812	72	8.5	72	97	1	1077	32	17	17	32	1.93
20559530--20559561	16	2.0	16	93	0	55	40	40	6	12	1.68
20563956--20564044	27	3.2	27	67	14	81	34	6	8	49	1.61
20563957--20564071	57	2.0	57	100	0	230	34	6	10	47	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20573642--20573693	23	2.2	24	83	10	63	73	0	7	19	1.07
20573844--20573882	19	2.1	18	85	4	51	71	0	2	25	0.98
20574087--20574154	3	22.0	3	79	5	55	61	5	4	27	1.38
20574233--20574269	5	7.4	5	93	0	65	78	0	2	18	0.87
20578771--20578814	21	2.1	21	83	8	54	70	11	2	15	1.26
20578881--20578918	19	2.0	19	90	10	60	78	0	18	2	0.86
20580271--20580453	68	2.7	68	80	0	222	31	23	15	29	1.96
20580331--20580543	100	2.1	100	80	0	228	30	21	16	31	1.95
20580290--20580614	168	1.9	168	82	1	400	30	20	16	31	1.95
20585995--20586117	49	2.5	48	79	10	140	25	32	14	27	1.95
20592245--20592309	28	2.3	28	82	10	87	55	9	0	35	1.32
20614515--20614558	13	3.4	13	80	0	52	47	0	2	50	1.13
20614530--20614563	17	1.9	18	88	5	52	44	0	2	52	1.16
20614590--20614637	22	2.2	22	82	14	55	60	4	10	25	1.47
20619051--20619198	43	3.4	43	80	5	140	28	15	22	33	1.95
20622699--20622879	39	4.6	39	83	2	175	23	25	24	25	2.00
20630636--20630764	40	3.3	39	85	4	168	24	25	22	27	2.00
20630546--20630781	39	6.0	40	81	5	214	25	26	22	24	2.00
20633444--20633534	27	3.4	27	86	3	130	42	12	26	18	1.85
20633444--20633547	54	1.9	54	88	7	158	41	13	25	20	1.88
20633446--20633570	27	4.6	27	79	7	112	42	12	24	20	1.87
20633580--20633681	27	3.8	27	71	5	80	44	17	23	14	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20640239--20640379	27	5.2	27	83	11	173	34	21	24	19	1.96
20640239--20640379	54	2.6	55	91	5	225	34	21	24	19	1.96
20641978--20642059	26	3.2	26	87	0	128	37	23	6	32	1.79
20645701--20645730	12	2.5	12	94	0	51	26	46	20	6	1.75
20655928--20655987	29	2.1	29	93	0	102	26	5	26	41	1.76
20659253--20659310	27	2.1	27	100	0	116	34	22	12	31	1.91
20661567--20661659	40	2.5	37	86	8	118	30	25	10	33	1.90
20666845--20666879	6	5.8	6	89	0	52	45	20	0	34	1.51
20671642--20671671	2	15.0	2	92	0	51	50	3	46	0	1.18
20674071--20674394	164	2.0	164	98	0	630	35	19	16	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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