genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  237  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78395485--78395544	30	2.0	30	93	0	102	48	13	13	25	1.78
78396428--78396655	46	5.0	46	92	1	350	39	14	23	21	1.91
78402698--78402751	18	3.0	18	97	0	99	35	16	16	31	1.92
78403045--78403119	9	8.4	9	82	2	89	30	8	17	44	1.77
78403044--78403111	35	1.9	36	90	3	111	32	7	16	44	1.75
78403914--78404013	42	2.3	43	83	5	132	30	19	22	29	1.97
78405855--78406002	43	3.5	42	75	10	131	27	20	25	27	1.99
78406555--78406584	15	1.9	16	93	6	53	20	10	20	50	1.76
78410147--78410406	97	2.7	97	90	0	385	33	13	18	35	1.89
78417604--78417638	18	1.9	18	88	0	52	51	2	0	45	1.16
78423163--78423265	5	19.4	5	67	25	52	52	1	2	42	1.27
78423125--78423232	16	6.9	17	67	20	67	52	1	1	43	1.22
78423163--78423267	43	2.5	42	82	6	122	52	1	2	42	1.27
78428677--78428715	20	2.0	20	89	0	60	48	10	7	33	1.66
78430049--78430079	15	2.1	15	93	0	53	16	19	16	48	1.81
78430804--78430888	22	3.8	23	75	10	79	43	15	25	15	1.86
78430804--78430900	44	2.2	44	83	0	113	44	16	23	15	1.86
78430804--78430900	22	4.4	22	71	7	63	44	16	23	15	1.86
78439970--78440042	26	2.8	26	78	0	83	41	23	17	17	1.90
78453968--78454508	45	12.2	44	68	16	226	29	18	21	29	1.97
78454120--78454573	133	3.4	133	94	0	764	29	19	20	30	1.97
78453808--78454374	177	3.2	177	86	5	722	28	18	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78460204--78460258	24	2.3	24	81	6	67	21	38	3	36	1.71
78461786--78462040	55	4.8	54	79	9	269	36	17	25	21	1.95
78461793--78461993	108	1.8	110	89	4	318	34	17	25	22	1.96
78462232--78462262	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
78465858--78465954	49	2.0	49	85	0	131	23	28	6	41	1.79
78469230--78470216	211	4.7	213	80	5	1123	28	16	21	33	1.95
78475741--78475780	5	8.0	5	100	0	80	40	0	0	60	0.97
78477396--78477429	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
78477430--78477476	18	2.5	18	77	19	51	65	12	0	21	1.25
78477431--78477469	18	2.2	18	86	9	53	66	15	0	17	1.25
78487175--78487655	262	1.8	262	89	0	746	30	16	15	36	1.90
78487426--78488362	316	3.0	315	90	1	1466	34	14	14	35	1.88
78488025--78488077	24	2.2	24	82	3	61	37	15	15	32	1.88
78497828--78497889	15	4.1	15	74	16	56	62	9	1	25	1.35
78513649--78513804	78	2.0	77	94	1	276	26	15	13	44	1.83
78513942--78514052	51	2.2	51	95	3	199	18	21	15	44	1.87
78514651--78514692	14	3.1	13	86	13	50	45	0	7	47	1.30
78514651--78514692	19	2.3	18	84	8	57	45	0	7	47	1.30
78516151--78516201	25	2.0	25	84	0	66	56	7	5	29	1.51
78521408--78521502	46	2.1	46	100	0	190	38	6	18	35	1.77
78524085--78524665	316	1.8	313	81	6	726	26	17	19	37	1.93
78526301--78526350	21	2.5	20	83	3	55	70	2	2	26	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78526324--78526406	23	3.6	23	70	27	59	65	2	0	32	1.06
78526322--78526370	21	2.3	21	86	6	64	67	4	0	28	1.09
78526379--78526403	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
78526449--78526486	18	2.1	18	85	9	51	68	0	10	21	1.19
78526535--78526586	19	2.7	20	85	11	72	28	3	0	67	1.08
78526535--78526586	20	2.7	20	82	11	63	28	3	0	67	1.08
78526535--78526594	20	3.0	20	73	17	54	31	3	0	65	1.09
78542414--78542455	13	3.1	14	76	16	52	61	2	26	9	1.39
78542678--78542722	22	2.0	22	100	0	90	31	24	8	35	1.86
78543066--78543246	97	1.9	96	86	6	258	34	14	12	38	1.84
78544973--78545070	49	2.0	49	97	0	187	43	12	19	24	1.85
78544981--78545060	25	3.2	25	67	22	78	43	12	20	23	1.85
78544994--78545071	25	3.2	25	66	23	74	41	14	17	26	1.88
78549025--78549122	29	3.0	34	76	22	118	23	15	21	39	1.91
78550926--78550952	5	5.4	5	100	0	54	40	18	0	40	1.51
78552976--78553002	7	3.9	7	100	0	54	44	14	0	40	1.46
78553721--78553944	32	7.0	32	92	0	376	34	10	9	45	1.70
78553725--78553944	96	2.3	96	100	0	440	34	9	9	46	1.69
78555938--78555991	21	2.6	21	81	0	72	29	29	12	27	1.94
78557685--78557743	30	2.0	30	86	0	82	22	10	6	61	1.51
78557973--78558016	17	2.4	19	88	7	65	34	0	0	65	0.93
78557973--78558058	20	4.5	19	72	16	63	34	2	0	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78557983--78558054	14	6.1	12	75	16	62	33	2	0	63	1.08
78557986--78558058	27	2.4	30	76	19	80	35	2	0	61	1.10
78558000--78558058	25	2.5	24	76	13	68	35	3	0	61	1.13
78558074--78558108	15	2.3	15	95	0	61	28	0	0	71	0.86
78558543--78558569	14	1.9	14	100	0	54	29	0	7	62	1.22
78558558--78558678	64	1.9	62	88	3	179	27	6	14	52	1.66
78558866--78558898	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
78563321--78563357	5	7.6	5	93	6	67	81	0	0	18	0.70
78563321--78563357	14	2.6	14	95	4	65	81	0	0	18	0.70
78566373--78566454	30	2.7	30	78	14	78	39	4	4	51	1.45
78567780--78567817	4	9.5	4	100	0	76	73	0	0	26	0.83
78569933--78570172	117	2.1	117	95	0	435	30	17	23	28	1.97
78572684--78572731	21	2.3	21	85	0	60	35	25	4	35	1.75
78574618--78574784	90	1.9	90	82	7	214	28	7	12	52	1.65
78580721--78580781	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
78582543--78582583	20	1.9	22	85	14	59	26	4	2	65	1.25
78582666--78582731	27	2.6	27	81	11	68	51	4	0	43	1.22
78582660--78582750	25	3.6	25	73	19	73	46	4	0	49	1.22
78582684--78582749	27	2.3	29	80	15	84	46	4	0	48	1.22
78582732--78582872	14	9.9	14	70	13	83	31	4	2	60	1.29
78582788--78582879	7	12.1	7	71	14	51	30	3	2	64	1.21
78582772--78582852	34	2.4	33	82	11	94	32	2	1	64	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78586570--78586631	10	6.0	10	74	20	56	3	32	0	64	1.09
78586582--78586883	151	2.0	151	98	0	586	18	31	7	42	1.77
78587576--78587607	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
78587854--78587918	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
78588024--78588113	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
78588024--78588138	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
78589278--78589315	10	3.5	11	86	13	53	44	0	0	55	0.99
78589283--78589314	6	5.7	6	92	7	50	46	0	0	53	1.00
78589433--78589495	31	2.0	32	84	9	85	46	0	4	49	1.23
78589597--78589649	15	3.5	16	77	12	58	73	3	16	5	1.17
78591272--78591534	40	6.6	40	88	3	307	26	28	20	24	1.99
78591466--78591543	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
78594237--78594272	16	2.2	17	90	9	58	61	0	5	33	1.19
78595559--78595595	15	2.5	16	87	12	53	21	24	10	43	1.84
78595559--78595608	15	3.5	15	79	15	52	20	24	14	42	1.88
78607628--78608363	175	4.2	175	77	9	762	34	19	19	27	1.96
78607730--78608178	87	5.1	87	73	12	407	34	18	19	27	1.95
78607731--78608402	351	1.9	349	88	1	1022	33	18	19	27	1.96
78609834--78609900	26	2.6	25	77	13	73	50	4	0	44	1.22
78609902--78610047	14	10.6	14	73	12	63	30	4	1	63	1.24
78609936--78610015	32	2.4	33	83	10	101	31	2	0	66	1.05
78609925--78610040	7	16.4	7	67	15	51	31	3	1	62	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78609931--78610012	29	2.8	28	75	17	76	31	2	0	65	1.05
78609956--78610015	25	2.8	20	73	22	57	28	1	0	70	0.97
78609957--78610054	23	4.0	23	72	25	69	28	3	3	65	1.23
78610135--78610181	19	2.5	20	80	13	55	23	4	4	68	1.26
78611923--78612451	172	3.1	170	85	4	730	34	5	5	54	1.47
78612314--78612353	19	2.1	19	90	0	62	37	5	2	55	1.35
78611939--78612380	84	5.2	84	67	13	267	35	4	4	54	1.44
78618481--78618539	30	2.0	29	81	12	68	33	8	1	55	1.40
78618751--78618792	21	2.2	19	83	12	50	26	7	4	61	1.42
78630607--78630769	44	3.7	44	81	4	202	29	21	22	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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