genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11007403--11007587	40	4.7	40	81	6	198	26	27	21	24	1.99
11007431--11007587	79	2.0	80	81	6	185	26	26	21	25	2.00
11008564--11009082	85	6.1	85	99	0	1029	25	26	8	39	1.84
11011661--11011749	37	2.4	38	84	5	128	12	8	33	44	1.73
11021045--11021097	26	2.1	26	82	10	65	22	20	20	35	1.96
11027543--11027583	13	3.2	13	82	6	57	34	0	2	63	1.08
11027743--11027786	24	1.9	22	86	9	61	38	2	0	59	1.10
11027795--11027842	17	3.1	15	77	19	53	41	2	2	54	1.24
11028468--11028519	26	2.0	25	81	3	59	25	9	9	55	1.62
11028928--11028979	18	2.8	18	83	16	63	32	0	5	61	1.20
11049691--11049745	25	2.2	25	93	0	92	56	18	16	9	1.66
11049790--11049836	24	2.0	24	100	0	94	55	14	4	25	1.58
11050103--11050165	31	2.0	31	96	0	117	38	15	20	25	1.92
11055801--11055839	16	2.3	17	91	8	62	43	5	30	20	1.73
11055800--11055843	18	2.4	18	82	17	56	43	4	31	20	1.72
11064829--11064867	17	2.3	17	95	0	69	23	5	12	58	1.54
11072391--11072448	24	2.4	25	85	5	84	58	0	0	41	0.98
11072451--11072511	16	3.9	15	72	6	59	44	1	0	54	1.10
11080441--11080483	3	14.0	3	95	4	77	65	2	0	32	1.06
11088160--11088189	4	7.5	4	100	0	60	50	26	0	23	1.50
11089408--11089509	36	3.0	36	75	18	119	29	27	14	28	1.95
11089391--11089505	30	3.6	30	72	19	81	32	26	13	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11089405--11089572	66	2.5	66	85	1	212	29	27	14	28	1.96
11089405--11089571	30	5.2	30	70	18	102	29	27	14	28	1.96
11092004--11092324	127	2.5	127	87	1	448	35	19	17	27	1.94
11092770--11092854	23	3.7	23	71	16	70	60	4	5	29	1.41
11094295--11094361	15	4.5	15	75	18	61	74	0	10	14	1.07
11094323--11094354	6	5.7	6	92	7	50	68	0	15	15	1.21
11095007--11095466	45	9.8	45	70	16	218	27	22	15	34	1.95
11095059--11095167	53	2.1	53	92	0	182	21	24	18	35	1.95
11095131--11095380	41	5.5	42	66	20	117	30	20	15	34	1.93
11094995--11095494	190	2.6	189	91	0	793	27	21	16	34	1.95
11095249--11095352	53	2.0	53	90	0	163	24	23	15	37	1.93
11095026--11095494	92	4.9	94	72	11	337	27	21	16	34	1.95
11106142--11112140	790	7.6	790	99	0	11953	35	18	16	29	1.93
11112094--11112411	127	2.5	127	85	2	424	36	20	16	26	1.94
11112864--11112910	20	2.3	20	88	3	67	63	6	4	25	1.36
11112860--11112941	23	3.6	22	75	15	69	63	3	4	28	1.32
11113655--11113719	25	2.6	26	72	20	66	58	9	9	23	1.58
11114377--11114415	7	5.3	7	85	11	51	84	0	2	12	0.72
11114377--11114415	15	2.6	15	95	0	69	84	0	2	12	0.72
11114382--11114422	8	5.1	8	91	8	66	85	0	2	12	0.70
11114377--11114435	8	8.0	8	83	12	56	79	0	6	13	0.92
11116723--11116750	12	2.3	12	100	0	56	32	7	0	60	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11116881--11116953	31	2.4	31	78	0	83	21	13	10	53	1.71
11117360--11117429	24	3.0	23	83	6	77	70	0	2	27	1.02
11117389--11117431	16	2.7	15	79	13	50	69	0	2	27	1.00
11123249--11123362	27	4.2	27	86	6	169	34	24	25	15	1.95
11126220--11126254	18	1.9	18	88	0	52	20	8	2	68	1.29
11127801--11127908	26	4.2	26	89	0	171	35	23	8	33	1.85
11130344--11130435	26	3.6	25	75	16	73	63	4	7	25	1.40
11130391--11130768	26	14.8	25	69	18	108	60	5	5	29	1.40
11131710--11131749	18	2.2	19	86	4	55	70	0	2	27	1.01
11131899--11131931	15	2.1	16	94	5	59	69	0	0	30	0.88
11132980--11133024	17	2.5	19	75	17	51	73	4	13	8	1.23
11134305--11134357	4	14.2	4	79	20	62	0	26	0	73	0.83
11134305--11134361	10	5.9	10	86	13	84	0	26	0	73	0.83
11137359--11137395	19	1.9	20	88	5	58	45	8	18	27	1.77
11139418--11139758	50	6.7	48	71	15	176	59	5	5	29	1.41
11139506--11139744	53	4.6	52	75	14	179	58	5	5	31	1.42
11139367--11139758	26	15.2	25	71	15	223	59	5	5	29	1.43
11139666--11139758	24	3.8	24	81	14	70	60	6	2	31	1.34
11145602--11145714	57	2.0	57	86	6	158	26	18	9	45	1.80
11146847--11146925	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
11147044--11147262	47	4.6	49	87	3	297	28	30	8	33	1.86
11147044--11147262	96	2.3	97	85	6	295	28	30	8	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11147096--11147308	94	2.3	93	80	9	227	31	27	5	34	1.80
11148877--11148901	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
11150435--11150548	39	2.9	40	81	2	131	24	27	23	24	2.00
11150479--11150628	40	3.7	40	75	12	105	24	25	24	26	2.00
11150941--11151014	29	2.6	29	89	4	105	25	31	16	27	1.96
11150998--11151098	43	2.3	43	98	0	193	25	36	14	22	1.93
11151320--11151411	45	2.0	45	97	0	175	45	16	10	27	1.80
11153063--11153171	37	2.9	37	93	0	173	26	29	19	24	1.98
11153380--11153481	47	2.2	47	89	0	150	25	31	11	31	1.92
11153489--11153941	47	9.3	47	84	7	557	27	30	12	30	1.93
11153414--11153556	75	1.9	75	92	0	241	25	32	11	30	1.92
11153489--11153941	198	2.3	192	88	5	667	27	30	12	30	1.93
11153489--11153941	145	3.1	144	87	6	664	27	30	12	30	1.93
11154364--11154525	82	2.0	82	98	0	315	32	17	10	40	1.83
11156296--11156719	85	5.0	85	99	0	839	27	25	9	37	1.86
11157921--11158044	61	2.0	61	96	0	230	29	11	27	32	1.91
11165268--11165344	28	2.8	29	76	11	81	25	14	32	27	1.94
11166622--11166691	35	2.0	35	100	0	140	45	2	20	31	1.65
11171601--11171665	25	2.6	25	82	0	76	32	18	9	40	1.82
11171621--11171678	25	2.3	25	84	0	71	37	15	6	39	1.74
11174736--11174829	49	1.9	49	91	0	152	26	13	17	42	1.86
11175669--11175732	24	2.7	24	76	9	69	17	18	3	60	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11175808--11175844	6	6.5	6	93	6	60	16	0	0	83	0.64
11177643--11177668	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
11184813--11184867	19	2.9	18	86	10	74	40	3	14	41	1.63
11184878--11184959	42	2.0	42	92	0	137	31	7	14	46	1.72
11191708--11191778	36	2.0	36	97	0	133	47	19	5	26	1.71
11204763--11204822	30	2.0	30	90	0	93	48	3	26	21	1.66
11208304--11208369	16	4.1	16	81	13	73	22	3	0	74	0.96
11208322--11208376	8	6.9	8	80	15	60	23	3	0	72	1.00
11208304--11208378	25	2.9	27	85	14	97	21	4	0	74	0.98
11211035--11211117	32	2.6	32	86	7	89	30	12	15	42	1.83
11211359--11211403	20	2.2	20	84	7	56	22	8	2	66	1.30
11214989--11215033	20	2.2	21	84	7	58	37	15	2	44	1.59
11219306--11219366	30	2.0	30	83	0	77	31	21	9	37	1.86
11220370--11220394	11	2.3	11	100	0	50	8	36	0	56	1.29
11222281--11222394	24	4.9	23	77	13	108	21	22	19	36	1.95
11222257--11222381	24	5.2	23	77	12	110	21	23	19	36	1.95
11222267--11222394	47	2.7	47	84	8	143	22	22	18	35	1.95
11222375--11222430	26	2.2	26	84	6	71	26	23	21	28	1.99
11225052--11225156	44	2.4	44	82	9	117	32	26	16	24	1.96
11261729--11261802	36	2.1	36	97	0	139	52	0	13	33	1.41
11267191--11267228	20	1.9	20	84	10	51	34	2	18	44	1.64
11271236--11271344	54	2.0	54	98	0	209	22	12	29	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11275320--11275351	15	2.1	15	100	0	64	6	12	34	46	1.67
11294833--11294876	22	2.0	22	100	0	88	45	13	0	40	1.44
11300153--11300211	29	2.0	29	100	0	118	44	6	23	25	1.78
11305342--11305461	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
11306589--11306774	40	4.6	39	81	8	189	24	23	26	25	2.00
11306589--11306772	79	2.3	80	84	8	232	24	23	26	25	2.00
11311523--11311612	28	3.2	27	82	7	110	21	24	22	32	1.98
11313226--11313276	26	1.9	26	88	4	75	7	33	1	56	1.39
11322849--11322898	17	2.7	18	80	20	59	6	0	14	80	0.90
11322849--11322884	16	2.2	17	90	5	56	8	0	8	83	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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