genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13507700--13507767	8	8.5	8	87	6	75	64	4	1	29	1.21
13507917--13507981	25	2.8	24	88	6	98	55	6	4	33	1.45
13507997--13508036	15	2.5	17	84	11	50	55	0	7	37	1.29
13508015--13508058	24	1.9	22	86	9	61	56	2	9	31	1.43
13508635--13508799	30	5.5	30	86	1	208	23	3	47	26	1.68
13510357--13510683	44	7.5	44	97	1	604	16	23	15	44	1.86
13516617--13516664	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
13516613--13516668	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
13516613--13516664	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
13516819--13516883	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
13516902--13517035	25	5.6	25	69	15	86	58	2	3	35	1.31
13516822--13516983	52	3.2	51	72	17	138	56	4	6	32	1.43
13517567--13517627	30	2.0	30	93	0	104	26	3	42	27	1.71
13518878--13519108	116	2.0	116	98	0	444	29	19	18	33	1.95
13521934--13521996	26	2.5	26	82	7	67	63	0	1	34	1.04
13521988--13522044	24	2.4	24	80	11	64	45	3	1	49	1.29
13523486--13523537	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
13525002--13525053	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
13525147--13525187	21	1.9	22	90	5	66	75	2	0	21	0.92
13525346--13525394	24	2.0	24	84	7	64	67	4	6	22	1.30
13525698--13525731	16	2.1	17	94	5	61	70	0	0	29	0.87
13528707--13528740	17	1.9	18	88	5	52	35	0	8	55	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13529194--13529269	27	2.8	26	84	7	98	32	3	2	60	1.29
13531289--13531367	21	3.7	22	74	1	63	48	27	1	22	1.59
13531288--13531355	29	2.4	28	80	11	68	50	23	1	25	1.58
13531288--13531367	14	5.6	14	74	2	70	47	27	1	23	1.59
13532795--13532837	21	2.0	21	86	0	59	34	11	2	51	1.51
13535519--13535572	27	2.0	26	96	3	99	53	7	22	14	1.65
13536452--13536487	16	2.2	16	95	0	63	58	2	16	22	1.51
13545535--13545593	17	3.6	17	70	19	54	55	1	1	40	1.20
13547524--13547630	29	3.8	28	73	10	92	24	31	14	29	1.94
13547530--13547638	58	1.9	57	81	9	132	23	31	13	31	1.94
13550100--13550997	41	21.9	41	99	0	1726	31	22	19	26	1.98
13557772--13557892	60	2.0	60	95	0	215	41	16	10	31	1.83
13558700--13558799	28	3.5	28	76	4	94	29	28	11	32	1.91
13558698--13558799	29	3.6	28	76	5	98	29	27	10	32	1.90
13559005--13559055	24	2.1	24	88	0	75	15	21	11	50	1.76
13559005--13559055	8	6.4	8	77	8	59	15	21	11	50	1.76
13566065--13566096	16	2.0	16	100	0	64	31	12	25	31	1.92
13566756--13566896	69	2.1	68	95	1	255	29	14	22	33	1.94
13568443--13568525	41	2.0	41	95	0	148	25	1	18	55	1.50
13577222--13577273	3	16.7	3	86	4	68	63	1	5	28	1.28
13577570--13577598	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
13577937--13578123	93	2.0	93	97	0	356	36	17	24	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13578284--13578522	116	2.1	115	93	0	406	23	20	33	22	1.97
13580043--13580170	42	3.1	42	89	2	204	28	23	18	29	1.98
13580684--13580778	43	2.2	44	86	5	131	27	25	20	27	1.99
13588924--13588955	9	3.7	9	95	4	57	43	12	21	21	1.86
13593175--13593217	3	13.7	3	82	4	50	62	2	6	27	1.33
13593514--13593542	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
13595685--13595812	42	3.1	42	89	2	204	28	23	18	29	1.98
13596326--13596420	43	2.2	44	86	5	131	27	25	20	27	1.99
13604566--13604597	9	3.7	9	95	4	57	43	12	21	21	1.86
13607960--13608135	46	3.8	45	79	12	187	21	20	28	30	1.98
13607957--13608127	93	1.8	93	92	0	288	21	21	28	29	1.98
13611799--13611907	42	2.6	42	82	8	150	33	23	13	29	1.93
13613451--13613616	87	1.9	87	86	2	235	37	16	21	24	1.93
13613517--13613733	108	2.0	108	82	3	267	37	12	22	27	1.90
13613625--13613969	87	4.0	86	81	6	322	37	11	22	27	1.90
13613451--13613820	195	1.9	195	80	5	426	38	12	22	26	1.90
13616930--13616975	21	2.2	21	84	7	58	34	6	0	58	1.24
13616923--13616971	24	2.1	23	84	3	62	32	6	0	61	1.21
13628697--13629053	10	37.3	9	65	23	69	60	3	1	34	1.22
13628743--13628805	21	3.3	19	75	14	58	63	1	0	34	1.04
13628766--13628804	9	4.3	9	84	12	53	58	2	0	38	1.12
13628937--13629007	29	2.4	31	76	9	76	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13628934--13629001	9	7.3	9	77	12	66	67	0	0	32	0.91
13628952--13629053	29	3.5	31	73	11	85	62	1	0	35	1.06
13629361--13629393	16	2.1	16	100	0	66	45	6	6	42	1.53
13631908--13632098	10	19.6	10	66	19	50	35	2	4	58	1.31
13631900--13631981	38	2.2	36	83	10	103	29	2	3	64	1.23
13631901--13632020	10	12.6	9	67	17	55	33	1	3	61	1.22
13631958--13632002	22	2.1	22	84	8	58	35	2	2	60	1.22
13631987--13632098	48	2.4	45	75	19	102	36	2	4	56	1.34
13632092--13632139	20	2.3	21	86	10	64	29	2	2	66	1.14
13648527--13648558	14	2.3	14	94	0	55	31	21	6	40	1.78
13654300--13654352	16	3.3	15	75	12	52	47	0	0	52	1.00
13664742--13664794	3	17.7	3	100	0	106	32	33	0	33	1.58
13673867--13673901	17	2.2	17	90	10	56	74	0	0	25	0.82
13673865--13673901	15	2.2	18	81	18	53	72	0	0	27	0.84
13675063--13675103	15	2.7	15	85	10	57	41	4	0	53	1.22
13675063--13675102	16	2.7	15	88	7	55	42	2	0	55	1.13
13677911--13677954	23	1.9	23	95	0	79	34	20	22	22	1.97
13679077--13679139	28	2.2	28	97	2	117	20	23	6	49	1.72
13680224--13680262	19	2.1	18	85	4	51	58	2	7	30	1.39
13681927--13681960	17	1.9	17	88	5	50	38	20	8	32	1.84
13683204--13683262	28	2.1	28	93	0	100	27	27	13	32	1.94
13688642--13688743	51	2.0	51	100	0	204	39	5	19	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13688721--13688812	43	2.1	43	97	0	175	30	8	20	40	1.83
13689788--13689828	20	2.0	20	90	9	66	24	17	19	39	1.92
13691556--13691637	23	3.7	21	78	15	85	43	15	15	24	1.86
13691556--13691639	44	1.9	44	85	0	114	44	15	15	25	1.85
13691546--13691649	23	4.6	23	72	4	77	45	16	15	23	1.85
13692202--13692384	5	36.6	5	100	0	366	60	0	0	39	0.97
13695601--13695649	22	2.1	23	81	7	55	14	38	24	22	1.91
13698452--13698503	15	3.5	15	89	5	88	34	0	13	51	1.41
13698452--13698506	14	3.8	15	85	7	78	36	0	12	50	1.41
13698448--13698505	29	2.1	27	93	6	98	34	0	12	53	1.38
13698891--13698961	21	3.3	21	92	4	115	12	25	28	33	1.92
13698902--13698972	21	3.4	21	90	0	97	15	26	26	30	1.96
13698878--13698986	42	2.5	42	80	2	137	16	22	24	36	1.94
13699277--13699383	54	2.0	54	96	0	196	39	6	21	32	1.79
13700228--13700259	11	2.9	11	95	0	55	34	6	28	31	1.82
13704090--13704160	21	3.3	21	92	4	115	12	25	28	33	1.92
13704101--13704171	21	3.4	21	90	0	97	15	26	26	30	1.96
13704077--13704185	42	2.5	42	80	2	137	16	22	24	36	1.94
13708047--13708076	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
13708466--13708552	27	3.2	27	88	6	124	17	24	24	34	1.96
13710009--13710079	27	2.9	22	78	17	61	57	5	1	35	1.31
13718415--13718464	10	5.0	10	86	13	68	20	8	2	70	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13723947--13724042	24	4.1	24	76	12	110	54	3	16	26	1.57
13726234--13726266	15	2.2	15	94	0	57	27	27	18	27	1.98
13731060--13731364	46	6.6	46	89	3	434	20	23	14	40	1.90
13731060--13731373	139	2.3	138	88	2	443	21	23	14	40	1.90
13739810--13739862	23	2.2	24	80	9	65	60	1	3	33	1.26
13739987--13740048	18	3.3	18	73	18	56	45	0	0	54	0.99
13739985--13740045	17	3.3	18	70	18	54	45	0	0	54	1.00
13739982--13740061	38	2.1	38	81	9	92	45	1	0	53	1.08
13742992--13743039	13	3.5	13	80	8	51	77	6	0	16	0.97
13743931--13743980	22	2.3	22	96	0	91	34	26	12	28	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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