Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  50  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15546418--15546463
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2.0
23
100
0
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21
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34
1.84
15550526--15550590
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2.0
33
100
0
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21
1.92
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0
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100
0
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21
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0
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2.0
25
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0
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20
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58
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15562700--15562758
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1.9
30
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21
91
0
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29
32
9
29
1.88
15578671--15578697
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2.1
13
100
0
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2.1
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97
0
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22
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36
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4.5
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7
202
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23
13
21
1.89
15580989--15581032
22
1.9
24
86
9
65
25
15
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13
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18
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49
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0
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1.80
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2.9
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11
51
18
13
10
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1.63
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3.6
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29
29
20
20
1.98
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1.8
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93
0
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1.98
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30
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20
1.97
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35
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38
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13
36
1.81
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17
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33
1
0
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3.5
16
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33
1
0
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26
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36
4
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1.16
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22
1.9
22
95
0
75
35
7
30
26
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15605488--15605549
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4.5
13
82
8
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80
0
14
4
0.87
15605489--15605547
21
2.8
20
85
7
73
81
0
13
5
0.85
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44
2.0
44
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4
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29
14
27
27
1.96
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7.0
119
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18
19
29
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4.2
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93
0
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31
20
20
27
1.98
15608051--15608130
17
4.5
17
84
6
106
41
10
11
37
1.74
15608042--15608130
35
2.5
36
88
3
135
40
8
12
38
1.74
15608085--15608136
17
2.9
17
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15
61
42
11
11
34
1.77
15608613--15608672
17
3.5
17
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33
1
0
65
1.03
15608614--15608672
16
3.5
16
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33
1
0
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1.04
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1.99
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18
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2.9
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0
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15
12
0
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1.12
15639263--15639307
12
3.7
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17
13
0
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1.20
15639266--15639305
18
2.2
18
95
0
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15
12
0
72
1.12
15640976--15641081
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15
71
6
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26
17
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32
1.97
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4.0
29
88
0
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26
17
23
32
1.97
15641101--15641484
56
6.8
56
76
6
315
27
20
20
30
1.98
15641112--15641484
84
4.4
82
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338
28
20
20
30
1.98
15641101--15641484
28
13.5
28
75
4
286
27
20
20
30
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15647453--15647486
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11
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0
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0
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0
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0
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1.70
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17
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58
0
26
0
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0.83
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2.0
20
86
9
57
0
26
0
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0.84
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2.1
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88
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50
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2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
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0
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18
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2.0
35
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5
31
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2.0
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100
0
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53
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20
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1.22
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15
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40
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1.9
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30
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1.95
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1.9
24
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30
30
15
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1.95
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205
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4
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47
1.39
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1
0
22
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4.5
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100
0
54
0
0
14
85
0.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15719631--15719884
130
1.9
132
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1
368
36
20
17
25
1.94
15720125--15720168
21
2.1
21
100
0
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59
4
13
22
1.53
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2.4
21
80
20
63
65
0
1
32
1.04
15722658--15722708
22
2.4
22
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63
64
0
1
33
1.05
15726494--15726549
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17
17
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2.2
13
100
0
58
13
34
24
27
1.93
15727707--15727779
23
3.2
22
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18
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30
17
30
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1.97
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45
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30
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2.5
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54
14
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28
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1.95
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21
2.4
21
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73
22
26
6
44
1.76
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2.0
21
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39
13
27
18
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22
2.1
22
87
12
65
39
4
0
55
1.20
15740421--15740454
12
2.8
12
91
8
52
29
17
8
44
1.79
15744667--15744773
52
2.1
52
94
0
187
32
14
17
35
1.90
15749795--15749896
29
3.5
30
70
14
79
27
17
28
26
1.98
15750328--15750387
20
3.0
20
100
0
120
45
5
25
25
1.73
15755955--15755984
12
2.5
12
88
0
51
30
0
0
70
0.88
15756428--15756479
16
3.2
17
81
8
54
48
1
0
50
1.12
15758832--15758924
45
2.0
46
95
4
170
21
8
12
56
1.62
15764782--15764889
41
2.6
41
86
0
135
32
22
22
23
1.98
15765686--15765718
13
2.4
14
90
5
50
18
0
33
48
1.48
15766452--15766528
38
2.0
38
94
0
136
28
15
35
20
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15767152--15767187
18
2.0
18
94
0
63
38
5
8
47
1.57
15769143--15769181
18
2.1
19
85
9
53
56
0
0
43
0.99
15769179--15769324
42
3.4
43
77
12
158
27
13
26
32
1.93
15769179--15769353
43
4.1
42
80
5
174
27
14
27
30
1.95
15774148--15774203
25
2.2
26
84
6
71
23
7
8
60
1.51
15779549--15779586
19
2.0
20
85
15
53
57
0
2
39
1.12
15784069--15784121
27
2.0
27
100
0
106
62
7
11
18
1.52
15789445--15789566
3
40.7
3
100
0
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0
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0
0.91
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1
0
50
1.10
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3
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3
100
0
104
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0
0
32
0.91
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1.9
17
100
0
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0
0
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0.88
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7
8.7
6
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9
58
73
0
0
26
0.84
15804394--15804452
20
2.7
23
84
10
79
72
0
0
27
0.84
15804394--15804468
23
3.4
21
77
15
71
69
0
2
28
1.02
15804657--15804713
30
1.9
30
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7
89
12
36
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19
1.89
15817089--15817128
12
3.3
12
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0
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22
25
27
25
2.00
15823424--15823471
10
4.5
11
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10
55
60
2
2
35
1.20
15823497--15823698
103
2.0
103
89
2
307
46
10
9
33
1.70
15827323--15827380
26
2.2
26
90
6
91
36
22
5
36
1.77
15829172--15829251
3
26.7
3
90
0
115
65
1
30
3
1.18
15829625--15829649
12
2.1
12
100
0
50
24
0
8
68
1.16
15830802--15830847
25
1.9
23
86
8
65
63
4
0
32
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15830838--15830939
42
2.4
43
77
8
102
65
4
2
26
1.27
15830904--15830978
32
2.5
29
79
14
80
66
0
2
30
1.05
15837393--15837440
20
2.4
21
86
10
73
47
14
14
22
1.81
15839401--15839441
21
2.0
20
90
4
64
29
0
21
48
1.50
15851200--15851236
19
1.9
19
88
0
56
29
2
21
45
1.65
15857878--15857903
8
3.2
8
100
0
52
84
0
0
15
0.62
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2.8
11
100
0
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0
0
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0.82
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0
0
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0.88
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14
100
0
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7
21
21
1.72
15873911--15873968
30
2.0
29
90
10
91
17
6
0
75
1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276