genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18962273--18962306	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
18963991--18964015	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
18963996--18964073	38	2.0	39	92	2	131	51	26	3	17	1.63
18964207--18964269	17	3.5	17	69	12	54	34	3	12	49	1.57
18964204--18964278	37	2.0	37	94	0	114	36	4	14	45	1.64
18964554--18964642	37	2.4	37	84	5	117	26	23	21	28	1.99
18965214--18965321	27	4.0	27	87	2	137	21	16	21	40	1.91
18965227--18965321	27	3.6	27	91	1	147	18	17	20	43	1.89
18965214--18965321	53	2.0	54	85	1	146	21	16	21	40	1.91
18967067--18967153	43	2.0	44	93	2	149	29	21	20	27	1.98
18971401--18971568	89	1.9	88	82	3	212	17	14	21	47	1.83
18973793--18974281	242	2.0	243	96	0	908	34	19	16	28	1.94
18975298--18975366	31	2.2	32	82	10	90	46	21	10	21	1.81
18975887--18975957	18	3.9	18	79	0	61	21	9	11	57	1.62
18975905--18975949	6	7.5	6	87	0	54	17	8	13	60	1.58
18975905--18975959	12	4.6	12	82	8	58	21	9	12	56	1.64
18976153--18976292	64	2.2	64	98	0	271	22	14	17	45	1.84
18976600--18976628	15	1.9	15	100	0	58	13	6	37	41	1.72
18978282--18978389	40	2.7	40	89	2	155	24	7	22	46	1.77
18978410--18978486	38	2.0	38	100	0	154	10	5	36	48	1.60
18979152--18979210	21	2.8	22	76	7	77	30	37	10	22	1.87
18982788--18983187	200	2.0	200	99	0	791	36	22	18	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18983583--18983760	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
18983604--18983759	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
18984694--18984732	19	2.1	19	100	0	78	20	38	0	41	1.53
18985005--18985205	101	2.0	101	99	0	395	25	15	17	40	1.90
18988124--18988254	70	1.9	70	83	0	172	32	22	19	25	1.97
18990887--18991148	131	2.0	130	87	5	377	33	21	9	35	1.87
18992497--18992619	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
19007559--19008135	47	12.3	47	93	0	947	28	30	8	32	1.87
19007559--19008139	94	6.2	94	96	0	1045	28	30	8	32	1.87
19012535--19012718	40	4.6	40	82	2	235	24	22	27	25	2.00
19018033--19018070	18	2.1	18	85	9	51	36	2	0	60	1.11
19020385--19020481	45	2.2	45	83	5	117	30	23	6	39	1.79
19024229--19024257	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
19025829--19025900	23	3.0	24	83	4	74	47	1	2	48	1.25
19025919--19025955	17	2.1	18	90	5	58	64	0	8	27	1.21
19050823--19050874	17	3.0	17	81	10	61	50	0	3	46	1.20
19052594--19052631	6	6.3	6	100	0	76	0	15	0	84	0.63
19055496--19055530	7	5.0	7	100	0	70	28	14	42	14	1.84
19055888--19055922	3	11.7	3	93	0	61	34	2	0	62	1.10
19066670--19067547	40	22.0	40	99	0	1706	24	27	22	25	2.00
19073574--19073651	41	1.9	41	94	0	138	30	17	3	47	1.66
19075628--19075805	27	6.6	27	81	5	171	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19077588--19078565	40	24.5	40	98	0	1818	26	29	22	20	1.99
19080804--19080862	30	1.9	31	86	3	84	50	5	16	27	1.66
19090829--19090913	40	2.1	40	86	0	116	28	22	21	28	1.99
19091049--19091093	22	2.0	22	95	0	81	28	28	17	24	1.97
19097766--19098329	111	5.1	111	99	0	1101	23	13	15	47	1.80
19099629--19099666	16	2.4	16	86	8	51	42	0	2	55	1.14
19103663--19104160	248	2.0	248	99	0	987	52	9	9	28	1.63
19104325--19104388	20	3.2	20	76	10	53	59	3	3	34	1.29
19111512--19111619	49	2.1	52	83	5	141	16	15	37	29	1.90
19112443--19112484	21	2.0	21	86	9	59	21	16	21	40	1.91
19112513--19112548	18	2.0	18	89	10	56	22	5	16	55	1.62
19116657--19116894	48	5.0	48	80	2	262	24	28	18	27	1.98
19116657--19116894	96	2.5	94	85	6	291	24	28	18	27	1.98
19123266--19123321	26	2.2	26	96	0	103	26	3	12	57	1.52
19128147--19128218	36	2.0	36	100	0	144	44	13	13	27	1.82
19129515--19129552	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
19129782--19129952	93	1.8	93	91	0	279	29	29	20	21	1.98
19129777--19129949	46	3.7	46	77	10	190	30	28	20	21	1.98
19133113--19133152	15	2.7	15	84	7	55	37	0	2	60	1.11
19133067--19133138	25	2.9	25	67	17	60	33	1	2	62	1.18
19134796--19134900	45	2.3	45	85	0	138	19	19	20	41	1.90
19135076--19135267	18	10.7	18	75	10	142	33	13	16	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19135286--19135346	18	3.4	18	79	0	68	37	8	14	39	1.76
19135272--19135346	36	2.1	36	82	5	89	37	9	14	38	1.79
19135287--19135355	36	1.9	36	84	0	93	37	7	14	40	1.74
19140862--19140988	65	2.0	65	96	0	236	47	14	14	22	1.82
19141239--19141280	17	2.5	17	84	3	50	47	0	9	42	1.36
19154095--19154121	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
19154532--19154816	91	3.0	93	84	7	321	48	3	3	44	1.35
19154634--19154694	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
19154641--19154784	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
19154609--19154816	91	2.3	90	90	4	326	46	4	3	45	1.39
19154634--19154776	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
19154659--19154797	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
19157480--19157553	10	7.4	10	72	11	62	43	0	1	55	1.08
19157501--19157553	28	1.9	27	84	3	70	43	0	1	54	1.11
19157509--19157548	18	2.2	19	90	4	64	42	0	2	55	1.13
19157651--19157686	16	2.2	17	95	5	65	30	0	0	69	0.89
19170481--19170529	18	2.8	18	84	9	66	20	28	36	14	1.92
19172814--19173199	194	2.0	194	87	2	560	30	13	23	32	1.93
19177539--19177600	24	2.7	23	84	2	79	32	32	12	22	1.92
19184027--19184089	24	2.6	24	92	0	99	30	33	14	22	1.93
19187730--19187874	66	2.2	65	84	6	179	23	28	14	33	1.94
19191390--19191506	41	2.8	42	80	3	137	27	17	22	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19192809--19192855	23	2.0	23	91	0	76	34	10	6	48	1.63
19194174--19194582	48	8.7	48	75	10	271	26	19	30	22	1.98
19194171--19194582	94	4.4	92	75	11	331	26	20	30	22	1.98
19206507--19206551	11	3.9	11	80	11	54	35	0	0	64	0.94
19206502--19206557	24	2.3	24	87	3	76	37	0	1	60	1.07
19208641--19208853	46	4.6	46	91	1	329	42	14	23	20	1.88
19211182--19211693	46	10.7	50	74	14	311	27	17	29	25	1.98
19211467--19211689	49	4.6	48	76	11	179	27	16	28	27	1.97
19211182--19211691	99	5.3	98	77	12	397	27	17	29	25	1.98
19223883--19224309	48	8.9	48	79	0	431	25	28	18	27	1.98
19223883--19224308	96	4.4	96	87	0	528	25	28	18	27	1.98
19226328--19226401	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
19234951--19235325	96	3.9	96	87	0	480	25	28	18	26	1.98
19234947--19235324	48	7.9	48	76	3	312	25	28	18	26	1.98
19234951--19235326	144	2.6	145	78	3	382	26	28	18	26	1.98
19236519--19236598	27	3.0	27	86	0	124	26	21	21	31	1.98
19239357--19239539	40	4.6	40	83	6	131	24	20	27	26	1.99
19239410--19239539	40	3.3	39	86	3	170	23	20	28	26	1.99
19247212--19247421	40	5.3	40	91	0	305	24	20	27	26	1.99
19247159--19247421	80	3.3	80	84	2	307	25	20	27	26	1.99
19247159--19247421	120	2.2	120	82	3	316	25	20	27	26	1.99
19247212--19247456	80	3.1	80	85	2	244	25	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19266254--19266302	24	2.0	24	100	0	98	36	8	16	38	1.78
19266879--19266949	25	2.8	25	75	8	72	43	12	12	30	1.80
19281627--19281680	16	3.4	16	84	0	72	37	3	27	31	1.75
19281850--19281941	26	3.5	26	71	2	94	51	3	0	45	1.17
19281850--19281981	53	2.4	56	83	6	162	50	3	0	46	1.22
19281901--19281981	15	5.6	14	70	18	51	49	2	1	46	1.23
19281989--19282030	21	1.9	22	90	9	68	64	4	0	30	1.14
19289485--19289527	15	2.9	15	96	0	77	37	0	0	62	0.95
19289485--19289528	22	2.0	22	91	8	72	38	0	0	61	0.96
19289485--19289528	7	6.0	7	87	10	61	38	0	0	61	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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