genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71449284--71449344	30	2.0	30	87	0	86	29	22	3	44	1.69
71457785--71457814	14	2.1	14	93	0	51	30	13	10	46	1.75
71465216--71465726	205	2.5	205	88	0	736	30	18	22	29	1.97
71465820--71465905	45	1.9	45	100	0	172	30	15	29	25	1.96
71469169--71469241	31	2.4	31	88	4	103	47	12	16	23	1.80
71475587--71475754	46	3.6	46	83	9	184	26	18	30	24	1.98
71478401--71478551	40	3.8	41	88	2	193	22	28	25	23	1.99
71482583--71482740	43	3.7	43	78	12	173	23	19	26	30	1.98
71482584--71482745	85	1.9	85	82	9	206	23	19	26	30	1.98
71485317--71485341	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
71485996--71486035	20	2.0	21	85	5	55	42	0	20	37	1.52
71488288--71488646	47	7.7	46	71	17	186	28	20	27	23	1.99
71488290--71488647	94	3.8	92	74	12	306	28	20	28	23	1.99
71495834--71495880	23	2.0	23	87	0	67	34	27	8	29	1.87
71497854--71497908	27	2.1	26	86	3	74	32	18	20	29	1.96
71497892--71498235	27	12.7	27	79	4	244	40	20	9	30	1.83
71498473--71498595	41	3.0	41	92	0	201	22	23	28	25	1.99
71501967--71502014	25	1.9	25	91	0	78	27	14	27	31	1.95
71502133--71502181	24	2.0	25	88	4	73	32	22	24	20	1.98
71507548--71507618	34	2.1	34	91	0	115	25	7	8	59	1.52
71507786--71507961	50	3.5	49	83	1	190	24	18	27	30	1.98
71509583--71509624	15	2.7	15	88	3	57	19	9	14	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71509588--71509624	15	2.4	16	90	4	58	16	8	16	59	1.59
71509600--71509645	15	3.0	16	81	9	51	15	17	10	56	1.67
71515156--71515189	15	2.2	16	94	5	61	11	11	17	58	1.62
71517751--71517820	34	2.1	34	94	0	122	27	7	8	57	1.55
71517989--71518166	50	3.6	49	80	1	167	27	18	24	29	1.98
71529432--71529468	17	2.2	17	90	0	56	29	16	32	21	1.95
71529557--71530139	194	3.0	193	86	2	810	24	15	13	46	1.81
71530951--71530984	17	2.0	17	94	0	59	32	23	14	29	1.94
71535397--71535453	30	1.9	30	85	7	80	42	5	21	31	1.75
71540907--71540931	13	1.9	13	100	0	50	24	16	48	12	1.79
71552304--71552367	28	2.3	28	88	0	92	21	23	21	32	1.98
71560306--71560367	26	2.3	27	81	10	74	38	25	9	25	1.86
71560473--71560535	28	2.2	28	85	0	81	22	22	22	33	1.97
71564019--71564103	27	3.1	27	86	8	111	36	23	23	16	1.94
71567101--71567174	37	2.0	37	97	0	139	18	31	16	33	1.93
71571443--71571554	27	4.2	26	87	7	152	36	23	24	16	1.94
71571443--71571554	54	2.1	54	89	3	172	36	23	24	16	1.94
71571660--71571722	26	2.3	26	83	5	72	30	11	25	33	1.90
71579239--71579298	30	2.0	30	86	0	84	38	6	25	30	1.81
71582946--71583068	48	2.6	48	93	0	210	20	17	26	34	1.95
71586258--71586301	20	2.3	19	88	4	61	34	11	4	50	1.59
71590926--71590971	20	2.3	20	96	0	83	32	23	6	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71593770--71593955	88	2.1	88	90	0	291	31	26	14	26	1.95
71593833--71593958	44	2.9	43	67	18	107	29	27	16	26	1.97
71598603--71598696	24	4.0	24	68	12	70	37	14	21	26	1.92
71598606--71598716	23	4.8	23	71	7	82	34	17	21	27	1.95
71598809--71598884	23	3.4	22	78	5	80	35	19	15	28	1.93
71598821--71598893	23	3.2	23	76	1	76	34	20	19	26	1.96
71598630--71598982	177	2.0	177	96	0	652	33	21	18	26	1.96
71620212--71620250	6	6.5	6	81	0	51	15	7	0	76	0.99
71627390--71627414	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
71636304--71636426	23	5.3	23	73	16	92	34	18	22	24	1.96
71639033--71639084	25	2.1	25	96	0	95	25	7	42	25	1.81
71642991--71643284	68	4.3	68	99	0	570	24	29	14	30	1.95
71650705--71651610	68	13.3	68	99	0	1776	23	29	14	32	1.94
71662267--71662445	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
71664490--71664690	47	4.2	47	93	2	348	32	7	29	29	1.86
71664490--71664690	96	2.1	96	98	1	388	32	7	29	29	1.86
71664617--71664764	74	2.0	74	95	0	269	33	8	29	29	1.86
71664664--71664717	27	2.0	27	100	0	108	33	7	29	29	1.85
71664568--71664811	121	2.0	122	95	1	436	33	8	28	29	1.86
71664694--71664869	47	3.7	47	89	0	253	32	8	30	27	1.87
71672867--71673046	85	2.1	85	100	0	360	20	18	32	28	1.96
71678514--71678647	33	4.0	33	84	2	153	23	23	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71682730--71682770	17	2.3	17	87	8	55	70	4	9	14	1.30
71684709--71684870	43	3.8	42	78	11	177	31	25	19	24	1.98
71687629--71687765	21	6.5	21	75	0	130	44	17	21	16	1.86
71688229--71688277	23	2.1	23	96	0	89	34	14	0	51	1.43
71688217--71688290	23	3.5	21	82	13	82	39	12	0	48	1.41
71689718--71689761	6	7.3	6	78	0	52	2	45	0	52	1.13
71689798--71690110	148	2.1	150	86	5	440	41	11	3	43	1.59
71689798--71690152	148	2.4	146	83	7	419	40	11	3	43	1.59
71695847--71695875	13	2.2	13	100	0	58	48	44	0	6	1.29
71703393--71703549	29	5.5	29	89	3	221	33	26	12	28	1.92
71703393--71703549	57	2.7	58	89	3	221	33	26	12	28	1.92
71707507--71707608	42	2.4	43	81	6	118	31	24	17	26	1.97
71714815--71714953	43	3.3	41	80	11	138	26	26	20	25	1.99
71721421--71721445	7	3.6	7	100	0	50	16	16	12	56	1.68
71721775--71721882	41	2.7	39	76	9	101	32	25	16	25	1.96
71729318--71729453	67	2.0	67	100	0	272	41	17	4	36	1.70
71730536--71730584	22	2.1	24	85	7	66	40	2	2	55	1.23
71730536--71730581	23	2.0	22	83	4	56	39	2	2	56	1.24
71730569--71730614	15	2.9	16	77	9	58	32	0	0	67	0.91
71730569--71730633	23	2.8	24	81	13	73	35	0	0	64	0.94
71730585--71730633	25	2.0	25	88	8	73	36	0	0	63	0.95
71732485--71732614	54	2.4	54	82	6	149	25	25	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71732447--71732614	53	3.2	52	78	6	176	24	25	17	33	1.96
71732614--71732689	38	2.0	38	100	0	152	23	26	13	36	1.91
71747954--71748181	44	5.2	44	74	14	179	29	17	25	28	1.97
71747943--71748357	89	4.9	85	77	13	344	30	17	25	26	1.97
71748108--71748250	73	2.0	73	92	0	241	32	16	26	25	1.96
71748195--71748354	44	3.6	45	79	5	157	30	17	25	27	1.97
71748328--71748531	80	2.6	79	81	1	230	32	15	24	27	1.96
71749952--71749995	16	2.8	15	82	6	52	29	2	0	68	1.02
71750034--71750130	16	6.1	16	70	21	62	31	4	2	61	1.26
71750044--71750145	33	3.2	32	75	19	97	29	4	3	61	1.35
71762778--71762842	25	2.6	25	90	2	96	24	26	23	26	2.00
71763062--71763143	29	2.7	30	83	14	107	29	19	25	25	1.99
71770517--71770564	20	2.3	21	92	3	80	35	10	18	35	1.85
71770615--71770680	25	2.6	25	92	0	105	24	25	24	25	2.00
71770618--71770695	25	3.2	25	80	12	72	25	24	23	26	2.00
71772642--71772760	43	2.8	42	76	12	134	30	26	12	30	1.93
71778723--71778766	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
71781141--71781189	25	2.0	25	91	0	80	34	24	14	26	1.94
71781232--71781289	20	2.9	20	97	0	107	34	12	20	32	1.90
71781236--71781289	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
71781340--71782170	23	36.1	23	99	0	1628	26	21	21	30	1.98
71782385--71782448	31	2.1	31	90	0	101	35	17	23	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71786970--71787026	19	2.9	20	89	5	89	35	12	19	33	1.89
71787077--71787977	23	39.1	23	99	0	1775	26	21	21	30	1.98
71790030--71790167	56	2.4	57	87	2	224	30	18	18	33	1.94
71799070--71799158	41	2.2	39	82	7	115	33	14	29	22	1.94
71800268--71800297	16	1.9	16	93	6	53	40	0	16	43	1.48
71803787--71803848	27	2.3	27	91	0	79	37	14	9	38	1.79
71803802--71804034	27	8.6	27	81	4	229	30	11	21	37	1.88
71803805--71804034	81	2.8	81	78	7	252	30	11	20	37	1.88
71804350--71804468	28	4.3	28	89	2	168	28	34	15	21	1.94
71808521--71808554	17	1.9	17	88	5	50	55	2	0	41	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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