genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  242  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79991556--79991679	66	1.9	66	100	0	248	25	21	17	34	1.96
79994765--79994804	21	2.0	21	90	5	64	70	0	5	25	1.08
79994897--79995081	3	62.7	3	69	7	92	61	4	7	27	1.43
79995038--79995089	18	2.9	18	88	5	79	71	3	0	25	1.03
79996447--79996495	25	2.0	25	84	4	64	63	10	0	26	1.26
79996485--79996523	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
79997731--79997791	32	1.9	32	96	0	113	32	21	14	31	1.93
79998601--79998637	19	2.0	19	89	5	58	62	5	2	29	1.31
80002833--80002892	24	2.5	24	76	10	59	28	13	10	48	1.74
80008030--80008081	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
80007968--80008197	120	1.9	120	99	0	451	41	1	6	50	1.38
80008125--80008154	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
80007978--80008165	61	3.1	61	70	14	199	42	1	6	49	1.39
80008159--80008200	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
80008150--80008191	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
80008326--80008435	45	2.6	43	79	11	120	32	29	5	32	1.80
80008416--80008483	16	4.2	16	94	0	118	35	36	0	27	1.58
80012370--80012438	25	2.8	25	82	4	88	34	7	2	55	1.43
80012454--80012561	22	4.9	22	70	15	71	30	6	5	57	1.47
80012460--80012546	24	3.5	24	77	12	70	31	5	5	57	1.46
80012503--80012561	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
80012669--80012702	16	2.2	15	89	5	50	32	2	2	61	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80021424--80021468	18	2.4	20	79	20	53	68	4	4	22	1.25
80021424--80021465	19	2.2	20	83	12	52	69	4	4	21	1.26
80025473--80025563	40	2.3	39	76	14	98	17	38	21	21	1.93
80028427--80028463	15	2.6	14	87	8	56	72	0	2	24	0.97
80028425--80028463	9	4.1	9	84	12	51	74	0	2	23	0.94
80030473--80030642	93	1.8	94	84	3	236	25	17	34	21	1.95
80030422--80030737	47	6.8	46	81	7	248	27	18	31	22	1.97
80034942--80035378	46	9.5	46	90	5	641	29	20	27	22	1.99
80034939--80035571	46	13.5	46	83	8	191	29	20	27	22	1.99
80035355--80035580	49	4.7	49	80	8	223	27	20	28	23	1.99
80035355--80035530	98	1.8	97	86	6	257	28	20	28	22	1.98
80040380--80040607	46	5.0	46	88	2	307	41	14	24	19	1.89
80040389--80040602	92	2.3	92	91	2	340	41	15	24	18	1.89
80040832--80040864	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
80043506--80043584	31	2.5	32	83	6	90	44	8	6	40	1.61
80046763--80046799	18	2.1	18	94	0	65	27	24	21	27	1.99
80054671--80054770	29	3.5	27	74	8	83	44	0	3	53	1.16
80054685--80054838	58	2.7	56	83	6	186	41	0	3	55	1.16
80054794--80054834	14	3.1	14	79	10	50	41	0	0	58	0.98
80055005--80055056	16	3.2	16	86	0	68	30	26	3	38	1.74
80057967--80058006	11	3.5	11	86	3	53	32	5	0	62	1.17
80057982--80058022	21	2.0	21	90	9	66	34	4	0	60	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80058056--80058112	22	2.5	23	80	2	71	29	7	0	63	1.21
80070140--80071022	44	20.1	44	93	0	1320	29	15	28	26	1.96
80078878--80078961	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
80080046--80080109	33	1.9	33	96	0	119	15	10	26	46	1.79
80080403--80080564	44	3.7	44	80	1	164	27	22	15	33	1.95
80080409--80080570	88	1.8	88	85	5	229	29	22	16	31	1.96
80080457--80080584	44	2.9	45	79	6	145	32	20	17	29	1.95
80083021--80083198	27	6.6	27	82	5	171	28	28	15	26	1.96
80083042--80083197	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
80083754--80083778	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
80085614--80085687	34	2.2	34	92	2	123	50	35	8	6	1.59
80091162--80091246	36	2.4	36	80	16	99	56	9	15	18	1.65
80091895--80092343	43	10.4	42	81	4	280	31	23	20	25	1.98
80091896--80092342	44	10.3	44	81	9	331	30	23	20	25	1.98
80091895--80092342	87	5.2	87	80	5	426	31	23	20	25	1.98
80092640--80092684	21	2.1	21	95	0	81	2	57	15	24	1.49
80093243--80093280	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
80098835--80098874	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
80099155--80099457	160	1.9	160	97	0	570	39	12	12	35	1.81
80101015--80101860	160	5.3	160	100	0	1692	37	12	14	35	1.84
80103503--80103534	10	3.1	10	95	4	55	40	31	0	28	1.57
80104682--80104712	15	2.1	15	93	0	53	32	9	0	58	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80104720--80104761	22	1.9	22	90	0	66	40	33	7	19	1.78
80105055--80105106	25	2.1	25	96	0	95	42	21	7	28	1.80
80105507--80105889	82	4.7	82	98	0	714	19	23	22	34	1.96
80105507--80105946	41	10.8	41	88	2	618	19	23	22	35	1.96
80106641--80106665	10	2.5	10	100	0	50	40	12	40	8	1.72
80116686--80116808	48	2.6	48	100	0	246	25	21	17	35	1.95
80117186--80117266	40	2.0	40	100	0	162	24	14	19	40	1.90
80120029--80120101	36	2.1	34	84	5	92	54	8	16	20	1.67
80121528--80121577	6	8.3	6	100	0	100	50	16	16	18	1.79
80125418--80125457	16	2.5	16	100	0	80	45	0	25	30	1.54
80129154--80129308	77	2.0	77	98	0	301	47	2	14	35	1.58
80129338--80129364	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
80129483--80129518	15	2.4	16	86	13	58	66	22	5	5	1.34
80131022--80131098	37	2.1	37	100	0	154	32	23	10	33	1.89
80131409--80131489	40	2.0	41	85	7	112	30	23	19	25	1.98
80134377--80134432	26	2.2	26	83	3	69	30	14	19	35	1.91
80134385--80134460	26	2.8	27	80	7	84	28	13	21	36	1.91
80134387--80134460	28	2.8	26	79	8	78	29	10	21	37	1.88
80135906--80136013	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
80162921--80163105	40	4.7	40	81	7	209	24	21	27	26	1.99
80162922--80163140	79	2.8	78	77	12	223	26	21	26	26	1.99
80173220--80173255	17	2.1	17	89	5	54	50	13	5	30	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80179139--80179192	27	2.0	27	89	7	83	38	18	14	27	1.90
80189613--80189673	30	2.0	30	100	0	122	42	0	16	40	1.48
80193727--80193792	28	2.3	29	82	14	77	39	1	1	57	1.17
80193727--80193795	29	2.5	27	82	15	79	39	1	1	57	1.16
80194273--80194458	26	7.2	26	98	0	354	31	7	25	35	1.84
80208960--80208995	12	2.8	12	91	8	54	69	0	0	30	0.89
80208933--80209012	31	2.5	33	80	11	87	66	0	2	31	1.05
80226563--80226593	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
80226606--80226661	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
80227015--80227144	64	2.0	64	100	0	260	45	9	10	34	1.71
80228165--80228343	50	3.6	50	100	0	358	32	3	10	52	1.54
80233501--80233581	40	2.0	40	95	0	144	48	6	16	29	1.70
80238894--80238976	41	2.0	41	90	0	130	42	9	16	31	1.81
80239716--80239785	36	1.9	36	88	0	104	31	11	28	28	1.92
80243210--80243279	36	1.9	36	88	0	104	28	28	11	31	1.92
80255559--80255592	18	1.9	18	88	5	52	55	0	0	44	0.99
80262894--80263104	84	2.5	83	85	3	269	20	16	40	22	1.91
80264341--80264375	17	2.0	18	94	5	63	22	20	0	57	1.41
80267140--80267199	32	1.9	32	90	6	97	31	0	5	63	1.16
80268463--80268530	27	2.5	27	87	0	91	27	19	29	23	1.98
80275247--80275365	60	2.0	60	91	0	193	52	11	0	35	1.38
80275532--80275590	24	2.7	21	78	19	66	0	27	0	72	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80275529--80275568	17	2.4	17	84	12	55	0	25	0	75	0.81
80275536--80275590	14	4.0	14	78	2	58	0	29	0	70	0.87
80275532--80275584	24	2.3	24	84	15	69	0	24	0	75	0.80
80275938--80275986	22	2.3	21	78	3	53	71	2	0	26	0.97
80299518--80299601	26	3.2	26	96	0	150	32	5	26	35	1.81
80311578--80311602	12	2.1	12	100	0	50	24	0	44	32	1.54
80313021--80313139	59	2.0	59	98	0	229	35	10	5	48	1.60
80315986--80316029	22	2.0	22	82	8	54	52	20	4	22	1.65
80316177--80316282	42	2.5	42	87	1	151	20	29	28	21	1.98
80316862--80316914	23	2.3	23	70	6	54	43	24	5	26	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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