genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  32  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10036877--10037344	40	11.7	40	99	0	918	30	20	27	22	1.98
10047377--10047561	79	2.3	80	82	7	216	24	22	28	24	2.00
10047377--10047561	40	4.7	40	82	6	216	24	22	28	24	2.00
10047430--10047594	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
10047573--10047670	49	2.0	49	93	0	169	27	13	25	33	1.93
10055400--10055584	40	4.7	40	80	7	191	24	23	27	24	2.00
10055453--10055617	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
10059855--10059926	32	2.2	33	92	2	119	31	25	19	23	1.98
10067618--10067694	33	2.3	33	95	0	136	29	24	22	23	1.99
10071445--10071473	14	2.0	15	93	6	51	48	20	3	27	1.66
10079727--10079755	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
10082604--10082674	29	2.4	29	90	0	106	26	30	16	25	1.97
10082564--10082674	58	1.9	57	83	1	141	27	29	13	29	1.94
10082897--10082948	8	6.6	8	80	2	52	9	23	17	50	1.75
10085988--10086163	67	2.6	67	90	1	273	31	20	28	19	1.97
10086026--10086077	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
10086794--10086938	27	5.4	27	81	4	168	24	20	20	34	1.96
10094020--10094046	8	3.4	8	100	0	54	0	22	22	55	1.44
10097615--10097704	46	2.0	46	97	0	171	35	11	21	32	1.88
10099334--10099393	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
10099361--10099502	67	2.1	67	84	5	176	31	22	26	19	1.97
10099432--10099483	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10103766--10103938	46	3.8	45	75	10	161	23	16	28	32	1.96
10103759--10103930	93	1.8	93	89	0	272	22	17	28	31	1.97
10113755--10113818	33	1.9	33	87	6	94	34	23	25	17	1.96
10113917--10113971	26	2.1	26	89	0	83	36	21	18	23	1.95
10113923--10114024	26	3.9	26	78	1	96	39	19	19	21	1.93
10113959--10114040	27	3.1	27	83	1	94	36	20	21	20	1.95
10117539--10117586	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
10117630--10117668	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
10117720--10117886	23	7.1	23	88	2	235	29	22	20	27	1.98
10117719--10117893	24	7.4	23	86	3	233	30	21	21	26	1.98
10117719--10117886	47	3.6	47	87	2	257	30	22	20	27	1.98
10130837--10130893	29	2.0	29	93	6	98	28	10	26	35	1.89
10131026--10131319	27	10.9	27	93	0	480	28	20	7	42	1.80
10131031--10131419	54	7.0	54	85	9	487	29	19	8	42	1.80
10131026--10131419	81	4.7	81	85	6	527	28	20	8	42	1.81
10131282--10131357	38	2.0	38	92	0	125	26	14	13	46	1.81
10131255--10131381	65	2.0	65	93	0	218	26	16	11	45	1.81
10131320--10131408	27	3.3	27	93	0	151	25	17	11	44	1.82
10131231--10131408	92	1.9	92	90	2	286	27	17	10	44	1.80
10131320--10131418	27	3.7	27	91	5	146	28	18	10	43	1.82
10131201--10131417	119	1.8	119	88	2	337	29	18	9	43	1.81
10131174--10131460	146	2.0	146	83	0	367	31	18	8	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10131396--10131645	27	9.3	27	78	4	200	39	20	8	31	1.83
10131396--10131645	81	3.1	80	81	5	229	39	20	8	31	1.83
10131396--10131587	54	3.6	54	84	2	224	39	20	8	31	1.82
10131606--10131835	27	8.5	27	85	2	273	35	18	20	26	1.95
10132050--10132119	25	2.8	25	86	4	88	28	22	21	27	1.99
10137324--10137432	43	2.6	41	78	11	105	27	24	22	25	2.00
10144619--10144822	85	2.4	84	87	2	293	27	25	20	26	1.99
10144598--10144784	42	4.4	42	74	12	150	28	24	18	28	1.98
10144672--10144817	43	3.5	42	75	12	138	27	26	19	26	1.99
10147613--10147837	79	2.8	78	85	6	290	25	27	22	25	2.00
10147613--10147837	119	1.9	120	84	6	305	25	27	22	25	2.00
10147594--10147837	40	6.1	40	82	6	282	25	27	22	25	2.00
10159085--10159179	39	2.4	39	100	0	190	23	20	27	29	1.98
10163318--10163348	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
10163315--10163354	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
10163538--10163686	49	2.9	52	83	7	178	20	26	16	36	1.94
10166118--10166323	40	5.2	40	89	1	317	28	26	21	23	1.99
10167702--10167727	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
10193886--10194041	39	3.9	39	82	7	174	26	21	27	24	1.99
10193886--10194041	79	2.0	79	82	9	194	26	21	27	24	1.99
10196778--10196856	40	2.0	40	100	0	158	45	6	20	27	1.75
10198643--10198760	27	4.4	27	83	2	139	25	21	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10201643--10201714	27	2.7	27	80	4	65	22	22	23	31	1.98
10204185--10204303	27	4.4	27	79	0	121	26	18	22	31	1.97
10206585--10206795	40	5.3	40	81	3	239	25	26	22	25	2.00
10210037--10210088	27	2.0	26	84	3	68	32	21	26	19	1.97
10209968--10210107	67	2.1	69	84	2	185	30	22	27	18	1.97
10210338--10210455	27	4.4	27	86	1	157	24	20	22	33	1.97
10210357--10210463	54	2.0	54	96	1	198	25	19	18	36	1.95
10212272--10212363	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
10212511--10212580	25	2.8	26	86	4	90	24	22	27	25	2.00
10213393--10213457	27	2.4	27	82	5	78	21	23	16	38	1.93
10213486--10213818	27	12.3	27	74	8	158	33	8	20	37	1.83
10213599--10213791	54	3.6	54	81	3	203	31	7	22	38	1.82
10213599--10213750	81	1.9	81	86	2	216	29	7	21	41	1.80
10213754--10214005	27	9.3	27	83	1	299	40	7	22	29	1.80
10213756--10214005	81	3.1	82	83	3	337	40	7	22	30	1.81
10229430--10229499	35	2.0	35	94	0	122	18	18	24	38	1.93
10233982--10234103	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
10233975--10235027	47	22.3	47	97	0	1853	27	31	10	30	1.90
10234828--10234903	22	3.3	22	66	16	64	25	32	11	30	1.91
10236286--10237229	85	11.1	85	99	0	1879	26	26	8	38	1.84
10245683--10245840	39	4.1	39	92	0	253	27	20	24	27	1.99
10248727--10248832	48	2.2	48	93	0	176	33	5	27	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10248966--10249037	37	1.9	37	94	0	126	22	20	34	22	1.97
10253144--10253629	49	10.1	49	93	2	799	32	9	30	28	1.88
10253748--10253826	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
10259690--10259914	79	2.8	78	84	6	281	25	27	21	25	2.00
10259690--10259914	119	1.9	120	83	6	296	25	27	21	25	2.00
10259671--10259914	40	6.1	40	81	6	273	25	27	21	25	2.00
10264402--10264581	40	4.5	40	91	2	265	22	22	28	26	1.99
10269479--10269523	22	2.0	22	100	0	90	37	0	13	48	1.42
10270940--10271005	33	2.0	33	82	5	80	27	24	19	28	1.99
10275585--10275629	15	2.9	15	81	12	54	13	13	20	53	1.72
10286796--10286918	47	2.7	45	78	6	131	30	11	30	27	1.91
10287282--10287342	30	2.0	30	100	0	122	31	9	16	42	1.81
10289418--10289464	24	2.0	24	95	0	85	25	23	25	25	2.00
10289588--10289698	40	2.8	40	94	0	186	20	18	30	29	1.97
10295874--10295937	15	4.3	15	85	0	83	53	18	15	12	1.73
10299546--10299649	52	2.0	52	84	3	138	28	28	17	25	1.97
10299625--10299730	43	2.4	44	76	1	106	30	31	18	19	1.96
10304242--10304348	29	3.7	29	75	8	94	25	32	14	27	1.95
10304567--10304596	16	1.9	15	93	6	51	10	20	16	53	1.71
10304562--10304608	24	2.0	24	95	0	85	10	21	19	48	1.78
10306754--10306958	103	2.0	103	96	1	376	33	12	24	29	1.92
10307431--10307560	53	2.5	52	83	5	145	41	21	9	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10307438--10307560	27	4.7	26	74	14	92	42	21	8	26	1.83
10307542--10307633	27	3.4	27	79	5	114	35	18	20	25	1.95
10308072--10308138	27	2.5	27	95	0	116	22	22	26	28	1.99
10308271--10308378	27	4.0	26	79	12	94	19	23	21	36	1.95
10308273--10308378	54	2.0	54	84	1	142	19	23	20	35	1.96
10308496--10308538	6	7.0	6	80	15	52	18	18	13	48	1.80
10308496--10308587	25	3.7	25	89	0	130	19	22	11	45	1.83
10308857--10308920	25	2.6	25	87	0	83	18	21	12	46	1.82
10308524--10309179	334	2.0	333	93	0	1132	23	18	19	38	1.93
10309634--10309759	62	2.0	62	92	0	207	27	14	13	44	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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