genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  262  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86784114--86784286	46	3.8	45	81	4	188	24	28	16	30	1.97
86786479--86786736	140	1.8	140	80	4	306	24	28	17	29	1.97
86788902--86788951	24	2.0	26	84	7	68	44	0	0	56	0.99
86792283--86792329	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
86792677--86793010	50	6.7	50	82	1	364	27	17	24	30	1.97
86792677--86793021	100	3.4	100	90	2	487	27	17	24	30	1.97
86792677--86793021	150	2.3	150	82	0	411	27	17	24	30	1.97
86793221--86793252	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
86799404--86799430	12	2.2	12	100	0	54	22	25	7	44	1.79
86804393--86804433	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
86810542--86810802	133	2.0	133	92	0	441	39	21	8	31	1.83
86812831--86812915	29	3.0	29	89	1	118	28	17	27	27	1.98
86814000--86814034	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
86823220--86823277	29	2.0	29	100	0	116	44	6	17	31	1.75
86823545--86823619	28	2.7	28	91	0	123	36	13	22	28	1.92
86824018--86824058	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
86826138--86826320	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
86826174--86826355	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
86834048--86834263	40	5.4	39	88	3	263	25	20	27	26	1.99
86834064--86834263	80	2.5	79	90	1	310	24	20	28	27	1.99
86834066--86834298	80	2.9	80	85	2	238	25	20	28	25	1.99
86845312--86845366	29	1.9	29	92	3	94	32	30	21	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86853268--86853539	40	6.8	40	82	3	341	24	22	28	25	1.99
86853272--86853540	80	3.4	80	95	1	477	24	22	28	24	1.99
86865445--86865582	61	2.3	61	100	0	276	30	21	21	26	1.98
86865719--86865890	40	4.3	40	84	0	220	23	19	27	29	1.98
86867452--86867660	40	5.3	40	83	8	243	25	23	27	23	2.00
86868594--86868994	200	2.0	200	99	0	793	33	16	22	26	1.96
86875867--86875967	39	2.5	40	78	10	118	23	22	29	23	1.99
86875867--86876002	39	3.5	40	74	15	115	25	23	28	22	1.99
86877378--86877545	46	3.6	46	75	13	182	29	27	20	22	1.98
86877379--86877549	93	1.8	93	92	0	288	29	28	21	21	1.98
86878879--86878916	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
86880881--86880957	39	2.0	39	100	0	154	48	5	12	33	1.64
86880894--86880955	19	3.2	19	70	20	65	43	4	14	37	1.67
86889117--86889294	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
86889118--86889273	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
86889114--86889294	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
86900276--86900590	49	6.6	47	76	9	257	21	28	20	29	1.98
86900372--86900590	95	2.4	91	83	4	260	21	28	20	29	1.98
86905524--86905683	80	2.0	80	100	0	320	25	20	22	32	1.98
86907520--86907560	20	2.0	20	95	0	73	41	12	24	21	1.87
86913549--86913617	33	2.1	33	100	0	138	37	18	11	31	1.87
86916150--86916204	27	2.0	27	100	0	110	38	7	21	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86916277--86916382	52	2.0	52	98	0	203	51	13	16	18	1.75
86922621--86922680	19	3.1	19	73	17	52	51	3	1	43	1.28
86925072--86925280	27	7.7	27	84	2	249	28	17	15	38	1.90
86925072--86925280	81	2.6	81	87	0	274	28	17	15	38	1.90
86928859--86928965	27	4.0	27	82	0	142	25	14	17	42	1.88
86928859--86928965	54	2.0	54	88	0	160	25	14	17	42	1.88
86937890--86938067	40	4.5	39	84	8	202	24	24	26	24	2.00
86937890--86938041	80	1.9	80	88	8	229	23	24	27	24	2.00
86946416--86946443	10	2.8	10	100	0	56	39	7	0	53	1.28
86947382--86947425	9	4.9	9	81	8	54	20	22	40	15	1.90
86947375--86947425	18	2.8	18	84	3	66	17	25	41	15	1.89
86947461--86947552	28	3.3	28	90	0	139	19	16	35	28	1.93
86947869--86948170	27	11.2	27	78	4	236	41	19	7	32	1.79
86947869--86948208	54	6.3	54	84	3	348	40	19	7	32	1.80
86947869--86948208	81	4.2	82	78	7	297	40	19	7	32	1.80
86948053--86948241	27	7.0	26	73	11	105	38	19	10	32	1.86
86947935--86948241	54	5.7	54	85	3	289	39	20	8	31	1.83
86950616--86950666	24	2.1	24	85	0	66	47	17	21	13	1.82
86950621--86950652	16	2.0	16	93	0	55	43	21	25	9	1.82
86951687--86951792	37	2.9	37	92	0	167	25	33	17	22	1.96
86951958--86952049	47	2.0	47	86	0	130	28	30	9	31	1.89
86954810--86954917	29	3.8	29	83	3	139	25	15	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86965175--86965199	12	2.1	12	100	0	50	56	20	16	8	1.65
86968130--86968254	35	3.5	35	77	7	110	41	31	8	18	1.81
86974085--86974124	21	1.9	21	85	10	55	20	10	52	17	1.72
86974687--86974719	16	2.1	16	100	0	66	27	12	30	30	1.92
86975713--86975804	32	3.1	31	61	23	72	34	5	25	34	1.79
86975696--86975804	56	1.9	56	98	0	209	34	5	23	35	1.78
86975990--86976083	47	2.0	48	93	2	163	28	30	18	22	1.97
86977445--86977685	40	6.0	40	92	1	369	22	22	28	26	1.99
86985634--86985811	40	4.5	40	83	6	202	22	24	28	24	1.99
86995245--86995422	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	26	1.96
86995271--86995421	82	1.9	81	88	4	232	28	27	16	27	1.97
86997705--86997858	40	3.9	39	83	6	141	30	24	22	22	1.99
86997741--86997859	40	3.0	40	91	0	193	30	25	20	24	1.99
86999970--87000002	14	2.3	15	90	10	52	42	6	18	33	1.75
87005623--87005716	28	3.3	27	76	8	89	29	22	18	29	1.97
87005872--87006024	53	2.9	53	86	3	227	28	26	13	32	1.93
87010033--87010057	11	2.3	11	100	0	50	44	20	0	36	1.52
87019964--87019994	16	1.9	16	100	0	62	35	19	19	25	1.95
87020596--87020628	16	2.1	16	100	0	66	36	12	9	42	1.74
87020752--87020788	17	2.1	18	85	14	51	56	5	2	35	1.36
87020907--87020953	26	1.9	23	87	12	67	34	2	10	53	1.48
87032892--87033044	37	4.1	37	100	0	306	26	34	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87033163--87033620	47	9.7	47	99	0	898	29	29	7	32	1.86
87036228--87036453	40	5.7	40	88	2	328	26	28	21	23	1.99
87051932--87052042	56	2.0	56	85	3	152	33	28	18	19	1.95
87055456--87055689	27	8.6	27	89	3	308	30	28	14	26	1.95
87055456--87055689	55	4.3	55	87	4	321	30	28	14	26	1.95
87055763--87055887	66	1.9	66	96	0	232	31	28	3	36	1.73
87057191--87057220	14	2.1	14	100	0	60	33	13	0	53	1.40
87063635--87063699	26	2.5	25	82	2	67	33	9	4	52	1.54
87077855--87077935	40	2.1	39	90	2	126	39	18	28	12	1.87
87080647--87080758	40	2.8	40	87	5	147	24	28	21	25	1.99
87080666--87080811	40	3.6	41	81	9	167	26	27	22	23	2.00
87082533--87082631	44	2.2	45	82	8	139	24	16	27	32	1.96
87082510--87083269	178	4.3	178	83	5	912	28	16	26	27	1.97
87082710--87083152	44	10.0	45	66	12	157	28	16	27	27	1.97
87082510--87083272	356	2.1	353	86	3	1066	28	16	26	27	1.97
87107289--87107361	35	2.1	34	85	7	94	16	16	9	57	1.64
87107694--87107726	15	2.2	15	89	10	50	66	0	0	33	0.92
87114193--87114227	8	4.5	8	92	3	54	0	17	0	82	0.66
87115787--87115838	26	2.0	26	88	3	79	63	1	0	34	1.06
87115826--87115871	22	2.1	21	84	15	58	69	6	0	23	1.11
87115914--87115980	21	3.2	21	68	12	57	61	0	1	37	1.05
87121510--87121585	37	2.1	37	100	0	152	42	21	5	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87136819--87136854	18	1.9	19	88	5	56	47	2	19	30	1.64
87141135--87141200	23	2.8	24	75	15	64	16	22	21	39	1.92
87141158--87141221	25	2.7	23	72	9	56	20	25	20	34	1.96
87143285--87143318	17	1.9	18	88	5	52	17	2	0	79	0.86
87145795--87145850	12	4.7	12	91	8	96	78	7	0	14	0.95
87145896--87145962	26	2.6	26	88	4	91	76	4	8	10	1.15
87146864--87146902	15	2.4	15	87	12	51	66	2	20	10	1.33
87150417--87150472	12	4.7	12	91	8	96	78	7	0	14	0.95
87150518--87150584	26	2.6	26	88	4	91	76	4	8	10	1.15
87151486--87151524	15	2.4	15	87	12	51	66	2	20	10	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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