genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  255  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84473606--84473684	31	2.5	31	93	0	140	29	17	26	26	1.98
84476040--84476065	12	2.2	12	100	0	52	15	23	0	61	1.33
84496862--84497022	46	3.5	46	81	6	218	28	17	27	26	1.98
84498309--84498348	21	2.0	20	85	14	55	12	37	27	22	1.90
84501594--84501624	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
84502991--84503049	29	2.0	29	100	0	118	42	13	10	33	1.78
84509803--84509876	34	2.1	35	92	5	132	32	16	2	48	1.60
84515166--84515261	33	2.9	33	84	6	131	25	13	46	14	1.81
84517785--84517903	60	2.0	60	91	0	193	52	12	1	33	1.49
84518068--84518132	14	4.8	13	75	17	53	1	21	0	76	0.86
84518066--84518132	27	2.5	27	83	11	77	1	22	0	76	0.87
84518098--84518139	13	3.2	13	86	6	57	0	26	0	73	0.83
84518390--84518458	25	2.8	24	80	10	68	62	2	0	34	1.10
84518390--84518458	24	2.8	24	82	10	77	62	2	0	34	1.10
84523106--84523155	19	2.6	21	75	15	54	38	2	6	54	1.37
84527027--84527099	33	2.2	33	90	0	110	20	26	28	24	1.99
84532014--84532167	42	3.7	41	85	3	200	33	15	21	29	1.94
84535732--84536339	304	2.0	304	100	0	1216	41	6	18	33	1.75
84545781--84545870	46	2.0	46	90	0	144	26	21	7	44	1.79
84558259--84558324	32	2.1	32	100	0	132	53	22	6	18	1.66
84562525--84562565	19	2.1	20	86	4	57	43	2	53	0	1.13
84569708--84569774	26	2.6	26	95	2	118	35	20	13	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84571912--84571962	26	2.0	26	88	0	75	41	17	19	21	1.91
84580994--84581055	32	1.9	32	93	0	106	27	14	16	41	1.87
84589610--84589778	54	3.1	54	98	0	320	36	24	22	16	1.94
84589596--84589778	27	6.8	27	83	6	230	36	23	22	17	1.95
84591400--84591507	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
84592980--84593051	36	2.0	36	97	0	135	16	31	16	34	1.92
84597773--84597903	27	4.9	27	85	6	169	35	22	24	18	1.96
84597767--84597903	54	2.5	54	92	2	231	35	21	24	18	1.95
84598321--84598357	8	4.6	8	89	0	56	2	21	21	54	1.58
84599534--84599641	26	4.2	26	91	2	173	36	23	7	33	1.83
84605370--84605629	131	2.0	130	88	0	385	28	17	17	36	1.93
84609097--84609135	18	2.2	18	100	0	78	64	5	10	20	1.44
84614824--84615712	133	6.7	133	90	6	1414	27	8	6	57	1.53
84614824--84615712	275	3.4	265	91	5	1419	27	8	6	57	1.53
84615426--84615667	119	2.0	118	97	0	457	28	8	7	56	1.55
84614824--84615712	408	2.2	403	90	5	1395	27	8	6	57	1.53
84615824--84615870	25	1.9	25	86	4	69	25	4	4	65	1.29
84615867--84615912	17	2.8	16	83	6	56	15	8	4	71	1.26
84615982--84616095	60	1.9	60	100	0	228	60	8	6	24	1.49
84616317--84616346	11	2.8	11	95	5	53	60	6	0	33	1.23
84616318--84616351	11	3.2	10	91	8	50	61	8	0	29	1.26
84616477--84616513	12	2.8	13	92	8	58	0	29	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84616475--84616525	14	3.3	16	81	15	63	0	33	0	66	0.92
84616472--84616525	21	2.6	20	78	16	65	0	35	0	64	0.94
84616475--84616523	12	3.8	12	84	15	55	0	32	0	67	0.91
84617725--84617782	26	2.2	26	85	11	75	51	8	20	18	1.72
84620091--84620193	52	2.0	51	96	1	188	39	16	16	27	1.90
84621006--84621083	37	2.1	37	83	4	95	57	6	1	34	1.32
84621030--84621083	18	2.9	18	83	2	72	57	5	0	37	1.22
84622694--84622734	8	5.0	8	85	5	55	36	2	0	60	1.10
84622693--84622731	17	2.3	17	86	0	51	30	2	0	66	1.05
84624556--84624597	20	2.1	20	100	0	84	30	9	35	23	1.87
84630197--84630284	21	4.2	21	70	12	56	44	19	19	17	1.87
84630316--84630465	77	1.9	77	97	0	282	30	18	18	34	1.94
84631880--84631915	19	1.9	18	88	5	54	41	0	0	58	0.98
84632267--84632363	31	3.1	31	100	0	194	40	21	9	28	1.84
84636144--84636205	13	4.8	13	78	7	72	40	4	16	38	1.69
84641663--84641696	11	3.1	11	86	0	50	14	8	11	64	1.49
84648117--84648191	23	3.2	23	94	1	132	24	29	4	42	1.72
84649451--84649488	19	2.0	19	85	10	51	42	0	15	42	1.47
84650526--84650672	39	3.8	39	84	0	186	37	12	14	36	1.83
84651290--84651368	24	3.2	24	64	22	65	35	2	26	35	1.70
84651272--84651368	49	2.0	49	97	0	185	34	2	27	36	1.69
84654402--84654588	55	3.5	53	81	5	214	19	24	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84654402--84654596	54	3.6	54	80	4	223	20	24	18	36	1.95
84660240--84660325	27	3.2	27	66	9	77	55	8	8	27	1.57
84660228--84660336	53	2.1	52	94	1	191	55	8	6	30	1.55
84660228--84660307	26	3.0	26	63	10	63	53	7	6	32	1.54
84660240--84660322	26	3.2	26	66	8	69	55	8	8	27	1.59
84667823--84667892	20	3.5	19	77	11	54	60	1	2	35	1.21
84667839--84667892	20	2.7	20	85	2	72	62	1	3	31	1.23
84667846--84667911	18	3.6	18	70	13	53	63	3	3	30	1.24
84667885--84667920	18	1.9	19	94	5	65	63	5	2	27	1.30
84667860--84667921	28	2.2	29	80	8	74	62	4	3	29	1.31
84668026--84668076	9	5.4	9	73	17	50	74	1	3	19	1.07
84668131--84668228	29	3.4	27	77	18	101	32	9	2	56	1.43
84668182--84668246	8	7.1	9	74	19	55	38	4	1	55	1.30
84668151--84668246	29	3.5	27	76	9	79	35	6	1	57	1.31
84668151--84668239	19	4.8	18	69	6	61	35	6	0	57	1.25
84668129--84668254	57	2.2	58	80	9	143	34	7	2	56	1.40
84668253--84668299	18	2.7	18	80	3	51	23	4	2	70	1.16
84668349--84668406	29	2.0	28	83	9	73	34	0	0	65	0.93
84668518--84668725	86	2.4	86	86	4	267	42	6	15	34	1.74
84674521--84674576	29	1.9	29	88	0	85	30	23	17	28	1.97
84676267--84676321	20	2.5	22	83	16	71	14	10	5	69	1.35
84676269--84676322	23	2.5	22	85	14	69	14	9	5	70	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84677065--84677105	22	1.9	21	85	5	55	17	14	4	63	1.47
84677063--84677111	21	2.3	20	76	10	53	16	12	4	67	1.37
84677198--84677235	3	12.7	3	83	10	51	28	5	0	65	1.14
84677198--84677235	15	2.5	15	87	12	60	28	5	0	65	1.14
84684388--84684419	12	2.6	13	85	14	50	50	6	37	6	1.53
84687491--84687530	21	2.0	20	85	5	53	15	40	25	20	1.90
84688635--84688674	13	3.1	13	96	0	71	15	27	37	20	1.92
84689035--84689064	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
84695581--84695667	39	2.2	39	93	0	147	26	25	24	24	2.00
84697226--84697904	47	14.4	47	94	0	1079	28	31	8	31	1.87
84697370--84697730	25	15.3	25	60	14	122	29	31	7	30	1.86
84703594--84703652	21	2.8	21	86	0	82	11	40	25	22	1.88
84708265--84708765	44	11.0	44	73	9	287	32	16	21	29	1.95
84708455--84708765	89	3.5	89	81	2	365	33	17	20	28	1.96
84710464--84710501	3	12.7	3	89	10	60	31	2	0	65	1.06
84710464--84710521	12	4.4	14	80	18	54	31	1	0	67	1.01
84710891--84711156	131	2.0	130	82	4	313	37	17	13	31	1.89
84712881--84712909	13	2.1	14	93	6	51	34	20	0	44	1.52
84720001--84720025	11	2.3	11	100	0	50	36	20	8	36	1.82
84736550--84736687	29	4.9	29	85	3	149	26	16	27	28	1.97
84736547--84736687	28	5.0	28	84	6	160	26	16	27	29	1.97
84736560--84736687	57	2.2	56	83	8	152	26	17	27	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84741702--84741758	30	1.9	30	96	0	105	49	15	22	12	1.78
84743048--84743072	9	2.8	9	100	0	50	24	24	0	52	1.48
84752758--84752799	21	2.0	20	82	13	50	28	2	9	59	1.41
84760240--84760278	20	1.9	21	89	5	62	28	2	23	46	1.65
84761105--84761184	41	2.0	42	85	5	110	16	40	22	21	1.91
84766153--84766200	18	2.6	18	86	3	69	31	14	16	37	1.89
84767123--84767167	23	2.0	22	86	4	63	31	0	20	48	1.49
84773411--84773554	43	3.3	43	77	9	134	28	15	22	33	1.95
84778314--84778391	26	3.1	26	75	10	81	19	21	20	38	1.94
84790006--84790050	22	2.0	23	82	8	56	46	2	0	51	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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