genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24561343--24561589	116	2.1	116	100	0	494	30	19	14	36	1.91
24566279--24566316	20	1.9	20	94	0	67	36	0	7	55	1.29
24575491--24575635	72	2.0	72	100	0	290	51	13	19	15	1.77
24581989--24582048	31	1.9	32	96	3	113	60	0	18	21	1.37
24582259--24582333	13	5.8	13	80	0	69	34	8	21	36	1.83
24582562--24582622	19	3.1	19	81	9	70	50	0	1	47	1.10
24585578--24585610	17	2.0	17	88	5	50	54	0	3	42	1.15
24591022--24591089	34	2.0	34	100	0	136	23	26	11	38	1.89
24597626--24597655	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
24601038--24601062	5	5.0	5	100	0	50	80	20	0	0	0.72
24602591--24602617	4	6.8	4	100	0	54	48	0	0	51	1.00
24603571--24606256	417	6.5	413	82	6	3032	35	13	11	39	1.81
24603571--24606256	814	3.3	810	83	6	3143	35	13	11	39	1.81
24607600--24609528	419	4.6	417	83	7	2289	33	13	12	39	1.83
24608927--24608959	16	2.1	16	100	0	66	36	27	12	24	1.91
24607598--24609529	850	2.3	831	85	6	2508	33	13	12	40	1.82
24612275--24612310	2	18.0	2	88	0	54	5	0	44	50	1.25
24615845--24615878	12	2.8	12	95	0	59	26	2	5	64	1.30
24629668--24629692	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24632379--24632449	33	2.3	30	76	11	72	33	4	1	60	1.25
24635487--24635519	12	2.8	12	90	0	57	51	21	27	0	1.48
24642259--24642322	31	2.1	31	88	5	94	39	10	15	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24642515--24642554	21	1.9	21	100	0	80	52	0	0	47	1.00
24643613--24643657	22	2.1	22	95	4	83	60	4	4	31	1.37
24654764--24654797	17	2.1	15	89	10	50	44	0	0	55	0.99
24661014--24661444	30	14.1	30	82	6	362	28	23	22	25	2.00
24661028--24661187	15	10.3	15	68	7	95	31	23	18	26	1.98
24661014--24661411	63	6.5	61	87	2	399	28	23	22	25	1.99
24661027--24661209	33	5.7	33	82	7	243	31	22	18	27	1.97
24661248--24661326	15	5.3	15	67	11	63	24	24	25	26	2.00
24669425--24669493	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
24669425--24669493	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
24669474--24669564	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
24669729--24669763	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24669849--24669883	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24669712--24669975	120	2.2	120	99	0	519	48	5	1	44	1.36
24672680--24672707	11	2.5	11	100	0	56	42	10	39	7	1.67
24673741--24673781	22	1.9	22	85	5	57	68	0	7	24	1.15
24674746--24674826	40	2.0	40	97	0	153	46	14	12	25	1.80
24677737--24677788	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
24677769--24677863	45	2.1	44	84	5	120	35	4	26	33	1.76
24678001--24678055	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
24685328--24685374	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
24688756--24688840	28	3.0	28	74	17	77	61	1	0	37	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24698572--24698611	17	2.4	16	81	18	55	57	0	0	42	0.98
24698576--24698610	18	2.0	18	94	5	63	57	0	0	42	0.99
24699753--24699784	15	2.1	16	94	5	57	71	0	28	0	0.86
24701886--24702020	39	3.4	39	74	11	116	28	27	20	23	1.99
24704104--24704160	27	2.1	27	80	3	62	14	17	1	66	1.33
24704150--24704195	15	3.1	15	84	6	58	28	6	4	60	1.40
24707089--24707128	21	1.9	21	84	0	53	15	30	32	22	1.94
24718096--24718251	79	2.0	77	96	2	285	38	12	18	30	1.88
24718259--24718291	15	2.1	16	88	5	50	21	0	3	75	0.93
24718465--24718502	19	1.9	19	89	5	58	28	5	0	65	1.14
24719750--24719796	25	1.9	24	83	12	60	42	10	0	46	1.38
24731259--24731316	20	2.9	19	80	7	55	53	5	1	39	1.33
24731280--24731316	19	1.9	19	88	0	56	54	8	0	37	1.30
24731743--24731838	36	2.6	39	76	17	107	34	1	3	61	1.19
24731817--24731914	9	10.8	9	72	16	51	31	1	5	62	1.24
24731812--24731925	8	13.0	8	73	19	54	32	0	5	61	1.24
24731812--24731874	18	3.4	18	76	10	65	31	0	6	61	1.21
24734154--24734219	31	2.1	31	85	0	87	40	18	16	24	1.90
24736557--24736608	9	5.3	9	76	17	50	19	1	0	78	0.84
24736557--24736631	30	2.5	30	86	6	98	21	2	0	76	0.92
24736562--24736630	20	3.4	20	79	16	63	21	2	0	75	0.93
24736576--24736630	18	2.8	19	81	13	67	21	1	0	76	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24736558--24736612	24	2.4	23	75	19	60	20	1	0	78	0.85
24736556--24736630	38	2.0	37	84	10	98	21	2	0	76	0.92
24737545--24737569	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
24737564--24737614	26	1.9	27	84	4	68	41	0	3	54	1.19
24737590--24737633	19	2.4	18	80	3	52	38	0	2	59	1.10
24739421--24739457	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
24739469--24739524	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
24745864--24745890	14	1.9	14	100	0	54	18	0	0	81	0.69
24745903--24745950	5	9.6	5	100	0	96	39	0	0	60	0.97
24747272--24747309	10	3.8	10	83	13	51	23	7	2	65	1.32
24748060--24748084	12	2.1	12	100	0	50	36	16	8	40	1.77
24755848--24755886	10	3.9	10	86	6	53	23	5	2	69	1.21
24756609--24756642	17	1.9	18	88	5	52	29	11	2	55	1.50
24757069--24757174	41	2.6	40	89	3	149	28	15	21	34	1.94
24765704--24765746	19	2.3	20	84	11	56	44	2	2	51	1.27
24766145--24766204	21	2.9	21	76	16	63	50	1	0	48	1.11
24769065--24769114	22	2.2	23	86	10	68	20	26	12	42	1.86
24771294--24771401	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
24772842--24772884	6	6.8	6	81	7	50	23	2	0	74	0.93
24772842--24772884	19	2.3	19	88	8	61	23	2	0	74	0.93
24776210--24776276	27	2.5	28	82	7	84	35	23	1	38	1.64
24778166--24778204	19	2.0	21	90	10	64	64	2	2	30	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24781240--24781272	15	2.2	15	100	0	66	27	21	12	39	1.88
24789405--24789437	13	2.3	15	90	10	52	36	0	12	51	1.39
24797869--24797961	18	5.2	18	90	0	150	31	16	24	27	1.96
24797869--24797961	36	2.6	36	94	0	168	31	16	24	27	1.96
24817912--24817971	31	1.9	31	93	0	102	31	10	11	46	1.73
24836250--24836300	8	6.6	8	88	6	70	43	1	0	54	1.11
24836250--24836300	15	3.3	15	89	5	75	43	1	0	54	1.11
24836249--24836300	23	2.3	23	83	6	70	42	3	0	53	1.19
24838304--24838346	20	2.1	21	95	4	79	32	9	0	58	1.30
24838734--24838771	19	2.0	19	85	10	51	23	13	0	63	1.30
24840734--24840764	15	2.1	14	94	5	53	51	0	0	48	1.00
24841040--24841073	17	2.1	16	88	5	50	73	0	0	26	0.83
24842118--24842183	30	2.2	30	81	7	73	28	6	12	53	1.62
24843915--24844115	106	1.9	106	97	0	384	30	20	18	30	1.97
24845604--24845680	29	2.7	29	75	19	88	22	2	10	64	1.36
24847632--24847683	6	8.5	6	82	4	59	19	5	0	75	1.01
24854142--24854176	18	1.9	18	94	0	61	28	17	22	31	1.96
24855344--24855388	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
24859572--24859616	22	2.0	22	87	8	65	33	4	15	46	1.66
24871812--24871876	5	13.4	5	85	14	68	76	0	21	1	0.86
24871819--24871876	4	13.5	4	90	1	62	77	0	22	0	0.77
24891007--24891047	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24893597--24893631	18	1.9	18	100	0	70	28	5	22	42	1.76
24894662--24894699	9	4.2	9	83	9	51	47	0	5	47	1.24
24901126--24901194	32	2.2	32	86	2	95	42	4	0	53	1.20
24901145--24901207	31	2.0	32	81	6	74	42	7	3	46	1.49
24905372--24905411	2	21.5	2	85	14	59	52	0	0	47	1.00
24910230--24910273	23	1.9	23	100	0	88	31	22	9	36	1.86
24914945--24914980	17	2.2	16	95	5	63	41	0	25	33	1.55
24917822--24917882	9	6.8	9	96	0	104	37	29	9	22	1.87
24923281--24923370	47	1.9	47	97	0	171	22	13	14	50	1.77
24927230--24927267	20	1.9	20	88	0	58	60	13	7	18	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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